时间过得真的好快，木叶丸他们终于成为了可以执行任务的小组了，虽然冒冒失失，莽莽撞撞，但是总算把任务完成了，不过木叶丸和当年的鸣人真的好像啊，一上场就要求执行更复杂的任务。不过，这么长时间了，鸣人和自来也的修行终于结束了，两人回到了村子里，鸣人一阵感慨，村子还是一点都没变呢，只是多了一个纲手的影岩。多年没见，鸣人变得更高更强壮了，只是个别神经还是......

为了测试鸣人的修行成果，火影特地安排了一个人来和鸣人对决。就在众人好奇那个参与对决的人是谁的时候，火影办公室的门被敲开了，鹿丸和手鞠出现在大家的眼中。可是和他对决的并不是他们俩，居然是卡卡西！鸣人看到卡卡西那叫一个激动啊，居然把亲热系列的未出版本送给卡卡西当礼物，这个礼物超级讨卡卡西喜欢的。不过，试炼是必须进行的，收起了亲热天堂，卡卡西即将成为小樱和鸣人的对手。

这回的试炼还是从卡卡西身上抢夺铃铛，与当年不同的是，这回卡卡西没有一边看书一边战斗，不仅如此，他还使用了写轮眼，就在卡卡西感叹鸣人成长的同时，鸣人也趁机绕到卡卡西的背后。但是这一切只是开始，卡卡西顺利脱身后，他们的战斗会变成怎样呢？另一方面，砂隐遭到了晓的攻击，整个村子外围的士兵都被晓的两个成员杀光了。砂隐将陷入空前的危机中。

自来也、纲手和卡卡西在看到鸣人和小樱的成长后，不禁感到欣慰，然而在砂隐，一切则没有那么平静了，晓组织的潜入，让整个忍者村陷入了危机，身为风影的我爱罗同一名晓组织成员搏斗着。可是这名晓组织的成员是特别善于爆破的迪达拉，他可以不停的制造炸弹，我爱罗一时半会也没什么更好的办法，两个人的战斗会有怎样的结果呢？晓组织会被我爱罗赶出村子吗？

我爱罗好歹是一尾的人柱力，怎么会轻易被打败，但是迪达拉似乎很渴望能被我爱罗抓住，这明显就是迪达拉的阴谋，村子中的忍者们想的还是太少了。迪达拉果然从我爱罗制造的牢笼中逃了出来，可是我爱罗利用砂的力量再次将迪达拉拽了回去，两人的战斗陷入胶着状态，看着都让人揪心。不过在木叶那边，鸣人和小樱顺利的摘到了卡卡西身上的铃铛，根据火影的分配，他们三人将成为卡卡西组，以后没有师生之分，而是一个组里面互助的伙伴，一同执行任务。

木叶村一片祥和，一乐拉面依旧那么吸引人，肚子饿扁了的时候果然是要吃一乐拉面，就在老板要请鸣人吃拉面的时候，伊鲁卡老师出现了。与此同时，砂隐陷入了战争中，迪达拉的炸弹在村子中引爆，我爱罗用自己的沙子为整个村庄建立了一个屏障，保护村子不受伤害，可是他消耗了大量的查克拉，并且忽略和迪达拉保持距离，结果，我爱罗中了迪达拉的一记爆炸。不知不觉迪达拉在沙子中注入了炸弹，于是我爱罗在自己的绝对防御中被炸弹炸到了。

勘九郎挂念着被地达罗带走的我爱罗，便立刻展开追踪，虽然一路上蝎刻意隐瞒了行踪，但勘九郎靠着我爱罗掉落在路上的砂子，总算追上蝎与地达罗的脚步……

纲手在接获砂忍者村的紧急信函之后，决定派出新成立的卡卡西小组前去支援。此时，勘九郎为了救回我爱罗而与蝎对战，没想到却因此让自己陷入了极危险的困境之中……

卡卡西小组在接下任务后，便立刻出发前往砂忍者村。鸣人得知我爱罗遭晓掳走之后，心急地一心只想赶去救出我爱罗，因为他对我爱罗所受的痛苦感同身受……

地达罗与蝎带回我爱罗之后，晓的成员便立刻开始对他施术。而卡卡西小组则是继续赶往砂忍者村，纲手也另外指派刚结束任务的阿凯小组前去支援卡卡西小组……

就在砂的医疗忍者们为勘九郎身上的毒束手无策之际，小樱他们终于及时赶到。得到了纲手真传的小樱，发挥了惊人的治病与解毒能力，使得勘九郎所中的毒也因此得到了排解……

卡卡西在帕克追查出晓的据点之后，便决定立刻动身，千代婆婆也自告奋勇要一起去。然而，晓也获知了卡卡西与阿凯等人的行动，而分别派出了鬼鲛和宇智波鼬去应战……

为了顺利从我爱罗身上剥离守鹤，晓派出了鼬与鬼鲛分别对付由卡卡西与阿凯所领军的小组，而卡卡西与鼬、阿凯与鬼鲛，以前都有交过手的纪录，而这次又会有什么结果呢？

卡卡西小组和鼬才刚开始交锋，鸣人就陷入了鼬的幻术之中，还好在过去两年半的修炼之旅中，自来也有指导他如何破解幻术的方法，只是没想到才刚回来没多久就要派上用场……

小樱跟千代即时注入查克拉，让身陷幻术的鸣人得以脱困。虽然后来鼬被打败了，但结果却有点令人意外。另一方面，阿凯小组也打败对手，但是也遇上了相同的结果……

原来，现场的尸体其实只是鼬与鬼鲛的替身，而且其中一位还是砂忍者村失踪的上忍·由良。而砂忍者村内为了是否要推举新的风影人选而争论不休，也牵出“祭品之力”背后的秘密……

