当Askwith船长神秘的飞艇坠毁爆炸之后，查林杰和他的探险队员们似乎必死无疑。但是片刻之后，查林杰、罗斯顿和玛格丽特出现在1915年的英国飞行站中－－这一天，这艘神秘的飞艇启程执行它的最后一个任务－－三人发现自己鬼使神差竟成了Askwith船长的原始船员。两年来，查林杰和他的朋友们出生入死，目的就是为了逃离迷失高原。但他们必须坐着这艘被诅咒的飞艇想尽一切办法回去。在同样的时间轴上，维罗妮卡出现在迷失高原上，与Askwith船长发生了激烈冲突。她现在唯一要做的就是抓住Askwith船长，让他回到那艘"鬼船"上去。但是，马龙仍然生死未卜……

在寻找马龙的过程中，玛格丽特糟到一群食人族的袭击，三个衣着华丽的强盗将她救下。强盗头子是表面上看起来彬彬有礼的Francois Locke，他邀请玛格丽特加入他的团伙。玛格丽特拒绝了他的要求，但他却说可以给她梦寐以求的东西：一条离开迷失高原的路。此时，查林杰、罗斯顿和维罗妮卡正在丛林里搜寻下落不明的玛格丽特，他们发现这群强盗并不是普通人类。更糟糕的是，他们收到了勒索信，要求以玛格丽特储藏的所有珠宝来交换她的自由。就在众人交纳"赎金"的时候，却惊讶地发现玛格丽特并没有遭到囚禁－－她看起来已经主动加入了这个强盗团伙！

在一处满是恐龙骨骼的"墓地"探索时，罗斯顿被一头气势汹汹的三角恐龙袭击。一来二去之后，虽然恐龙没有伤害到罗斯顿，但是恼羞成怒的罗斯顿还是举枪杀死了它。事实上，这个神圣的动物墓地被一位半人类、半恐龙的美丽女人守护着，她的名字叫做Oseena。为了惩罚罗斯顿的罪行，Oseena对他实施了诅咒：他会被人追杀，直到死亡。罗斯顿回到树屋之后，仍然惊异于与Oseena的会面。但是那个"猎人"已经开始无情地追捕他，并且抓住了玛格丽特，以她为诱饵引诱罗斯顿步入死亡陷阱。为了救回玛格丽特，罗斯顿回到了Oseena的"墓地"，与那个"猎人"－－他自己的阴暗面－－展开最后的较量。

令人不安的梦境和亲眼见到马龙 "鬼魂" 的事实，让维罗妮卡相信马龙困在灵魂世界之中，需要她的帮助来脱险。与此同时，土著姑娘Assai（参见S01EP01）和查林杰一起来到麦田。从山顶眺望下去，麦田上出现了一个巨大的神秘符号，像是被什么东西烧成的。Assai认出这是被Zanga推翻的残暴领主Saros的记号，Saros在死前曾发下毒誓，一定要回来向活着的生灵复仇。树屋里，玛格丽特和维罗妮卡试图使用迷信工具"显灵板"来与马龙取得联系，但是招来的的却是令人毛骨悚然的恶灵Saros。另一方面，Assai坚持认为，任何从灵魂世界营救马龙的行动都可能释放Saros，给所有人带来威胁。

马龙无意中发现了一把匕首，当他握住匕首，他的意识突然进入了一个虚拟世界：他发现自己身处1888年左右的伦敦，并亲眼目睹了开膛手杰克杀死被害者的血腥场景。在梦魇中，马龙还发现他的同伴们成了这起犯罪的几个关键角色：不是同谋，就是被害人。此时，维罗妮卡在丛林里遇到了一位著名的英国医生，他请求她帮忙寻找失踪的匕首。开膛手杰克就是这个人吗？还是那个罗斯顿和玛格丽特在丛林里遇到的苏格兰巡官？玛格丽特对这位英俊潇洒的巡官大人颇有好感，特别是他还声称自己知道离开迷失高原的路，玛格丽特更迫不及待地答应协助他逮捕开膛手。当玛格丽特明白自己步入了死亡陷阱之时，维罗妮卡则忙于应付声名狼藉的开膛手 "们" 。难道这个循环谋杀的悲剧要在迷失高原重新上演吗？

