武藤游戏的时代数十年后的童实野町，那里已经变成根据贫富差异等因素把居民分隔开来的阶级社会新童实野市(ネオ童実野シティ)。卫星区(サテライトエリア)的不动游星凝视着他的竞敌·现任骑乘决斗冠军杰克·阿特拉斯所在的顶层区(トップスエリア)，誓要到达那个地方完成某个目的。游星的朋友拉里(ラリー)入手了决斗盘的进化型“D轮”的配件来到游星那边，收领的游星那边被治安维持局的治安警察包围了。为了保护朋友拉里，游星以决斗向治安警察挑战。游星和治安警察一员的牛尾哲的骑乘决斗开始了。

卫星区工厂工作的纳与塔卡(タカ)、布利兹他们被来自城市的瓜生他们找茬。纳他们被嘲笑是卫星区出身并打起来。另一方面，游星为了从杰克手中夺回某样东西正进行着D轮的维修。这时来到游星那里的纳他们后面瓜生也跟来了，还强行要求进行一场赌上游星D轮的决斗。游星和瓜生的决斗开始了。瓜生突如其来地召唤了攻击力2400的电动刃虫。另一方面，游星守备表示召唤护盾战士（シールド・ウォリアー）。

游星前往杰克所在的新童实野市中心部。拉里把自己的最重要的卡“一击推进士”（ワンショット・ブースター）亲手交给游星支援他。准备前往唯一连接着新童实野市与卫星区的管道的游星面前治安警察牛尾再度出现。牛尾这次采用了特殊追踪卡组，开始了强制性决斗。针对必须在限定时间内突破管道的游星，牛尾召唤了不受“高速世界”（スピードワールド）效果影响的“门之防壁”（ゲート・ブロッカー）。为了突破那堵墙游星召唤了高速战士与之对抗。

杰克站在突破管道的游星面前。各自怀着坚定信念，一场赌上游星的王牌卡“星尘龙”（スターダスト・ドラゴン）的骑乘决斗即将展开。游星和杰克在没有观众的决斗竞技场对峙。在一片寂静之中2辆D轮开始奔跑了。游星守备表示召唤螺丝刺猬（ボルト・ヘッジホック），而杰克则召唤狂暴恶魔（マッド・デーモン）展开攻击。游星召唤废品同调士，进行废品战士的同调召唤。

杰克召唤了自己的王牌怪兽“真红魔龙”，更连游星的王牌怪兽“星尘龙”也召唤出来。被逼入困境的游星召唤了不会被战斗破坏的小走鹃等待反击机会，不仅是决斗更连言词也压倒了游星的杰克用双龙猛攻。被逼入困境的游星发动陷阱卡“哈耳摩尼亚之镜”（ハルモニアの镜）把“星尘龙”夺回！

被捕的游星被治安维持局在脸上弄上记号。然后被送收容所的游星在那囚车中遇到了叫矢薙的老人。另一方面，杰克得知了哥德温他们看过昨晚的战斗，那一战的结果杰克无法相信的事。等待到达收容所的游星他们的是叫冰室的原职业决斗者。马上就被挑战决斗然而没有卡组的游星无法应战，于是由矢薙和冰室决斗。矢薙炫示着秘宝卡组开始了决斗。先攻的矢薙召唤了水晶头骨（水晶ドクロ）。。。。

游星用矢薙的秘宝卡组向把矢薙的卡贬为一文不值，并践踏卡片的冰室作出决斗的挑战。游星和冰室的决斗，冰室召唤攻击力2200的地雷蜘蛛。另一方面，游星召唤水晶头骨，并发动速攻魔法“诅咒返还纸人”（呪诅返しのヒトガタ），给冰室伤害。吃下伤害的冰室意识到游星很熟悉决斗，开始认真攻击了。解放牛鬼，召唤了大牛鬼的冰室给与游星巨大伤害。

游星被治安维持局进行身体检查，其目的是对龙之痣的确认。在那游星面前治安维持局长官哥德温出现了。另一方面，杰克知道了有关红龙的传说，勉强按照哥德温的要求，以王者身份去进行骑乘决斗。杰克的挑战者是炎城骸这个以前败给杰克过的男子。面对热衷于打倒王的信念的骸，杰克他、、、、

——寄托于卡的心意 被谋划好的闪电生死战。

被哥德温要求调查游星的收容所所长鹰栖不惜打伤成为游星朋友的冰室和矢薙，并把游星转移到别的房间。在那房间一个叫青山的人物正策划逃出收容所。青山邀请游星加入，游星打算带上冰室和矢薙一同逃出去。在那游星们面前鹰栖出现，开口辱骂朋友并挑衅游星。游星赌上自由决斗，但被鹰栖没收了全部的卡组，到底游星要。。。

游星用收容所的朋友们每人一张托付的卡和鹰栖战斗。手段卑鄙的鹰栖进行受到伤害就会有电流的决斗，但是自己不受电流，只有游星每次受到伤害会有电流伤害。鹰栖更用“剧毒链”（ポインズ・チェーン）企图破坏游星的卡组。

总算从收容所被解放的游星在冰室的介绍下前往名叫杂贺的人物那里。游星的目标是夺回被治安警察夺走的卡组和D轮。那之后，与杂贺会合的游星准备去夺回卡组和D轮，但侵入治安警察管理的保管大楼等于是去让人捉，被杂贺阻止。

夺回D轮和卡组的游星被牛尾阻挡去路展开疾走决斗。穷途末路的游星得到杂贺相助。在杂贺的引导下脱险，但牛尾的追缉变得更激烈了。牛尾发动速咒 装备魔法“速射之翼”（ラピッド・ショット・ウィング）提高攻击力，对游星展开直接攻击。尽管游星反击，但是由于牛尾要撞D轮，变得难以按照自己意思去做。