千代婆婆得知了鸣人也是祭品之力，加上他善解人意的个性，让她对人生有了另一层的体认。阿凯小组与卡卡西小组已经抵达目标地了，但晓所进行的仪式也进入了尾声……

卡卡西跟阿凯小组虽然已经抵达我爱罗所在的石洞外，但碍于洞口有五封结界，还是无法将我爱罗救出，于是在他们的同心协力之下终于进入洞穴里，但是……

五封结界被解除了，但敌人所设下的陷阱也在此时启动，阿凯小组得先打败自己的分身强敌，才有办法脱身。卡卡西他们也只能先靠自己对付眼前的敌人了……

卡卡西跟着鸣人去追带走我爱罗的地达罗，而小樱和千代婆婆两人则在洞穴里合力对付蝎。小樱在千代婆婆的指导之下，把蝎从名叫蛭子的傀儡之中给逼了出来……

随着千代与小樱跟蝎正式展开对战后，远在砂忍者村的勘九郎也带着从国境赶回来的手鞠一行人，出发前去救我爱罗……。然而，时隔二十年的祖孙重逢，除了没让千代奶奶感到喜悦之外，甚至还从蝎的收藏品中，发现了更惊人的秘密……。

眼看着小樱就要被困在蝎施放的毒气中而无法脱身时，昔日的约定让小樱决心不顾一切也要活下去，后来在引爆符的威力下总算脱离毒气的纠缠。然而，千代面对丝毫不示弱的孙子的攻击，最后也不得不拿出预藏的傀儡来对付蝎……。

眼看着没办法轻易解决掉小樱与千代的蝎，只好再拿出绝招来对付她们，那就是第三代风影最令人害怕的忍术——铁矿砂，此举的确让千代吃足苦头，但也因此激起了小樱来自纲手的不服输个性……。此外，随着蝎年幼时所打造的父母傀儡的出现，也让千代回忆起蝎小时候企盼得到父母之爱的往事……。

小樱虽然有千代的辅助，却还是陷入了苦战，卡卡西与阿凯他们虽然都知道小樱她们的处境，却因为各有敌人缠身，根本无法前往援救。虽然如此，在纲手的调教之下，小樱早已不是昔日的小女孩，也因此有了另人刮目相看的表现……。

小樱在遭到蝎的傀儡武器攻击前注射解毒药，所以逃过了一劫，原来那解毒药是小樱在医治勘九郎时的备份，由于当时只调配三份，自己又用了一份，于是将最后一份交给千代。而蝎则是承认自己遇到强敌，于是决定用自己手上最强的傀儡来对付小樱与千代……。另一方面，一路追着地达罗跑的鸣人与卡卡西，则是决定用卡卡西想的对策，来对付打败我爱罗的强敌——地达罗……。

小樱打算利用三分钟解毒药效打败蝎，虽然最后看似成功，但蝎的本体却在紧要关头寄生到别的傀儡上。此举让千代决定用已封印的忍术，结束眼前的这场傀儡战斗剧，没想到在召唤出十个傀儡后，蝎竟更上一层楼地召唤出一百个傀儡，一场傀儡大战于是就此展开……

就在小樱以为已打败蝎的时候，蝎竟然利用其他傀儡的躯壳复活了，而且还在小樱想救千代的时候给了小樱致命的一击，虽然如此，小樱在千代的治疗与转生忍术的帮助下，总算捡回一命。而蝎则是因为千代的攻击而丧命，却也因让千代说一个她心中再也无法实现的梦想……。

虽然阿凯他们已经察觉也确认小樱她们打败了蝎，但是四人仍然身陷于对手的术之中，不但没有打败对手的迹象，体力甚至开始出现疲态，后来在小李的激励之下，总算将难缠的对手给解决掉……。

阿凯小组在击败对手之后，火速赶往支援卡卡西小组，而卡卡西此时正准备利用万花筒写轮眼来对付地达罗，虽然最后还是被地达罗躲掉了，但是也毁掉了他的一只手臂……

当鸣人发现我爱罗已死时，心中的愤怒瞬间爆发，九尾的查克拉也从体内渗漏出来，卡卡西见状赶紧拿出自来也交给他的符咒往鸣人的额头上贴，总算是平息了鸣人的情绪……

千代婆婆与小樱跟卡卡西一行人会合后，便开始对我爱罗施行忍术，小樱也终于明白千代婆婆所提到她非做不可的事为何，原来她要利用转生忍术让我爱罗起死回生，但是代价就是得牺牲自己的性命……

在卡卡西一行人的努力与千代婆婆的牺牲之下，总算是把我爱罗从鬼门关前救了回来，他们也受到了砂忍者村的热烈欢迎。卡卡西一行人决定立刻出发回村子里，向火影大人报告最新的情况……

小樱向纲手报告蝎在临终前说出的情报后，纲手决定派卡卡西小组一行人前往探查真相。除了要补足一名小组成员之外，还得安排暂时带队的队长，鸣人立刻到村子里寻找适当的人选……

木叶的两位顾问为了鸣人的事找了纲手协商，最后纲手不得已只能接受他们的要求，启用他们选派的一名新人安插在卡卡西小组里面，而代替卡卡西职务的人选，则是由纲手亲自挑选……

纲手从暗部中挑选出适当人选后，新的卡卡西小组也就此成军，大和在纲手的任命下，立刻以卡卡西小组的代替队长之姿集合组员碰面，没想到才刚碰面，祭就已经跟鸣人他们水火不容……

鸣人和小樱都无法接纳祭，以致卡卡西小组迟迟无法整合。为了统合小组的战力，大和不惜自掏腰包招待鸣人他们住宿温泉旅馆，同时他也以胁迫的方式让大家能暂时维持表面上的和谐……

在大和的威胁与利诱下，卡卡西小组总算是有了表面上的整合效果，然而祭却还是无法与鸣人他们打成一片，小樱虽然发现祭在绘画方面的天份，但是却又从祭的绘画中看到了诡异的气氛……。随着时间的逼近，大和为了顺利执行任务与更深入的了解蝎，于是召开行前会议，目的就是为了能生擒那个蝎派遗到大蛇丸身边的间谍……。

大和在分组之后，立刻展开始模拟战斗训练，从训练中发现鸣人跟祭的关系仍然无法改善，以及祭的实力超乎他当初的想像。虽然鸣人跟祭似乎有点水火不容，但鸣人跟小樱后来都决定，只要能够救出佐助，他们都愿意与祭联手合作……。

