La Cité académique organise une semaine sportive diffusée dans le monde entier. Pour le prestige de la Cité, un comité doit absolument persuader deux des 7 Niveaux 5 de faire le discours d'ouverture. Mikoto Misaka semble donc être l'esper idéal.

C'est le début d'une nouvelle épreuve opposant Tokiwadai, un des grands favoris, à une école aux espers moins puissants. Mais cette fois-ci, Misaka a été remplacée par son clone par mégarde. Au vu de ce qui se trame derrière cette rencontre, et si c'était une chance inespérée ?

La quête de Saten pour Shadow Metal finit par lui poser des problèmes. Uiharu remarque quelque chose de mal avec le site Web que Saten parcourait. Mikoto apprend que Wannai n'a pas récupéré son uniforme de gym, ce qui l'a incitée à retrouver sa sœur.

Suite à la disparition de son clône, Mikoto comprend rapidement que Shokuhô prépare quelque chose à son encontre. En effet, même ses amies les plus proches, Kuroko, Saten et Uiharu semblent l'avoir oubliée. Pour pouvoir s'en sortir, elle va devoir probablement accorder sa confiance à quelqu'un d'autre.

Mitsuko Kongô, qui n'a pas eu la mémoire altérée, décide de partir à la recherche du clône de Misaka, mais se retrouve nez-à-nez avec Baba qui, avec ses robots, va rapidement la mettre mal en point. C'est donc au tour de ses amies, Awatsuki et Wannai, d'entrer en scène.

Après un combat effréné entre Baba et les camarades de Misaka, cette dernière se retrouve nez-à-nez avec l'opposant qui était persuadé d'avoir capturé la véritable Mikoto Misaka. Mais manque de chance, le dernier indice pour retrouver le clone de Misaka s'enfuit après le combat inégal contre Railgun. Les pistes se referment alors sur les souvenirs du chat du clone qui devraient pouvoir être analysés par psychométrie.

Entre le site camouflé découvert par Uiharu et les souvenirs du chat, l'affaire se referme autour de Shokuhô, la manipulatrice des mémoires. Cette dernière semble détenir la clé du kidnapping du clone de Mikasa : des explications entre les deux Niveaux 5 s'imposent.

Gensei Kihara semble être la cible commune à abattre pour Shokuhô et Misaka, mais impossible pour elles de collaborer pour infiltrer le lieu sous haute surveillance où il semble censé se rendre. En parallèle, Saten, Uiharu et Shirai poursuivent leurs recherches sur leur assaillante maîtrisant le métal liquide, une certaine Mitori Kôzaku.

Suite au fiasco pour retrouver Gensei Kihara, Misaki Shokuhô et Mikoto Misaka se redirigent à toute vitesse vers le bâtiment de prédilection de Shokuhô qui serait visé par l'équipe du professeur. Ce bâtiment semble renfermer une arme redoutable en lien avec la capacité Mental Out de Shokuhô.

Le véritable objectif de Gensei Kihara et de son acolyte Mitori Kôzaku était de déployer le réseau Misaka pour déclencher un développement brutal de Mikoto Misaka vers le niveau 6. Sa puissance décuplée, Misaka est semble-t-il manipulée et attaque à tout va. Shokuhô prend alors les devants et va faire participer différents proches de Misaka pour faire avancer la bataille.

Tandis que Sogiita et Tôma essaient de freiner la transformation de Misaka, Shirai essaie de coincer Mitori Kôzaku, et Shokuhô, le fameux Gensei Kihara. Mais ce dernier semble déterminé à récupérer les pleins pouvoirs sur Exterior, quitte à braver tous les pièges de Shokuhô.

Shokuhô a perdu son combat stratégique contre Kihara, pendant que Shirai met tout en œuvre pour découvrir où se cache Mitori Kôzaku. En effet, cette dernière contrôlant Misaka, la neutraliser permettrait de ramener Misaka dans son état normal. Arrivera-t-elle au bout de l'antagoniste au pantin de métal ?