成功夺回D轮和卡组的游星在激烈的战斗后昏倒了。住在顶层区的双子的龙亚和龙可救了游星。龙亚质问着醒来的游星，龙可则很小心谨慎。龙亚知道游星是决斗者，缠磨着要决斗。游星为了感谢救命之恩，与龙亚决斗。龙亚的卡组是变形斗士卡组，先攻的龙亚召唤“变形斗士·手机”，再用变形斗士的怪兽效果把“变形斗士·磁铁U”特殊召唤，利用2只“变形斗士·磁铁U”同时在场封锁了游星的攻击。

——现身的都市传说 带来破坏的“黑蔷薇之魔女”——考虑到继续在一起会给双子龙亚和龙可带来麻烦的游星去了杂贺那边。在那里游星再会冰室和矢薙。正为重逢感到高兴之际，突然杰克出现，说出“收下星尘龙的卡，在命运杯（フォーチュンカップ）与我一战”这样的话。收下了卡的游星是……。

——命运杯决斗开幕！大空袭！！巨人轰炸机·大空袭式

——争夺对决斗王杰克·阿特拉斯挑战权的“命运杯决斗”终于开幕了。第一场比赛是龙可对波马(ボマー/轰炸机)。然而，龙可并没出场，而是由龙亚替代出场。干劲十足的龙亚召唤变形斗士·手机，准备展示变形斗士卡组的威力。另一方面，波马则是。。。

命运杯决斗的下一场对战是由神秘少女十六夜秋VS吉尔(ジル)。身为心正的铁血骑士，知道秋是在恶魔区深受畏惧的“假面少女”，吉尔毫不留情地发动攻击。若无其事地接住吉尔攻击的秋以同调召唤把黑蔷薇龙召唤出来。

游星在“命运杯决斗”上登场。对战对手是个叫死罗的神秘男子。但是，没想到对战对手竟然就是热衷于打倒王的炎城骸。骸拿出对王用的加速器卡组(スピードアクセルデッキ)向游星挑战。

主办者雷克斯·哥德温为了确认某人是否为龙印人而搞了败者复活战。龙可被提名，是强制性决斗。对战者是决斗心理咨询师弗兰克教授。龙可使用妖精卡组使用应战，但弗兰克展开着如探索龙可的深层心理般的决斗，朝着她过去的事件逼近，将其赶进绝境。

——被污染的精灵世界 邪恶的意志 超魔神本我。

决斗：龙可VS弗兰克。弗兰克教授的目的是通过让龙可去决斗怪兽的精灵世界，使之觉醒为龙印人。弗兰克如探索龙可的深层心理般的决斗把龙可引诱进了精灵世界，龙可在那里听到精灵的声音。那是发生在精灵世界的冲击性的事实。

在半决赛的第一场比赛决定为“游星VS波马”。波马和游星做决战前的战斗准备。以龙亚的事件为契机，游星和波马谈起了各自都是为何而决斗的话题。双方怀着各自的信念在决战之地“决斗竞技场”上展开对峙。波马驾驶巨大D轮登场，牵制住游星，但是。。。。

赌上各自故乡的疾走决斗。波马召唤巨人轰炸机·大空袭式，用怪兽效果把游星逼进绝境。游星观察波马的战略，盖放埋伏卡等待反击的机会。观察了游星战略的波马打算对游星进行直接攻击一口气决胜负但是。。。。

——被揭发的过去 决斗侧写师VS黑蔷薇之魔女

半决赛的第2战是十六夜秋VS侧写师来宫。来宫以秋的16年来的记录进行折磨秋的作死战术。深深厌恶着一决斗就会造成破坏的力量的秋，尽管想冷静应对宣读着自己从小到大发生过的事件的来宫但始终还是。。。

决定决斗王杰克·阿特拉斯的对战者的最后一战，不动游星VS十六夜秋。游星在之前的比赛中，察觉到秋的决斗并非只有抗拒和怒火还隐藏着别的感情。为了确认其本意，游星趋战。另一方面，从秋的口中得到是，打倒拥着可憎的印记龙之痣的游星，让世人知道那守护自己的桃源运动(アルカディア・ムーブメント)的理想，为此而战这样的回答。

——牺牲者的圣域 成为包围破坏之星吧！星尘龙

游星知道了十六夜秋所隐藏着的另一个感情就是“享受破坏的快感”。为了抵御秋的破坏行为而召唤废品战士展开反击，但反而被十六夜利用怪兽效果复制了废品战士，召唤出黑蔷薇龙。为了对抗黑蔷薇龙游星终于召唤出星尘龙。对峙的两只龙会…

——命运杯 最终决战！孤高之王 杰克·阿特拉斯

游星在与十六夜秋的决战获胜。但是，竞技场遭到毁灭性的损坏，已经不是能继续大会的状态了。游星为了提出中止大会的要求而去了雷克斯·哥德温那里。在那里等着游星的是杰克。杰克告诉了他哥德温举办这大会的目的。

不动游星VS杰克·阿特拉斯。杰克召唤真红魔龙，破坏了游星的废品战士。被压制的游星用高超同调士(ハイパー・シンクロン)进行同调召唤，召唤出星尘龙。两头龙展开了对峙。就在躲开游星攻击的杰克用红莲魔龙攻击了星尘龙的时候，红龙再度出现包围了决斗竞技场。

——无光的世界 暗黑同调 冰结之菲茨杰拉德！ 游星打败杰克成为了新王。为了避开庞大的采访阵容，与矢薙他们一起从地下通道逃出竞技场。对新王的采访失败的新闻记者卡莉渚，尝试采访雷克斯·哥德温被巧妙地摆脱什么情报都得不到，改前往杰克所在的医院。杂贺的藏身处里躲藏着的游星面前拥有谜之痣的男子出现。另一方面，在卫星区。。。。

游星与拥有蜘蛛之痣的男子决斗。那名男子召唤暗黑调整，进行暗黑同调，召唤冰结之菲茨杰拉德，向游星袭来。不能发动魔法·陷阱卡的游星单方面受到攻击，被赶入绝境。碰巧目睹到这场决斗的新闻记者卡莉渚，为能弄到大新闻的机会到来而兴奋不已。

