1993: Saverio Barone, un giovane magistrato in servizio a Termini Imerese, decide di denunciare al CSM il suo capo, Salvatore Donà, sospettando una sua collusione con la mafia locale. In quei giorni, Tony Calvaruso, da poco uscito di prigione, diventa l'autista di Leoluca Bagarella, boss a capo dell'ala militare della mafia corleonese sempre più minacciata dal pentitismo.

Saverio è nel pool antimafia da qualche mese e finalmente riesce ad ottenere un incarico importante: scortare il pentito Salvatore Cancemi in svizzera per recuperare cinque milioni di dollari che il mafioso avrebbe nascosto lì per conto di Bagarella. Il boss, nel frattempo, revoca l'ordine di uccisione del piccolo Di Matteo e ne affida la custodia a Giovanni Brusca che, sebbene riluttante, è costretto a piegarsi.

Saverio ha ottenuto le indagini sul suo primo latitante, Mico Farinella, ma in otto mesi le ricerche non hanno prodotto risultati. Un giorno però accade l'impensabile: viene ucciso un uomo per strada e una testimone fornisce l’identikit del tizio che stava con la vittima. Si tratta di Mico Farinella. Finalmente l'indagine ingrana. Bagarella e Vincenzina ricevono la visita di un vecchio amico, Nunzio Scalera, un ex sicario agli ordini di Bagarella con la passione per le filosofie orientali. Tony Calvaruso, invece, viene coinvolto nella compravendita di alcuni appartamenti.

Saverio, con il supporto dei Carabinieri del capitano Bonanno, riesce a rimettersi sulle tracce di Mico Farinella e, dopo mesi di attesa, alla fine le maglie dell'indagine si stringono rapidamente intorno al boss delle Madonie, fedelissimo di Don Luchino. Ma non è solo la magistratura a minacciare in quei giorni il clan di Bagarella: a Villabate la famiglia Di Peri alza la testa per prendere il controllo del mandamento. Bagarella è costretto a intervenire di persona per ristabilire l'ordine nel suo territorio e porta ai Di Peri il suo ultimatum...

Bagarella ha scatenato la guerra. Una scia di morti tra Corleone e Villabate che cementa la coppia investigativa Mazza-Barone e porta Saverio a passare sempre più tempo fuori casa, nel tentativo di capire cosa sta succedendo. La svolta investigativa la fornisce, Serena, amante di un mafioso vicino ai Di Peri, Salvatore Barbagallo. Serena teme di restare coinvolta in quella guerra di mafia e Saverio prova a sfruttare quella paura a suo favore. A casa Bagarella, Vincenzina è sempre più ossessionata dall’idea che, se non resta incinta, è perché suo marito tiene in catene il piccolo Di Matteo.

Barbagallo si rivela la chiave investigativa giusta. Grazie alla sua confessione Saverio e Mazza possono tentare di smembrare il clan dei Di Peri e, pur senza avvicinarsi a Bagarella, porre fine a quella guerra sanguinosa. Giovanni Brusca è stanco di spargere sangue e decide di affrontare Bagarella: se davvero crede che ci sia un complotto contro i corleonesi, deve provarlo. Bagarella affida la tortura di tale Buscemi ad un suo uomo, Pasquale Di Filippo, proprio allo scopo di fargli confessare il nome di chi sta tramando contro Corleone.

L’indagine su Raja ha svelato il covo in cui si nasconde Di Filippo. I nostri mettono il covo sotto osservazione e lo riempiono di cimici, nell’attesa di un elemento che possa portarli a Bagarella. Intanto Don Luchino interrompe il periodo di lutto. Lo fa ordinando l’omicidio di un uomo di Giovanni Brusca, sospettato di “parlare con gli sbirri”. Brusca incassa l’ennesimo atto di sfida di Bagarella senza battere ciglio. Del resto, in questi giorni può guardare con fiducia al futuro: si è appena fatto costruire una grande villa, il castello da cui iniziare la costruzione del suo impero.

Saverio e Mazza hanno nel mirino Tony Calvaruso e il suo negozio. Seguendolo individuano il palazzo in cui, con tutta probabilità, si nasconde Bagarella. La notizia getta Mazza nel caos: quel palazzo è proprio davanti a casa sua. Tony sospetta che il boss si stia preparando a lasciare Palermo e, in preda all'ansia sul suo futuro, trova il coraggio di chiedere a Don Luchino cosa abbia in mente.

All'arresto di Bagarella seguono quelli di alcuni dei suoi fiancheggiatori, compreso Tony Calvaruso. In procura esplode la gioia, ma non per Saverio: il piccolo Di Matteo è ancora prigioniero e lui non ha in mano nulla per arrivare al bambino. Venuto meno Don Luchino, Giovanni Brusca si prepara a diventare il capo dell'ala militare di Cosa Nostra. E per consolidare il suo potere, il boss entra nel business del narcotraffico insieme a dei gangster americani e comincia ad armarsi sempre di più.

Sono passati cinque mesi e Saverio è cambiato: equilibrato, sereno, si sta per sposare. Al centro dell’indagine ci sono gli ultimi uomini a piede libero del dan di Bagarella, dai quali spera di ottenere una traccia che lo porti a Giuseppe Di Matteo. Questi stessi uomini, tra cui c’è anche Lucio Raja, stanno elaborando un piano per far evadere Don Luchino dat carcere. Per realizzarlo però hanno bisogno dell’esplosivo di Giovanni Brusca. Tramite un pizzino dat carcere, il padre di Brusca gli impone di partecipare al piano. Di nuovo Giovanni pare doversi piegare al potere di Bagarella.

Il piano di evasione di Bagarella salta e Brusca può esultare: ora ha un castello, un arsenale, un traffico di droga tutto suo e Don Luchino è fuori dai piedi. L’unica interferenza continua a essere Giuseppe Di Matteo, che Brusca tiene ancora prigioniero ma che non riesce ad affrontare. Saverio sta cercando un modo per convincere Tony a collaborare. Nel frattempo però Raja lo contatta e gli chiede un incontro di persona. Loro due soli. Sa tanto di trappola, ma Saverio, nonostante il matrimonio sia ormai alle porte, non resiste al richiamo esercitato dal confronto con il proprio passato…