Yusei bekommt von Rally einen neuen Super-Chip, den er in sein D-Wheel einbaut. Doch der Sicherheitsdienst kommt dahinter und Yusei muss ein Duell gegen einen alten Bekannten bestreiten: Officer Trudge.

Jack Atlas genießt sein Leben in New Domino City und erinnert sich nur ungern an seine Vergangenheit in Satellite. Rex Goodwin rät ihm, die Vergangenheit ruhen zu lassen, den Blick in die Zukunft zu richten und optimistisch zu sein. Währenddessen fährt Yusei mit seinem neuen D-Wheel ständig neue Bestzeiten und Tank, Nervin und Blitz werden von den Angebern, Larry, Lug und Lenny, belästigt. Lenny fordert Yusei zum Duell heraus, denn er ist auf dessen D-Wheel scharf …

Zwischen Yusei und Officer Trudge gab es schon mehrere Duelle, die Yuseis gewonnen hat. Auf seinem Weg nach New Domino City heftet sich Trudge erneut an die Fersen des Helden. Einigermaßen sicher erreicht Yusei noch die Abfallpipeline, die genau 3 Minuten zu Wartungszwecken müllfrei bleibt. Während dieser 3 Minuten will Yusei eine kleine Luke erreichen, durch die er das Tunnelsystem verlassen kann. Obwohl es zunächst so aussieht, als hätte Trudge das bessere Blatt auf der Hand, spielt Yusei seine Karten geschickt aus.

Nachdem Yusei sich erfolgreich nach New Domino City durchgeschlagen hat, steht er endlich Jack gegenüber. Der hat ihn bereits erwartet und bietet Yusei erstmal eine kleine Stadtrundfahrt durch New Domino City an. Danach fahren die beiden Kontrahenten ins Kaiba-Stadion und beginnen das Duell um den Sternenstaubdrachen. Jack läuft während des Duells zur Hochform auf und ruft ganze Monsterbatterien aufs Feld. Schließlich spielt er seine zwei besten Karten aus: Seinen Rotdrachen-Erzunterweltler und Yuseis Sternenstaubdrachen. Währenddessen wird Rex Goodwin vom exzentrischen Professor Zigzix darauf hingewiesen, dass der Stromgenerator der Stadt merkwürdige Energiespitzen zeigt. Was hat das zu bedeuten?

Jack und Yusei führen ihr Duell um die Karte Sternenstaubdrache. Der sich entspinnende Kampf zwischen den beiden Drachen hat unvorhergesehene Folgen: Der Stromgenerator von New Domino City zeigt erneut ungewöhnliche Spannungsspitzen und droht abzuschalten. Außerdem verspüren Yusei und auch Jack ein merkwürdiges Ziehen in ihren Armen wenn die beiden Drachen einander angreifen. Auf dem Höhepunkt des Kampfes kollabiert der Generator und aus dem Nichts erscheint ein dritter Drache: der Feuerrote Drache!

Nach dem Duell zwischen Jack und Yusei kommt es zu einer besonderen Energieentladung: In Domino City fällt der Strom aus und Yusei wird vom Sicherheitsdienst verhaftet. Sein Zimmernachbar, ein alter Mann namens Yanagi, zeigt ihm sein „Schatz-Deck“, mit dem er große Duelle bestreiten kann. Doch im Duell mit Bolt Tanner versagt Yanagi kläglich – bis Yusei eingreift. Er will mit dem Schatz-Deck erneut gegen Bolt Tanner antreten. Jack hat derweil schlechte Laune. Da die Helfer von Goodwin sein Duell mit Yusei auf Video festgehalten haben, ist seine bevorstehende Niederlage bewiesen. Doch wer weiß außer Goodwin, Prof. Zigzix und Lazar noch Bescheid?

Das Duell zwischen Tanner und Yusei nimmt seinen Lauf. Es wird deutlich, dass Tanner in der Vergangenheit ein großer Duellant und auch Turbo Duell Champion war, doch Yusei spielt das Schatz-Deck von Yanagi geschickt. Goodwin führt derweil Jack in die Geschichte seines Ordens ein. Er zeigt Jack das Monument des Feuerroten Drachen und erklärt ihm wie es dazu kam, dass der böse Dämonenherrscher und sein Gefolge tief unter der Erde eingeschlossen wurde. Um ihr bevorstehendes Wiederauftauchen zu verhindern, müssen die fünf „Auserwählten“, zu denen Jack und Yusei gehören, gefunden werden. Nur sie können verhindern, dass Dämonen die Weltherrschaft übernehmen.

Yusei erfährt von Opa Yanagi, was es mit den Auserwählten, dem Sternenvolk und dem Feuerroten Drachen auf sich hat. Kurz darauf trifft Rex Goodwin im Institut ein und versucht Yusei zu überzeugen, mit ihm zusammen zu erforschen, warum er ein „Auserwählter“ ist. Inzwischen musste Jack einsehen, dass er wegen seiner Fast-Niederlage gegen Yusei eigentlich nicht mehr der Turbo-Duell-Champion ist. Trotzdem bestreitet er ein Duell gegen seinen alten Rivalen Hunter Pace.

Direktor Armstrong soll sich von Yusei zu einem Duell herausfordern lassen. Goodwin hofft, dass sich dann das Drachenmal auf seinem Arm wieder zeigt. Doch für Yusei stellt sich die Frage, wie er kämpfen soll, wo er doch kein Deck mehr hat? Ganz einfach: Die Institutskollegen legen zusammen. Fast jeder hat noch irgendwo eine einzelne Karte versteckt und so stellen sie für Yusei ein „Cocktail“-Deck zusammen, mit dem er tapfer versucht zu gewinnen.

Direktor Armstrong kämpft mit unlauteren Mitteln und für Yusei scheint das Duell kein gutes Ende zu nehmen. Schließlich hat Yusei nur noch eine Karte übrig. Alex hat sich derweil entschlossen, nicht alleine zu fliehen, sondern seinen neu gewonnenen Freunden zu helfen. Er stellt in der Schaltzentrale den Strom ab und manipuliert den Generator. Doch kann Alex’s Eingreifen den Ausgang des Duells noch beeinflussen?

Blister, ein Bekannter von Bolt Tanner, hilft Yusei sein D-Wheel in einem Lagerraum des Sicherheitsdienstes ausfindig zu machen. Yusei gelangt erfolgreich bis in die Lagerhalle, aber dort erwartet ihn Officer Trudge mit seiner Truppe. Er entkommt mit dem D-Wheel, doch Trudge heftet sich an seine Fersen. Ein Duell entspinnt sich zwischen den beiden, während sie durch das Gebäude rasen. Alle Türen und Tore schließen sich. Kann Yusei noch einen Ausweg finden?

Im zweiten Teil des Duells gegen Officer Trudge kommt Blister Yusei zu Hilfe. Während des Rennens, das sie mit Trudge austragen, werden die beiden Freunde. Letztendlich gewinnt Yusei das Duell nur, weil Blister Officer Trudge mit dem Motorrad abdrängt. Yusei entkommt in die Freiheit.

Luna und Leo haben Yusei in ihre komfortable Wohnung in „Tops“ gebracht. Dort erwacht er, kann sich jedoch nicht mehr daran erinnern, wer er ist. Um ihm zu helfen sein Gedächtnis wiederzufinden, fordert Leo ihn zu einem Duell heraus. Der Plan gelingt: Während des Spiels erinnert sich Yusei an sein früheres Leben. Als Yusei in der Nacht die Wohnung der Zwillinge verlässt, erwartet ihn Officer Trudge.

Yusei, Tanner und Yanagi begleiten Blister zum Hafen, wo er ein Schiff nach Satellite nehmen will. Yusei trifft dort seinen kleinen Freund Leo und dessen besten Kumpel Dexter – gemeinsam werden sie Zeuge einer seltsamen Erscheinung: Als die Schwarze Rose, eine mysteriöse Duellantin erscheint, wird zeitgleich das Mal des Drachen auf Yuseis Arm sichtbar. Daraufhin beschließt Yusei sich mit der Schwarzen Rose zu duellieren.

Der Fortune Cup beginnt: Im ersten Duell stehen sich Greiger und Leo – als Mädchen verkleidet – gegenüber. Während das etwas ungleiche Duell seinen Lauf nimmt, prüft Professor Zigzix mit seinem D-Tektor, die Duellenergie der beiden Duellanten. Doch keiner der beiden gibt Duellenergie ab. Da empfängt der Sensor Signale von einem Mädchen auf der Tribüne: Luna.

Beim großen Fortune Cup stehen sich im zweiten Duell der Ritter Sir Randsborg und Akiza, die Schwarze Rose gegenüber. Wie zuvor im Kampf von Bomber und Leo soll sich Akizas Drachenmal im Duell zeigen. Randsborg plustert sich auf, doch Akiza spielt ruhig und überlegen und gewinnt. Erstaunt und verärgert stellen Goodwin, Lazar und Zigzix fest: Es gibt kein Anzeichen dafür, dass Akiza zu den Auserwählten gehört …

Im dritten Turnier des Fortune Cups tritt Yusei gegen den unheimlichen Schattenduellanten Shira an. Doch als das Duell beginnt, sitzt nicht Shira, sondern der Ex-Champion und altbekannte Hunter Pace auf dem D-Wheel. Er will sich die Chance erkämpfen, noch einmal gegen Jack Atlas anzutreten, doch dazu muss er erst Yusei im Duell besiegen.

Goodwin erlaubt den Verlierern der ersten Runde einen zweiten Versuch und Luna muss nun selbst im Duell antreten. Ihr Gegner ist der Professor – ein Duellant mit angeblich hypnotischen und telepathischen Kräften. Luna, die mit Duellgeistern kommunizieren und sogar in die Welt der Duellgeister eintauchen kann, ist verunsichert. Sie lässt sich vom Professors manipulieren und tritt in die Geisterwelt ein. Doch sie bekommt Unterstützung aus der realen Welt von ihrem Bruder Leo und liefert dem Professor ein unerwartet schwieriges Duell.