游星前往哥德温处。另一方面卡莉渚前去“王者之王”（ロード・オブ・ザ・キング）的发布试映会的会场。在那卡莉听说了杰克是卫星区出身这样的事，为了查明真相前往杰克所在的医院。杰克在医院疗养着，但在那样的杰克那里……

克罗从治安警察保管库盗走卡片后逃跑。展开追缉的治安警察发动强制骑乘决斗。面对治安警察的坚固防御克罗召唤出黑羽（ブラックフェザー）系列的怪兽应战。同一时间，游星从哥德温口中听到有关暗印人新的事实。

游星与克罗重逢了。为重逢而高兴的两人前往拉里他们那里，才刚到达忽然又有治安警察追捕克罗而来。于是游星和克罗组队双打，与治安警察展开骑乘决斗。另一方面，杰克孤身一人飞奔上街。

游星和克罗还有拉里他们在克罗的秘密基地“泰达路斯桥”会合。克罗对孩子们讲起了泰达路斯桥传说中的男子的故事。另一方面，城市那边发生纳斯卡巨画消失这种不可解的事件。游星为了见暗印人而前往卫星区的中心地带——B．A．D区。

游星与暗印人对峙。那名暗印人的是昔日的同伴——鬼柳京介。而且卫星区忽然出现了炎之巨画。以那巨画为骑乘决斗的舞台，游星和鬼柳开始决斗。

游星VS鬼柳。一场赌上龙印人和暗印人性命的战斗。昔日的游星、杰克、克罗、鬼柳曾是以统一卫星区作为目标的队伍的同伴。但是，现在鬼柳变成暗印人突然出现在游星面前。并且，鬼柳召唤王牌怪兽的百眼龙，爆发其组合把游星逼向绝境。

游星VS鬼柳。游星为了攻略鬼柳的百眼龙，召唤星尘龙并爆发必杀组合。但是，露出绰绰有余的笑容的鬼柳举起某张卡。那卡竟是……

——结合勇气与力量！同调召唤！动力工具龙 受了伤的游星被送到玛莎(マーサ)所在的收容设施。另一方面龙亚主张龙印人们应该团结起来与暗印人战斗，并前往十六夜秋所在的桃源运动那里向身为十六夜监护人的迪威恩说明情况，但是……

杰克已返回哥德温处，而卡莉渚仍同跟杰克未断绝关系般拼命地收集有关杰克的情报。并且在调查十六夜秋所在的桃源运动时，意外发现了有关美人模特米丝蒂的资料。来到米丝蒂处的卡莉知道了冲击性的事实。

潜入桃源运动的卡莉渚知道了各种秘密，并和迪威恩进行决斗。卡莉被他的念力击飞从大楼坠落。就在那时，发生强烈地震，蜂鸟的巨画以桃源运动的大楼为中心出现。然后作为暗印人复活的卡莉再次出现在迪韦恩那里，提出决斗。

十六夜秋面前出现变身暗印人的米丝蒂，开始了赌上性命的决斗。秋召唤了黑蔷薇龙，与之对抗的米丝蒂召唤了“地缚神 卡拉伊瓦（地缚神コカライア）”。同时米丝蒂还向秋道出了复仇的理由。

十六夜秋被送进了医院。担心昏迷不醒的秋的双亲去了医院，但秋意识毫无恢复迹象。在杰克的建议下秋的父亲·十六夜英雄从卫星区带来了游星。就在游星接近秋的瞬间龙之痣发出光芒，秋终于恢复意识却…

游星VS十六夜秋。秋召唤了黑蔷薇龙，并发动装备魔法“憎恶之棘”，削减游星的LP和星尘龙的攻击力。浑身疼痛的游星强忍着痛楚，不断地告诉秋“有你能回去的地方”。但是，秋的力量越发增加…

游星、杰克、十六夜、龙可、龙亚聚集到雷克斯·哥德温住宅。哥德温告诉身为龙印人的他们“作为龙印人的宿命联系着、引导着每个人的命运”。而且，游星和杰克赌上星尘龙的战斗也是被红龙所引导着…。

跟哥德温的会谈后，游星为昔日的同伴鬼柳成为暗印人一事而苦恼。另一方面，在卫星区的克罗为了打倒暗印人而准备进入最深处。然后克罗遇到耶戈，为了确认耶戈的阴谋而进行决斗。

克罗VS耶戈。耶戈封印了同调召唤，更利用糖果小丑（ジェスター・コンフィ）的怪兽效果无效对方怪兽的召唤。被逼向绝境的克罗用速攻魔法“上膛”重抽2张卡后，露出无所畏惧的笑容埋伏下1张卡。

游星、杰克、秋姐、龙亚、龙可、深影乘牛尾驾驶的直升机去卫星区。到达玛莎那里对重逢感到高兴，但听说克罗与拉里他们四人失踪的事后龙印人们紧张了起来。另一方面，牛尾太在意深影的事，万般无奈下前往深影那里。那时的游星他们面前可疑的黑影随着落雷一起出现了。

游星对决暗印人的首领“鲁德格”。玛莎家的孩子们进入了游星和鲁德格交战的巨画中，尽管游星打算救出孩子们，地缚神终于还是被鲁德格召唤了。眼看孩子们的灵魂就要被地缚神吸收之际，杰克出现总算救出孩子们，鲁德格的样子突然发生异变，变成了游星的小同伴·拉里…

游星他们为玛莎与拉里成为暗印人的牺牲品而悲痛不已。但是，抱着如果打倒暗印人说不定他们也会复活这一希望，游星他们前往决战之地。与此同时，众暗印人正在控制旧永转机的4个控制装置处各自等候着。龙亚和龙可也前往持有古代妖精龙的卡的迪马克那里，但在那途中，龙可随着一道光柱而突然消失了···

龙可进入了精灵的世界。那里是所有的东西都动作相反的世界。为了找到古代妖精龙提及的仆人雷古勒斯而彷徨在街上，结果遇到捕捉精灵的士兵而遭到追赶。另一方面，龙亚代替龙可与暗印人迪马克进行赌命的决斗。龙亚思考对方的战略，勉强应付。

