학원도시의 모든 학교가 참가하고 일주일에 걸쳐서 개최되며 전 세계로 그 모습이 중계되는 '대패성제'. 큰 이벤트를 앞두고 도시는 축제 분위기였다. 미코토와 우이하루, 사텐은 '렘넌트' 사건에서 중상을 입은 쿠로코의 병문안을 간다. 쿠로코는 입원 중에도 자신 때문에 미코토가 '대패성제'를 즐기지 못하는 건 아닐까 걱정하고 셋은 이를 걱정하지 않을 수 없게 된다. 그리고 쿠로코가 빨리 퇴원해서 '저지먼트'의 순찰에 참가하겠다고 말하는 것을 듣고 우이하루는 쿠로코의 몫까지 힘내야겠다고 생각하고 각오를 다진다. 그런 일상의 뒤편에서는 '대패성제'의 개회식에서 '레벨 5'에게 선수 선서를 맡기고 싶다는 기획안이 올라와서 바로 7명의 의사를 묻기로 하는데......

드디어 시작된 대패성제. 선수 선서를 담당한 '레벨 5' 7위 소기이타 군하와 5위 쇼쿠호 미사키가 나란히 단상에 올라 선수 선서를 시작하고 모두의 예상대로 시작부터 엉망이 되어 버린다. 부상이 완치되지 않은 시라이 쿠로코를 대신해 콘고 미츠키와 함께 출전한 미사카 미코토는 2인 3각 경기에 나가게 되고 능력자들이 겨루는 경기답게 시작부터 아스팔트로 만들어진 붕대가 미코토 일행을 휘감는데.

우연히 사람들이 미코토로 착각해서 미사카 동생은 토키와다이 중학교의 선수로서 벌룬 헌터 경기에 참가하게 된다. 능력자의 질로 승부하는 토키와다이 중학교의 선수들은 기합이 잔뜩 들어가 있었다. 경기 개시 직후 소극적인 전법을 취하는 상대 학교를 보고 낙승이라고 생각했지만 어째서인지 차례로 탈락자가 나오기 시작한다. 그것은 상대 학교의 참모인 바바의 책략이었다. 사실은 암부조직 '멤버'의 일원이었던 그는 어떤 임무를 수행하기 위해 토키와다이 중학교의 선수들에 대한 상세한 데이터를 모아서 치밀한 작전을 짠 것이었다. 그러던 중 '어떤'실험에서 얻은 경험을 살린 미사카 동생이 쾌속 진격한다. 이에 바바는 '미사카 미코토'를 무력화 시키기 위한 책략을 모두에게 전하고 자신의 본래 목적을 달성하기 위해 움직이기 시작하는데.

첫날 경기 일정을 마친 미코토는 대패성제 기간 동안 떨어져 지내야 한다고 울상인 쿠로코와 함께 거리를 돌아다닌다. 한편, 도시 전설을 좋아하는 사텐 루이코는 미지의 금속 섀도 메탈을 찾기 위해 경기가 끝난 경기장에 잠입한다. 우이하루와 전화로 연락하던 사텐이었지만 갑자기 누군가의 공격을 받은 듯 전화가 끊어져 버리고 이를 걱정한 미코토와 쿠로코가 텔레포트를 써서 경기장으로 향하는데.

쇼쿠호의 기억 조작으로 쿠로코와 친구들의 기억에서 지워진 미코토. 미코토는 이 사실을 알고 크게 분노하지만 쇼쿠호 파벌의 학생들에게 감시 당하고 있는 상황이라 움직이기가 쉽지 않다. 그러던 와중에 미코토는 같이 페어 경기에 출전하는 콘고에게 사정을 털어놓고 미사카 동생을 찾아줄 것을 부탁한다. 부탁을 받은 콘고는 바로 미사카 동생이 행방불명된 장소를 찾아가는데.

바바에게 무자비하게 구타당해 쓰러진 콘고를 보고 크게 분노한 완나이와 아와츠키. 둘은 사텐에게 콘고를 병원으로 데려가 달라고 부탁하고 바바와 전투를 시작한다. 한편, 쇼쿠호 파벌들의 눈을 피해 도주를 시도했던 미코토는 병원 근처에 있다가 병원으로 후송된 콘고를 보게 되는데.

미츠코의 부상에 분노한 미코토는 쇼쿠호 파벌 멤버들의 감시에서 빠져나와 바바에게 간다 바바는 거대한 기계로 응전하지만 미코토는 압도적인 힘으로 승리한다. 바바가 있던 차량으로 이동 경로를 특정 지은 미코토는 직접 미사카 여동생의 추적에 나서는데 한편, 바바와의 전투를 마치고 다시 콘고가 있는 병원으로 돌아온 완나이와 아와츠키는 독심 능력자의 힘을 빌려 미사카 여동생이 납치된 당시에 있었던 일을 알아보려고 하는데.