Luna bestreitet weiter ihr Duell gegen den Professor: In der Geisterwelt begegnet sie ihrem Feendrachen, von dem sie erfährt, dass sie das Reich der Duellgeister vor bösen Mächten beschützen soll. Dem Professor gelingt es ebenfalls in die Welt der Duellgeister überzutreten und er offenbart seine wahre Absicht: Er will die Geisterwelt unter seine eigene Kontrolle bringen, sie beherrschen und für sich nutzen. Doch Leo hilft seiner Schwester die Verbindung zur realen Welt nicht zu verlieren. Können die Zwillinge gemeinsam den Professor besiegen?

In der zweiten Runde des Fortune Cups wird es spannend: Yusei muss gegen Greiger, der ein neues D-Wheel haben soll, antreten. Um das neue Gefährt auszuspionieren, schleicht sich Leo in die Werkstatt von Greiger. Währenddessen erzählt dieser Yusei, dass sein Heimatdorf von einer mysteriösen Katastrophe heimgesucht wurde. Die beiden Duellanten schließen Freundschaft und doch kann nur einer das bevorstehende Turbo-Duell gewinnen …

Das Duell zwischen Yusei und Greiger ist in vollem Gange. Gleich zu Beginn des Zweikampfes hat Greiger sein mächtiges Monster „Fliegende Festung Sky Fire“ aufs Feld gerufen und macht Yusei damit das Duell schwer. Greiger will unbedingt gewinnen, um es Rex Goodwin heimzuzahlen – denn er soll Schuld an der Vernichtung von Greigers Heimatdorf sein …

Im zweiten Halbfinal-Duell treten Commander Koda und Akiza gegeneinander an. Der Commander ist fest entschlossen Akiza zu besiegen, da er vor vielen Jahren eine schwere Niederlage gegen sie hinnehmen musste, weil sie ihre übernatürlichen Kräfte eingesetzt hat. Der Ausgang des Duells ist lange Zeit ungewiss, doch dann zieht Akiza ihre neue Fallenkarte Fluch der Rose …

Yusei beschließt seine Top-Karte Sternenstaubdrache mit ins Duell gegen Akiza zu nehmen. Das Duell zwischen Yusei und Akiza beginnt furios, schnell ist das Spielfeld mit Akizas Pflanzenkarten angefüllt. Und obendrein muss Yusei feststellen, dass Akiza es richtig genießt, ihrem Gegner scheinbar überlegen zu sein. Yusei hat also einiges an Gartenarbeit zu leisten, wenn er das ersehnte Duell mit Jack Atlas erreichen will …

Das letzte Duell vor dem großen Finale des Fortune Cups ist in vollem Gange: Akiza und Yusei liefern sich ein spannendes Match. Es dauert nicht lange, bis beide Kontrahenten ihren Drachen aufs Feld gerufen haben und es so zum ersten Drachenkampf im Fortune Cup kommt. Doch Yusei will Akiza eigentlich gar nicht besiegen, sondern besänftigen. Diese lässt Yusei jedoch nicht an sich heran und attackiert weiter. Mit ihren telekinetischen Kräften sorgt sie für ein gehöriges Chaos im Stadion und Yusei bleibt keine andere Wahl, als das Duell mit allen Mitteln zu Ende zu bringen …

Es ist soweit – nach Yuseis Sieg über Akiza steht das Finale im Fortune Cup unmittelbar bevor. Doch noch bevor das große Duell beginnen kann, fordert Yusei von Rex Goodwin, die Wahrheit über die Auserwählten und den Feuerroten Drachen zu erfahren. Ausgerechnet Jack ist es, der Antwort gibt: Er unterstellt Goodwin, seit langer Zeit hinter den Kulissen die Fäden gezogen zu haben, um ein Aufeinandertreffen aller Auserwählten zu ermöglichen. Jacks Champion-Titel, der Fortune Cup und die Entführung von Yuseis Freunden waren nur Mittel zu diesem einen Zweck.

Das Große Finale im Fortune Cup hat begonnen. Yusei und Jack duellieren sich um den Champion-Titel und es dauert nicht lange, bis beide ihre Drachen auf dem Feld haben. Neben Jack und Yusei sind auch die anderen Auserwählten im Stadion, die den Feuerroten Drachen herbeirufen können. Auch der bisher unbekannte fünfte Auserwählte ist vor Ort. Durch das Meisterschafts-Duell erscheint der Feuerrote Drache und alle Auserwählten werden in eine Paralleldimension versetzt. Um in die Realität zurückzukehren, müssen Yusei und Jack ihr Duell beenden.

Nervin, Rally, Blitz und Tank sind frustriert, dass sie die letzte Minute des Duells zwischen Jack und Yusei nicht sehen konnten. Und die Reporter und Journalisten verlangen von Goodwin Auskunft darüber, ob alles mit rechten Dingen zugegangen ist. Die blonde Reporterin Angela ist besonders aufdringlich und versucht ihre Kollegin Carly ins Abseits zu drängen. Goodwin beteuert, der Kampf sei fair gewesen. Währenddessen überlegen Yusei und seine Freunde, was die Vision zu bedeuten hatte und wer der fünfte Auserwählte sein könnte. Da erscheint ein Herausforderer mit einem leuchtenden Mal auf dem Arm …

Die „finsteren Auserwählten“ Roman, Devack und Kalin beobachten erfreut das Duell zwischen Grady, der von einer Spinne gebissen wurde und somit unter ihrem Einfluss steht und Yusei. Carly trifft auf die beiden Duellanten und schafft es tatsächlich das Duell mit ihrer Kamera aufzunehmen. Doch der Sicherheitsdienst macht ihr einen Strich durch die Riesenstory!

Officer Trudge und Yusei haben ein Bündnis geschlossen: Beide wollen wissen, was Goodwin im Schilde führt und deshalb lässt sich Trudge auch von Lazar beauftragen, Jack zu finden. Auf dem Weg zu Jack wird er von einer Spinne gebissen und sein Wesen ändert sich: Er wird zu einer Marionette der Finsteren Auserwählten. Es kommt zu einem Duell zwischen Jack und Officer Trudge. Carly taucht genau rechtzeitig auf, um dem noch sehr geschwächten Jack zu helfen.

Crow wird eines Nachts erwischt, als er aus der Lagerhalle in Satellite beschlagnahmte Duell-Decks holt. Es kommt zu einem Duell zwischen ihm und dem Sicherheitsdienst. Währenddessen trifft Yusei endlich auf Goodwin, der ihn über die Geschichte der „Auserwählten“ und der „Finsteren Schatten“ aufklärt. Er bittet Yusei mit den anderen vier Auserwählten, von denen einer noch gefunden werden muss, nicht nur Satellite und New Domino City, sondern die ganze Welt zu retten. Doch können sie das schaffen?

Yusei kehrt nach Satellite zurück und trifft als erstes auf seinen Freund Crow. Auch der Rest der Gang ist begeistert, dass Yusei wieder da ist. Doch schon meldet sich der Sicherheitsdienst und es kommt zu einem Viererduell. In New Domino City haben Carly und Jack derweil eine „Beziehungskrise“: Jack ist deprimiert, dass sein Ruhm vorbei ist. Carly hilft ihm, seine Identität zu verschleiern, damit er nicht ein Opfer der Medien wird. Und sie ermutigt Jack sich bei seinen Freunden zu entschuldigen und wieder nach Satellite zurück zu kehren.

Nervin, Tank, Blitz, Rally und Blister möchten den finsteren Auserwählten aus dem Weg gehen und suchen ein Versteck. Yusei und Crow treffen auf dei Gruppe, stehlen sich aber in der Nacht wieder davon. Yusei möchte den Finsteren Auserwählten entgegentreten und Crow besteht darauf zu helfen. In der Tat wartet bereits ein Herausforderer auf Yusei: Kalin Kessler – er kennt Yusei von früher.

Yusei und Kalin stehen sich immer noch im Duell gegenüber. Crow ist vor Ort und beobachtet das Duell. Jack kommt im Helikopter mit Mina und Carly und erzählt den beiden die Geschichte von Kalin: Yusei, Jack, Crow und Kalin waren gute Freunde gewesen und gründeten die Duell-Gang „Die Beschützer“. Ihre Mission: Die Sicherheit von Satellite und seinen Bürgern bewahren. Doch Kalin wollte mehr – er wollte Satellite regieren – und deshalb trennte sich die Gruppe im Streit.

Yusei duelliert sich weiter mit Kalin. Während die beiden sich ein hartes Duell liefern, sprechen sie über die Vergangenheit. Kalin fühlt sich von Yusei verraten: Als Kalin die Macht in Satellite übernehmen wollte und gegen Beamte des Sicherheitsdienstes antrat, schritt Yusei schritt ein.

Das Duell zwischen Yusei und Kalin spitzt sich zu. Obwohl Kalin die richtigen Karten ins Spiel bringt, überrascht Yusei mit geschicktem Spiel. Doch dann stürzt er mit dem D-Wheel. Crow bringt ihn zu Martha, einer alten Bekannten, die Yusei verarztet. Rally, Blitz, Tank und Nervin schieben das kaputte D-Wheel durch die dunkle Stadt. Mehrfach werden sie von finsteren Gestalten angehalten. Doch auch sie schaffen es zum Haus von Martha.

Tanner, Yanagi, Leo und Luna begeben sich in die Schaltzentrale der Arkadia-Bewegung, um Akiza zu suchen. Sie soll als Unterstützung für Yusei herbeigeholt werden. Die vier treffen auf den Chef Sayer, der nichts Gutes im Schilde führt. Er benebelt die Gruppe mit Schlafgas und fordert Leo zu einem Duell heraus, um dessen mögliche Psi-Kräfte zu entdecken. Doch der Test zeigt: Leo ist ein normaler Duellant.

Carly hat Liebeskummer, weil Jack sie verschmäht. Trotzig beschließt sie, auf eigene Faust das Geheimnis um den Feuerroten Drachen zu lüften. Ihre Recherchen führen sie zu Misty, die ihr erzählt, dass ihr Bruder offiziell „verschwunden“ ist, sich aber wohl inoffiziell bei der Arkadia-Bewegung aufhält. Verkleidet macht sich Carly auf ins Hauptquartier der Bewegung. Dort wird sie von Sayer beim Schnüffeln erwischt und zu einem Duell herausgefordert …

Carly wurde von Sayer besiegt und stürzte aus dem Fenster in die Tiefe. Die Finsteren Auserwählten retten sie und machen sie zu einer von ihnen. Dadurch kann sie Sayer erneut gegenüber treten. Sie ist stärker als zuvor und ein weiteres Duell zwischen den beiden beginnt. Auch Misty outet sich als Finstere Auserwählte und fordert Akiza im Hauptquartier der Arkadia-Bewegung zu einem Duell heraus. Goodwin und Lazar stellen fest, dass in New Domino City Unheimliches vor sich geht.