龙可终于能见到雷古勒斯。但是，雷古勒斯的脚受到诅咒之针（カースド・ニードル）影响，把龙可的话当成相反的意思而袭击过来。另一方面，与迪马克作战的龙亚召唤出王牌怪兽动力工具龙，使用动力工具龙的效果，总算防住迪马克的攻击，可是…

龙可在精灵世界与雷古勒斯一同前往猿魔王塞曼所在地。龙可他们绞尽脑汁，想方设法要从猿魔王塞曼那里解放古代妖精龙。另一方面，同时刻的现实世界，龙亚熬过迪马克召唤的猿魔王塞曼的攻击并将其打倒之际，迪马克终于召唤了地缚神 库西略（地缚神クシル）。

打倒了暗黑持印人迪马克的龙可顺利解放古代妖精龙成功。另一方面，生死不明的克罗在BAD附近平安生还，但克罗照顾的村子小孩们却全体失踪了。对暗黑持印人怒上心头的克罗以从泰达路斯桥一眼就能看见的巨人之塔作为目的地。

克罗VS暗印人·波马。游星想制止两人的战斗，克罗却求游星说让我继续这场复仇战。其实在他小时候，决斗怪兽卡不仅教会了孤独的克罗文字的读写与战略等东西，这些卡也带给了他朋友。不想让孩子们有自己那种痛苦回忆而亲近孩子们的克罗，无法原谅杀害了那些孩子们的暗印人。

暗印人波马召唤暗黑同步怪兽“暗黑航空母舰”，复活了巨人轰炸机·大空袭式。被赶进绝境的克罗使用陷阱卡“黑羽-反闪”（破坏全部怪兽后，终于波马召唤“地缚神查库·查略亚”了。

游星和鬼柳最后了断的战斗开始了。鬼柳和上次一样用空手组合与名字带有“永火”的怪兽攻击。另一方面，游星下定决心要为拯救鬼柳而战。假如是满足队发生的不祥事件引导着两人战斗，游星坚信必定能拯救鬼柳而战斗。

游星想消除满足队时代的误解拯救鬼柳而拼死一战，然而鬼柳就像嘲笑着那样的游星般召唤了“地缚神卡帕克·阿普”。游星使用星尘龙与之对抗。游星和鬼柳展开了一进一退的攻防战…

打倒鬼柳的游星，前往了暗印人BOSS鲁德格·哥德温所在的旧永转机。终于游星与鲁德格对峙了。鲁德格说要与游星父亲不动博士来个了断而选择在旧永转机能量涌出的地方发起挑战。

游星VS鲁德格战后篇。鲁德格召唤地缚神乌鲁，逼游星入绝路。对着被削减LP走投无路的游星，鲁德格作为临死前的礼物讲起了游星父亲不动博士和鲁德格间围绕永转机所发生的悲剧。

杰克与卡莉对峙。面对想确认卡莉本意的杰克，卡莉顺从命运的安排，强迫赌上性命战斗。终于杰克与卡莉的决斗开始了。然而杰克却是，连怪兽也不召唤卡也不埋伏就这么结束回合…

想要从暗印人的咒缚中解放的杰克，把陷阱卡的效果的选择权交给了卡莉。尽管卡莉看似已经明白那份心意并清醒过来的样子，但在地缚神的邪恶力量影响下仍继续战斗。杰克下定决心，召唤红莲魔龙。

十六夜秋VS米丝蒂。　　十六夜秋前往蜥蜴之塔，等候多时的米丝蒂开始对秋说出过去的悲剧。另一方面，追赶秋的游星遇到自称是治安警察的男子。

迪威恩对十六夜秋作心灵控制，和米丝蒂进行决斗。游星为了阻止而与迪威恩对峙，没想到在那战斗中游星发现了某个真相。那个真相是…

从卫星区的旧永转机中“冥界之王”出现，并出动前往市区。另一方面，游星他们由于“红龙”的引导，前去雷克斯·哥德温那里。得到了“龙印人与暗印人”两股力量的雷克斯宣言要进行作为迎接“冥界之王”的仪式而让龙印人成为祭品的疾走决斗。终于游星、杰克、克罗VS雷克斯3对1的决斗开始了。

游星·杰克·克罗VS雷克斯。游星他们连锁攻击，结三人之力合攻。雷克斯巧妙运用太阳龙因蒂（太阳龙インティ）和月影龙基利亚（月影龙クイラ）躲过攻击；然后终于召唤了最强地缚神——地缚神维拉科查·拉斯卡。

雷克斯召唤的地缚神维拉科查·拉斯卡的攻击下，连杰克也要退下战线了。继承两人那份心的游星与雷克斯正面单挑，但是被地缚神的效果把LP变成了“1”。不放弃胜利的希望奋战到底的游星会。。。。

　　与雷克斯·哥德温一战的半年后，市区和卫星区合而为一，进行着灾后重建。游星他们以1年后举办的“世界疾走决斗大奖赛”为目标正在开发机器中。享受着和平生活的游星他们听到了，神秘D轮手“幽灵”出没不断在破坏D轮的传闻。面对前来委托协助搜查的深影和牛尾，游星他们…

游星为了查明神秘D轮手“幽灵”的真正身份而进行骑乘决斗。使用星尘龙对抗召唤五合体怪兽“机皇帝神智(机皇帝ワイゼル)”并展开攻击的幽灵，想不到却……

龙亚和龙可在决斗学园的小等部就读。他俩的班面临危机，教头宣言将关闭低成绩的龙亚他们的班，让同班同学退学。另一方面，在游星面前出现的神秘男子，委托他们修理东西。其委托内容是…

游星、杰克·阿特拉斯、克罗去了好久没回的旧卫星区，为与克罗的母亲玛莎的重逢而高兴。于是他们被玛莎委托，希望能说服顽固的老人铁藏与大家一起生活。游星他们前往铁藏的家，但铁藏为了不让游星他们接近家门口而布置各种各样的陷阱。

游星和克罗以1年后举办的“D轮世界大奖赛”为目标勤恳工作。由于杰克采取从容不迫的态度不去工作，发怒的克罗严加指责要向认真工作的少年马可(マルコ)学习。发奋的杰克开始去工作了，可是…

