四大恶人进入大理城，闯入玉虚宫内，大肆扰乱，叶二娘趁机捉去段誉，要挟正明皇帝让出皇位。

段誉被挟持至一庙内，虚竹路过，欲打扫庙宇，二娘诈称段誉身患重病。段誉被点穴，无从辩白，刚巧大理卫士追至，二娘忙于对付，段誉乘机设计令虚竹带其脱险。

虚竹与段誉同行，巧遇丐帮弟子及全冠清等人，全冠清替段誉解开穴道，段誉拜谢各人，赶往参观苏星河的观棋大会。誉离去后，星宿老怪率众弟子威胁丐帮众人交出萧峰，全冠清不敌，虚竹见机逃走，星宿弟子追杀虚竹，虚竹武功平庸，幸少林大师去难和尚到来相救，但去难与弟子亦遭星宿剧毒，虚竹立带二人往观棋会找薛神医救治。

观棋大会中，段誉、薛神医与慕容复无法解开苏星河的棋局，薛神医因此气极而死，慕容复却被棋局弄至神志不清，虚竹见此情形，自动请缨上阵。

虚竹不懂棋艺，乱闯乱撞，将胜负抛诸脑后，无意间将棋局破解，苏星河大喜过望，各人正在惊异之际，苏星河立携虚竹进入一个洞内，星宿老怪感事有蹊跷，正欲闯洞，但被苏星河拦截，无计可施。

原来逍遥派无涯子尚在人间，为避免星宿老怪丁春秋的追杀，隐居洞内三十年，今趟有幸棋局被虚竹破解，立刻将一生武功传给虚竹，并教虚竹往无量洞再行修练，以便练得奇功对付丁春秋，无涯子说罢即与世长辞。

慕容复欲招揽星宿老怪替其进行复燕大计，但星宿老怪感慕容复力量细小，拒绝替他效力。虚竹途中遇见天山童姥，被童姥欺负，刚巧乌岛主到来，知童姥乃灵鹫宫内人，欲捉童姥，此时慕容复亦到来，乌岛主说出事情经过。

童姥被乌岛主追捕，虚竹刚巧经过，用布袋背负童姥飞奔而去。原来童姥为要练成「八荒六合唯我独尊」的武功，以至走火入魔，须九十天恢复体力，各路仇人便藉机寻仇，童姥便叫虚竹保护，但见虚竹手上之八宝指环乃无涯子所有，追问之下，方知一切经过，童姥本乃无涯子之师姊，虚竹不愿任逍遥派掌门，便将指环送予童姥。童姥亦将北冥神功传给虚竹。

童姥师妹李秋水追杀到来，童姥与虚竹趁机逃脱。李秋水为西夏皇妃，童姥便带虚竹潜入西夏皇宫冰库内，利用虚则实之的诡计，骗过李秋水。虚竹不肯杀生吃肉，但西夏一带并无蔬菜出产，童姥利用西夏公主，将虚竹与公主迷惑，虚竹破了淫诫，十分惭愧，便狂吃肉食以示惩罚。

段誉见虚竹被夹攻，使用六脉神功替虚竹解围，虚竹并向各人宣布童姥已死，而灵鹫宫则由虚竹暂管，各岛主为请虚竹解除童姥所施之生死符，立刻倒戈相向，归顺虚竹，慕容复唯有与丁春秋尴尬离去。

虚竹与段誉同为情困，一起借酒销愁，并结为兄弟。翌日，段誉即下山找寻段正淳，而虚竹则暂居于宫内，由众宫女服侍一切。虚竹将灵鹫宫要务安排妥当，辞别宫主之位，立返少林寺向高僧请罪，却惨被戒律院众僧欺负，受尽皮肉之苦，幸得寺内一老僧暗中帮助，众僧不敢再犯虚竹。

萧峰与阿紫居于辽国宫内。一日，两人外出狩猎，见辽兵正押着一群宋室子民，萧峰大为不忍，命士兵释放各人，却被其中一人暗算。

游坦之刺杀萧峰，被萧峰制服，原来游坦之为当日聚贤庄自刎的游氏双雄的子侄，萧峰不忍杀游坦之，命令手下释放众人，但游坦之却被阿紫暗中捉去，阿紫为练成毒掌，不断折磨游坦之，游坦之被阿紫的美色所迷，甘心做她的奴隶。阿紫向辽兵试掌，杀死两名兵士，萧峰见阿紫心狠手辣，严词斥责，阿紫受辱，一怒而去。