Misty versucht weiterhin in dem Duell mit Akiza herauszubekommen, was mit ihrem Bruder geschehen ist. Akiza versichert glaubhaft, dass sie keine Ahnung hat und stellt sich tapfer dem Duell. Yanagi und Tanner retten Luna und Leo. Jack sucht Akiza und rettet sie aus dem einstürzenden Gebäude. Devack befreit Greiger aus dem Gefängnis. Carly besiegt Sayer im Duell und stellt entsetzt fest, dass sie wohl wirklich von den Unsterblichen ausgewählt wurde …

Angela berichtet live von der Zerstörung von Satellite, von der es keine Augenzeugen gibt, außer … Akiza, die nun im Krankenhaus liegt. Die Ärzte sind ratlos: Physisch ist sie gesund, dennoch reagiert sie nicht. Ihr Vater und seine Frau machen sich schwere Vorwürfe und versuchen nun frühere Versäumnisse wieder gut zu machen. Aikzas Vater sucht Yusei auf, doch dieser fühlt sich zu schwach, um einem Duell mit Akiza stand zu halten. Als Martha ihn ermutigt, auf seine Freunde zuzugehen, lässt er sich auf ein Duell mit Akiza ein. Doch kann er gegen sie gewinnen und wird dieses Duell der verstörten Akiza die Augen öffnen können?

Akizas Vater Hideo und Yusei bemühen sich weiterhin, Akiza zu beschwichtigen. Doch diese beschuldigt immer wieder ihre Eltern und fühlt sich allein und verlassen. Während des Duells gegen Yusei verselbständigen sich ihre Kräfte und sie schmettert ihren Vater fast zu Boden. Doch sie lernt ihren Willen zu kontrollieren und lässt Yusei das Duell gewinnen. Der Bann ist gebrochen! Akiza stimmt Yuseis Bitte zu, dem Kreis der Auserwählten beizutreten und gegen das Böse zu kämpfen.

Nachdem die Arkadia-Bewegung mit Sayer untergegangen ist, hat sich Akiza endlich Yusei und den anderen Auserwählten angeschlossen. Trotzdem wissen sie über ihre Gegner, die Finsteren Auserwählten, kein Bisschen mehr. Rex Goodwin ruft die Träger der Drachenmale Yusei, Jack, Akiza und Luna zu sich, um ihnen zu erklären, was ihre Aufgabe im Kampf gegen das Böse sein soll: Sie alle wurden vom Feuerroten Drachen auserwählt, um als seine Stellvertreter in den Kampf gegen die Schatten zu ziehen und zu verhindern, dass die Welt in ewiger Finsternis versinkt.

Yusei und seine Freunde haben von Goodwin erfahren, wie gefährlich und schwierig der Kampf gegen die Finsteren Auserwählten werden könnte. Dieser Ausblick weckt erneut Zweifel in Yusei und es bedarf handfester Überzeugungsarbeit von Jack, um den verunsicherten Mitstreiter wieder auf Kurs zu bringen. Crow will währenddessen auf eigene Faust gegen die Finsteren Auserwählten antreten, begegnet in Satellite aber nur Lazar. Er hält Goodwins Lakaien für einen Gegner und beginnt ein Duell mit ihm. Das erweist sich allerdings ganz schnell als ein Fehler …

Crow und Lazar setzen ihr Duell in Satellite fort. Nachdem anfangs Lazar die Oberhand hatte, kann Crow den Spieß umdrehen. Das Duell wird jedoch jäh unterbrochen, als ein merkwürdiger, schwarzer Nebel beginnt, sich über ganz Satellite auszubreiten. Lazar gelingt die Flucht, doch Crow wird – zusammen mit allen anderen Bewohnern von Satellite – von dem Nebel verschlungen. Dieses Ereignis ist für die Auserwählten des Feuerroten Drachens der Startschuss. Sie sammeln sich und begeben sich zur Quelle des schwarzen Nebels, um sich endlich den Finsteren Auserwählten zu stellen …

Alle treffen sich bei Martha: Trudge, Jack, Mina, Leo und Luna sowie Yusei, Akiza und viele Kinder aus Satellite. Mit ihrer mütterlichen Art schafft es Martha nicht nur Trudge über seinen Liebeskummer wegen Mina hinweg zu helfen, sie ermutigt Yusei und Jack erneut, weiterhin gegen die Finsteren Auserwählten anzutreten. Es zeigt sich gleich auch einer: Roman. Er fordert Yusei zum Schattenduell heraus.

Yusei duelliert sich mit Roman. Alles steht auf dem Spiel. Roman bringt den „Erdgebundenen Unsterblichen Uru“ ins Spiel und die ganze Stadt gerät ins Wanken und Martha stürzt ab. Yusei und Jack geben alles, doch Roman lässt Rally an seiner Stelle gegen Yusei kämpfen und der verfolgt eine außergewöhnliche Strategie …

Die Finsteren Auserwählten stehen den vier Auserwählten Yusei, Jack, Luna und Akiza gegenüber und verabreden ein finales Duell an den „Vier Sternen des Schicksals“. Mina klärt die Freunde auf: Die vier Sterne des Schicksals sind die vier Steuereinheiten des Reaktors. Ihre Decknamen lauten in unsere Sprache übersetzt: Riese, Eidechse, Kolibri und Affe. Sie entsprechen den Nazca-Linien, die verschwunden sind und stehen für die finsteren Auserwählten: Yusei wird gegen Kalin antreten, Luna gegen Devack, Akiza gegen Misty und Jack gegen Carly. Auf dem Weg zum Treffpunkt wird Luna in die Geisterwelt gerufen und Leo fordert Devack zum Duell heraus.

Leo ist Devack zwar unterlegen, spielt aber gerissene Kombinationen, mit denen er Devack überrascht. Doch er versucht alles, um seinen „Erdgebundenen Unsterblichen“ zu rufen. Was kann Leo dagegen ausrichten? Währenddessen wandert Luna durch die Geisterwelt und trifft dort einen Verbündeten: Torunka. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach Regulus.

Während Leo sich weiter tapfer mit Devack duelliert, durchstreift Luna mit Torunka die Geisterwelt, um Regulus zu finden. Als sie ihn treffen reagiert er unfreundlich und sie finden heraus, dass er mit einem Fluch belegt wurde: Er versteht alles falsch. Mit einem Trick können Luna und Torunka Regulus von dem Fluch befreien und gemeinsam reisen sie auf das Schloss von Zeman, dem Affenkönig. Als Zauberer mogelt sich Luna vor den Thron des Affenkönigs und bindet ihm ein Märchen auf die Nase: Er glaubt ihr und ruft „Antiker Feendrache“ herbei.

Nicht nur das Duell zwischen Devack und Leo gestaltet sich dramatisch. Auch Luna steckt mit Torunka und Regulus in Schwierigkeiten: Ihre Tarnung ist aufgeflogen. Als es ihnen schließlich doch noch gelingt, Zeman zu überwältigen, überträgt dieser den Minusfluch auf Devack, der sich noch im Duell befindet. Dadurch kann Devack seinen „Erdgebundenen Unsterblichen“ rufen. Leo scheint am Ende, da erscheint Luna und übernimmt das Duell gegen Devack. Doch kann sie ohne ihre Karte „Antiker Feendrache“ gewinnen?

Crow hat durch den Angriff der Finsteren Auserwählten auf Satellite viele Freunde verloren. Allein fährt er nun durch Satellite und trifft auf Greiger, der ein Finsterer Auserwählter geworden ist. Greiger, der von Roman mit dem Mal des Wals ausgestattet wurde, lässt sich auf ein spannendes Turbo-Schattenduell mit Crow ein.

Als Yuseis auftaucht und Crow ins Gewissen redet, erinnert sich Crow an seine eigene Kindheit und seine Anfänge als Duellant. Dadurch begreift er, dass er kein bisschen besser als die Finsteren Auserwählten wäre, wenn er seinen Rachegelüsten nachgäbe. Doch trotzdem muss er noch das Schattenduell gewinnen. Und als wäre das nicht schon schwer genug, beschwört Greiger auch noch ein besonders mächtiges Finsteres Synchromonster …

Dank Yuseis Unterstützung lässt Crow sich nicht unterkriegen. Es gelingt ihm, Greiger an seine Vergangenheit und seine Familie zu erinnern. Doch auch sein gutes Herz ändert nichts daran, dass Greiger inzwischen ein Finsterer Auserwählter ist und dieses Duell auf die eine oder andere Art ein Ende finden muss …

Als Yusei und Kalin noch einmal aufeinander treffen und im Duell gegeneinander antreten, erinnert sich Yusei, warum die Freundschaft der beiden zerbrochen ist. Officer Trudge, Crow, Leo und Luna beobachten das spannende Duell. Die beiden Kontrahenten sind stark, doch es scheint als wäre Yuseis Deck doch nicht stark genug.

Im Duell mit Kalin sieht es für Yusei zunächst gar nicht gut aus. Doch mit der gesamten Macht der Auserwählten ist vielleicht doch noch nicht alles verloren. Kann Yusei das Duell gewinnen und Kalin von seiner Freundschaft überzeugen?

Yusei, Crow, Officer Trudge, Luna und Leo sind auf dem Weg zum alten Reaktor, von dem nur noch ein Loch übrig ist – das Tor zur Finsternis. Roman stellt sich der Gruppe in den Weg und fordert Yusei zum Duell heraus. Während Luna, Leo und Officer Trudge gespannt den Verlauf des Duells beobachten, in dem es für Yusei nicht wirklich gut aussieht, erkundet Crow den alten Reaktor und macht eine erstaunliche Entdeckung.

Crow trifft im alten Reaktor auf Rex Goodwin, der ihm berichtet, warum er die vier Auserwählten versammelt hat. Während des Duells mit Roman erfährt Yusei, wie Roman ein finsterer Auserwählter wurde und welche Rolle sein Vater bei der Zerstörung des Ener-D-Reaktors spielte. Yusei muss das spannende Duell unbedingt gewinnen, um die Finsteren Mächte für immer zu versiegeln.