龙亚·龙可·天兵来到某森林探险游玩。那森林是传闻说会发生「神隐」的森林，龙可在听到神秘的声音后失踪了。龙亚拼命寻找龙可，从天兵那听说了情况的游星也前往森林开始寻找龙可。在森林里迷路的龙可遇见某少年，那少年是…

游星遭以世界疾走决斗大奖赛为目标的敌对队伍所绑架。亚纪他们拼命寻找下落不明的游星。正当发现了囚禁游星的拖车并尝试救出时，拖车忽然失控了，在那时出现了神秘的D轮。究竟他的真正身份是…。

救出游星的神秘D轮手是名叫雪莉(シェリー)的女性，她的目的是让游星加入自己的队伍。游星与雪莉进行疾走决斗，展开一进一退的激烈战斗。另一方面，目睹眼前那场战斗的亚纪体验到疾走决斗的强大而为之入迷。

游星想起以前交过手的幽灵，向杰克提出决斗。游星摸索不使用同调召唤作战的方法，结果败给了杰克。此时，蒙面男子正在注视苦恼的游星。那男子的目的是…。

游星面前出现神秘的蒙面D轮手。说出“面对使用同调封印的敌人，去超越自己的界限吧”并提出决斗的挑战。提升速度进行高速疾走决斗，蒙面D轮手进行了究极的同调“アクセルシンクロ(加速同调)”。

体验过游星和雪莉的疾走决斗的十六夜秋迷上了疾走决斗，决心要取得执照。游星支持着拼命练习的秋。随后，慢慢抓住要领的秋面临执照考试。游星他们送给秋新的D轮作为礼物。

新童实野市最近有D轮盗窃团出没。杰克误认为是盗窃团而抓住的人其实是治安警察的卧底。认为自己的失误害警方卧底受伤，于是杰克一人前往盗窃团那里。然而，等待杰克的是…。

以新石板到达新童实野市为契机，卢奇亚诺转校到了决斗学园。卢奇亚诺的目标是夺走龙可的古代妖精龙。对与龙可亲切交谈的卢奇亚诺有所警戒的龙亚会…

龙亚和龙可的战斗对手没想到就是「卢奇亚诺」。更让人吃惊的是「卢奇亚诺」召唤了机皇帝神空。机皇帝吸收了龙可召唤的古代妖精龙。被逼得走投无路的龙亚和龙可会……

深深地体会到只要游星不在就什么都做不了，杰克和克罗开始重新考虑是否真的了解游星。游星在与鲁德格一战中，毫不隐瞒地说出了自己的烦恼。双方互相确认是否能接受他的「内心的黑暗」。

游星他们在深影和牛尾的委托下收留名为布鲁诺(ブルーノ)的失忆青年。布鲁诺拥有和D轮技术相关的极出色才能，于是很快与游星意气相投。两人专注于新引擎的开发上，可是…

偷走游星和布鲁诺所作的引擎程序的犯人竟然是耶格尔。游星他们为了夺回程序而跟踪耶格尔。然而，耶格尔摆脱跟踪，前往普拉西多等候的废工厂。

普拉西多打算把游星他们的程序上载给疾走机人。另一方面，游星和耶格尔被操作封锁卡组的机器人关了起来。游星苦战封锁攻击的机器人。就在那时，定时炸弹的倒计时开始了。被逼得走投无路的游星会……。

某天早晨，治安维持局的治安警察突然来到游星他们那里逮捕杰克。驾驶杰克的命运之轮号，操纵红莲魔龙的D轮手正不断严重危害着其他的D轮手。可是，杰克否认自己有做过。困惑的游星他们会…。

在卡莉的采访中得知有2辆杰克的D轮存在而意识到有假的杰克，游星和克罗前往现场寻找真的杰克。克罗在岸边的岩石上发现了杰克的卡，以为杰克掉海里了而大哭起来。游星在卡莉的联络下得知杰克再次出现在高速公路。在急忙前往现场的游星他们的前方出现的是…。

游星他们的车库前面平时精神百倍的左拉显得无精打采的。担心的游星听了左拉的烦恼，据说是町内会决定要把左拉重要的机关钟换成新的。之后，游星他们的车库前面出现一名男子。那人竟是左拉的儿子里奥(レオ)。里奥在3年前为了钟表的修行而离去，这次回来是为了修理坏掉的机关钟。于是，里奥为修钟去找左拉，结果被左拉赶出家门。其理由是……。

游星那里收到鬼柳的朋友寄来的内容为希望救救鬼柳京介的一封信，游星因此前往鬼柳所在的镇子。但游星在此所看到的却是，在决斗支配的镇里不声不响地打倒对战对手的鬼柳。游星上前跟鬼柳打招呼，但是…。

来带鬼柳回去的游星大胆地让鬼柳的敌对方雇用。其后游星与鬼柳对峙。游星告诉对方自己是来救他的，但鬼柳给出的只有冷淡的回答。就这样游星与鬼柳的决斗开始了！！

游星和鬼柳交战。鬼柳期盼着输给游星好让自己从决斗中解放出来。可是无法背叛决斗的鬼柳还是召唤了王牌怪兽「インフェルニティ・デス・ドラゴン(永火死亡龙)」逼游星入困境。另一方面，游星也召唤星尘龙对抗。游星更告诉鬼柳『一定救你出来』。

游星带鬼柳逃出矿山。逃出的前方有墓地，鬼柳得知决斗的败者被送去矿山并去世了，认为全是自己的过错而受到打击。就在那里维斯特(ウエスト)和尼科(ニコ)出现，2人认为出镇需要D轮，送来了游星的D轮。游星正打算去救被送矿山的人们时罗顿(ロットン)在游星他们前出现并袭击过来。想救出鬼柳他们的游星与罗顿进行疾走决斗！！

罗顿召唤ビッグ・キャノン・オーガ(大炮食人魔)，把游星逼入绝境。LP仅剩400的游星把一切赌在抽卡上。另一方面，鬼柳救出维斯特、尼科的父亲塞尔吉奥(セルジオ)，为了逃脱而与监视员们交战。