阿紫离开南院王府，一路上遇见星宿弟子天狼子和无尘子，两人迫令阿紫交出黄木神鼎，阿紫却用反间计，令二人大打出手，乘机逃脱。

段正淳见阮星竹终日惦念女儿，到处访寻阿紫的下落，却见阿紫落在星宿老怪手中，老怪不肯交出阿紫，两人比拚内力，老怪使用化功大法吸去正淳武功，正淳一时脱身不得，此时游坦之突出现，将阿紫救走。

原来当日萧峰遗失了的易筋经，为游坦之拾去，修练一番，武功大进，游坦之将阿紫救走后，又怕阿紫知其真面目，遂化名为庄聚贤，当时阿紫为沙尘伤及眼部，亦看不到游的真面目。游坦之对阿紫关怀备至，沿途照顾阿紫的伤势。一日，遇见慕容复，慕容复见游坦之武功甚高，便招揽他替其效力。

丐帮再选帮主，全冠清恐怕失去大权，向慕容复求助，慕容复利用游坦之杀死白长老及传功长老两个劲敌，使全冠清得帮主之位。慕容复为复燕大业，不惜利用游坦之召开武林大会，欲使游坦之成为武林盟主，号令天下。

鸠摩智闯入少林，并使出少林七十二技艺，声言进入藏经阁参看经书，玄空大师为保经书，被击倒重伤，虚竹看破鸠摩智所用非少林正式武功，与之交手，鸠摩智反败于虚竹手下，气愤而去，此时少室山下已聚集大批武林人士。

各派武林人士闯上少林，星宿老怪与慕容复欲藉机除去萧峰，二人合力对付萧峰，虚竹利用逍遥派武功对付星宿老怪，老怪大惊，并指责少林混入旁门左道功夫，方丈立命戒律院撕去虚竹衣服，痛打一顿，此时叶二娘发觉虚竹身上之记号，方知虚竹乃其亲生儿子，而虚竹正是玄慈与叶二娘所生之子，玄慈犯淫诫，自愿受重刑而死，二娘亦因而自刎。

此时慕容博及萧远山突出现，萧远山与萧峰父子相认，恍如隔世，原来萧远山匿藏少林寺内数十年，学习少林功夫，以报血海深仇，而玄慈正为当日带头大哥，慕容博则是误传辽人度关夺经之人，使宋辽兵戎相见，坐享渔人之利。

萧远山誓与慕容博一决雌雄，以报亡妻惨死之恨。慕容博与萧远山大战于少林藏经阁，得阁内大师点化，皈依我佛，从此不再理世俗之事。

游坦之修练易筋经，被鸠摩智发现，于是挟持阿紫，迫游坦之交出经书，事为慕容复所知，加入争夺经书，混乱中，经书被鸠摩智抢去。

西夏公主招驸马，正淳为加强国家兵力，带同段誉出发，而慕容复亦望借助西夏兵力，复兴大业，于是欺骗语嫣，令语嫣先返娘家，及后语嫣知悉真相，伤心欲绝，欲跳崖自尽，幸遇木婉清及段誉等人相救，幸免一死。

段誉见语嫣深爱慕容复，誓要争得驸马之位，使语嫣与慕容复重修旧好，但慕容复心狠手辣，誓置段誉于死地，段誉不知复的诡计，被复推下井中。

语嫣见慕容复将段誉推下井中，伤心流泪，慕容复用甜言蜜语欺骗语嫣，语嫣大为感动，劝慕容复不要前往选驸马，但慕容复坚拒，语嫣见慕容复甚为坚决，纵身跳下井中，以报段誉对己之一往情深。

段誉与语嫣昏倒井中，两人醒后，大喜过望，语嫣终为段誉真情所动，遂与段誉订下三生之约。不久，慕容复与鸠摩智在井附近大打出手，慕容复不敌跌下井中，并被鸠摩智点去穴道，动弹不得，鸠摩智并用大石堵塞井口，不意易筋经跌下井中，为段誉拾得，慕容复要段誉交出经书，段誉不肯，并用计逃出井口。