Carly tritt gegen Jack an. Sie kämpft mit allen Mitteln der Illusion um Jack in den Bann der Schatten zu ziehen.

Jack ist in Carly verliebt und sucht nach einer Möglichkeit das Duell unentschieden enden zu lassen. Carly gibt ihren Gefühlen für Jack nach und ermöglicht ihm, seine letzte Karte zu spielen. Der Unbekannte in der Geisterwelt erweist sich als Yuseis Vater. Er schickt Yusei wieder zurück nach Satellite, um seine große Mission zu erfüllen.

Akiza ist mit Mina auf dem Weg zur letzten Kontrolleinheit. Um Misty zu suchen, die sich auf dem Gelände eines verlassenen Rummelplatzes versteckt hält, trennen sich die beiden. Akiza findet Misty schließlich in einem Spiellabyrinth. Im darauffolgenden Duell erkennt Akiza, warum Misty so enttäuscht und wütend ist: Sie ist überzeugt, dass Akiza Schuld am Verschwinden ihres Bruders Toby hat. Unterdessen wird Mina von einem Fremden in eine Falle gelockt.

Im Duell mit Misty setzt Akiza ihre Psi-Kräfte wieder ein und scheint das Duell somit gewinnen zu können. Sayer ist zufrieden. Als Yusei ihn zur Rede stellt, berichtet dieser ihm, was es wirklich mit dem Verschwinden von Mistys Bruder Toby auf sich hat. Yusei hat das Gespräch mit seiner Duell-Disk-Kamera aufgenommen und so erfährt auch Misty endlich die Wahrheit. Sie will das Duell gegen Akiza aufgeben, doch die Finsteren Kräfte sind sehr stark. Werden Akiza und Misty das entscheidende Duell noch vor Sonnenuntergang beenden?

Die vier Kontrolleinheiten sind zerstört, doch es stellt sich heraus, dass Rex Goodwin eigene Pläne verfolgt. Er enthüllt, dass er der fehlende fünfte Auserwählte ist. Er will die Macht des Feuerroten Drachen mit der des Königs der Finsternis in sich vereinen und so die Weltherrschaft an sich reißen. Yusei, Jack und Crow stellen sich seinem irrsinnigen Plan entgegen und fordern ihn zu einem Turbo-Schattenduell. Und obwohl sie zu dritt gegen Goodwin antreten, ist der Ausgang mehr als ungewiss …

Das entscheidende Duell zwischen Rex Goodwin auf der einen und Crow, Jack und Yusei auf der anderen Seite geht weiter. Es gelingt Goodwin, seinen Erdgebundenen Unsterblichen aufs Feld zu rufen. Kurz darauf ist Crow als erster aus dem Spiel. Jack und Yusei wollen um keinen Preis zulassen, dass Goodwin die Macht des Feuerroten Drachen und die der Finsteren Auserwählten auf sich vereint. Doch was sie auch tun, Goodwin scheint auf alles eine Antwort zu haben …

Im entscheidenden Duell gegen Goodwin gibt Yusei nicht auf: Obwohl er nur noch einen Lebenspunkt hat, tritt er zur finalen Runde an. Er vertraut auf die Kraft der Freundschaft und kann tatsächlich mit einer von Jacks Karten das Duell für sich entscheiden. Yusei hat bewiesen, dass Freunde und das Vertrauen zueinander das Wichtigste im Leben sind. Auch Rex Goodwin kann das am Ende einsehen und ist glücklich, seinem Bruder Roman endlich wieder gegenüber zu stehen.

Frieden ist nach dem Sieg über die Finsteren Auserwählten in New Domino City eingekehrt. Yusei, Jack und Crow schrauben an ihren D-Wheels, um sich auf den Turbo-Duell Grand Prix vorzubereiten. Doch dann erfahren die drei von Trudge und Mina, dass ein gefährlicher Duellant namens Ghost in der Stadt sein Unwesen treibt. Als Trudge bei einem Turboduell verunglückt, machen sich Yusei, Jack und Crow auf den Weg, um Ghost zu suchen. Doch was sie finden, ist nicht nur ein durchgedrehter Duellant …

An der Duell-Akademie sind Leo und Luna in Schwierigkeiten: Konrektor Heitmann möchte die Klasse mit den schlechtesten Leistungen von der Duell-Akademie verweisen. Der Direktor der Duell-Akademie bittet Yusei, sich mit Konrektor Heitmann zu treffen und ein Duell mit ihm zu bestreiten.

Yusei, Crow und Jack werden von Martha gebeten, Opa Bashford zu besuchen. Sie sollen ihn überreden, von seinem heruntergekommen Schrottplatz wegzuziehen und stattdessen bei Martha und den Kindern zu wohnen. Der Opa ist aber schon ein bisschen starrsinnig und nur, wenn Crow ihn in einem Duell besiegen kann, würde er mitkommen. Crow ist sich seines Sieges sicher, aber dann muss er feststellen, dass es das Gerümpeldeck des alten Mannes in sich hat …

Crow und Yusei arbeiten hart, um ihre Teilnahme am Turboduell Grand Prix zu finanzieren. Nur Jack findet wegen seiner arroganten Art keinen Job, der zu ihm passt. Er erfährt von den üblen Machenschaften des Kredithais Garome und beschließt, Marcos Familie, die von Garome unterdrückt wird, von ihren Schulden zu befreien. Jack fordert Garome zum Duell heraus.

Leo und Luna erforschen einen Wald, in dem es spuken soll und treffen dort auf das merkwürdige Geschwisterpaar Haley und Claire. Haley hält Leo und Luna für die Geister, die im Wald ihr Unwesen treiben und fordert Leo zu einem Duell heraus.

Yusei erwacht in einem Lastwagen. Der Boss einer Turbo-Duell-Gruppe hat ihn entführt, um ihn zu überreden in seinem Team mitzumachen. Akiza rettet Yusei aus deren Fängen, doch plötzlich taucht ein unbekannter D-Wheel-Fahrer auf und fordert Yusei zu einem Turbo-Duell heraus.

Das Turbo-Duell zwischen Yusei und dem Mädchen Sherry Leblanc geht weiter: Sie möchte Yusei in ihr Team holen, weil sie unbedingt den Grand Prix gewinnen will. Doch Yusei will seine Freunde Jack und Crow nicht im Stich lassen und versucht, zu verstehen was wirklich hinter Sherrys kühler Fassade steckt.

Während der Vorstellung der Teams, die am Turbo-Duell Grand Prix teilnehmen werden, macht das Gerücht, dass Ghost wieder aufgetaucht ist, die Runde. Yusei wird von einem mysteriösen Mann mit Maske angesprochen, der ihm sagt, dass er gegen Ghost nicht gewinnen könne, solange er nicht seine Duelltaktik ändert: Er darf keine Synchrobeschwörungen anwenden.

Vizor fordert Yusei zum Duell und verspricht, ihm eine neue Duelltechnik zu zeigen. Yusei ist erstaunt, als Vizor zwei Synchromonster aufs Feld beschwört. Als Vizor am Ende des Duells seine Lebenspunkte opfert, um sein Monster zu schützen, nimmt sich Yusei vor, diese Art des Duellieren schnell zu lernen.

Akiza möchte am Turbo-Duell Grand Prix teilnehmen und muss dafür den D-Wheel-Führerschein machen. Yusei, Crow, Jack, Leo und Luna unterstützen dieses Vorhaben. Doch Officer Trudge, gegen den sie in ihrer Prüfung antreten muss, ist skeptisch. Wird Akiza gegen ihn bestehen können?

Seitdem der Turbo-Duell-Grand-Prix offiziell angekündigt wurde, verschwinden immer mehr D-Wheels aus der Stadt. Jack und Carly machen sich auf die Suche nach der Diebesbande, doch bei einer Verfolgungsjagd mit ihren D-Wheels verunglückt ein verdeckter Ermittler des Sicherheitsdienstes. Jack möchte die Diebesbande nun alleine stellen und tritt gegen den Anfüher Syd in einem Duell an.

Ein neuer Schüler kommt an Leos und Lunas Schule. Es ist Lester, der sich aber nur als Schüler ausgibt, um die Duelle der Auserwählten zu beobachten. Er schenkt Luna eine Art Skateboard, mit dem man Turbo Duelle austragen kann. Leo ist eifersüchtig und lässt sich von Yusei ebenfalls ein solches Board bauen. Damit beginnen Leo und Luna ein Duell gegen Lester.

Leo und Luna führen ihr Duell gegen Lester weiter. Leo gelingt es nicht, die Synchrobeschwörung erfolgreich einzusetzen. Er verliert seine Lebenspunkte, wird aber von „Majestätischer Roter Drache“ gerettet. Luna kämpft weiter, in der Endphase des Kampfes kommen ihr Regulus und seine Freunde zu Hilfe. Währenddessen spürt Yusei, dass mit Luna etwas nicht stimmt.

Yusei denkt über seine bisherigen Duelle nach und kommt zu dem Schluss, dass die Yliaster alles beeinflussen und er unbedingt ein neues D-Wheel benötigt, um auch weiterhin gewinnen zu können. Gemeinsam mit seinen Freunden Jack und Crow beschließt Yusei, sich der Herausforderung gegen die Yliaster zu stellen.

Yusei, Crow und Jack lernen Bruno kennen, einen jungen Mann, der sein Gedächtnis verloren hat, aber hervorragend mit D-Wheels umgehen kann. Yusei und Bruno machen sich daran, eine neue Software zu schreiben, die beim Turbo-Duell-Grand-Prix eingesetzt werden soll. Doch das Programm wird gestohlen. Um den Täter zu ermitteln, müssen sich die Freunde in die Datenbank des Sicherheitsdienstes hacken. Dort erwartet sie ein schwieriges Duellrätsel.

Nachdem die Freunde entdeckt haben, dass Lazar die Software gestohlen hat, machen sie sich sofort auf die Suche nach ihm. Doch der hat einige Tricks auf Lager und es ist nicht leicht, ihn zu fangen. Yusei und Bruno folgen ihm in eine Fabrik und sehen, dass Lazar die Daten Primo gibt. Als sie eingreifen wollen, wird Yusei von einem Roboter aufgehalten.

