マゼラン帝国の銀河系侵攻に対して、銀河連盟は主星エンペリアスを中心に迎え撃つものの、劣勢に陥る。マゼラン帝国に対抗するために、完成した合体ロボ「ダイケンゴー」が出動することに。ライガーは同乗したクレオとアニケ・オトケと共にダイケンゴーと戦いの旅に出発する。

ダイケン殺法・大輪剣！マゼラン軍の前進基地にロボレオンを追い詰めるダイケンゴー。だが、なぜか味方のエンペルコマンドの宇宙船団が次々と襲いかかる。怒りに燃えたライガーの剣が、銀河に冴える。

エンペルコマンドの攻撃が罠だと知ったライガーは真実を突き止めるため、エンペリアスに向かった。だがそれを待っていたのはロボレオンであった。が、突然宇宙の彼方より現れる謎の男、宇宙戦士ブライマンとははたして何者なのか。

信じられなかった。父、ダルスがロボレオンと通じていようとは。クレオは父の心を踏みにじったロボレオンに一人立ち向かっていく。だがその行く手にはロボレオンの恐ろしい罠が待ち構えている。女剣士クレオの剣が冴える。

ロボレオンの罠にはまり、ランドン星に不時着してしまうクレオたちのメカ。今やダイケンゴーになれぬライガーにマゼラン軍の総攻撃が開始される。と、宇宙の彼方より現れる謎の戦士ブライマン。はたして彼は、敵か味方か。

ロボレオンを追うライガーたちを、あたたかく迎えるダラマス星のハイド将軍。だがその背後にはロボレオンたちの恐ろしい企みがあった。少年勇者セシルとともにマゼラン軍に立ち向かうライガーたち。そしてダイケンゴーの稲妻刺しが冴える。

ロボレオンの魔の手は、ついに地球にも伸びていた。だが地球の人々は迫りくるその危機を知らない。銀河系の平和を願って、マゼラン軍に立ち向かうライガーたちと、地球の少年サブとの友情を描く。

ひそかにライガーを狙う、今は亡き兄ザムソンの親友、アントニアン。ライガーはその男を諭すとエンぺリアスに帰るように命じた。だがアントニアンはブライマンの矢を胸に受けて死ぬ。怒ったライガーがブライマンと剣を交える。

優しかった母に会える。ライガーは胸弾ませて、銀河連盟の神の星としてあがめられているエルサレラ星に向かった。そのことを知ったロボレオンは、エルサレラ星を攻撃して罠を張る。はたしてライガーは母に会うことができるのか。

ライガーたちは一気にロボレオンとバラクロスを倒さんと、マゼラン星雲に向かった。だが、彼らを待ち構えていたのは巻き込まれたら絶対に抜け出すことのできない地獄星雲とロボレオンの罠であった。危うしライガー！

クレオの父、ダルスはロボレオンのスパイであった。それを知ったエンペル王とエリザ王妃はライガーたちも降伏せざるを得なかった。クレオの苦悩をよそに、ダルスはダイケンオーをロボレオンの前に差し出す。

サイボーグ、ブライマンとはいったい何者か。ロボレオンはその正体を暴くため、ザッキンダーとグッダー博士にスパイロボットを作らせて、その秘密を探らせる。やがてブライマンの影に意外な人物が浮かび上がる。

コーリニア星のバーナード博士は氷に閉ざされた星を移動させて、楽園にしようとする。だが、ロボレオンはその設計図をもとに恐るべきスーパー兵器を作らんと企む。それを必死に守ろうとする少女ロボットロスカールとライガー。

ライガーたちはアルペス星で仔犬のようにかわいい動物、チビを助けた。病気のチビを連れて医者を探し歩くライガーたち。なぜか扉を閉じてしまう人々。その背後にはロボレオンが糸を引く恐ろしい事件が待ち構えていた。

銀河系には銀河鳥というロボット渡り鳥がいた。心を和やかにしてくれるこの渡り鳥はどこの星でも歓迎された。ライガーたちが立ち寄ったアラビナ星でも。だがバラクロスはこの渡り鳥を利用して次々と惑星破壊を企む。

ロボレオンは再び地球にやってくると、着々と地球征服のための準備を進めた。なんとかライガーに連絡をつけようと必死になる少年サブ。地球上でのライガーとロボレオンの対決と少年サブの活躍を描く。

銀河の果てに宇宙の墓場と恐れられている幽霊墓地があった。マゼラン大帝はその星をヒントにして銀河系全体を宇宙の墓場に変えようとロボレオンに調査を命じた。不気味な死の世界でダイケンゴーの剣が冴える。

ライガーたちはマゼラン軍に追われる脱走兵の一家を助けた。ライガーはこの一家からロボレオンが強力なメカを建造中と聞き、惑星コトリタンに向かった。しかし、またしてもロボレオンの魔の手がライガーたちを待ち構えている。

ついにロボレオンはダイケンゴーの弱点を狙って倒す、巨大獣骨メカを完成させた。そして、ライガーたちを罠に陥れるべくエンぺリアス星への総攻撃を開始した。怒りに燃えるライガーたちとダイケンゴーに危機が迫る。

第二エンぺリアス星に亡き兄ザムソンの墓ができた。それを知ったライガーは第二エンぺリアスに向かう。だが、その墓にはロボレオンが恐ろしい罠を仕掛けていた。そしてブライマンが意外な危機に陥る。

マゼラン軍はまたしても地球にやってくると、地球人を捕え、戦闘用のサイボーグにしようとした。バラクロスは地球の少年サブをだまし、ライガーを呼び寄せて罠にはめようと企む。ライガーとサブの友情、そして地球の危機を描く。

ロボレオンはついにブライマンを捕え、卑劣にもその背中に剣を突き立てた。ライガーが兄と信じていたブライマンが。勝ち誇るロボレオンとマゼラン軍に怒りと悲しみで立ち向かうライガーとクレオたち。

ライガーたちは隕石巨人星魔王で銀河を荒らしまわるロボレオンの行方を求めて、パラサレール星にやってきた。しかしそのライガーを父の仇と付け狙い、ダイケンゴーを破壊しようとする少女、アイラがいた。

今や銀河連盟は一つに集結し、ライガーたちとともにマゼラン星に向かっていた。だが彼らの行く手には宇宙嵐が待っている。その抜け道を示す、星雲灯台を探し求め、いよいよマゼラン星に迫るライガーとブライマン。

ホロセーノ元素142を持って駆け付けたユーガーによって、宇宙嵐は破られた。バラクロスとロボレオンを追い詰めるライガーとブライマン。銀河の力を一つに結集して、エンぺリアス三兄弟の剣が冴える。