大和在做好行前准备后，便乔装成蝎的模样前往天地桥赴约，但令人惊讶的是，晓派去的间谍竟然是药师兜。然而更让大和他们跌破眼镜的，则是大蛇丸也现身了，在情势所逼的情况下，大和决定叫鸣人他们三个人一起现身……。

大蛇丸现身后，小樱他们他在大和的一声令下一起出动，没想到鸣人竟然因为大蛇丸的挑衅而出现妖狐外衣外漏的现象，甚至在短时间内就已达到三条尾巴之多，而大蛇丸也在此时说出，他人还在木叶时跟大和相关的一段过往……。

鸣人因为愤怒使得妖狐外衣再次外漏，不惜让自己的意识被九尾吞噬，也要得到更强大的力量好将佐助带回，而他的举动却让此行的任务出现了意外插曲，祭似乎也借着这个机会，开始了某项秘密任务……

鸣人禁不起大蛇丸的挑衅，决定与体内的九尾妖狐妥协，不惜出卖自己的身体换取更强大的力量，鸣人虽然因为这样在与大蛇丸的打斗中占上风，但是也因此重创了自己的身体……

眼看着鸣人的变化，小樱忍不住想前去阻止，虽然大和立刻采取行动，但小樱的手臂仍被九尾的查克拉所伤，大蛇丸也因为肉体产生排斥作用而准备撤退了。鸣人在大和的抢救下慢慢恢复了……

在大和与小樱帮助鸣人治疗的同时，祭趁机执行段藏所指派给他的任务，而前去与大蛇丸交涉。鸣人在清醒之后，完全不记得发生过的事，而小樱则是听了大和的解说后，了解了整个战斗的来龙去脉……

大和的木分身在追踪的途中发现了祭的尸体，而另一方面，鸣人清醒后，身体似乎并未完全复原，被九尾的查克拉伤害的小樱，情况也好不到哪里，大和决定要让鸣人知道真相……

名门木叶学院转入一个神秘的转校生漩涡鸣人,就此一段忍者们的校园生活展开了。

当鸣人知道伤害小樱的真凶就是自己时，内心感到相当错愕。大和要鸣人别依赖九尾，要用自己的力量去拯救伙伴。另一方面，小樱看到祭的绘本后，对内容所描述的奇妙故事产生了疑问……

祭在大蛇丸的根据地里，与佐助有了一场战栗的会面。另一方面，鸣人和小樱吞下了大和所交付的神秘种子之后，三个人便利用土遁术潜入了大蛇丸的巢穴，展开救出佐助行动……

在大和的带领下，他们终于找到了祭的所在之处。在质问他关于“毁灭木叶计划”的事情时，祭也很干脆的说出了事情的原委。而小樱将祭所遗失的绘本归还给他后，也指出了隐藏在他行动中的矛盾心情……

祭听了鸣人的心声后，稍微懂了“伙伴”以及“牵绊”所代表的意义，他为了守护鸣人的那份友情，决定放弃原本的任务，改帮他们去寻回佐助……

鸣人虽然因为旧伤而感到吃力，却不愿意停下来休息，祭看着这样拼命的鸣人，也回想起了重要的回忆。但就在此时，大和也发现了祭的极秘任务的真相……

原来祭的真正任务就是要去暗杀佐助，而此时，大和也感觉到祭的查克拉似乎有了变化，他们便赶紧动身去寻找祭。当他们找到祭的同时，也跟佐助重逢了……

鸣人终于实现了几年来想与佐助重逢的愿望。但是，就算时间已经过了三年，佐助的心意还是没有改变。声称早已斩断牵绊的佐助，毫不留情的展开了攻击……

因为大蛇丸的介入，鸣人想带回佐助的心愿又再次落空。鸣人的无力感，小樱的坚强，祭的加入……他们将回到木叶村再次修炼，好好把握剩下的半年时间……

在夺回佐助行动失败后的几天，鸣人做了一个非常奇特的恶梦。隔天，他和小樱以及祭去探望仍在住院的卡卡西，卡卡西看到情绪低落的鸣人便提议说，要教鸣人一个只有他才能学会的忍术……

为了开发超越螺旋丸，只属于鸣人的独创忍术，卡卡西利用躺在病床上的时间，构思出可以让鸣人在短期间内完成修炼的方法，首先，是要调查鸣人的查克拉属性为何……

鸣人开始展开修炼了，由于方法得宜，再加上查克拉性质同属“风”的阿斯玛透露一些诀窍，鸣人很快就成功的切断了树叶。另一方面，纲手也指派了新的任务……

在大和的带领下，鸣人他们便出发前往火之寺，协助处理盗墓者事件。没想到还没到达，鸣人就发现隐形墓地已遭窃，甚至还因此被火之寺的人误认为是盗墓者，两人因此大打出手……

发现隐形墓地遭破坏后，火之寺的忍僧和鸣人他们都已做好随时应变的准备了。然而就在一行人进入火之寺后，鸣人发现空似乎不怎么受欢迎，鸣人在同理心的驱使之下，对空起了好奇心……

纲手在接到报告之后，察觉到木叶正面临内忧外患的现状，纲手决定先从内忧开始处理，于是派暗部去监视段藏……而在火之寺的鸣人一行人也纷纷掉进敌人所设下的陷阱……

由大和带队的卡卡西小组，身陷于行事高调的盗墓贼所设下的陷阱“有为转变”之中，“有为转变”是一种利用地形，设下类似迷宫般的陷阱，大和一行人也因此各自分散了……

空跟降土有了第一次的接触，降土看上空的强大力量，便鼓吹他加入他们的行列。另一方面，被“有为转变”的陷阱困住的小樱一行人也终于会合了……

大和判断对手的目标极有可能是空，于是提议带着空一起回木叶。回到木叶后，因为祭受伤得暂时休养，于是大和便推荐空暂时接替祭的位置成为卡卡西小组的新成员……

大和为了让空熟悉小组打算进行阵势的练习，刚好路过的阿斯玛却认为时机还不到，没想到大和竟然就借这个机会要鸣人和空跟着查克拉属性同样是风的阿斯玛修炼……

　根据情报显示，盗墓者四人组的目标似乎是空。另一方面，降土告诉空他的杀父仇人就是阿斯玛，空在憎恨的驱使之下，决定听从降土的指示去袭击第五代火影……

降土一行人的木叶袭击行动，终于在大停电后揭开了序幕。虽然木叶立刻进入了警戒状态，却因为降土所制造的防御结界，使得所有的人都被禁闭在村子里面无法出去……

阿斯玛发现前守护忍十二士的四人众借着降土的转生术再次复活了。原来降土的目的是要利用雷遁四人众的忍术，将木叶忍者村烧成灰烬……

当空得知降土的目标是要将木叶忍者村彻底歼灭时，感到相当的震惊。而同时间，木叶的其他伙伴也因为出现在大门附近的死尸部队而正在极力对抗中。大家都在为各自的决斗努力着……

