Yûhi Amamiya est réveillé un beau matin par un lézard qui lui annonce qu'ils vont devoir faire équipe pour protéger une princesse et sauver le monde. Yûhi n'a pourtant pas l'intention de modifier les habitudes de sa petite vie tranquille.

Yûhi a juré fidélité à sa princesse, mais il se rend compte qu'il est trop faible et tente d'améliorer ses performances physiques dans le but de pouvoir la protéger.

Yûhi reçoit un appel lui annonçant que son grand-père est à l'hôpital. Il va devoir affronter ses démons du passé pour réussir à se libérer de ses chaînes.

La princesse veut continuer à s'entraîner avec Shinonome, et celui-ci tombe sous le charme de Hisame et va tout tenter pour la conquérir.

Yûhi et la princesse vont passer une journée ensemble, mais un mystérieux personnage les suit et semble vouloir poser des questions à Yûhi.

Mikazuki, le petit frère de Shinonome, revient en classe et fait la connaissance des amis de son frère. De plus, d'autres chevaliers font aussi leur apparition.

Après son combat contre une nouvelle marionnette de boue, Yûhi fait la connaissance d'un nouvel ennemi ainsi que de nouveaux camarades.

Yûhi trouve une boîte qui lui est adressée dans la forêt. Elle lui a été laissée là par le chevalier espadon qui lui a raconté son incroyable histoire.

Mikazuki décide d'inviter les chevaliers animaux à la mer pour partager un moment convivial. Cependant, le danger n'est jamais très loin.

Pendant que les chevaliers animaux continuent leur entraînement, Yûhi doit aider la princesse et sa famille à se parler de nouveau.

Yûhi fait la rencontre de la princesse Anima qui est assez mystérieuse, et les chevaliers animaux continuent leur entraînement en vue de l'affrontement contre la marionnette à huit yeux.

Tarô et Hanako se souviennent de la façon dont ils ont choisi leurs vœux de chevaliers.

Yûhi et Hakudô se battent devant Anima, et Hanako se souvient des moments passés avec Tarô.

Mikazuki propose un petit boulot à Yûhi et lui raconte une partie de son enfance avec son frère.

En dehors des apparitions de marionnettes, tout le monde poursuit sa vie normale, et les chevaliers tentent d'en apprendre un peu plus les uns sur les autres.

Confrontés une fois de plus à la marionnette qui se multiplie, les chevaliers sont éparpillés et doivent affronter des ennemis encore plus forts.

Shimaki a réuni plusieurs chevaliers car il n'a plus d'idées concernant la création de marionnettes. Les autres vont devoir trouver une solution pour continuer le combat.

Pendant que Yûhi est parti voir sa famille, les chevaliers restants vont devoir affronter la 11e marionnette en utilisant au mieux leurs techniques améliorées, mais l'ennemi aussi a évolué.

Anima se souvient de son enfance et de l'origine du combat qu'elle mène contre son frère, pendant que les chevaliers s'entraînent à combiner leurs pouvoirs.

Les chevaliers ayant enfin mis au point leur attaque commune, il est maintenant l'heure d'affronter la dernière marionnette lors d'une bataille épique.

Le combat contre Animus continue, et les chevaliers ont bien du mal à encaisser les attaques surpuissantes de leur adversaire.

Maintenant que tout le monde a compris les intentions de Samidare et de Yûhi, un nouveau combat s'engage pour la survie de la planète.

La bataille a pris fin, et il est temps de faire le bilan et de préparer la suite des événements.