Un'antica tomba viene scoperta a Camelot. Gaius è convinto che questa appartenga a Cornelius Sigan, uno stregone malvagio, ma Uther chiude gli occhi. Nel frattempo Arthur ha un nuovo servitore, Cedric, che cerca di prendere il posto di Merlino come servitore di arthur. Merlino scopre che le vere ragioni di Cedric sono di riuscire a prendereun gioello che si trova nel tempio appena scoperto che si dice appartega a Cornelius Sigan. Questo non lascia altra scelta a Merlino che andare a chiedere aiuto al grande drago.

A Camelot è finalmente arrivato il giorno del torneo. Artù è determinato a vincere, ma crede che i cavalieri lo vogliano far vincere perché è il principe, quindi decide di volersi presentare in incognito per dimostrare a sè stesso di poter trionfare grazie alle sue capacità. Quindi per la durata del torneo alleggia in una camera a casa di Gwen. Nel frattempo Myror arriva a Camelot, con un unica missione... uccidere Artù.

Quando gli incubi di Morgana si manifestano nelle ore di veglia, lei si spaventa perchè si accorge di avere dei poteri magici. Gaius è determinato a tenere Morgana all'oscuro di tutto per il suo bene, ma Merlino non intende star fermo a guardare i suoi amici soffrire. Lui sa precisamente quello a cui lei sta andando incontro e sa che ha bisogno di conoscere la verità. Il suo segreto sta finalmente per essere rivelato? Disobbedendo a Gaius, nel frattempo, Merlino rischia tutto per aiutare Morgana, senza poter prevedere la portata saranno le conseguenze. Ancora una volta vite sono in pericolo, lealtà provate ed amicizie scosse, mentre Morgana si riunisce con Mordred, il giovane ragazzo druido, che il drago ha predetto che un giorno vorrà uccidere Artù.

Quando Gwen viene rapita, Artù va in suo soccorso, ma Lancillotto arriva prima. Gwen viene scambiata per Morgana e viene rapita da Hengist, un fuorilegge selvaggio. Uther Pendragon si rifiuta di pagare il riscatto per lei ed Arthur sfida il padre e si avventura in territorio nemico per la lotta per la libertà di Gwen. Merlin sospetta che la devozione di Artù per Gwen sia maggiore di quella di un principe per un suo suddito. Ma come reagirà Artù quando scoprirà che Gwen non è sola nel castello di Hengist? Lei e Lancillotto si sono ritrovati di nuovo, e i sentimenti si sono riaccesi.

Appena incoronata , Regina Catrina si stabilisce come First Lady di Camelot. Sebbene gli specchi rivelino la vera indole della Regina, la sua influenza su Uther aumenta, e le ripercussioni si avvertono in tutto il regno. Quando Catrina accusa Merlino di rubare, lui è spinto a nascondersi. Costretto a muoversi furtivamente nei dintorni del castello, Merlino deve trovare il modo per mettere in mostra la vera natura di Catrina senza essere imprigionato. Tuttavia, anche in caso di successo, sarebbe sufficiente per rompere la sua potente magia? O Camelot rimarrebbe intrappolata con una regina Troll per sempre?

Uther è deciso a spazzare via la magia da Camelot una volta per tutte e questa volta, nessuno è al di là di ogni sospetto. Uther convoca a Camelot il più temuto cacciatore di streghe, Aredian - un uomo terribile che non si ferma davanti a nulla per scoprire la magia. Gaius fa capire a Merlino quanto egli sia in pericoloso ma Morgana non ha bisogno di un tale avvertimento: è certa che Aredian andrà dritto verso di lei e che sarà bruciata sul rogo. Riuscirà Merlino a proteggere Morgana e Gaius senza finire lui stesso tra le fiamme?

Artù viene sfidato a duello da un misterioso guerriero; lui e Merlino si ritrovano coinvolti in una strana missione per conto di Morgana ed attraverso lei Artù scopre un segreto che potrebbe portare alla caduta di Camelot.

Merlino scopre la bella ragazza druido Freya intrappolata da un cacciatore di taglie e sa di doverla aiutare a fuggire. La ospita quindi nelle gallerie sotto Camelot, ma il rifugio non è sicuro a lungo perchè il cacciatore di taglie è alla caccia del suo bottino perduto.

Prelati da regni rivali arrivano a Camelor per parlare di pace, ma quello che Re Alined vuole veramente è le guerra e farebbe qualunque cosa in suo potere per incoraggiare le ostilità, perfino usare la magia. Trickler, il giullare di Alined, fa quindi un incantesimo su Artù, facnedolo innamorare dell'amata figlia del Re rivale Olaf, gettando Camelot nel caos e sull'orlo della guerra.

Lo stregone Alvarr è intenzionato a distruggere Camelot e lasciare che la magia regni nuovamente. Per combattere Uther, Alvarr ha bisogno di ritrovare il Cristallo di Neahtid, una preziona reliquia dell'Antica Religione, il cui potere Alvarr crede possa essere usato da Mordred. L'oggetto è al sicuro nei sotterranei di Uther e molti hanno perso la vita cercando di recuperarlo, ma Alvarr pensa di avere un'arma segreta per riuscire nell'impresa.

Le fiamme di Idirsholas bruciano di nuovo per la prima volta in 300 anni e Gaius teme che un mago ha riformato i mortali Cavalieri di Medhir. Artù e Merlino affrontano i cavalieri, ma a stento riescono a salvare la vita ed al ritorno a Camelot trovano che tutti sono preda di uno strano incantesimo, tranne Morgana.

Il Grande Drago è finalmente libero ed attacca Camelot. Gli uomini di Artù non possono resistere a lungo e solo un Signore dei Draghi può uccidere il mostro, ma Uther li ha liquidati tutti anni prima. Gaius però ammette che uno di loro potrebbe essere ancora vivo e nascosto, e potrebbe essere la chiave per comprendere lo stesso passato di Merlino.