우이하루의 컴퓨터에서 지워진 데이터를 복구하자 화면에는 쇼쿠호의 모습이 찍혀있는 오컬트 사이트가 나온다. 쇼쿠호에게 사라진 미사카 동생의 행방을 묻고 일의 자초지종에 대한 설명을 듣기 위해 쇼쿠호를 찾아다니던 미코토 얼마 안 있어 미코토는 쇼쿠호와 대면하게 되고 쇼쿠호에게서 사라진 미사카 동생의 행방과 시스터즈를 노리고 있는 흑막의 정체에 대해서 듣게 되는데.

키하라 겐세이가 포럼 참가를 위해 방문해 있다는 장소에 도착한 미코토와 쇼쿠호. 둘은 각자의 초능력을 이용한 방법으로 키하라 겐세이가 있는 곳을 수색하기 시작한다 한편, 저지먼트 지부에서는 시라이 일행이 우이하루와 미스즈를 인질로 잡았던 인물에 대해서 조사를 하고 있었다. 자료를 조사하던 중 시라이는 유사한 인물을 찾아내지만 그 인물은 현재 소년원에 수감 중이라고 나와 있었는데.

붙잡은 키하라가 가짜라는 것과 자신들을 일부러 유인했다는 것을 알게 된 미코토와 쇼쿠호. 그리고 쇼쿠호는 키하라의 목적이 '익스테리어'라는 것을 알게 된다. 그 사실을 알고 눈에 띄게 동요하며 차에 오르는 쇼쿠호. 하지만 교통 정체에 발이 묶이게 되고 쇼쿠호는 숨겨 왔던 힘을 사용하기에 이른다. 그리고 다시 돌아가는 길 쇼쿠호는 과거 익스테리어가 완성되기 전에 만난 어떤 소녀에 대해 회상하는데.

겐세이의 함정에 빠져 쇼쿠호는 익스테리어를 빼앗기고 미코토도 미사카 네트워크를 빼앗긴다. 게다가 겐세이는 이 둘을 이용해서 미코토를 각성시키고 조종하여 레벨 6로 진화시키려 한다. 한편, 사텐을 찾아다니다 미코토가 위험하다는 말을 들은 토우마는 미코토가 있을 것이라고 여겨지는 제2학구 쪽으로 서둘러 향한다. 이윽고 도착한 제2학구에서 각성한 미코토를 보게 된 토우마 하지만 미코토는 토우마를 알아보지 못하고 엄청난 위력의 전기 공격을 날리는데.

레벨 6로 진화하려는 미코토를 저지하기 위해 분투하는 토우마와 군하. 압도적인 힘을 보여주는 군하였지만 미코토는 이상한 모습으로 변해서 군하를 상처 입힐 정도의 강력한 힘을 얻는다. 한편, 미코로를 완벽하게 제어하기 위해서 익스테리어의 리미트 해제 코드가 필요하다는 걸 알게 된 쇼쿠호는 몰래 겐세이를 미행하며 겐세이를 제압할 기회를 노리고 있었는데.

설치해둔 함정이 겐세이에게 간파당하고 순식간에 제압 당해 익스테리어의 리미터 해제 코드를 빼앗긴 쇼쿠호 한편, 쿠로코는 코자쿠 미토리의 금속 인형과의 전투에서 예상치 못한 부상을 입고 궁지에 몰린다. 자신의 위치를 정확하게 파악하고 있는 코자쿠의 수단을 파악하기 위해 분투하는 쿠로코 그 때 저지먼트 지부에서 상황을 모니터링하던 우이하루와 사텐은 어떤 사실을 눈치채는데.

키하라 겐세이는 쇼쿠호의 작전에 걸려들어 자멸했고, 무의식 속에서 미코토를 조종하던 코자쿠 미토리도 쿠로코에게 제압 당하면서 문제는 해결되는 듯했다. 하지만 미코토는 자신이 무의식 속에서 일으킨 거대한 힘을 억누를 수가 없었다. 이대로 가면 학원도시와 함께 자신이 사랑하는 사람들도 사라질 것이다 이를 용납할 수 없는 미코토는 거대해진 힘을 끌어안고 자폭하기로 결심한다. 하지만 그때 미코토는 자신을 구하러 달려오는 카미조의 모습을 보게 되는데.

미코토의 폭주가 멈추면서 겐세이와 코자쿠의 계획은 모두 실패로 돌아간다. 정신을 차린 코자쿠는 하수도 안에서 모든 것을 체념한 채 죽음을 기다린다. 코자쿠는 연구소에서 지내던 때를 회상하며 학원도시 연구자들의 실험에 희생된 친구 돌리를 추억한다. 그런 코자쿠의 앞에 쇼쿠호가 나타난다. 쇼쿠호는 구속당한 코자쿠를 풀어 주면서 코자쿠에게 놀라운 사실을 말해 주는데.