正当鸣人与同时拥有多种属性的风火对决时，阿斯玛也为了阻止四人众施展雷梦雷人，正在努力与北子交战着。另一方面，封印在空体内的九尾查克拉被降土释放出来了……

空被降土解除封印之后，因为愤怒的情绪使得体内九尾的查克拉大量外泄而产生失控的状态，鸣人和赶来支援的鹿丸等人也想办法压制空的暴走，但此时的空早已跌入愤怒与绝望的深渊……

　当妖狐外衣的第四条尾巴出现时，鸣人他们只能眼睁睁的看着空的意识遭到九尾的吞噬，更糟的是，连鸣人体内的九尾查克拉也和空所释放出的九尾查克拉产生了共鸣……

鸣人一边极力压抑自己体内的九尾，一边拼命的想把空的心唤回来，而其他的伙伴们，只能选择袖手旁观。另一方面，降土与阿斯玛也到了必须做出最后了结的时刻了……

木叶为了平复战斗的创伤，正紧锣密鼓的进行修复的作业，而进行调查任务回来的卡卡西，则是向纲手提出了晓已经行动的报告。另一方面，在雷之国的云忍者村里，飞段与角都似乎已经收服了二尾……

卡卡西回村子之后，鸣人再次展开了新术开发的修炼。充满干劲的鸣人，在通过性质变化的修炼之后，立刻进入下一个阶段，这次要练的主题是运用风的查克拉将瀑布切断……

在鸣人努力不懈的修炼之下，终于有了惊人的成果。另一方面，得知地陆已经遭到晓杀害的纲手，也立刻采取应变措施，派出了新成立的二十个小组前往各处搜索……

虽然纲手为了找到晓的成员，而布下了天罗地网，但各小组回传的消息，却都令纲手大失所望。而另一方面，由阿斯玛领军的小队，则是火速抵达了火之寺，并在那里找到了另一条线索……

鸣人接下来的修炼，是要在螺旋丸中加入风的性质变化，这个连第四代火影都无法做到的事情，必须要靠鸣人自己去体会和练习才行。另一方面，追踪晓的阿斯玛小组也正赶往离火之寺最近的兑换赏金处……

阿斯玛小组终于跟晓的飞段有了正面的接触，面对着拥有不死忍术的飞段，阿斯玛小组陷入了困境之中。就在大家束手无策之际，阿斯玛提出了他最不喜欢的棒银战术，让鹿丸与其他队友大吃一惊……

向飞段施展出火遁的阿斯玛却连自己也跟着烧伤了，而且受伤的位置竟然与飞段一模一样，就在大家还在纳闷的时候，飞段表示说神的制裁仪式即将开始，他要让阿斯玛跟着他一起感受痛楚……

由于鹿丸看透了飞段的忍术，在千钧一发之际救了阿斯玛一命，但是受到阿斯玛致命一击而身首异处的飞段，却还能活着，而晓的另一位成员角都，还施展了更怪异的忍术，替飞段缝合了伤口……

阿斯玛因为中了飞段的术而受了致命的重伤，不过，晓的二人组却因为不明的联络而突然撤退了。虽然井野和丁次的支援小组也及时赶来，但是阿斯玛的状况却非常不乐观……

就在晓正在封印二尾的同时，回到木叶忍者村的一行人，也正在向纲手进行任务报告，并讨论着有关葬礼的事情。另一方面，鸣人的新术修炼也面临着无法克服的瓶颈……

阿斯玛的葬礼在沉重的悲伤气氛下举行着，而选择缺席的鹿丸，则是因为深沉的失落感而无法面对自己。第十小组的成员在冷静的重新自我检视后有了结论，他们决定继续执行晓的追击任务……

卡卡西加入了只剩下三人的第十小组，继续执行追击晓的任务。而最适合担任支援角色的第七小组，则是要鸣人在二十四小时之内完成新术的前提之下才能够成行。替阿斯玛复仇的任务即将展开！

虽然鹿丸他们一开始就采取先发制人的攻击，但是角都却能让所有的攻击都失效。在彼此一来一往的攻势之中，角都终于现出了他真正的原形，这也让卡卡西费尽心思的攻击全都白费了……

卡卡西一行人决定采取分离式的战法，鹿丸先将飞段引开到别处进行一对一的攻击，而其他人则留下来支援卡卡西对抗角都。面对着角都同时具有的不同性质查克拉，卡卡西的攻击渐感疲态……

独自在森林里与飞段对峙的鹿丸，因为查克拉逐渐用尽而不小心让飞段取到血面临了危机。而同一时间，卡卡西也因为角都的猛烈攻击，终于被困住了，眼看着角都就要取走卡卡西的心脏……

鸣人他们终于在千钧一发之际赶来支援了，小樱与祭在卡卡西的指示之下赶紧前往支援孤军奋战的鹿丸。而此时的鹿丸为了替恩师报仇，展现了他过人的才华和布局……

鸣人新术的威力让大家都非常惊讶，角都也察觉到鸣人新术的危险性，但是尚未完成的新术所能维持的时间过于短暂，第一次的攻击竟然在攻击角都之前就失效了，鸣人要求大家再给他一次机会……

鸣人终于运用新术打败了角都，看在眼里的卡卡西，深切感受到世代交替的时刻已经逼近，而鸣人在角都之战中受伤的右手腕，伤势竟然比想像中的还更严重，连纲手都警告说不能让鸣人再动用新术……

