Ilpalazzo quiere exterminar los artistas de manga del mundo y ordena a Excel comenzar con Koshi Rikudo, pero ésta es afectada por la intervención de la Gran Voluntad del Macrocosmos y su propia consciencia. Luego de conversar con Pedro, un trabajador inmigrante, y de capturar su cena, Excel hace un segundo intento para terminar con la vida de Rikudo.

Unos refuerzos del cuartel general de ACROSS son atacados en una invasión por los seres de dulce apariencia llamados Puchuus. Excel ataca su madre nodriza. Mientras tanto, Nabeshin se encuentra a bordo para salvar a un viejo amigo y escapar de los Puchuus. Al final, la fuerza invasiva extraterrestre es destruida, Excel es capturada como prisionera de guerra e Ilpalazzo admite a Hyatt dentro de las fuerzas de ACROSS.

Como si fuese una película "Clase B", Excel está atrapada en la jungla. Hyatt es enviada para hallarla y se encuentra con su vecino Watanabe en la trayectoria. Los captores de Excel son tropas de hombres muy varoniles y grandes (con un punto débil por los perros) pero Nabeshin tiene algunos asuntos pendientes con ellos y con el compañero de encierro de Excel.

En una parodia a la comedia romántica en el anime, Watanabe se interesa por Hyatt y sus pensamientos son reflejados en las opciones que ofrece un juego de simulación de citas. Pero el destino e Ilpalazzo juegan con él. Mientras, Excel busca a Hyatt y ambas son capturadas.

Excel y Hyatt se infiltran en el Ayuntamiento para darle su merecido a los políticos corruptos. En el curso de sus investigaciones, se encuentran con el Dr. Kabapu, quien controla a los líderes de Ciudad F y no tiene miramientos en usar la violencia para conseguir sus objetivos. Kabupu crea el Departamento de Seguridad Civil con fondos malversados y contrata a Watanabe, quien sueña con un trabajo en el gobierno tanto como Iwata y Sumiyoshi. ACROSS triunfa de algún modo, con la ayuda de zombies y unos garabatos que aparecen en los baños.

ACROSS planea construir un láser en las montañas para aterrorizar y amenazar a la Ciudad F. Mientras tanto, Watanabe, Iwata y Sumiyoshi son enviados a un ejercicio de entrenamiento en las aquellos lugares en donde conocen a su nuevo compañero de tareas, la audaz y sensual Misaki Matsuya, quien se convierte en el nuevo objeto de deseo de Iwata.

Los Puchuus han penetrado las alcantarillas de Ciudad F y el nuevo Departamento de Seguridad Civil de Kabapu está reduciendo la base de ACROSS. Excel y Hyatt deben enfrentar la situación y esto requiere de una acción directa.

En un episodio lleno de fanservice, las chicas se divierten en una piscina. Todas usan su mejor traje de baño excepto Excel, quien debe usar un modelo de malla común y corriente de escuela secundaria. Las cosas se ponen peor cuando Excel atasca e hincha comiendo en un servicio de comida gratuita brindado por su nueva amiga, Cosette, quien no es tan inocente como aparenta. Los personajes masculinos no aparecen demasiado en este episodio excepto Rikdo, quien aprueba el experimento fugazmente y Pedro, hacia el final.

Excel y Hyatt se infiltran en una bolera para entender a la juventud japonesa a través de (lo que Excel erróneamente considera) su deporte más popular. Las cosas se ponen más excitantes cuando una organización terrorista fanática del bowling secuestra el lugar mientras se realiza un show de televisión de bajo presupuesto sobre Chicas de Bowling.

Menchi ha escapado tras cansarse de ser el objeto de necesidad en caso de hambre para ACROSS. Luego se une a un grupo de perros callejeros que deciden devolverla a su dueña. Poco sabe ella de la venganza y traición que se aproximan a ella y a sus nuevos amigos.

Para entender el sistema educacional, Excel y Hyatt se internan en la escuela secundaria de Excel, el instituto Inunabe. El dúo de ACROSS rápidamente reduce a los matones y degenerados de la clase para ponerlos en su lugar. Luego, deben salvar el equipo de baseball de la escuela y para eso, Excel trata de reclutar a una legendaria estrella y ex-alumno, Bean Boy.

Es Navidad y Kabapu ordena al Departamento de Seguridad Civil camuflar las intenciones de una dulce pero poseída detective llamada Purin (プリン? , lit. "Pudín"), quien busca vengarse de los asesinos de su padre. Al mismo tiempo, Hyatt es tomada como rehén por unos ladrones de bancos terriblemente incompetentes.

Una recapitulación de la serie hasta al presente, en formato de un especial de televisión japonesa para Año Nuevo. En él, Hyatt y Excel compiten para determinar el ganador del Año Nuevo. El jurado del concurso se compone de "celebridades" de Excel Saga, e Ilpalazzo intenta proveer algo de entretenimiento, pero sus planes son frustrados por la corrupción del mundo.