撞车镇受到罗顿的支配。现在已经无人能敌，任由罗顿为所欲为。但是，游星和鬼柳出现在那里，鬼柳向罗顿宣言「让你见识死神的活法」。就这样赌上小镇的游星·鬼柳VS罗顿的决斗开始了！！

赌上撞车镇的解放，游星和鬼柳向支配小镇的罗顿挑战决斗。游星巧妙的攻击成功削减罗顿的LP，另一方面罗顿召唤“ロングバレル・オーガ(长管步枪食人魔)”削减鬼柳的LP。

雪莉为了分析让自己被盯上性命的起因之卡的谜团而侵入治安维持局。另一方面，游星也带着布鲁诺前往治安维持局，向牛尾和深影报告布鲁诺近况。就在此时，治安维持局被人装了定时炸弹，游星和布鲁诺被关在里面。游星看见了雪莉并追赶其后，但是……

牛尾和深影到克罗那拜访。其理由是为了找出把克罗以前受到照顾的皮尔逊(ピアスン)杀害的犯人。犯人使用名为「ブラッド・メフィスト(血魔 墨非斯特)」的卡。克罗前往和自己同样在皮尔逊那工作的博尔格(ボルガー)那里。

克罗赌上王牌卡「ブラックフェザー・ドラゴン(黑羽龙)」，与博尔格决斗。博尔格的陷阱「ホワイト・アウト(乳白天空)」的效果下，黑羽的牵绊被切断，变得无法操纵自如地作战。想一口气分胜负的博尔格居然召唤出杀害皮尔逊的犯人所拥有的「血魔 墨非斯特」。与

WRGP预赛前的游星与独角兽队的王牌安德烈进行疾走决斗。游星被安德烈天性的用卡方式给慢慢逼到走投无路。孤注一掷的游星召唤王牌怪兽星尘龙，没想到…。

WRGP的预赛终于开始！游星他们作为「5D's队」参赛。初战对手竟是「独角兽队」。游星他们研究了先前一战，以第一棒杰克、第二棒秋、第三棒游星这个顺序来挑战。

杰克败给安德烈。推着因决斗冲击而故障的命运之轮号返回维修站后，由第二棒的十六夜秋接力。秋VS安德烈。秋先发制人削减LP，但安德烈的速度指示物已满，手卡也有「ジ・エンド・オブ・ストーム(终结风暴)」的卡准备逆转。到底会…

秋也败给了安德烈，5D's队处于最后轮手游星不打倒3人就无法胜利的困境。面对以能破坏对方场上怪兽的卡为王牌来挑战这场游戏的安德烈，游星试图用秋留下的星尘龙反击。

游星终于战胜安德烈，与下一对战对手布莱欧开战。布莱欧的战术是卡组破坏。虽然在卡组破坏的侵蚀下卡组变成23张，但游星不采取守势而以星尘龙展开攻击！！

游星击倒布莱欧，与队长让对决。卡组仅剩3张而且压倒性不利的状况下，游星仍不断攻击来削减让的LP。

游星赢得与让的激烈决斗。结果是5D's队突破了WRGP的预赛第一场。游星他们和让他们约定今后双方一起活跃之后，在车库开起祝捷会。这时雪莉出现，问起WRGP的真正意义。

游星他们下次的对战对手被决定是靠让独角兽队撞车而获胜的灾难队。向着下次对战努力练习的十六夜秋因撞车而不省人事，命在旦夕…。克罗为报秋的仇，强忍肩痛出场。紧接着，5D's队VS灾难队的一战开始了！！

灾难队和5D's队的WRGP预赛第2战开始了。灾难队的赫尔曼(ヘルマン)企图物理性停止克罗D轮的轮胎而用“隐身骑士-铁钩-”攻击。避过那一击的克罗，对隐身骑士-铁钩-进行破坏。

WRGP会场突然出现了幽灵军团。为了收拾会场内的混乱，游星他们赶到幽灵军团那里。众人在那看到的是强迫场内的D轮手大混战的幽灵们。游星他们为了制止幽灵们为所欲为而加入大混战，但是……。

继沟口之后连雪莉也败给了幽灵军团，游星终于被幽灵军团追上了。在穷途末路的游星面前出现的是那个蒙面车手。游星受到车手引导而加速。可是，这时怒火冲天的普拉西多向着他俩追来了！！

掌握了加速同调的游星怀着必胜的决心，面对与普拉西多的决斗！坚固防守，熬过普拉西多机皇帝不断攻击的游星转守为攻，进行加速同调。

加速同调失败的游星只能忍受普拉西多怒涛的攻击。想办法找到了生路的游星成功夺回星尘龙，并且下定决心再次尝试加速同调！！

游星加速同调成功了。召唤「流星龙」，对普拉西多的机皇帝反击。何塞和卢奇亚诺出现在胜利的游星面前。他们把自己的目的告诉游星。那目的究竟是……。

波马做了杰克被「红莲魔龙」杀死的梦。波马为了那个梦而叫来杰克。另一方面，杰克摸索着新的战斗方式，接受波马的建议，和游星前往纳斯卡之地。久别重逢的波马给出杰克会因目前的战斗方式而死的忠告。

杰克和波马的弟弟·马克斯决斗，认识到以前的战法已经行不通而苦恼。就在那时，他听了某老人所说的「向红莲恶魔说出愿望」，前往祭祀红莲恶魔的神殿。他在那里与恶魔的仆人进行作为契约仪式的决斗。到底杰克能不能得到「力量」呢！？

杰克打算通过与红莲恶魔的仆人决斗，得到新的力量。可是，所有攻击全被避开，还不断被削减LP。然后，杰克在与红莲恶魔的仆人的战斗中，为求胜利而摸索出新的战术，但是……。