在暗部的搜寻之下，总算有了大蛇丸根据地的线索，得到此一情报的纲手，立刻找来卡卡西和志乃等人组成搜索小组前去追踪。另一方面，鸣人因为得知了新术的风险而陷入苦恼之中……

鸣人为了学习另一种新术，便跟着自来也到温泉乡进行修炼，自来也提议鸣人修炼一种与蛤蟆合作的忍术，以取代原本的高风险新术。没想到，被召唤出的蛤蟆，竟然是与鸣人极度不合的蛤蟆力……

　志乃派出去追敌的寄坏虫受到某种不明的忍术袭击，而产生了不明的结晶反应，卡卡西连忙请忍犬帕克将东西火速交给火影去分析。而另一方面，大蛇丸似乎也开始有所行动了……

志乃发现遭到晶遁攻击的寄坏虫，仍有极少数存活的迹象，察觉到这个迹象的志乃，为了得到具有抗体、足以有效对抗敌人的虫子，便暂时离开大家进行搜寻的行动……

红莲接受了大蛇丸的委托，便带着幽鬼丸回头去与部下们会合，在半路上幽鬼丸却因为淋到雨而发了高烧，红莲只得找间小屋让幽鬼丸休息，看着这副模样的幽鬼丸，红莲回想起了小时候的自己……

志乃找到具有免疫力的寄坏虫后便前往与卡卡西他们会合，可是他为了要大量繁殖对晶遁拥有免疫力的寄坏虫，再度决定暂时脱离战线。另一方面，幽鬼丸因为害怕红莲会不告而别，便将自己的护身符送给她……

火影研判卡卡西他们会与棘手的敌人交手之后，便派大和带着祭与小樱前去支援。而一直被蒙在鼓里的鸣人在得知之后，冲去与火影理论，表明自己也要一同前往的决心……

分析了被结晶化的寄坏虫后发现，与卡卡西他们交手的对象，是运用人称“晶遁”这种稀有忍术的忍者，这个结果让纲手更难以摸清大蛇丸目前的动向与目的，而此时的卡卡西等人也被对方的晶遁之术困在森林里了……

大和带领的支援小组被眼前巨大的晶遁结界阻挡了去路，鸣人趁机施展与蛤蟆刚修炼完的新术，也成功的破坏了水晶之墙。当他们与卡卡西小组会合后，得知了雏田被对方的晶遁困住的事……

在成功救回雏田之后，卡卡西将成员分成几组追踪敌人，并派鸣人单独前往散发着巨量查克拉的湖泊查探。当鸣人来到湖边后，看到红莲和一只巨大的泥兽正在打斗，蛤蟆吉见状后便告诉鸣人那只巨大的泥兽就是传说中的三尾……

卡卡西得知敌人的行动与三尾有关之后，决定暂且按兵不动，等待纲手下达命令。另一方面，幽鬼丸照顾着受到三尾攻击而昏迷的红莲，红莲在昏迷之中，受到浓雾所影响而看到了许多幻象……

　鸣人为了寻找幽鬼丸决定再次深入到雾中，当他遇上红莲后，双方为了保护幽鬼丸而展开了一场战斗，在千钧一发之际卡卡西等人及时将鸣人拉离战场，而木叶派来的增援小组也终于到了……

纲手下达的新任务为“封印尾兽三尾，不许落入任何人手中”以及“保护与尾兽能力有关联的幽鬼丸”，整个小队也因此重新编制分成封印小组、护卫小组以及对付晶遁忍者小组……

由静音领军的封印小组开始发动用来捕获三尾的结界四方封阵，并开始搜寻三尾的下落，而大和小组则去寻找会使用烟雾战的敌人小队，只是小李似乎对于自己没被分在重要小组里有些失落……

卡卡西与鸣人为了保护封印三尾的结界四方封阵，与红莲展开了一场死斗，正当红莲压倒性的晶遁威力让卡卡西快招架不住时，志乃及时出现利用寄坏虫破坏了晶遁的攻击……

兜打算利用幽鬼丸的力量让三尾暴动，以便破坏木叶的结界四方封阵，而红莲因为不想再看到幽鬼丸因此而受苦，便开出交换条件，如果自己能成功控制三尾并阻止木叶的封印行动，兜就不能再对幽鬼丸出手……

被激怒的三尾冲向了已经昏过去的红莲，打算给她致命的一击，幽鬼丸为了救出红莲而发挥了前所未见的力量并成功的让三尾停止了动作。麟儿眼见时机成熟，便向红莲要胁，若是秘密不想被幽鬼丸知道，就得配合他的计划行动……

鸣人与红莲为了保护幽鬼丸，在与三尾对峙的过程中一起被吞进了三尾的肚子里。两人为了寻找出口决定暂时休兵一起合作。也因此，鸣人得知了红莲埋藏在心中多年的秘密，而红莲也得知鸣人是祭品之力的身份……

透过幽鬼丸的描述，木叶的伙伴们得知了鸣人和红莲遭到三尾吞进肚里的消息，虽然无法置信，但大家也只能暂且相信幽鬼丸的直觉，并决定先透过幽鬼丸的力量找出三尾的下落……

木叶的伙伴们在展开救援行动后却还是没看到鸣人与红莲的身影而显得不安。但是，为了对抗苏醒过来的三尾，封印小组决定再次施展结界四方封阵，祭也暂时先将幽鬼丸带去避难……

兜打算利用幽鬼丸让三尾失控攻击木叶的忍者，为了能让幽鬼丸使出全力，他逼幽鬼丸吃下大量的药丸。眼见结界快要无法压制失控的三尾时，纲手派的活蝓大人及时现身替封印小组注入查克拉的量……

兜为了让幽鬼丸的情绪受到波及进而引发更大的力量，便把红莲的秘密说出来。气不过的鸣人马上与兜扭打在一起，而红莲正打算将衰弱的幽鬼丸带走时，却被兜以死魂之术控制的麟儿挡住了去路……

对于封印三尾的任务迟迟没有进展，加上大家因为战斗的关系已经疲惫不堪伤痕累累。大家便找了一个地方先行治疗伤口并替幽鬼丸看诊，此时，纲手也下达了新的命令，要大家先回村子，改派另一小组去接替监视的任务……

