Tout le monde se réunit sur le ferry pour Harper's Island afin de célébrer le mariage de Henry Dunn et Trish Wellington. Le cousin de Trish, Ben manque à l'appel, mais ils décident de partir quand même. Abby Mills, la meilleure amie d'Henry, lui parle de son appréhension à l'idée de retourner sur l'île car sa mère était l'une des victimes de John Wakefield, sept ans auparavant. Hunter Jennings, l'ex petit ami de Trish arrive sur l'île à la demande de Mr Wellington. Ils ont l'intention d'annuler le mariage de Trish et Henry...

Partie courir dans les bois, Abby tombe sur Jimmy et Shane chassant le cerf. Quand ils retournent au camion, ils découvrent une carcasse de cerf sur le capot avec le mot "psycho" écrit en lettres de sang sur le pare-brise. Shane suspecte JD, le frère d'Henry. Les invités du mariage participent à une chasse au trésor...

Le shérif Mills annonce à Abby que Kelly s'est suicidée mais elle n'y croit pas. Quand Shane apprend la nouvelle de la mort de Kelly, il suspecte immédiatement JD. Shane renverse alors JD avec son camion et l'attache chez lui. Abby se rend chez Shane et trouve JD retenu captif dans la grange. Elle raconte alors à Shane qu'Abby ne s'est pas suicidée mais à été tuée par John Wakefield...

Abby se rend au journal local pour récupérer des photos d'Henri et Trish enfants pour un album qu'elle leur confectionne comme cadeau de mariage. Elle tombe alors sur des articles concernant les meurtres de John Wakefield. Elle apprend que quelqu'un les a demandés mais n'est jamais venu les chercher. A l'hôtel, on organise les enterrements de vie de garçon et de vie de jeune fille. Alors qu'ils sont partis pêcher, Henri et ses garçons d'honneur découvrent le bateau d'Hunter. A son bord, ils trouvent son corps, ainsi qu'un sac plein d'argent et un pistolet...

C'est la veille du mariage : Trish panique à l'idée de tout ce qu'il reste à planifier. Henri lui dit de prendre sa matinée et de passer du temps avec son père, pendant que lui s'occupe du reste. Henri est vite débordé. À la chapelle, Henry trouve une carcasse en décomposition sur l'autel et pense que son frère, JD, est responsable...

Le Shérif commence son enquête sur le meurtre de Mr Wellington. Henri parle à Abby de la possible implication de JD dans le meurtre de Mr Wellington. JD va voir Abby et nie être impliqué, il pense que John Wakefield est vivant et l'a tué. JD conduit Abby dans les bois pour lui montrer le corps de l'oncle Marty attaché à un arbre. Ensemble, ils trouvent Henry et lui annoncent la nouvelle de la mort de l'oncle Marty...

Le Shérif Mills suspecte JD d'être le meurtrier. Il retourne alors au Candlewick pour fouiller la chambre de JD et trouve dans ses affaires le téléphone de l'oncle Marty. Le shérif part à sa recherche avec l'aide d'Henry. De son côté, Abby rencontre devant chez son père l'homme au visage défiguré. Il s'agit en réalité de Cole Harken, l'ancien adjoint du shérif. Il raconte à Abby que JD est innocent et que son père n'a pas dit la vérité sur John Wakefield et sa mère...

Suite aux récents évènements, les invités du mariage se rendent à la marina pour prendre le ferry et rentrer chez eux. Shea ne trouvant pas Madison, henri et les autres invités décident de se séparer pour la rechercher. Shea, Trish, Cal et Chloé se rendent dans la pièce de l'incinérateur et trouvent une marque de main ensanglantée ainsi qu'un crâne humain. Henry, Abby et Katherine trouvent le corps de Richard, accroché à un arbre...

Les invités restés sur l'île commencent à se retourner les uns contre les autres. Puis, après avoir trouvé les cartes du système de tunnel souterrain de l'île, ils se réunissent tous ensemble à la recherche de Madison. Pendant ce temps, Beth disparait ne laissant derrière elle que des traces de sang...

La mort de Katherine décide le groupe à quitter l'île immédiatement. Jimmy et Shane se rendent à la marina pour préparer le bateau, pendant que le reste du groupe part récupérer Cal, Chloé et le shériff à la clinique. À la marina, l'avion de la police d'etat de Seattle arrive pour récupérer JD Dunn. A leur sortie de l'avion, ils sont tués par quelqu'un portant la veste du Shériff Mills...

Abby se retrouve face à John Wakefield, l'homme qui a assassiné sa mère il ya sept ans et qui vient de tuer son père, le shérif Mills. Leur rencontre est interrompue par Henryet Danny qui se dirigent vers eux en brandissant des armes. Les voyant arriver Wakefield s'enfuit...

Trish se réveille mais Jimmy est absent ainsi que le fusil de chasse. A son retour, il lui explique qu'il a repéré un cargo en marchant le long des falaises. Quand ils arrivent à la falaise, le cargo a disparu. Après avoir été témoin de la mort de Cal et Chloe, Sully et Danny poursuivent Wakefield. Ils décident de se séparer pour couvrir plus de terrain...

Seize ans plus tôt, nous retrouvons Abby et Henry jouant sur le plancher de la maison de Abby. L'été arrive à son terme, Henry et Abby descendent à la plage pour attendre les parents d'Henry. De retour dans le présent, Henri dit à Wakefield que tuer Trish a été plus difficile que pour les autres, tandis que Wakefield affirme que la mort de Danny fut facile...