游星他们在街上碰见耶格尔。刚问关于太一的事，耶格尔马上逃跑，但还是想办法捉住了。赌上太一的秘密进行克罗VS耶格尔的决斗，克罗对同调封印卡组采取对策应战！

耶格尔虽然决心与太一战斗，但游星他们一要打听关于太一的事就岔开话题。游星他们很不容易才从那耶格尔口中弄出情报，结果却没有比已知更多的情报。耶格尔看着气馁的游星他们，偶然地想起了新的事实。那个新事实到底是？！

游星、雪莉、布鲁诺进入和太一有所联系的企业「永转机特快」。本想在那寻找情报，却怎么也找不到。游星他们为了进入戒备森严的区域，必须先潜入所长克拉克(クラーク)的房间找到钥匙，所以前往克拉克那里。终于，他们从克拉克房间找到钥匙，但没想到的是克拉克也回来了。必须为雪莉、布鲁诺争取时间的游星，在此向克拉克提出决斗。想不到，克拉克提出的方式是神经衰弱(记忆翻牌)决斗。游星到底会…。

游星他们为了探索太一的谜团而进了「永转机特快」。但在克拉克的阴谋下，被关在异次元传送装置「无限(インフィニティ)」里。游星他们尝试逃出，但机器完全失灵。就这样，他们飞往虫洞空间。到底游星他们能成功逃出吗？！

龙亚偶然相识了太阳队(チーム太阳)。他们是从乡村来挑战WRGP的。太阳队虽然已经突破预赛进入决赛淘汰赛，可是幽灵的袭击却让唯一的D轮出现故障，令他们很头痛。虽然龙亚提议请游星来修理，但是…

决赛淘汰赛的首战对手是「太阳队」。龙亚与太阳约定正大光明地一战。第1轮手是杰克和吉藏。托游星修理D轮的福，吉藏起跑和杰克的命运之轮号势均力敌甚至更胜一筹。赢得先攻的吉藏只召唤了1星的通常怪兽「キーメイス(心钥妖精)」作守备表示。5D's队员很吃惊，但是…

5D's队VS太阳队。第1轮手杰克轻而易举地打败太阳队的吉藏，与第2轮手甚兵卫开战。可是，甚兵卫竟使出与吉藏同样的作战。杰克凭直感认为不能让对方拖延回合而攻击了，想不到…

太阳队的战略竟是对第20回合解放1星怪兽就能召唤的最强怪兽「睡巨人咕咚」的召唤。虽然5D's队员察觉到了那个作战，可是防止不了召唤，「睡巨人 咕咚」终于被召唤了。尽管克罗用黑羽龙对抗，但是……。

——坚信的力量！最强的巨人咕咚VS流星龙召唤了拥有匹敌神卡的力量的「睡巨人 咕咚」的太阳队打倒克罗，终于开始了游星VS太郎的对决。就算游星召唤星尘龙，想方设法地对抗，也只能逐渐被削减LP，被逼入绝境。但是，就在「睡巨人 咕咚」发动攻击时，游星进行加速同调，召唤出了流星龙。

5DS队下次的对战对手是诸神黄昏队(チーム・ラグナログ)。他们是作为三极神继承者证明的「卢恩之瞳」的拥有者。拥有三极神的他们跟游星等人一样，也知道关于新世界队(チーム・ニューワールド)将要引起的世界危机的事。

5D's队VS诸神黄昏队的战斗开始了。第1轮手是杰克和德拉甘。过去有因缘的2人的对决，用跟以前一战完全相同的手卡进行决斗。杰克用红莲魔龙打算攻击的时候，德拉甘发动了以前没能发动的陷阱卡。那张陷阱卡是……

——灵魂之战！极神皇托尔VS真红莲新星龙。 杰克VS德拉甘。杰克的王牌怪兽红莲魔龙被德拉甘成功召唤的极神皇托尔破坏了。对神采取守势仍被削减LP至900，但杰克显露狂暴的斗志，成功二重同调，召唤了真红莲新星龙。

杰克虽然打倒了德拉甘，但败在了诸神黄昏队的第2轮手布雷弗手上。克罗VS布雷弗。同为用卡方面的智多星的两雄展开激战。布雷弗场上有极神皇托尔存在，状况对克罗压倒性不利，但他驱使天生的战术对抗。

克罗VS布雷弗。布雷弗终于召唤极神皇洛基，用双神对克罗展开攻击。克罗打算用陷阱防御，但在强力的神卡面前，LP被削到只有「50」。被逼入绝境的克罗，看到玛莎之家的孩子们拼命打气的样子……。

游星VS哈拉尔德。游星采取巩固防御的作战。另一方面，哈拉尔德凌驾于其战略之上，一口气就召唤了第3神“极神圣帝奥丁”。使用奥丁的效果，哈拉尔德用3极神攻击，游星因而被逼入绝境，但他召唤救世星龙对抗。

游星打算反击的手段被哈拉尔德识破，反遭还击。勉强抵御了神攻击的游星成功加速同调，召唤流星龙。流星龙VS星界三极神。最后胜利会鹿死谁手……。

5D's队战胜了诸神黄昏队。漫长战斗的最后，世界疾走决斗大奖赛的决赛被决定是5D's队VS太一三皇帝何塞、普拉西多、卢奇亚诺他们新世界队。决赛前，新闻记者卡莉想要出5D's队的特集报道。

——赌上未来的战斗！机皇帝神空VS真红莲新星龙。 终于5D's队和新世界队的决赛开始了。知道不赢这场战斗就会消灭新童实野市的事实，游星他们下定决心，前往决赛。杰克VS卢奇亚诺。杰克虽然警戒同调杀爪机皇帝，但相信自己的战略，他召唤了王牌真红莲新星龙。

打倒了卢奇亚诺的杰克和第2轮手普拉西多开战。普拉西多召唤机皇帝神智攻来，但杰克用真红莲新星龙对抗，反过来给与巨大伤害。可是，LP大减的普拉西多不做反击，就只盖卡并结束回合而已。到底普拉西多的目标是？

打倒了杰克的何塞所操纵的机皇帝神陆，吸收杰克的真红莲新星龙，变成攻击力15500正等待着下个对手。对这场赌上性命的战斗已有所觉悟的克罗，召唤了作为机皇帝同调封锁的对策而准备的「黑羽-极光之奥罗拉」，但是……。