大蛇丸在剧烈的痛苦当中等待着转生时刻的到来，而佐助在离开木叶村，经过了三年时光的此刻，他会答应将自己的肉体提供给大蛇丸转生吗？一场鹰与大蛇的激烈对决即将展开……

大蛇丸将佐助引至他体内的异空间里，准备进行转生仪式，而打算将调合好的药拿给大蛇丸服用的兜，错过了他们俩的激战，只见地上一条白色巨蛇的尸体以及站在一旁的佐助……

打败大蛇丸的佐助，首先先释放了被关在水槽里的男人水月，他打算再去找北方根据地的重吾以及和南方根据地的香燐组成一个小队，不过水月却说要先拿到桃地再不斩这位大前辈的刀他才愿意加入……

在拿到再不斩的斩首大刀之后，佐助与水月起身前往南方根据地寻找香燐，佐助会积极想要拉拢香燐是因为在数年前第一次与她碰面时，就见识到了香燐与众不同的特殊能力……

佐助为了去找下一个伙伴重吾，便与水月和香燐一起出发前往北方根据地。北方根据地是相当可怕的人体实验场，而身为实验源头的重吾，其体内拥有大蛇丸施行咒印术所用的酵素，根据地里其他的实验体全都是咒印术下所产生的失败品……

当佐助来到重吾的面前提出要他加入自己小队的要求时，重吾却抵死不肯离开根据地，还因为内心突然涌现的杀人冲动而与佐助陷入激战，在激战当中，重吾的脑海里浮现了那位唯一能理解他内心的怀念身影……

数十年前，忍者大陆的五大国面临统治的失衡，席卷整个大陆的第三次忍界大战因而爆发。隶属当年尚未成为第四代火影的波风凑小队的卡卡西，与凑老师和身为宇智波一族的带土，以及医疗忍者小凛一同前往神无毗桥执行任务。对于卡卡西常挂在嘴边的忍者规定，带土听在心中总是不太开心，但其实卡卡西会拘泥于规定是有原因的，带土在听了老师的解释后，决定要试着去努力了解卡卡西的内心。而晋身为上忍的卡卡西在此次任务中担任卡卡西小队的队长，他们三人将与老师分头执行任务……

在与老师分开后，小凛不幸被埋伏的敌人掳走了，但卡卡西却认为继续执行任务比营救小凛更来得重要，带土因为无法接受卡卡西的理由，决定脱队独自前去敌人阵地救出小凛。正当他一时大意，被埋伏的敌人攻击之际，卡卡西突然现身救了带土……

“晓”的首领召唤回晓组织的各个成员，并告知大蛇丸已死的消息，而打倒大蛇丸的佐助正在积极吸收小队成员，未来将会以晓为下一个攻击目标，另一方面，接获此情报的木叶也开始暗中进行准备……

木叶与晓双方都派出了人手针对佐助新组成的小队“蛇”展开搜索行动，同时间，“蛇”的成员们为了搜集鼬的情报也开始行动了。在三方人马各自的行动下，紧张的气氛渐趋高涨，而出现在眼前的人，竟都是出乎自己意料之外的人物……

曾经败在鼬的写轮眼手中的羞愤，加上自己想亲手解决的大蛇丸被人捷足先登的不满，地达罗决定去找佐助并打败他以泄心头之恨，当双方一碰上面开始，地达罗就迅速展开攻势，不让佐助有喘息的机会……

眼见引爆黏土的攻击迟迟没有见效，地达罗决定将原本要用来对付鼬的超小型毫微炸弹C4金翅鸟拿出来对付佐助，C4金翅鸟若是被吸入体内，炸弹就会在体内各处进行小规模的爆炸破坏体内细胞进而毁掉生物本身，佐助是否避得掉这波攻击呢？

佐助虽然利用写轮眼躲过了C4金翅鸟的攻击，却也因为消耗过多的查克拉而筋疲力竭，而同样也毫无余力的地达罗决定将自己化成人体炸弹，利用自爆一举毁掉无力避开攻击的佐助，而在爆炸发生的同时，香燐也感觉不到佐助的查克拉了……

在地达罗自爆的瞬间，佐助虽然立刻躲进万蛇的体内并利用时空间忍术转移到另一个空间，但还是因为受到爆风的影响而受了重伤，香燐等人便将佐助带往附近的旅馆让他好好休养，而木叶的忍者们则在牙的带领下，追着佐助的味道往旅馆接近当中……

时间回溯到第二代火影统治的时代。才刚成为下忍的少年自来也、大蛇丸、纲手一起组成三人小组，并由猿飞蒜山负责带队。自来也因为向往猿飞老师所施展的通灵之术，便有样学样也跟着比划起来，没想到却因此踏入蛤蟆的世界……

在爆发了第三次忍界大战后，自来也以木叶忍者之姿和纲手、大蛇丸联手参与战斗任务，并在这次的战斗后得到了“木叶三忍”的名号。而归途中，自来也因故收了三位战争孤儿为徒弟，而这三位徒弟在日后却引起了相当大的波澜……

自来也利用蛤蟆成功潜入雨忍者村后，随即开始搜集村里内战的情报，对于村人避谈昔日首领山椒鱼半藏的话题和景仰新首领培因的态度来看，自来也认为事有蹊跷，便决定抓两名雨忍者村的下忍来打探有关培因的情报……

为了与培因战斗，自来也从体内请出掌管鸣人八卦封印钥匙的蛤蟆健，并伪装成下忍的外貌再次展开侦察行动。而早就发现自来也行踪的培因先派出小南击袭。双方交战过后，自来也才发现原来小南和培因都是昔日的徒弟……

为了打倒昔日亲手调教出来的徒弟，自来也抱着某种觉悟展开了攻击，他先运用通灵之术召唤出蛤蟆健来对抗同样也使用通灵之术的培因，而培因因为拥有传说中的轮回眼，自来也决定发动仙人模式……