查林杰, 马龙 和 维罗妮卡沿着河堤检查古代遗迹，一个男人跌跌撞撞地跳出丛林，致命的毒箭不断从背后射来。马龙拼死将受伤的男人拖到安全地带，男人临终前含含糊糊地说出了一些信息：找到一个叫做Pierson Rice的人。查林杰记起了这个Rice：他是一个浮华虚荣的猎手，罗斯顿曾将他当作偶像来崇敬。三人将这一消息告诉给待在树屋里的罗斯顿和玛格丽特后，动身去找Rice。罗斯顿得知自己曾经的英雄还活着，并活得很好时，流露出厌恶的神色。被人抓到当地的村落后，查林杰, 马龙 和 维罗妮卡发现Rice原来是个阴险小人－－更糟的是，他让当地人全都乖乖地听他摆布。在走狗的帮助下，Rice正计划除掉当地人的女王，迎娶她美貌的女儿，巩固他在当地的势力。

罗斯顿意外发现了一根吊在树上的绞刑索，他的意识突然来到了美国西部－－他发现那根绳索正缠在自己脖子上，而自己正吊在空中！站在一边指挥行刑的是查林杰，但在这个世界中他是警长Jack 查林杰，一个冷酷无情的执法官，他既不认识罗斯顿，也不想听他的辩解。罗斯顿被一个牛仔寡妇救下之后，罗斯顿开始了一段怪异的旅程：他既要洗刷自己的冤情，又要设法找到返回迷失高原的路。他的所有同伴全都出现在这个世界里，但没有一个人认得他。马龙成了一个冷血的持枪歹徒，维罗妮卡经营着当地的酒吧兼贸易站，玛格丽特则是一个独居的寡妇。正当罗斯顿竭力想搞明白事情的原委，却被拖进了一场典型的西部决斗……

查林杰发明了一种新型热气球，众人着手准备测试飞行。但是气球被猛烈的气流拖进了一个旋涡，坠落在一个巨大的死火山口内，并深陷地表之下的神奇世界。气球遭到了损坏，维修用的铁原料不见了，众人在这个炎热并充满死亡气息的地方仅有几天的时间可以生存。一个自称想成为武士的女人Aleece出现了，给众人带来了希望。作为搭乘气球前往外部世界的交换条件，她答应提供维修所需的铁原料。马龙跟随她来到一个矿井，原来她的计划是去偷这些原料！拥有这些原料的Arjax当然不会答应，他不仅抓住了马龙和Aleece，而且威胁他们带他前往气球所在地。

强大的女巫Dame Alice感受到了查林杰的科学发明所带来的威胁，她于是召唤两位美貌的助手一起对付查林杰。为了成为真正的女巫，两人必须听从Alice的安排，引诱查林杰的"保镖们"－－罗斯顿和马龙－－来到女巫的城堡，而Alice本人则亲自与"巫师"查林杰来个"一对一"。当两个年轻的女巫转移罗斯顿和马龙的视线时，Alice来到了树屋。查林杰不顾玛格丽特的抗议和警告，对女巫的能力产生了浓厚兴趣，完全丧失了戒心。Alice毁掉了查林杰的新发明，并几乎杀死他，好在玛格丽特行动敏捷，及时救他一命。但是在城堡里，罗斯顿和马龙的性命已经岌岌可危……

原始人Keeran部落发动了袭击，用有毒的飞镖射中了马龙，马龙陷入了记忆恍惚之中，仿佛又回到了第一次世界大战时的战场上－－那是他还是个战地记者。在这恶梦般的幻觉中，他再次经历那段炮火纷飞的时光，他置身于盟军前线，随着敌军的不断进逼，深入到一片无人地带中。奉命保护他的三名英军士兵相继中弹身亡，这位从未打过枪的年轻记者只有尽力保护自己，还有一位生命垂危的军士。此次事件之后，马龙突然顿悟，决心重新开始，投入大自然的怀抱。他出发去追寻自己的理想，做一个真正的旅行记者……自此以后，马龙这个角色彻底从本剧消失。马龙的离开意味着本剧由兴盛走向衰落，为第三季结束后全剧被取消埋下了不好的预兆。