西夏公主选驸马之日，各人被询以问答，公主则隐藏在房内，静听各人说话，及后闻得虚竹的声音，立刻与之相见，二人重逢，不禁喜极而泣。

虚竹与梦姑成亲之日，吐蕃王子联合鸠摩智欲挟持西夏国王签下不平等条约，幸萧峰、段誉及虚竹联手相救，把鸠摩智打败，救出西夏王。慕容复见有机可乘，施展调虎离山之计，把萧峰等人引开，乘机迫西夏王让位，幸钟灵及时相救，西夏王幸免于难。

风波平息后，段誉等人返回大理，途中遇鸠摩智，鸠摩智以王语嫣的性命威胁段誉交出易筋经，但为钟灵用计捣破，鸠摩智老羞成怒，揭发出钟灵之身世秘密。钟灵闻讯后，恍如晴天霹雳，悲痛之余，欲跳崖自尽，幸为萧峰所救。萧峰见钟灵貌似阿朱，顿生好感，更带钟灵返回辽国。段延庆为逼段正淳让位，设计使段誉与语嫣拜堂成亲，欲以兄妹乱伦之藉口挟持段正淳。

段誉与语嫣成亲之日，婉清把正淳救出。正淳对段誉与语嫣说出二人之关系，语嫣悲痛欲绝，黯然离去。段誉极怒之下，施展六脉神剑把段延庆打伤后，独自离去。

慕容复巧遇受重伤的段延庆，欲乘机招揽，便把段延庆医好，二人并同意联手谋取大理皇位。

慕容复利用王夫人，把段正淳引至蔓陀山庄，将之擒拿。刀白凤见正淳多日音讯全无，四出寻找，遇上星竹、红棉及宝宝三人，四女纠缠之时，婉清带来正淳被困于蔓陀山庄之消息，众人便闯入蔓陀山庄，欲救走正淳，但反为延庆所擒。

婉清负伤找段誉往救正淳，但段誉不敌，延庆正欲痛下杀手之际，刀白凤说出段誉乃延庆亲生之子秘密。延庆闻得自己有子，高兴之余，中了慕容复之毒药，慕容复更欲杀段誉，铲除后患。

慕容复欲杀段誉，为延庆所阻，唯有以众女之性命威胁正淳，正淳不屈，慕容复痛下杀手，段誉见母亲惨死，神威顿生，以六脉神剑打伤慕容复，慕容复见形势不利，落荒而逃。正淳见心爱之人为了自己而一一惨死，心灰意冷，立意削发为僧。段誉得悉自己身世后，亦往找语嫣，重修旧好。

慕容博匿居于少林寺，偷学少林寺武功，欲兴复大燕。事为扫地僧发觉，慕容博乘机发难，联同鸠摩智杀死扫地僧，更推举缘根为少林寺住持。少林僧武功不敌二人，唯有强忍。慕容博控制少林后，再计划控制丐帮。

虚竹带同梦姑回少林寺拜祭父母之墓，缘根恐防事败，欲杀虚竹，不敌。虚竹返回少林寺，发觉事有跷蹊，侦查之下，终发现真相，把缘根杀死，救出少林众高僧。

慕容复自被段誉打败后，心情烦躁，暂住于丐帮中。由于慕容复气焰嚣张，丐帮中人看不过眼，全冠清更欲乘机杀死慕容复，但事败，为慕容复逃去。慕容复遇上慕容博，父子重逢，踌躇满志，父子二人把全冠清杀死，夺去打狗棒，欲藉此统领丐帮。丐帮诸长老为保存实力，勉强屈服于慕容父子，另一方面则派人向萧峰求助。

丐帮派人向萧峰求助，但却为耶律洪基所杀，更把事件隐瞒。丐帮与慕容博展开决斗，不敌。虚竹路过，义助丐帮，但亦为慕容博所败，负伤而逃。

慕容博夺得少林及丐帮之控制权后，往找耶律洪基，说服他联手攻打大宋。萧峰从中阻拦，与慕容博决斗，不敌，幸耶律洪基出言相救，才得保性命，但耶律洪基却要萧峰带兵攻打大理，萧峰无奈，唯有漏夜带钟灵及阿紫逃离皇府，但阿紫误信耶律洪基奸计，下毒使萧峰全身乏力，逃至边城时，体力不支，萧峰临急命阿紫及钟灵二人向段誉求助。