Yusei kämpft weiter gegen den Roboter. In der Zwischenzeit installiert Primo das gestohlene Programm und aktiviert die Turbo-Droiden. Außerdem startet er einen Countdown, an dessen Ende die Fabrikhalle zerstört werden soll. Yusei muss jetzt schnell gewinnen!

Auf den Autobahnen von New Domino City geschehen merkwürdige Unfälle. Der Verursacher scheint kein anderer als Jack zu sein. Der Sicherheitsdienst muss ihn festnehmen und verhören, doch Jack flüchtet. Er macht sich auf die Suche und findet tatsächlich denjenigen, der für die Unfälle verantwortlich ist. Er sieht genauso aus wie Jack, fährt das gleiche D-Wheel und hat sogar dasselbe Kartendeck. Der Doppelgänger hält sich sogar für den wahren König der Duelle, Jack Atlas. Das muss der echte Jack ihm natürlich austreiben. Es kommt zum Duell der Jacks …

Jack duelliert sich immer noch mit seinem geheimnisvollen Doppelgänger. Der zweite Jack provoziert ständig und Jack ist in der Zwickmühle, denn seine Lieblingskarte „Rotdrachen Erzunterweltler“ wird vom Gegner sogar in dreifacher Ausführung gespielt. Aber der wahre Jack Atlas ist nicht nur der bessere Duellant, sondern auch der bessere „Mensch“. Wird es ihm also gelingen, das Duell noch für sich zu entscheiden?

Überraschung in der Werkstatt: Ein junger blonder Angeber taucht auf, der sich als Zoras Sohn Lyndon vorstellt. Lyndon hat vor drei Jahren sein Zuhause verlassen und eine Uhrmacherlehre begonnen. Als er nun wieder heimkommt, könnte er die Turmuhr, die sein Vater gebaut hat, reparieren – doch seine Mutter traut ihm das nicht zu. Crow gibt Lyndon in einem Duell die Gelegenheit, sich zum ersten Mal in seinem Leben zu beweisen.

Yusei bekommt einen Brief von einer mysteriösen Frau, die ihn bittet Kalin Kessler zur Vernunft zu bringen. Der hält sich in einer Stadt auf, in der zwei Banden um das wertvolle Metall Dyne kämpfen. Die Duelle dürfen nur nach Sonnenuntergang stattfinden. Yusei wird Zeuge eines Duells von Kalin und beschließt, ein Mitglied der gegnerischen Gang zu werden, um Kalin zu stoppen.

Yusei hat Kalin in einer Stadt im wilden Westen ausfindig gemacht. Dort finden jeden Abend zum Sonnenuntergang Duelle statt, aus denen Kalin unweigerlich als Sieger hervorgeht. Yusei stellt schnell fest, dass Kalin sich ziemlich verändert hat. Erst als Yusei im Duell gegen ihn antritt, taut er auf.

Yusei setzt sein Duell mit Kalin fort. Er kann seinen alten Freund tatsächlich überlisten und das Duell gewinnen. Doch Barbara, die Yusei eigentlich zu Hilfe gerufen hatte, spielt ein falsches Spiel: Sie überwältigt Yusei und er wird gemeinsam mit Kalin in das Bergwerk gebracht. Kurz darauf trifft ein neuer Duellant in der Stadt ein: Lotten, der Bruder von Malcolm.

Yusei und Kalin flüchten aus dem Bergwerk, werden aber von Lawton aufgehalten. Der fordert Yusei zum Duell …

Kalin ist mit West, Nicko und Sergio weiterhin auf der Flucht und Yusei führt seinen Kampf gegen Lawton fort. Um seine Kinder zu retten, springt Sergio aus dem Wagen und stellt eine Weiche. Kalin gelingt es, mit den Kindern den Verfolgern zu entkommen. Dann mischt er sich in das Duell von Yusei und Lawton ein.

Yusei und Kalin kehren nach Crash Town zurück und fordern Lawton zu einem Team-Duell heraus. Der versucht es wieder mit einer schnellen Kombi, um das Duell schon im ersten Zug zu beenden. Doch gegen zwei so erfahrene Duellanten wie Kalin und Yusei kommt er damit aber nicht weit – ein spannendes Duell nimmt seinen Lauf.

Das Duell zwischen Yusei und Kalin auf der einen Seite und Lawton auf der anderen nimmt seinen Lauf. Yusei und Kalin können sich einen Vorteil herausarbeiten, doch Lawton hatte von Anfang nicht vor, fair zu spielen. Er versucht, sich mit gemeinen Tricks zum Sieg zu mogeln. Als aber Crow und Jack auftauchen und Lawtons falsches Spiel vereiteln, scheint seine Niederlage unvermeidlich.

Sherry ist entschlossen, das Geheimnis der Karte zu entschlüsseln, die sie damals aus dem Haus ihrer Eltern gerettet hat. Zusammen mit Elsworth dringt sie in das Gebäude des Sicherheitsdienstes ein, um die Analyse am Hauptrechner durchzuführen. Yusei und Bruno wollen die beiden aufhalten. Bruno kann Sherry verfolgen, aber Yusei wird von Elsworth zu einem Duell aufgefordert.

In New Domino City taucht eine mysteriöse Duellkarte auf, die nicht nur holografischen, sondern realen Schaden anrichtet. Crow wird von Trudge und Mina beauftragt, bei der Suche nach dieser gefährlichen Karte zu helfen. Er befragt Bolton, einen Freund aus alten Zeiten und der scheint auch tatsächlich etwas über den Verbleib der Karte zu wissen. Er will seine Informationen aber nur preisgeben, wenn Crow ihn in einem Duell besiegen kann.

Das Duell zwischen Crow und Bolton geht weiter. Bolton gerät unter Druck und muss sein bestes Monster beschwören: Karmesinroter Mefist. Doch damit verrät er, dass er selbst derjenige war, der sich mit Crows Freund Robert zuletzt duelliert hat. Crow ist wütend, aber er hat Boltons Monster nichts entgegenzusetzen. Da erscheint auf Crows Arm plötzlich das Mal des Feuerroten Drachens und in seinem D-Wheel wird eine versteckte Karte aktiviert: Schwarzgeflügelter Drache.

Der Turbo-Duell Grand Prix beginnt. Ausgerüstet mit neuen, starken D-Wheels treten Yusei, Jack und Crow beim Turnier an. Alle Teams dürfen sich auf der Rennstrecke einfahren. Crow verursacht einen Unfall mit einem Fahrer aus dem Team Unicorn. Das Team Unicorn ist verärgert und nutzt die Gelegenheit, Yusei zum Duell herauszufordern.

Das Duell zwischen Yusei und Andre geht weiter. Kurz bevor Yusei gewinnen kann, ist die Testzeit abgelaufen und Andre entgeht knapp einer Niederlage. Beim darauffolgenden Training stürzt Crow mit seinem D-Wheel. Das bedeutet: Er wird am Grand Prix nicht teilnehmen können. Akiza springt für ihn ein …

Im ersten Duell des Turbo-Duell Grand Prix stehen sich das Team Unicorn und das Team 5 D’s gegenüber. Unter dem Jubel des Publikums treten zunächst Andre und Jack Atlas gegeneinander an. Jack hat seine Strategie ganz auf Andres Deck ausgerichtet, doch der wendet eine andere Strategie an. Was wird nun geschehen?

Jack verliert sein Duell und schafft es gerade noch, sein D-Wheel über die Ziellinie zu schieben. Akiza übernimmt und beginnt ein Duell. Sie gibt ihr bestes, aber Andre ist ein sehr starker Gegner. Zuletzt bleibt Akiza nichts anderes mehr übrig, als ihre Lebenspunkte zu opfern und aus dem Rennen auszusteigen. Zumindest gelingt es ihr damit, „Sternenstaubdrache“ zu retten, den ihr Yusei vor dem Beginn ihres Rennens zugesteckt hat. Nach der Niederlage von Akiza muss nun Yusei ins Rennen einsteigen.

Nachdem Akiza gegen Andre verloren hat, muss nun Yusei im Rennen gegen das Team Unicorn antreten. Er muss jetzt gegen alle drei Fahrer des Teams gewinnen: Andre opfert all seine Lebenspunkte, um Yuseis Lebenspunkte halbieren zu können und muss aus dem Rennen aussteigen. Als nächster Fahrer des Teams Unicorn ist Breo an der Reihe: Er duelliert sich geschickt und Yuseis Freunde durchschauen seinen Plan: Er will Yuseis Deck zu zerstören!

Nachdem Yusei gegen Andre gewonnen hat, muss er gegen Breo antreten. Dieser versucht, Yuseis Deck zu zerstören. Yusei gelingt es, gegen Breo zu gewinnen, da das Team Unicorn hat Yusei offenbar falsch eingeschätzt. Doch nach dem Sieg gegen Breo kommt Jean, der Anführer des Team Unicorn, ins Rennen und es wird schwer für Yusei auch dieses Duell zu gewinnen.

Jean will Yuseis Deck zerstören. Doch der benutzt Kombinationen, die der Anführer von Team Unicorn noch nie gesehen hat …

Team 5D’s feiert seinen ersten Sieg. Bruno, der etwas über seine Vergangenheit erfahren will, hat seine seltsame Vision …

Bei allen Gegnern von Team Catastrophe blockieren auf unerklärliche Weise die Räder der D-Wheels. Als nächstes muss Crow gegen ein Mitglied von Team Catastrophe antreten …

Crow und Jack treten gegen Mitglieder von Team Catastrophe an. Die scheinen auf üble Tricks zu setzen, um ihre Duelle um jeden Preis zu gewinnen …

Die von Primo ausgesandten Duell-Droiden verteilen sich in der Stadt und sabotieren den Turbo-Duell Grand Prix. Es beginnt ein Duell, das eigentlich nur derjenige gewinnen kann, der die meisten Mitspieler hat. Yusei und seine Freunde beschließen, den Anführer der Duell-Droiden ausfindig zu machen und die Roboter aufzuhalten. Aber können sie überhaupt gegen so viele Gegner ankommen?

Brunos Erinnerungsvermögen ist zurückgekehrt. Er verwandelt sich und Vizor uns steht Yusei im Duell bei.