自来也完成仙人模式后，便与三名培因陷入混战之中，虽然力量提升了，但忍术在轮回眼的监视下仍然无法发挥任何效用，就连体术也一直遭到阻碍迟迟无法打破眼前的僵局……

自来也虽然想出了一个对付培因的方法，却也因此牺牲了左手，而培因的数量也增加为六名，其中一人过去曾是自来也的徒弟之一弥彦，然而弥彦同样也拥有轮回眼这件事让自来也感到困惑……

为了追踪鼬的下落，佐助打算到每一个晓的根据地去做地毯式的寻找。而这次来到了某个晓的根据地后，佐助让蛇的伙伴们留在外头，独自一个人进入根据地内，而佐助也终于见到鼬了……

佐助与鼬终于再度重逢了，两人一见面立即进入一场攸关生死的兄弟对决，在旁人眼里看来，两人似乎都是静止不动的，但实际上，双方都正在利用宇智波一族特有的瞳力在进行殊死战……

在双方利用写轮眼展开激烈的幻术对战告一段落后，鼬开始诉说有关于最强的瞳术——万花筒写轮眼的秘密，为了追求站在巅峰的力量，鼬不惜走上与佐助宿命的对决之路……

虽然没有万花筒写轮眼的瞳力，但佐助仍旧尽力破解了鼬的“月读”，并趁机展开反击，只可惜鼬马上使出更强大的绝招“天照”，不烧尽就绝不熄灭的黑火，让佐助仅存的查克拉也几乎用尽了……

佐助终于等到鼬使出“天照”，他迅速利用雷遁聚积雷云，使出了鼬绝对闪躲不掉的“麒麟”，鼬虽然无法闪避，但他利用“须佐能乎”阻挡了攻势，而大蛇丸的查克拉也趁机从佐助体内窜出，鼬就是在等待这一刻……

鸣人一行人因为“鸢”（“阿飞”）的阻挠而无法前进，面对木叶忍者们的攻击，“鸢”却总是能够安然躲过，卡卡西便叫志乃利用寄坏虫发动攻击去试探“鸢”的底细，正当双方你来我往之际，晓成员之一的绝突然出现，并告知了鼬被佐助打败的事……

当佐助在激战完而筋疲力竭倒下后，斑将他带入洞穴之内替他疗伤，佐助苏醒后，斑便将自己的真实身份表明，并开始向佐助诉说他所不知道的“鼬的真相”，而那个真相却重击了佐助的心……

原来鼬并不是佐助一直以来所想的那种人，灭族的事情其实是木叶高层所赋予他的极密任务，而鼬对佐助所做的种种，包含最后的生死之战，一切都在鼬的掌握之中。佐助因此而下了一个决定，那就是毁灭木叶村……

鸣人一行人终于赶到鼬与佐助战斗的现场，大家虽然拼命搜寻线索，却还是无法得知佐助的去向，而佐助的“蛇”小队在更名为“鹰”之后，便决定与晓联手合作，而首要任务就是先去捕捉八尾……

佐助一行人在雷之国的云雷峡找到了八尾杀人蜂的踪迹，而八尾虽然老是唱着古怪的饶舌歌曲，但却让佐助他们陷入苦战，佐助甚至还一度受到濒临死亡的重伤，而想尽早解决敌人的八尾，也终于显露出尾兽的原貌……

鸣人一行人在返回木叶的途中，接到了一项紧急任务，为了履行在第三次忍界大战时，第三代火影与役之行者所签定的密约，第七小组赶往葛城山援助被袭击的土蜘蛛一族。然而他们却在那里遇见了一名神秘男子泡沫……

鸣人他们一路护送役之行者的孙女——萤，直到抵达土蜘蛛的村子才离去。但抢夺禁术失败的盗贼集团，却事先到村子里埋伏，想要伺机夺取禁术……但却因为泡沫的突然现身，让双方陷入了一场意外的交战……

虽然在泡沫的帮助下，免除了禁术被夺取的危机，却也让盗贼集团发觉泡沫是雾忍者村的逃亡忍者。另一方面，鸣人不放心萤的安危，决定回到土蜘蛛的村子，却意外得知萤失踪的消息，于是鸣人等人再度展开搜索行动。

雾忍者村的暗部，要求大和等人交出泡沫来换取萤的安全，但为了顺利完成这次的任务，大和拒绝了雾忍的要求。就在情况陷入僵局之际，雾忍的带领者——剑即时现身，为了避免无谓的纷争，剑、泡沫以及大和三人开始进行协商……

回到葛城山的山寨后，鸣人等人便向遁兵卫询问禁术剥离的方法。虽然大家都赞成将禁术废除，但萤却为了土蜘蛛一族的复兴，而断然拒绝了这个提议，并说出早已失踪的“白浪”师兄，或许拥有能保护禁术的力量……

失踪已久的白浪突然出现在萤的面前，并表示愿意为振兴土蜘蛛一族而尽力，于是萤便跟着他离开，却没料到白浪其实就是袭击葛城山的盗贼。为了救回萤，鸣人与泡沫追踪着残留的足迹来到土蜘蛛山村，然而出现在他们眼前的却是……

在小樱、祭与大和的援助下，鸣人与泡沫顺利潜入了土蜘蛛的村子，并随着自然界查克拉的流向，找到了被字缚术所控制的萤，而白浪正打算从外部发动禁术，鸣人与泡沫虽然想要阻止白浪，却因为遭到字缚术的控制而一筹莫展……

因为受到白浪忍术的控制，萤对鸣人与泡沫施展了禁术。相对于因成功施展出禁术而喜出望外的白浪，萤则是陷入了绝望的深渊之中。完全将心封闭的萤，刻意让禁术失控想与之同归于尽，但心系着萤的安危的泡沫，在此时也采取了行动……

回到木叶的鸣人，回想起执行任务时与鼬遭遇所发生的事，他百思不解鼬在当时到底是想告诉自己什么？正当鸣人陷入沉思时，卡卡西突然出现，并将他带到第五代火影的面前，一则冲击的消息正等着鸣人承受……

鸣人沉浸在失去自来也的深切悲伤中，久久无法从失落感中走出来，只能不断地回想与自来也共有的回忆。另一方面，纲手也承受了好友死去的冲击，但为了不让自来也的牺牲白费，纲手发誓要解开自来也留下的线索。