一颗流星落在了迷失高原上，查林杰、罗斯顿和玛格丽特出发前去调查撞击地点。但是他们越靠近那里，温度就越低。当三人折回时，发现一位美貌的蓝皮肤女人被困在了严寒当中，不省人事，生命垂危。为了救她，三人将她一起带了回来。寒冷很快延伸到了树屋，一切想要温暖这个女人的方法只会使她的情况变得更糟糕。查林杰开始怀疑这起事件另有隐情。罗斯顿和玛格丽特被一群蓝皮肤的武士所袭击，真相终于大白：这颗埋在迷失高原之下的、会吸收热量的陨星，只是一群需要寒冷才能生存的生物大举入侵的第一步。

在丛林里遭到伏击的罗斯顿勉强逃生，一个拿着大镰刀的死神出现在他面前，以他屡次欺骗死神为罪名，俘获了他的灵魂。死神化作一个妖艳勾人的女子，声称要把罗斯顿的灵魂收作自己的私人藏品。罗斯顿发现自己来到了一个阴冷荒凉的不毛之地，他必须面对一系列的挑战－－只有获胜，才能生存。为了让这个死亡游戏更有趣，死神抓来了罗斯顿的朋友们，以他们的生命作为赌注逼迫罗斯顿就范。面对不停变换的游戏规则和各种诡计，罗斯顿没有赢的希望。每一轮中，死神都折磨他，刺激他，诱惑他放弃朋友们来获得自己的救赎。游戏变得越来越恐怖，罗斯顿失去了查林杰，失去了维罗妮卡，最终失去了心爱的玛格丽特，他们全都被死神囚禁在阴曹地府……

独自在丛林里游荡的维罗妮卡突然听到了钢琴声。跟随声音的方向，她在大雾弥漫的山谷里找到了一个突然出现的18世纪德国村庄。让她惊讶的是，英俊的钢琴师Thomas Ducart宣称自己为她而创作了这些美妙的音符。钢琴师的好话让维罗妮卡耳根发软，于是她将他带到了树屋，但是查林杰却有所警惕。他担心Ducart的村庄并不稳定，如果维罗妮卡坚持要跟Ducart回那个村庄，她可能随之一起消失在另一个空间维度之中。更让查林杰担心的是Ducart可能对维罗妮卡图谋不轨。但是查林杰的警告只会驱使深受Ducart诱惑的维罗妮卡进一步投入Ducart热情的怀抱。

一个神秘人袭击了维罗妮卡，留下一个令人捉摸不透的象牙卡片，上面有奇怪的符号（注：中国人都看得懂）。但是当玛格丽特发现这块东西时，迅速瞒着其他人将其藏了起来，因为只有她明白这意味着什么……她掩藏最深的秘密终于找上门来了，并将她和她的朋友们置于危险当中。由于她过去的所做所为，她能在迷失高原躲得了一时，躲不了一世。玛格丽特别无选择，只有将她当初资助查林杰探险队的真正原因以及来迷失高原寻找何物一五一十地告诉给罗斯顿。

利用迷失高原上神秘的能量线的力量，查林杰建造起一部时空机器，它也许可将他们直接送回伦敦！但是当查林杰、罗斯顿和玛格丽特走进光线当中，他们发现自己站在原地纹丝未动。他们认为机器出了毛病，于是返回树屋，却发现树屋不见了！当三人调查其他地方是否也有改变之时，罗斯顿被几个带着自动武器和组装汽车的奴隶贩子抓住了。事实令他震惊不已：原来他和他的两个朋友正处于2033年而不是1933年！在18年前，一场惨烈的核战争摧毁了地球表面所有的土地，灭亡了所有的文明，仅有迷失高原保存了下来。