Die Stunde der Wahrheit ist gekommen: Yusei tritt im Turbo-Duell gegen Primo an. Dessen Maschinenimperator Wisel stellt die größte Gefahr da, der Yuseis Synchromonster je gegenüberstanden. Und als wäre das noch nicht genug, muss Yusei auch noch erfahren, dass Primo und seine Yliaster-Hintermänner die Drahtzieher hinter den Finsteren Auserwählten waren. Yusei versucht, mit der neuen Schnellsynchrobeschwörung die Oberhand im Duell zu gewinnen.

Yusei scheint gegen Primo keine Chance zu haben. Nur eine Schnellsynchrobeschwörung könnte ihn retten …

Das Duell zwischen Yusei und Primo steht kurz vor der Entscheidung: Sternschnuppendrache ist auf dem Feld und attackiert Primos Maschinenimperator. Dank der Unterstützung der restlichen Auserwählten kann Yusei das Duell gewinnen. Primo stürzt und seine Freunde Jakob und Lester eilen ihm zu Hilfe. Sie erklären Yusei, dass sie die Herrscher der Yliaster sind und seit Anbeginn der Zeit das Schicksal der Menschheit kontrollieren. Sie fordern Yusei und seine Freunde zum Turbo-Duell und versprechen, im Finale des Turbo-Duell-Grand-Prix alle Fragen zu beantworten.

Greiger hat einen Traum, in dem er sieht, wie Jack in einem Duell durch seine eigenen Kräfte besiegt wird. Er bittet Yusei und Jack zu ihm zu kommen. Jack überlegt indessen, wie er mit einer neuen Duelltechnik erfolgreicher werden kann. Greiger fordert Jack zum Duell – an seiner Stelle soll allerdings Max der Gegner sein. Und das Duell wird hart für Jack …

Greiger erkennt, dass der Feuerrote Teufel ihn selbst und Max benutzt hat, um an Jack heranzukommen. Der wird unterdessen in ein unterirdisches Gewölbe gelockt, wo er auf den Diener des Feuerroten Teufels trifft. Ein rituelles Duell soll darüber entscheiden, ob Jack die Kraft des Feuerroten Teufels bekommt. Yusei, Max und Greiger folgen Jack in die Unterwelt, können ihn aber nicht davon abhalten, das Duell zu beginnen.

Jack kämpft weiter gegen den Diener des Feuerroten Teufels. Im Laufe des Duells entwickelt Jack eine neue Kampftechnik und verblüfft damit sowohl seine Freunde als auch seinen Gegner. Jack fühlt das „Herzensfeuer“. Ob er es mit dieser Kraft schafft den Feuerroten Teufel wieder zu versiegeln?

Jack ist mit Yusei, Bruno und Crow auf der Suche nach seinen Lieblings-Instantnudeln. Die sind zwar ausverkauft, aber stattdessen begegnen die vier einem alten Bekannten: Lazar. Sie wollen ihn zur Rede stellen und ihn über Yliaster ausfragen, doch Lazar – wie es seine Art ist – flüchtet. Also stellen die Jungs ihm eine Falle.

Lazar hat versprochen über die Yliaster zu berichten. Alles, was er den Freunden jedoch erzählt, ist seine lange Lebensgeschichte und wie Lazar zum Sicherheitsdienst gekommen ist. Plötzlich erinnert er sich an einen ominösen Anruf bei der Direktion des Sicherheitsdienstes. Kann der im Zusammenhang mit den Yliaster stehen? Um alle Informationen zum Anrufer zu bekommen, müssen mehrere Duelle gegen einen Duell-Simulator gewonnen werden. Nachdem Lazar versagt, treten Akiza und Jack an.

Um mehr über die Yliaster in Erfahrung zu bringen, schleichen sich Yusei, Bruno und Sherry bei der Firma Momentum Express ein. Sie wollen Zugriff auf die Computer von ME und das ominöse Forschungsprojekt „Infinity“ bekommen. Sie werden vom Geschäftsführer Clark in Empfang genommen. Als sie später versuchen, dessen Zugangskarte zu stehlen, um in den Hochsicherheitsbereich der Firma vorzudringen, werden sie fast erwischt und Yusei muss sich mit Clark duellieren, um Zeit zu schinden.

Clark reveals that he killed Sherry's parents for discovering the secret behind Infinity, which was being used by Yliaster to change history. He sends Yusei, Sherry and Bruno into a wormhole, in which they are doomed to break up and crash. Sherry uses her card to regain control of the shuttle, but ends up getting sucked out. Yusei and Bruno enter a "warped" dimension in the future, and pass by a strange island (a gigantic, floating, upside-down "metallic fortress", the Ark Cradle), where Yusei is briefly visited again by his father, who warns him of an Ener-D that will destroy mankind, before returning him and Bruno to their homeworld (the Present). Unhappy with Clark's actions, Yliaster erases Clark from existence, which spreads a blast of white light across New Domino City. Another WRGP team, Team Ragnarok, also notices the blast, but were protected by their Nordic God cards. Yusei and Bruno regroup with the other Signers, who were defended from the blast by their Signer marks.

After reading up on Team Ragnarok, Leo runs into another WRGP team, Team Taiyo, and injures his knee. After taking Leo to fix up his knee, they tell him about their precious Duel Runner, which got banged up in the Ghost incident, though one of the members, Jinbei, shows disdain for offers of help. Leo gets Yusei and Bruno to help them fix it, and despite Jinbei's objections, the others allow them to help. Meanwhile, Jack, Crow and Akiza attend an exhibition duel featuring Team Ragnarok, with one of their members, Dragan, challenging Jack to a duel. Jack summons out Red Dragon Archfiend, whilst Dragan brings out his Aesir, Thor. As Thor attacks, the powers of both monsters starts to resonate, and causes a quake, forcing Lazar to end the duel before damage can be done. After Yusei finishes fixing Team Taiyo's Duel Runner, he and the others learn they will be facing them in the quarterfinals.

As Team 5D's prepares to go against Team Taiyo, they grow curious from having seen their deck, which consists of mostly normal cards. Taro recalls how he managed to get his team together and enter into the WRGP. The first round starts with Jack going against Yoshizo. Yoshizo brings out Holding Hands Majin to solidify his defense, even managing to defend against Red Dragon Archfiend. It soon becomes apparent that Taiyo's plan is to provide an invincible defense whilst attacking with Speed World 2's effects. Jack manages to equalize their life points, and soon manages to negate Holding Hands Majin's effect and destroy it, however, Team Taiyo have another plan waiting.

Jack beats Yoshizo by countering against Speed World 2's effects, and now faces against Team Taiyo's second member, Junbei, who summons another Holdin Hands Majin. Junbei remembers when he got mad and ran away from home, encountering a man named Mizuru in a sports car. Whilst accompanying him, Mizuru knocks a thug member's duel runner and is chased. When some of Mizuru's friends get captured and Mizuru is too scared to go back, Junbei goes back to face the thugs, and is rescued by Taro and Yoshizo. Back in the present, Jack tries a trick to knock both him and Junbei out, but Junbei manages to survive the attack. Crow continues the battle, who uses the combined efforts of Blackwing Armor Master and Black-Winged Dragon to defeat Junbei. As Taro enters the duel, Yusei suspects that Taro has a plan that will cause them to lose within a few turns.

Yusei reveals that Taro's plan is to sacrifice a level 1 monster that has been on the field for ten of his turns so he can summon his trump card, Zushin the Sleeping Giant. When the crowd gets word of this, they start cheering for Team Taiyo, along with the people from their hometown. Crow's attempts to destroy the sacrifice fails, allowing Taro to summon out Zushin, which defeats Crow. Yusei takes over, and brings out Stardust Dragon to battle against Taro.

Yusei manages to deal some damage to Taro, by taking advantage of Stardust Dragon's Defense Mode. As Taro begins his counter attack, Yusei Accel Synchro Summons Shooting Star Dragon. However, Taro activates his own trap, which puts Yusei under the safety line for Speed World 2's effects. Yusei uses the cards leftover from Jack and Crow to negate Zushin's effects, and defeat Taro. Despite their loss, Team Taiyo are praised by the crowd for their efforts. After the defeat of Taro, another part of the Infinity Circuit lights up, and the 3 Emperors of Yliaster gloat about winning the WRGP, and finally setting their plan in motion. Then, the Ark Cradle appears in the sky.

Noticing the appearance of the Ark Cradle (also known as the "Divine Temple") in the sky, Yusei, Jack and Crow go over to investigate, where they run into Team Ragnarok's members, Halldor, Broder and Dragan, who all possess a Rune Eye, similar to the Crimson Dragon marks. Halldor tells them about he got his Rune Eye and his Aesir, later recruiting Dragan and Broder, and uniting them with their powers. Dragan explains that three years ago, his father got hospitalized following a cave in. In order to pay for his hospital bills, Dragan had to follow Goodwin's orders and throw a match against Jack, along with his pride as a duelist. With both sides desiring to fight against Yliaster, the two teams decide to settle things in the semifinals.

Jack gets the truth behind the fixed duels out of Lazar, who confirms what Dragan had told him. Jack becomes irritated as a result, so Yusei suggests he use the WRGP duel to regain his pride. In the match between Team 5D's and Team Ragnarok the next day, Jack and Dragan start off, and are surprised to find out that their starting hands are the same as their previous duel. Realizing the chance to do things properly, the two replicate their first turns from that match, this time, with Dragan being able to use his trap card, which Jack counters with his own. Dragan then brings out his Aesir, Thor, which manages to destroy Jack's Red Dragon Archfiend.

As Dragan continues his attack, Jack starts to take real damage from Thor. However, Jack starts to make a comeback and summons out Red Nova Dragon. However, Dragan activates traps which weaken Red Nova Dragon, and protects Thor. Jack manages to pull off a tactic to return Red Nova Dragon to its full power, destroying Thor and defeating Dragan. However, before he loses, Dragan revives Thor and deals damage to Jack.

Ragnarok's 2nd turbo duelist, Broder, takes over and uses Thor's special abilities to knock Jack out. Crow enters the fight, but his attacks prove ineffective against Broder's traps, and he takes a lot of damage from Thor's attacks. Noticing the support Crow gets from the children, Broder explains how he came across a similar group of children, expressing his desire to fight Yliaster in order to protect them. Crow brings out Black-Winged Dragon, but Broder brings out his Aesir, Loki, which destroys Crow's Black-Winged Dragon.