萧峰被耶律洪基囚禁于天牢，阿紫和钟灵引开辽兵注意，赶返大理向段誉求助。语嫣因母亲惨死，而正淳又往天龙寺出家之事，一直耿耿于怀，终日茶饭不思，段誉见语嫣日渐消瘦，劝语嫣忘记旧事，但嫣始终不能开怀。

木婉清知段誉非其兄，立刻闯进宫内，要与段誉同谐白首，但段誉对语嫣一往情深，不肯答应，正明有见及此，遂叫段誉同娶二人为妻，但婉清与语嫣势不两立，段誉左右为难，遂将正明所交之佩玉赠予语嫣，立语嫣为皇后，但婉清仍死缠不放。

段誉接得萧峰被囚消息，立刻往找虚竹，一起闯进天牢救萧峰，但天牢内守卫森严，难于下手。

耶律洪基欲杀萧峰，幸阿紫及钟灵掘一地道，在虚竹与段誉接应之下，冒险救萧峰离去，耶律洪基知悉萧峰已逃走，亦不忍再追杀之，但慕容博不知萧峰已逃脱，向耶律洪基施压力，要耶律洪基将萧峰早日处决，耶律洪基诈称萧峰仍囚于天牢，慕容博心知事有跷蹊，嘱咐慕容复小心应付。

慕容博与慕容复恐怕萧峰等三兄弟联手对付二人，遂设计令三人分散力量。慕容博命手下假扮少林和尚，向虚竹诈称少林寺已遭火劫，虚竹急往少林查察，遂与萧峰等分手。

一方面，慕容复则召开丐帮清算大会，处置八袋弟子，萧峰接得消息，连忙赶往会场，却中了调虎离山之计。原来慕容复于当晚潜入语嫣房中，将语嫣劫走，段誉四处找寻语嫣踪影，婉清尾随而至，知慕容复布下重重陷阱，对段誉甚为不利，劝段誉回去，但段誉深爱语嫣，令婉清十分激动，为要使段誉长记于心，遂奋身与慕容复搏斗。

婉清被慕容复所伤，不支死去。段誉深感婉清对己一番情意，决追封婉清为皇后，使婉清得以瞑目。而慕容复亦因婉清死缠不放，被万箭穿心而死，临死前留下一竹筒。

萧峰等三兄弟再度会合，为找寻绿玉杖及打狗棒，四出追寻，并在慕容复的竹筒里，探得线索，终在一客栈内得两件宝物，交由虚竹保管。钟灵被毒蛇所伤，萧峰误会阿紫下毒，阿紫怀恨在心，偷去打狗棒和绿玉杖，虚竹却不知情。

耶律洪基为要控制大宋，一方面答应萧峰不攻打宋，但要萧峰交出两件宝物号令中原两大帮派，萧峰答允要求，岂料宝物被调换，耶律洪基以为萧峰有心作弄，遂与慕容博合力对付众人，众人被慕容博咄咄追迫，跌下死洞。

萧峰等人想出逃出死洞之法，由段誉施展六脉神剑，双掌齐发，打破出口。虚竹细想之下，方知阿紫偷去两件宝物，各人十分焦急。萧峰等人暂住旧属室里家中，阿紫查出萧峰的住所，立刻赶往相见，但阿紫不肯交出宝物，并再次逃出，令萧峰十分愤怒。

慕容博查知萧峰住所，带同手下围攻各人，但萧峰三兄弟已找出对付慕容博的方法，慕容博知不敌，立刻离去，并怂恿耶律洪基立刻出兵攻宋，耶律洪基早有消灭大宋野心，决于数日内大举进攻。

阿紫迫萧峰娶其为妻，萧峰勉强答应，阿紫立刻往取宝物，而萧峰则赶往雁门关劝耶律停止出兵，耶律不允，萧峰决死于耶律面前，以示决心。

萧峰自杀而死，耶律决定收兵，从此不再侵略大宋，但慕容博不肯罢休，耶律冷言斥之。阿紫取回宝物，但萧峰已返魂无术，阿紫内疚不已，跳崖自尽而死。

虚竹、段誉誓要为萧峰报仇，但缺一有力援手，段誉决找延庆相助，不料延庆赶往与段誉相见途中，被慕容博知悉，将延庆击毙。虚竹苦无良策下，萧远山突然出现，三人合力对付慕容博，但慕容博身怀盖世武功，难以对付，三人必有一人牺牲方能将慕容博置诸死地，遂抽签决定，结果虚竹抽中为牺牲者。