一个考古队在洞中发现了一个神秘的骨瓮，年轻的女学生打开之后立即手脚抽搐，昏死过去。虽然她很快恢复了正常，但是考古队的领队Hamilton博士怀疑瓮中的骨骸将某种疾病传染给了她。他相信瓮上的铭文是在警告人们：里面囚禁着一个恶魔。第二天，当罗斯顿和玛格丽特发现考古队的营地时，里面已经惨不忍睹。所有人都被残忍地杀死了，只有Hamilton博士和他的竞争对手Campbell博士活了下来。两个人剑拔弩张，互不相让，指证对方被恶魔附身。罗斯顿和玛格丽特插手干预，但是这两个考古学家竟认为恶魔已经转移到了两们身上。

由于维罗妮卡不在家，菜园已经荒废，打猎又一无所获，众人快饿得背心贴肚皮了。为了结束饥饿，查林杰开始进行人类历史上第一次"食物替代品"试验。但是他所制造的"营养饮料"对他和小白鼠都没有特别明显的正面效果，这让他很是纳闷，下决心弄个明白。两个幻觉开始困扰他，让他变得神志不清。第一个幻象是年轻版本的他自己－－受到利益驱动的科学家。第二个幻象是他心爱的妻子Jessie，自从伦敦一别，已经三年未见了。查林杰昏迷不醒，几近死亡，朋友们最终发现了他。但他们那点有限的医疗知识能够治好试验带来的伤害吗？还是会给他带来更大的危险？

查林杰发现了一架第一次世界大战期间在迷失高原坠毁的运输机，飞行员Drummond中尉还活着。Drummond自从坠机以来一直困在此地，保护着机上的货物－－一板条箱从英国皇家海军偷来的铱块（注：铱是一种坚硬而脆的，极抗腐蚀的黄白色金属，存在于铂矿中，主要用来硬化铂和制造耐高温材料，电器接头和耐磨轴承。），已经整整五年了。查林杰看到这些铱块大为吃惊，因为当年这是准备送给他进行战时秘密研究的原料之一。他记起了当年因为失窃事件而被英国中情五局的两个情报间谍讯问的情形。查林杰和Drummond一起回到了树屋，玛格丽特也认出了这些铱块。她也曾是盗窃嫌疑人之一，同样接受了中情五局的调查。

维罗妮卡受一个奇怪梦境的指引，将母亲留给自己的垂饰安放到一块巨石上的小槽中－－花纹竟然正好吻合！一股神秘的能量击中了维罗妮卡，让她昏死过去。迷迷糊糊中，维罗妮卡回忆起了小时候和父母在一起的情形。当她醒过来时，她震惊地发现记忆中的往事和自己长期以来所知道的完全不同，究竟哪个才是事实？她不知道父母的真实命运，还有大量的秘密等待被发现。但她知道母亲的挂饰在某种程度上和自己的命运有关……命运的一刻已经来临。

平静的一天，维罗妮卡和Finn呆在树屋里闲聊，其他人则在丛林里探索。突如其来的爆炸将玛格丽特和罗斯顿困在一个地下墓室里，他们唯一的逃生希望就是查林杰。但是这场爆炸也让查林杰摔坏了脑子，他失忆了，不知道自己是谁，更不知道两个朋友发生了什么事！与此同时，维罗妮卡和Finn无意中在树屋里发现了谜一般的记号，再次勾起维罗妮卡对童年的回忆。眼看就要缺氧而死，罗斯顿和玛格丽特相互表白了深藏心底的感情。即便他们不能逃过此劫，他们也不会感到遗憾。

查林杰准备最后一次尝试用气球飞离迷失高原，但就在启程前两天，维罗妮卡和Finn遇到了一个奇怪的现象，将她们短暂地传送回100年之后的New Amazonia。不久之后，罗斯顿发现自己被16世纪的西班牙征服者追击，而玛格丽特被一群德鲁伊俘获，他们决定活祭她来阻止神秘风暴的到来。不同相位的现实开始相互碰撞，维罗妮卡终于意识到她该履行自己作为迷失高原"保护者"的神圣命运了。她站到树屋里那个神秘记号上（参见上一集），摘下了胸口的挂饰，准备牺牲自己的生命来拯救朋友们。但她不知道该怎么做，甚至不知道这个决定是否正确。挂饰发出耀眼的亮光，笼罩了整个迷失高原，巨大的能量被释放出来，究竟迷失高原得救了，还是最终毁灭了？一个永远的悬念。