Shokuhô et Shirai étant ressorties vainqueurs de leurs affrontements, Misaka semble voir sa transformation se calmer. Mais son pouvoir devenant incontrôlable, Tôma tient encore à intervenir grâce à son Imagine Breaker pour renverser le sort.

Agonisante, Mitori Kôzaku se remémore cette douce époque avec le clone Dolly et ce qui a conduit à leur séparation. Misaki Shokuhô, qui avait donc côtoyé le clone après le départ de Mitori, approche donc la jeune femme avec une idée claire en tête.

La rencontre sportive terminée, tout rentre à peu près dans l'ordre, bien que Misaki et Misaka n'arrivent toujours pas à s'entendre. Judgement reprend du service sur des tendances discrètes de la Cité, notamment l'apparition d'une application qui semble prévenir des incidents à l'avance. Quant à Misaka, elle teste le poker indien qui permettrait de vivre le songe de quelqu'un d'autre.

La branche 177 de Judgement se concentre sur la capacité de Miyama, le jeune garçon prévoyant des incidents à proximité de lui via une application. Kuroko aurait la capacité de pouvoir empêcher ces accidents d'avoir lieu, mais à force de faire des prédictions, le jeune Miyama commence à accuser le coup et à se poser de multiples questions.

Le poker indien continue de faire fureur à la Cité académique, et permet même d'acquérir des connaissances et des techniques en une seule nuit. Kinuhata et Mikoto, aux physiques similaires, croisent un même vendeur de cartes de poker indien qui leur promet une carte qui les aiderait à développer une meilleure poitrine…

Saten poursuit sa recherche de cartes de poker indien insolites, qui lui apprennent des compétences précises liées au jonglage pas foncièrement utiles. Cette recherche anodine va lui faire croiser la route de Frenda, une membre de Item obnubilée par les maquereaux, et celle d'un autre groupe mystérieux cherchant à exploiter le poker indien.

Traquée par le groupe School, Saten est protégée par sa récente connaissance, Frenda, membre du groupe Item. Mais voilà que les deux jeunes filles, pourtant motivées à déguster leur maquereau favori, sont prises en embuscade par une chasseuse de School qu'elles n'arrivent pas à identifier. Démarre alors une chasse au milieu d'une foule dubitative.

Misaki Shokuhô approche de nouveau Misaka pour une affaire liée au poker indien. Son enquête la conduit à s'intéresser à Ryôko Kuriba, une jeune fille qui aurait fait l'objet d'expériences cybernétiques dans un centre de recherche.

Shokuhô et Misaka approchent Ryôko Kuriba pour en apprendre plus sur l'expérience cybernétique qu'elle aurait réalisé sur son propre corps, de peur qu'un nouveau drame similaire aux Sisters se reproduise. Mais c'était sans compter l'intervention du quatuor des Scavengers, qui auraient pour mission de neutraliser le cyborg doté d'une âme.

Les Scavengers ont finalement pour mission de ramener le cyborg à un point donné, mais le combat est totalement inégal à cause de la capacité de possession de matière de Doppelgänger. Traumatisées par leur combat contre Accelerator, elles vont finalement croiser la route de Mikoto Misaka et tenter d'obtenir son aide pour affronter le cyborg et mener à bien leur mission.

Misaka collabore avec les Scavengers pour arrêter Doppelgänger, le cyborg bien décidé à prendre sa revanche sur les humains. Un combat titanesque s'engage entre le cyborg capable de manipuler la matière, et le Niveau 5 Railgun. Et si Ryôko Kuriba, la scientifique à l'origine de cette âme perdue, avait un rôle à jouer ?

Lors de son combat contre Doppelgänger, Misaka découvre le réel objectif du cyborg. Son rôle est donc de l'aider à accomplir ses dernières volontés et conclure sur le devenir des expériences menées par Kuriba pour sauver sa mère.