대패성제가 끝나고 평온한 일상으로 돌아간 미사카 미코토. 평범하게 학교에서 체육 수업을 받고, 쇼쿠호 진영이지만 같은 캐릭터를 좋아하는 동지인 호카제와 새로 출시되는 굿즈에 대한 이야기를 나누고 있었다. 그러던 중 호카제로부터 어떤 카드를 받게 되고 사텐의 설명으로 그 카드가 최근 학원도시에서 유행하는 자신의 꿈을 다른 사람과 공유할 수 있는 '인디언 포커'라는 것을 알게 되는데.

미야마 샤에이의 예지 능력을 확인한 쿠로코와 우이하루는 자신의 능력을 이용해서 사전에 사건 발생을 막고 피해자들을 구하자는 샤에이의 제안을 반신반의하면서 받아들인다. 샤에이의 예지를 이용해서 순조롭게 사건을 해결하는 쿠로코 일행 그러던 중 샤에이는 어느 공원에서 일어날 사건을 예지한다 그런데 샤에이는 같은 시간 다른 장소에서 또 사건이 일어난다고 예지하는데.

호카제의 인디언 포커 카드로 인해 안 좋은 경험만 했지만, 인디언 포커 카드로 잔재주를 습득해 피로하는 사텐을 보면서 다시 인디언 포커에 관심을 가지게 된 미코토. 사텐에게서 카드를 취급하는 트레이더가 있다는 정보를 입수한 미코토는 하교길에 트레이더를 발견하고 마침 그 자리에는 미코토와 같은 고민을 가진 아이템의 키누하타가 있었는데 심드렁하게 카드를 둘러 보던 둘은 트레이더가 감추고 있던 비장의 S급 카드를 보고 갑자기 돌변하는데.

미용에 좋다는 방송을 보고 바로 고등어 캔을 사러 간 사텐. 하지만 최후의 두 캔을 사자마자 품절 안내판 앞에서 좌절하고 있던 소녀 프렌다가 사텐에게 들러붙는다. 그녀의 깊은 고등어 사랑에 질려 한 캔을 나눠 주지만 프렌다는 실수로 모두 태워버려서 울상이 된다. 그런 모습을 보고 반쯤 어이없어하면서도 못 본 척할 수 없었던 사텐은 프렌다를 집으로 초대해서 식사를 대접한다. 제멋대로인 프렌다의 언동에 휘둘리면서도 즐거운 시간을 보내는 사텐. 그 후에도 메시지 앱으로 대화를 주고받는 사이가 된 둘은, 어떤 사건으로 다시 재회하게 되는데.

방심한 사이 사텐을 노리고 찾아온 '스쿨'의 스나이퍼 유미야 랏코의 저격에 당한 프렌다. 재빨리 벽 뒤에 숨어서 동료들에게 연락을 취하고 대처하려 하지만 이를 예측한 유미야에게 저지 당한다. 이에 프렌다는 저격을 어렵게 하기 위해 인파가 많은 곳으로 숨어들어 대책을 강구하려 하는데.

호카제의 인디언 포커와 바스트 어퍼 카드를 얻기 위해 한바탕 소동을 치른 일로 미코토는 피곤한 표정으로 거리를 걷고 있었다 그러던 중 러닝 코어에 공부하러 가던 하자마야 카나를 만나 같이 버스 정류장으로 가던 도중 순수한 카나의 입에서 도저히 아이가 한 말이라고 할 수 없는 촌철살인의 팩트 폭격이 쏟아지기 시작하는데.

지난번 임무 실패를 만회하기 위해 도플 갱어 생포 의뢰를 받아들인 스캐빈저. 쿠리바 료코를 습격하던 도플 갱어를 막고 손쉽게 생포하는 듯 했지만 도플은 쉽게 구속을 풀고 스캐빈저에게 강력한 역습을 가한다 한편, 도플의 습격에서 도망친 쿠리바 료코를 쫓던 스캐빈저의 세이케는 쿠리바를 심문하던 중 미사카와 조우하는데.

도플 갱어의 빙의 능력으로 고전을 면치 못하던 스캐빈저의 앞에 미사카 미코토가 나타난다. 전에 학원도시 레벨 5 제1위 액셀러레이터에게 당한 일이 트라우마가 된 스캐빈저의 리더는 미코토에게 자신들은 저지먼트라고 말하며 공동전선을 펴자고 제안하는데.

결정적인 순간 '도플 갱어'의 진짜 목적을 알아채고 공격을 주저하는 미코토. 사람들과의 공존을 권하는 미코토에게 '도플 갱어'는 자신에게 인간의 이기심을 강요하지 말라며 자신을 처분해 줄 것을 미코토에게 부탁한다. 그 간절한 부탁에 미코토는 '도플 갱어'를 향해 레일건을 발사하는데.