석 달 만에 재회한 브라보 팀은 한미 합동 훈련을 위해 남한의 용산 공군 기지로 떠나지만, 예상치 못한 임무가 그들을 기다린다. 한편, 지난번 임무에서 치명적 실수를 했던 레이는 팀원들의 신뢰를 잃은 채 작전에 투입된다.

작전에 차질이 생긴 브라보는 관의 기존 계획대로 진용을 탈출시키려 하지만, 별다른 지원도 없이 시간에 쫓기며 힘겨운 싸움을 한다. 한편, 레이는 동료들에게 숨겨 왔던 진실을 털어놓는다.

브라보 팀은 중요한 물건을 운반하는 임무를 맡고 비행기에 몸을 싣는다. 이동하는 동안 팀원들은 각자의 인생을 송두리째 바꿔 놓았던 20년 전 그날의 기억을 떠올린다.

팀원들이 각자의 가족 문제에 직면한 가운데 아프리카에서 발생한 테러로 브라보가 소집된다. CIA의 개입으로 눈앞에서 표적을 제거할 기회를 놓친 팀은 이번 작전에 의문을 품는다.

부카레와 SGS가 통근 열차에 탑승했다는 정보를 입수한 브라보 팀은 달리는 열차에 잠입한다. 하지만 돌발 상황이 발생하면서 또다시 부카레를 눈앞에서 놓치고, 마음이 조급한 제이슨은 드라이든과 정면으로 충돌한다.

브라보는 화염에 휩싸인 차량을 탈출하고 부카레를 생포하는 데 성공한다. 하지만 부카레를 신문해도 원하던 정보를 얻지 못하자 제이슨은 맨디의 행방에 대한 실마리를 찾기 위해 팀을 위험에 빠뜨리는 결정을 내린다.

미국이 철수한 뒤에도 아프가니스탄에 남아 있던 CIA 요원이 사라진다. 브라보 팀은 탈레반에 붙잡힌 CIA 요원을 구출하러 나서고, 도움이 필요한 이들이 더 있다는 얘기를 듣는다.

프랑스 특공대와의 합동 작전 중 건물이 무너지자, 제이슨이 팀원들을 구출한다. 제이슨 덕에 산 팀원들은 당시 상황을 진술하며 제이슨의 공로를 치하해 훈장을 주려 하지만, 이를 취합하던 클레이는 이상한 점을 발견한다.

제이슨의 사진이 이슬람 극단주의자 사이트에 퍼지고, 제이슨은 신상이 털릴 것에 대비해 황급히 가족들을 대피시킨다. 한편, 브라보는 팀장이 빠진 채로 이라크의 무기 밀매업자와 접촉하는 임무를 맡는다.

브라보는 오메가 작전을 수행하기 위해 남미로 향하고, 긴 파병 때문에 고민하던 클레이도 팀에 대한 책임감 때문에 함께 떠난다. 한편, 제이슨의 판단력을 의심하는 클레이가 계속 반대 의견을 내자, 둘은 결국 정면으로 충돌한다.

베네수엘라 핵 프로그램에 다른 배후가 있다는 사실을 알아낸 브라보 팀은 새로운 증거를 확보하기 위해서 공동묘지에 잠입한다. 작전 중 제이슨은 돌발 행동을 하고, 레이 역시 제이슨의 상태에 의문을 품는다.

제이슨은 스스로의 문제를 인정하지만 쉽게 받아들이지 못하고 레이는 정신력까지 무너진 제이슨을 데리고, 전 특공대원이 운영 중인 치유 공간을 찾아간다. 한편, 소니의 철없는 행동으로 브라보가 노출될 위기에 처하자 클레이는 뒷수습에 나선다.

베네수엘라 섬유 공장 지하에 숨겨진 핵 시설을 확인한 브라보 팀은 은밀히 시설을 파괴할 계획을 세운다. 한편, 제이슨은 고위험 작전을 앞두고 팀원들에게 자신의 상태를 털어놓는다.

어렵사리 베네수엘라를 탈출한 브라보는 집으로 돌아와 그간 묵은 문제들을 해결할 시간을 갖는다. 하지만 제대로 숨 돌릴 틈도 없이 브라보는 예상보다 빨리 다음 작전에 투입되고, 말리에서 절체절명의 위기를 만난다.