继承了克罗牺牲自己而召唤上场的黑羽龙，游星与何塞对峙。紧接着，游星把克罗的心意记于心中，召唤了流星龙。

卢奇亚诺、普拉西多、何塞3人合体，变身为「阿波利亚(アポリア/Aporia/难题/绝境)」！阿波利亚把机皇帝的「核」送去墓地，召唤了最强的「机皇神 机录」。游星用流星龙对抗，但是…。

阿波利亚用机皇神机录把游星逼进绝境。另一方面，游星驱使杰克的真红莲新星龙、克罗的黑羽龙反击……。

游星在与阿波利亚的决斗中胜利了。在漫长战斗的尽头，5D's队成为WRGP的第1届冠军。游星他们觉得赢了绝境就守住新童实野市的和平了。然而，突然之间，天空破裂，弧线摇篮出现。

雪莉说出看到游星来新童实野市上空出现的弧线摇篮会死这个未来的事。但是，游星为了守护城市，决心前往弧线摇篮。在诸神黄昏队的协助下发现通向弧线摇篮的入口的游星打算一人前往，不过…

游星他们来到弧线摇篮。兵分3组以中心作为目标。雪莉挡在那样的克罗和亚纪面前。说不会让他们去中心而挑战决斗。发动场地魔法「忘我画派(Ecole de Zone)」，变成两个的雪莉与克罗、秋各自开战……

由于雪莉的陷阱，克罗和秋自相残害。就算设法逃出陷阱，但雪莉又重新用「Z－ONE(忘-我)」卡的力量，发动「魂缚门」给与伤害效果。克罗和秋想方设法要雪莉停止，但是…

杰克、龙亚、龙可前往的行星齿轮那里等待的是阿波利亚。虽然3人为停止行星齿轮而面临与阿波利亚的一战，但要被迫进行背后装管子，LP被真实数值化，这种真正意义上赌上性命的决斗。龙亚相信胜利干劲十足，可是！？

杰克·龙亚·龙可VS阿波利亚。龙亚干劲十足，结果让杰克·龙可大受伤害。阿波利亚更召唤了机皇神龙 星标，一口气展开攻击。三人被赶进绝境，就在那时，龙亚他…。

杰克·龙亚·龙可VS阿波利亚。龙亚终于作为龙印人觉醒！龙亚让动力工具龙进化，召唤生命激流龙！以这股新力量生命激流龙开始反击阿波利亚！

游星为了弄停弧线摇篮，继续以中心的行星齿轮作为目标，与蒙面车手一同前往。好不容易才到达行星齿轮所在地的那时，蒙面车手出现异常。他挡在游星面前，说打倒自己。他的真正身份是布鲁诺，同时也是Z-ONE的同伴“安提诺米”(アンチノミー/Antinomy/二律背反)。游星大受打击，可是…！？

游星vs克罗赌上王牌卡「ブラックフェザー・ドラゴン(黑羽龙)」，与博尔格决斗。博尔格的陷阱「ホワイト・アウト(乳白天空)」的效果下，黑羽的牵绊被切断，变得无法操纵自如地作战。想一口气分胜负的博尔格居然召唤出杀害皮尔逊的犯人所拥有的「血魔 墨非斯特」。与安提诺米在弧线摇篮内持续激战。面对因敌我力量悬殊而感到焦躁的游星，安提诺米发动超越界限的境界“顶点明净之心”（トップ・クリア・マインド）的三角加速同步（デルタ・アクセル・シンクロ）开始更强的猛攻。不仅如此，在那时的两者后方，更有吞噬败者的黑洞逼近着！在绝对不能输的这个绝境中游星会…！？

得知游星交战的安提诺米的真正身份是布鲁诺，5D's队员们大吃一惊。Z-ONE(ゾーン/ZONE/忘我)出现在那时的他们面前。为了停止弧线摇篮，决心与Z-ONE决斗的那时，阿波利亚出现，向Z-ONE发起挑战。阿波利亚的本意是！

阿波利亚VSZ-ONE。Z-ONE召唤“时械神 梅塔伊恩”（时械神メタイオン），把阿波利亚逼到绝境。另一方面，阿波利亚不放弃游星他们所教的希望而继续挑战。阿波利亚不断地召唤机皇帝…他那战略让游星他们5D's大吃一惊…！

游星和Z-ONE终于对决！Z-ONE召唤前场决斗折磨绝境的“时械神 梅塔伊恩”。另一方面，游星则驱使朋友托付给他的牵绊之卡。召唤真红魔龙与黑羽龙的游星有何战略！？

Z-ONE召唤3只时械神，并称“我就是不动游星自己”。游星他们隐藏不住对此事的震惊，说“不可能有那种事”追问。可是，Z-ONE开始讲述那句话的真正意思。

Z-ONE召唤5只时械神，进一步把游星逼向绝境。好不容易游星才躲过5只的攻击，但Z-ONE又用超绝想象的战略追击。就在那时，弧线摇篮与新童实野市撞击的影响之下，游星被抛到空中…！

游星作为进化的证明，让身为与同伴们的牵绊的5只同步怪兽同步，召唤了流天类星龙。游星把Z-ONE场上的怪兽全部破坏并步步紧逼，Z-ONE召唤“究极时械神赛菲隆”（究极时械神セフィロン）对抗。这时游星终于召唤出了星尘龙！

结束与Z-ONE的战斗，新童实野市取回和平。游星他们也用各自的方法为城市复兴作出贡献，但克罗和秋、龙亚·龙可都在烦恼关于他们自己的将来。就在那时，久别多时的5D's队的众人一同聚餐…。

游星VS杰克。为了决定他们自己的未来，游星和杰克都拿出所有力量全力应战。杰克召唤王牌怪兽“真红莲新星龙”，游星以“流星龙”对抗。

游星VS杰克最终战。终于与杰克的决斗有所了断，游星下定自己应走的道路的决心。同样地，杰克和克罗、秋、龙亚、龙可他们看了这场战斗，也决定了他们自己应走的道路。然后……