With just 50 life points left, Crow's supporters almost get into danger while trying to cheer him on, reinvigorating Crow's resolve, and he soon manages to revive Black-Winged Dragon. Then, Crow activates a trap card from the Graveyard, which clashes with Broder's trap, knocking them both out. Yusei begins his round against Halldor, who quickly summons his Aesir, Odin.

Yusei must now face the power of Halldor and all three Aesirs. As Yusei expresses his desire to defeat Yliaster and see his father again, he gains the Seal of the Crimson Dragon, and summons out Majestic Star Dragon. However, Halldor manages to learn Yusei's strategy, and executes a successful counter. Halldor then activates a continuous trap card from his Graveyard, Gjallarhorn.

Yusei faces not only all three Aesirs, but also a countdown from Halldor's trap card, Gjallarhorn, of which the end of the countdown means that the opponent takes damage equal to the combined attack points of all 3 Aesirs, at the cost of removing from play all 3 Aesirs in order to activate the effect, once the countdown has reached its end. At the End Phase of each of Halldor's turns, Gjallarhorn will gain 1 counter, and once it has 3 counters, its effects will activate. Which means that Yusei has only 3 turns to defeat Halldor. Yusei also had to face Halldor's increasing defense. However, Yusei summons out Shooting Star Dragon and deals some damage, before using the trap, Zero Force, to reduce all 3 Aesirs' attack points to 0, resulting in Yusei taking 0 points of damage when the countdown reached its end. Now that all 3 of the Nordic God Cards have been removed from play, Yusei then has Shooting Star Dragon attack Halldor directly, allowing Yusei to win.

Team 5D's have finally beaten Team Ragnarok after an exhausting battle. With this result, the World Racing Grand Prix (WRGP)'s finals will be Team 5D's Vs. Team New World (the 3 emperors of Yliaster). With the finals looming, Carly ponders the possible outcomes of the upcoming battle, while she writes up her special feature article about Team 5D's. While performing the interview, Akiza and company accidentally reconfirm their bonds. Noticing Carly's struggle to write up an article about Team 5D's, not helped by Mina's interference, Akiza, Luna and Leo decide to help her write profiles for each member, recalling on their past adventures. In addition, when Carly talks to Akiza, they discuss the relation of their new opponents, Team New World, to the organization of Yliaster, and the trio's schemes, causing Carly to gain unthinkable information. When Carly was finished typing all of the information down, Stephanie comes in with a teapot full of hot coffee.

In another dimension, Z-ONE (who has now returned to his original form) shows Sherry a vision of the future, where everything on Earth is destroyed because of a global Ener-D explosion. Then, Z-ONE brings Sherry into the Ark Cradle, which is already emerging into the Yu-Gi-Oh! dimension. That night, the Signers are messaged by the 3 emperors of Yliaster, who tell them about the floating metallic island, the Ark Cradle, where a God called Yliadus (Z-ONE's real name) supposedly sleeps, stating that if they win the WRGP, then Yliadus will awaken and have New Domino City destroyed, but will rebuild it the way the trio wants it to be, which is without the existence of Ener-D and Synchro Monsters. During the next morning, the WRGP finals begin with Jack facing off against Lester, who both bring out their ace monsters, Red Nova Dragon and Machine Emperor Skiel Infinity.

The next round starts with Jack facing Primo, who immediately brings out Machine Emperor Wisel Infinity. Primo then manages to bring Jack's life points down to 1,100, through the use of his trap cards, one of which Lester had intended only for Jakob to use. Seeing that Primo was acting on his own again, when Primo activates 2 traps he left for Jakob, Lester get agitated, but when Jakob reminded Primo of their plan, Primo decided to try something different. Yusei realizes their tactic is based on the continuous trap that Lester left behind, but when Jack tries to destroy it, Primo protects it with a trap card, and gets beaten by Jack. But before he loses, Primo then activates another of Lester's continuous traps, Infinite Prison. By sending Wisel Attack 3 to the Graveyard, he can then treat Wise Core as a spell card from the Graveyard, and set it face-down in the face-down zone.

Despite the others' concern for his safety, Crow goes to face Jakob. Crow attempts a technique to utitlize his Synchro Monster's abilities without putting them at risk, by summoning Blackwing Aurora of the Northern Lights, and by activating its special ability, but Jakob counters Crow's stragety by using Scar-Red Nova Dragon as a shield, and by attacking him 2 times with Jack's dragon. Crow is then defeated by Jakob, but manages to summon Black-Winged Dragon in defense mode for Yusei to use, by playing a trap card, after being attacked by Machine Emperor Grannel Infinity. Crow then crashes, and Yusei goes out to face Jakob.

Yusei begins his battle against Jakob, using Crow's trap to bring out Stardust Dragon when Black-Winged Dragon gets destroyed. Jakob then activates a trap, which brings out Grannel Attack 3, while reducing Yusei's life points to 2,800. Jakob shows Yusei and the others a twisted future where New Domino City is completely destroyed. Due to Synchro Monsters and Ener-D evolving the world at an incredible rate, a war broke out and the Ener-D reactor eventually exploded, destroying most of the world. The Yliaster trio also unveil their memmories of despair. In the future, they see everybody Synchro Summoning, and as a result of them using Synchro Monsters to achieve their own greedy desires, the Machine Emperors show up one day, and begin killing humans. In the vision, as Lester was running with his parents to safety, a Grannel shot his parents down. Lester in the vision, then wails at the death of his parents, the ones who loved him.

After introducing himself, the Yliaster trio's duel runners combine to form Aporia's duel runner. Aporia then combines with it in such a way, that the audience are shocked to the point that they begin wondering if he was human at all. Aporia then activates the continuous trap card, Infinite Prison, so that by sending the trap, Infinity Force from his hand to the Graveyard, he can treat Grand Core as a spell card from the graveyard, and then set it face-down in the face-down zone. He then destroys Infinite Prison in order to add Sky Core, Wise Core, and Grand Core to his hand, which had been set face-down. Next, Aporia sends the 3 Machine Emperor Cores to the graveyard, in order to activate the trap card: Genesis of the Machine Emperors, which allows him to special summons his ace monster, Machine Divine Emperor Mechanicle Infinity Cubic. Then, he causes his Machine Divine Emperor to shoot energy into the sky, which results in lightning striking all over New Domino City.

As Yusei continues to defend himself against Aporia's attacks, Jack and Crow come to join him, despite their injuries. They then provide the traps that Yusei needs in order to reflect Mechanicle's attack. But when Aporia negates Mechanicle's destruction, his life points are reduced from 3,900 to 3,400. Yusei then Special Summons Scar-Red Nova Dragon and Black-Winged Dragon, in order to give Shooting Star Dragon attack points up to 9,600. But Aporia manages to counter Yusei's strategy, and has his Machine Divine Emperor Mechanicle Infinity Cubic negate the attack, and absorb both dragons, which increases the Machine Divine Emperor's attack points from 4,000 to 10,300. Aporia then uses a trap, which reduced Yusei's life points from 2,800 down to 400, and allows his life points to rise back up from 3,400 to 4,000. However, thanks to the wishes of the Signers, Yusei is able to draw the cards he needs that are in their possession.

Yusei uses the special ability of Black-Winged Dragon to weaken Machine Divine Emperor Mechanicle Infinity Cube's attack points, and Aporia's life points, both down from 4,000 to 2,600. Then, Yusei defeats Aporia, using the combined might of the 3 Signer Dragons, which causes him to crash into the sea. By this, Team 5D's wins the WRGP finals. Then, the red sky returns to its blue color, and the lightning strikes stop. Then, Team 5D's celebrates their victory during noontime. However, their victory is short-lived, as the Infinity Circuit is complete, and the Ark Cradle breaks through the sky from the "distorted dimension," and it begins to descend towards New Domino City.

Sherry reveals that Z-ONE has shown her the future, and insists that Yusei not board the Ark Cradle, revealing she has switched sides to join Z-ONE, since she was convinced that Yliaster's plan was the only was to prevent the global destruction in the future. She also reveals that now having joined Z-ONE, she will do everything in her power to stop him. Despite this knowledge, Yusei still wants to do something to save the city. Sherry then reports to Z-ONE that Yusei did not heed her warning. When Z-ONE asks why she warned him, Sherry simply replies that the warning will cause Yusei to do something, which would allow her to kill Yusei herself, like to promised herself to. is approached by Team Ragnarok who, with the help of Bruno, manage to use the old Ener-D reactor and Nordic Gods to create a path from Daedelus Bridge to the Ark Cradle. Yusei wants to go on his own, but instead, the rest of Team 5D's joins him, with Bruno in his Vizor form following them.

Team 5D's, and their friends all survive the fall, but get separated into three groups: Yusei with Bruno, Crow with Akiza, and Jack with Leo and Luna. The narrow platforms on which they land on are revealed to be routes leading to the three planetary gears powering the main Ener-D generator, and eventually leading to the Center Gear, which was what they are looking for. Vizor tells them that if they don't reach all 3 gears, then they wouldn't be able to reach the Center Gear, and the Ener-D generator of the Ark Cradle would continue to produce negative energy, which would result in the destruction of New Domino City. Crow and Akiza arrive first at one of the 3 gears, which was the one that was closest to them. But then, they are confronted by Sherry, who reveals that she joined Z-ONE, because he offered her the chance to grant her wish, before challenging them to a duel. Sherry then reveals that her wish is that Z-ONE would bring back her happy days with her family.

Sherry reveals that Z-ONE promised to rewrite her past, so that her parents would never have died if she carried out his plans. She uses the Z-ONE spell card to activate the Soul-Binding Gate field spell, which inflicts 800 points of damage whenever any of them try to summon monsters. As Akiza and Crow defend each other from Sherry's attacks, Sherry tempts Crow with the offer of using Z-ONE's power to change the past, so that Zero Reverse would never happen, so that the children of Satellite wouldn't have been orphans, including Crow, Yusei, and Jack, when they were children, if he surrenders and joins Z-ONE. However, Akiza reminds Crow that he should instead fight for their future, as that was what they as Signers should do. Then, they summon their respective dragons, and use their combined strength to defeat Sherry, which causes the 1st gear to stop rotating.