En un desesperado intento por subir el rating, los animadores le incluyen al Departamento de Seguridad Civil un nuevo miembro: Ropponmatsu, una hermosa robot que se puede utilizar como armamento y desmanteladora de bombas, quien se convierte en la nueva atracción de Iwata. El momento es preciso para ella, ya que los agentes de ACROSS planean enviar una bomba al Ayuntamiento. Tras el fallo de su misión, la Seguridad Civil pierde a Ropponmatsu en la acción.

Ropponmatsu regresa, pero Iwata se pone furioso al descubrir que esta nueva versión posee la forma de una molesta y joven catgirl. Siguiendo los pasos de su antecesor, Ropponmatsu Unidad 2 se ocupa del novedoso sistema de bombas de Ilpalazzo: un robot que Excel disfraza como un gran oso panda para no llamar la atención. Las cosas se complican para la pequeña Ropponmatsu 2 pero afortunadamente, la Unidad 1 regresa a la vida en el último momento.

Debido a un error de programación, los dos Ropponmatsus se enamoran con las chicas de ACROSS, lo que origina un raid robótico criminal, un enfrentamiento para-militar y un indecente comportamiento de la Unidad 2 hacia Excel.

Excel y Hyatt son enviadas por Ilpalazzo para misión de reconocimiento en los Estados Unidos, pero el inglés pobre de Excel las mete en problemas con los ciudadanos locales. Afortunadamente son rescatadas por el hijo de Pedro, Sandora, quien ha huido de su hogar. Más tarde, Excel debe organizar la combinación de los poderes de la animación Japonesa y Americana para enfrentar a la Mafia Neoyorkina.

El Departamento de Seguridad Civil es equipado con trajes de estilo sentai para detener al crimen más efectivamente. Ahora pueden hacer explotar cualquier cosa, lo que hacen de inmediato.

Menchi hace un viaje alrededor del mundo con una joven heredera de la industria quien, entre alusión y alusión a Alps Electric Co. (empresa electrónica japonesa en la vida real), es perseguida por un malvado asesino quien también tiene una deuda pendiente con Menchi. Mientras tanto, Hyatt y Excel son enviadas por Ilpalazzo a una misión de nivel mundial para encontrar objetos especiales.

El episodio recapitula lo que le ha sucedido a Pedro desde el primero episodio: su muerte, su affair sentimental sobrenatural con La Gran Voluntad, el descubrir la traición de su familia con Gómez y su muerte por ahogo a manos de Ese Hombre. Avanza incluso en una sub-historia mostrando cuan siniestro y poderoso es Ese Hombre.

Los Puchuus regresan capitaneados por su líder. Representando una parodia de Gundam y los trabajos de Leiji Matsumoto (incluyendo Puchuus en sus versiones del Capitán Harlock y Char Aznable), Excel lidera tropas rebeldes de Puchuus en una desesperada defensa de la Tierra.

La Ciudad F no ha sido la misma desde la batalla contra los Puchuus. Los ciudadanos viven en poblaciones alejadas y las pandillas acechan los páramos desiertos, robando y conquistando todo lo que está a su alcance. Solo hay una persona que lucha por la justicia, Excel. Tras una lucha poderosa contra el líder de la pandilla, Excel continúa su búsqueda por Ilpalazzo, pero la tragedia se hace presente.

El Departamento de Seguridad Civil ha sobrevivido al desastre en la Ciudad F, y Excel se recupera bajo su cuidado pero no puede recordar absolutamente nada. Ve al Daitenzin dirigirse a una confrontación con ACROSS y ella se prepara para su propia misión: recuperar su memoria y vengarse. Este es el único capítulo "serio" en el anime, tras las órdenes de Rikdo de quitar todas las bromas de la historia.

Con el protagonismo del robot políticamente incorrecto de Kabapu, este episodio produce varios enfrentamientos: Pedro y Nabeshin pelean contra Ese Hombre por el destino de La Gran Voluntad, la mujer de Pedro y el Universo entero. De vuelta a las ruinas de la Ciudad F, Daitenzin entra en la fortaleza móvil de Ilpalazzo mientras Excel busca en su interior, algo que complete su ser. Watanabe junta coraje y le confesa su amor a Hyatt quien tiene otra confesión para él. El Daitenzin vence y Excel e Ilpalazzo logran reunirse nuevamente.

Este episodio nunca fue emitido durante la emisión original de Excel Saga en TV Tokyo y, de hecho, los productores nunca quisieron que fuese puesto en TV, ya que todo el contenido era objetable para los censores (incluyendo sangre y gore, insinuaciones sexuales, desnudez, violencia y humor de mal gusto). Se va incluso "más allá del límite", con un minuto más de rodaje de lo normal. El show entonces, llega a una conclusión abierta: los Cinco de ACROSS, antiguos colegas de Ese Hombre, son asesinados por Nabeshin; Watanabe finalmente le pide a Hyatt salir con él en una cita; Ilpalazzo finalmente comienza su propia banda de rock; Pedro vuelve completamente a la vida y visita Japón con su esposa e hijo. Al final, Hyatt se desangra y es arrastrada junto a todos los demás debido a la felicidad que la rodea.