Jack, Leo and Luna reach the second gear, where they are shocked to see that Aporia has survived the crash, and that he is waiting for them. He forcefully attaches devices onto them, which pierce into their hearts whenever they take damage from the duel, meaning that they will die if their life drops to zero, with the only way of removing them is to defeat him in a three-on-one duel. Aporia activates the field spell Fortissimo the Mobile Fortress, and combines with it. Aporia also sets a trap which blasts players with real damage whenever they summon monsters. Although Leo promises to protect Luna and help Jack, Aporia counters each of his traps, making things worse for his allies. Furthermore, Aporia's attacks leave both Jack and Luna in critical states, and leaves Leo in despair.

As Jack, Leo and Luna struggle to survive, Aporia summons his key monster, Machine Divine Emperor Dragon Asterisk which will inflict 1000 points of damage to anyone who tries to Synchro Summon. Lamenting that he hasn't been able to protect anyone, Leo risks some of his own life points to protect Jack and Luna and weaken Asterisk. Leo then summons Power Tool Dragon and Ancient Fairy Dragon and gets hit by the 4,800 points of effect damage, bringing his life down to zero, causing him to die. The shock of Leo's death puts Luna in a critical state, as her life points gradually starts to drop, as her pulse weakens. However, Leo comes back to life with 100 life points, thanks to Ancient Fairy Dragon, and his Morphtronic Lighton's effect, and becomes the sixth and final Signer, with the Mark of the Crimson Dragon's Heart.

Leo uses Life Stream Dragon to counter Asterisk's, and Fortissimo's damage effects, and to restore everyone's life points to 2,000 (not including Aporia), which puts Luna out of the danger of dying. Seeing that his efforts to inflict damage to the Signers has failed, Aporia gets really agitated. Aporia then activates a trap to prevent Synchro Monsters from attacking, but Luna uses Ancient Fairy Dragon's ability to destroy his field spell, and activate one of her own that supports Synchro Monsters, allowing Jack to bring out Scar-Red Nova Dragon. The destruction of Fortissimo causes the fortress' structure to shake violently, and begin to collapse. Aporia manages to bring out Machine Divine Emperor Mechanicle Infinity Cubic to increase Asterisk's attack points, but Leo and Luna use their traps and dragons' abilities to weaken it. Jack then destroys Asterisk by attacking with Scar-Red Nova Dragon, which defeats Aporia, who falls to his "doom" with a feeling of hope in his heart.

Yusei not only has to deal with Antinomy, but also the flames coming from the star. Antinomy brings out his Accel Synchro monster, Tech Genus Blade Blaster, and deals a lot of damage to Yusei. Antinomy talks about how he was a champion Turbo Duelist, before the Machine Emperors destroyed the world. He was rescued by Z-ONE (who is actually the future version of Yusei), before Antinomy could commit suicide by letting a Grannel kill him. Seeing that Z-ONE still had hope (before the events of the Ark Cradle), and that he had none, Antinomy felt shame, and joined Aporia and Paradox as one of the 4 remaining survivors. He then lived his life working with Z-ONE on his experiments to save humankind (which failed), before being revived as a cyborg, after his human body died, whose mission was to teach Yusei the Accel Synchro, in order to provide the power needed to bring Ark Cradle to New Domino City.

Yusei is put in a desperate situation, as Tech Genus Halberd Cannon brings his life points down to 100, and keeps him from summoning monsters. Furthermore, the Black Hole becomes more organized, and begins to approach from behind, threatening to suck Yusei in if he falls behind. However, Yusei manages to summon out Balance Shooter, which gives Shooting Star Dragon the power to overwhelm Halberd Cannon and defeat Antinomy. The impact of the attack causes a part of Antinomy's glasses to break. As they are sucked into the black hole, Antinomy asks Yusei to master the Delta Accel Synchro and save the world, and remembers his fond memories as Bruno, back when he was still Yusei's friend. Remembering this, Bruno tosses Yusei his broken glasses, and then he sacrifices himself to get Yusei out of the black hole, and back to the Ark Cradle. Then, the 3rd gear stops spinning, and Yusei grieves over the loss of Bruno, who was once his friend.

With the 3rd gear stopped, the Signers gain access to the Center Gear, and Yusei rejoins the others, telling them the truth about Antinomy, and about the Delta Accel Synchro method. They continue onwards to the center of the Ark Cradle, where they spot more, but smaller gears, as well as the Ener-D Generator that was called the Center Gear, which was powering most of the negative Ener-D of the Ark Cradle. Then, they enter a room with blue walls, located at the very heart of the Ark Cradle, where ZONE awaits them. Z-ONE reveals he was behind the Zero Reverse incident, as well as Paradox's scheme, to try to stop the existence of Synchro Monsters, and Ener-D. Z-ONE then decides to settle things in a duel, and if Yusei wins, the Center Gear would stop working (the Center Gear is really the key Ener-D generator, which is the main source of power for the Ark Cradle's overall Ener-D Generator), and the Ark Cradle would disappear for real.

Aporia summons Machine Emperor Skiel by destroying Sky Core, but then destroys it using a trap, so he can draw the spell card "Destroyed Future." Then, Aporia activate its effects, choosing to destroy his own deck, so that he can use his card, After Glow, in an attempt to guarantee a win against Z-ONE. However, on his next turn, Temporal Machine God Metaion returns to Z-ONE's deck, and he summons out another Temporal Machine God, Razion, using Zero Machine Ein's effect once more. Razion's effect returns all of Aporia's cards in his Graveyard back to his deck, which was then suffled. As a result, Aporia is unable to draw the card he needs (After Glow), and is defeated by Razion's effect, which deals him 1,000 points of damage when he draws a card on the draw phase. Before he dies, Aporia gives Yusei's Duel Runner wings, by fusing his duel disk with Yusei's duel runner, allowing it to fly.

Yusei summons out both Red Dragon Archfiend and Black-Winged Dragon, whilst Z-ONE replaces Metaion with Razion, using his trap, Zero Machine Ein, which allows him to summon a Temporal Machine God without any releases, but will lower its attack points to zero. Z-ONE then activates Razion's ability when Yusei draws a card on his turn, reducing his life points to 3,000. The damage sends Yusei flying out of control. But before he smashes into the Ark Cradle, Yusei manages to regain control of his duel runner, and fly back to Z-ONE. Yusei then summons Black Rose Dragon, and uses a trap to negate its effect and deal damage to Z-ONE, reducing his life points to 1,500. Z-ONE then spins out of control, and when he smashes into a building of the Ark Cradle, the impact causes the right half of Z-ONE's mask to break, revealing his face to be that of a much older looking Yusei.

Z-ONE claims to be Yusei from the future, though Yusei refuses to believe this. Z-ONE sacrifices Zero Machine Ein to activate Infinite Machine Ein Soph, a trap that allows him to summon more than one Temporal Machine God at a time with any releases, but will still lower their attack points to zero. Z-ONE then summons 3 more Temporal Machine God monsters through his trap's effect. He then attacks Yusei's Black-Winged Dragon with his Temporal Machine God Tzaphion, in an attempt to utilize its ability, which would send all of Yusei's traps on his field back to his deck. Yusei however, counters this, activating Scap-Iron Scarcrow, saving himself from the attack. Z-ONE then attacks with the other 2 Temporal Machine Gods, using their abilities to restore his life points to 4,000, with Zadion's effect, to return Yusei's monsters to his deck, and to deal him damage, with Camion's effect, which reduces Yusei's life points to 1,500.

Temporal Machine God Sandaion's attack points are then lowered from 4,000 to 0, by the effects of Infinite Machine Ein Soph. When Z-ONE attacks Yusei's Ancient Fairy Dragon with Temporal Machine God Michion, Yusei's life points are reduced to 750, by Michion's ability. As a result of the damage, Yusei's duel runner plunges down again, but Yusei is able to navigate through the structure of the Ark Cradle, and find his way back to Z-ONE. But when Z-ONE attacks with Hanion, and then Raphion, Yusei is able to protect himself from taking damage, and losing to their effects, by timing the activation of Scrap-Iron Scarecrow, and his Synchro Believer's ability.

Yusei uses Shooting Quasar Dragon to destroy all 5 of Z-ONE's current Temporal Machine Gods, and then manages to bring out Shooting Star Dragon to deal a lot of damage to Z-ONE, reducing his life points to 700. Z-ONE screams when he takes the damage, and then he crashes into New Domino City's central building. Yusei then removes all of his speed counters to draw Clustering Wishes, and sets it face-down. After Yusei and Z-ONE talk about the right of changing the future, Z-ONE angrily blasts a hole in the building, and flies back up into the sky. Z-ONE then feels angry at Yusei, for reducing his life points by such a great amount, and tells Yusei that he will now prove to him that hope, and the possibility to fix the future without New Domino City's destruction, which Yusei believes in, was nothing before his power.

A few years have passed since Z-ONE's defeat. The Public Safety Maintenance Bureau has dissolved into a city hall, with Lazar becoming the city's mayor. Yusei has become a scientist who supervises the completion of a new Ener-D mainframe, titled Fortune, to ensure the safety of the city. Crow had become a highway patroller getting an invitation to an overseas leagues, Akiza plans to study abroad to become a doctor, and Leo and Luna receive a mail from their parents asking them to leave New Domino City to live with them, leading everyone to wonder about the future of Team 5D's. Jack arrives after training with (defeating) several other duelists, wanting to leave New Domino City for a World League, in order to fulfill his dreams of becoming the World Duelist King, and Yusei challenges him to a duel, to decided the Signers' futures.

Yusei summons Nitro Warrior, but Jack manages to counter its attack and summon out Exploder Wing Dragon to destroy it, though Yusei manages to beat it with his Turbo Warrior. As the others watch the duel, they recall how Yusei had managed to change their lives. Jack then brings out Crimson Blader, which destroys Turbo Warrior and prevents Yusei from summoning more monsters during his next turn, but Yusei manages to survive Jack's attacks before Stardust Dragon and Red Dragon Archfiend return. Jack then summons out Red Nova Dragon, with a power of 6,000 attack points.

The duel between Yusei and Jack finally comes to an end. Which of them will claim victory? And what shall become of the Signers as they prepare for their futures?