借由鸣人提供的线索，终于解开了自来也留下的讯息，但光凭那一点情报，根本无法解开培因之谜，雨忍的讯问与培因尸体的解剖，也同样无法得到令人满意的解答。面对下定决心要替自来也报仇的鸣人，深作提出了一项令人意外的建议。

鸣人前往妙木山进行仙术修炼，但是吸取自然能量必须花相当多的时间练习，于是深作提出了一个能够缩短修炼时间的妙计，但这个修炼法中竟隐藏着令人意想不到的危险。鸣人可以顺利地进行修炼吗？成为仙人的条件又是什么呢？

鸣人的仙术修炼迟迟没有进展，于是深作提议直接进行下一阶段的修炼，究竟鸣人最后能成功练就仙人模式吗？另一方面，在鸣人进行修炼的同时，雷影得知了弟弟八尾遭人掳走一事，为此感到愤怒的雷影，誓言决不会放过晓……。

鹿丸一行人持续进行培因情报的解析工作。但在此同时，培因六道却破坏了木叶的结界，并且展开攻击。面对这突如其来的异变，众人都因措手不及而陷入一片慌乱。另一方面，在妙木山修炼的鸣人，则是面对了一个残酷的事实……。

木叶忍者村遭到培因的猛烈攻击，于是纲手打算将此事通报给深作，但是受到段藏煽动而前来的顾问焰与小春，则是坚决反对召回鸣人。被激怒的纲手决定不顾一切召回鸣人，因为她相信鸣人会成为守护木叶的力量。

卡卡西与培因天道在村子里的一角展开对战。面对天道及修罗道的攻击，让卡卡西陷入了苦战。在他即将被逼入绝境之时，秋道丁座率领的小队及时赶到，并让卡卡西在战斗中看透了天道的能力，究竟天道的忍术弱点是什么呢？

静音带着培因遗体解剖的情报现身，与亥一的情报进行整合，就在接近培因之谜的真相时，畜生道与人间道开始对情报部发动攻击。为了揭发培因的真面目，亥一与静音急着前往暗号部，而伊比喜所率领的暗部菁英，则自告奋勇地挡在畜生道的面前……。

木叶丸在引导人们避难时，意外遭遇到培因六道的其中一人——地狱道。为了让木叶丸顺利逃走，身为老师的惠比斯，不惜赌上自己的性命，想要化解木叶丸的危机。目睹这幕景象的木叶丸，想起了以前曾经答应过鸣人的约定……。

纲手在火影大楼的匤顶与培因天道对峙。她虽然拒绝了交出九尾的要求，但培因也利用人间道的能力，看破了鸣人目前身处妙木山的事实。眼看牺牲不断升高，纲手不由得恨得咬牙切齿。为了让木叶了解真正的痛楚，培因选择给木叶造成毁灭性的创伤……。

鸣人在察觉到情况有异后，便与深作一同赶回木叶。但出现在他眼前的，竟是已被破坏殆尽的木叶忍者村。纲手也为了保护村民的性命，用尽了所有的查克拉。于是鸣人强忍住愤怒与悲痛……，奋不顾身地与培因展开一场激烈的对战！

鸣人用风遁·螺旋手里剑成功打倒了培因人间道，但其他的培因也陆陆续续的在他面前站了起来。深作跟志摩为了切断轮回眼的联击而展开行动……就在此时，鸣人从仙人模式中解除的危机，正一分一秒地逼近……

激战过后，鸣人遭到了天道的压制，虽然他想用仙人模式对抗，但查克拉却被饿鬼道吸收，使得仙术模式遭到强制解除。另一方面，为了不让静音白白牺牲，鹿丸等人誓言找出培因的本体，正当他们在分析情资时，山中亥一发现了一项重大的事实……

在深作与志摩陆续倒下后，鸣人的行动终于被天道给控制住了。就在一筹莫展之际，雏田为了守护鸣人决定挺身而战。另一方面，阿凯小组正快马加鞭赶回木叶，而宁次也在那个时候，感受到前方有某种不寻常的异状……

鸣人受到雏田在自己眼前倒下的冲击，使得九尾的查克拉开始暴走，但有能力阻止九尾失控状态的大和，却正在远方出任务。九尾鸣人和天道展开了一场激烈的厮杀，在这场超越人们认知的战斗中，鸣人尾巴的数量终于来到了八根……

鸣人在精神世界里与第四代火影——波风凑相遇。在受到父亲的鼓舞之后，鸣人心中的迷惘也随之烟消云散，并下定决心要找到自来也所托付的答案，随后便回到了培因正在等他现身的现实世界……

为了切断憎恨的连锁，鸣人打算前往培因本体的藏身之处，没想到却在途中与四角等人相逢。面对鸣人想独自去与培因本体对谈的要求，虽然众人并不赞同，却也决定尊重鸣人的想法，而鸣人也终于见到了师出同门的师兄——长门……

时间回到中忍考试前夕。本来应该努力修炼的鸣人，在听到有关“第四代火影的遗产”这个话题后，便认定那是第四代火影所留下的极致忍者奥义。于是一场为了寻找“极致奥义”的严酷冒险，就此揭开序幕！

鸣人一行人为了拿到奥义，挺身挑战各种困难关卡。但急于表现的鸣人，却因为冒失的行动，而害伙伴们身陷危机之中。除此之外，他们还遭到同样想获得奥义的雨忍袭击，究竟鸣人他们能不能拿到第四代火影所留下的忍者奥义呢？

面对长门与小南，鸣人决定先听他们的说法，再去找出如何面对憎恨的答案，于是长门便说出自己的过往……他的父母在战乱时被木叶忍者杀害，让他因此成了孤儿，所幸弥彦与小南适时伸出援手，于是他们三人便相依唯命在乱世中求生存……

为了实现和平的梦想，长门、弥彦、小南在自来也的照顾下成长茁庄，后来更以弥彦为中心，成立了不仰赖暴力与武力来追求和平的组织。然而视他们为眼中钉的雨忍者村首领——半藏，却早已设下了圈套在等待着他们……

长门认定在这个被诅咒的世界里，并没有真正的和平存在。而鸣人在听完了长门的故事之后，他所得到的答案又是什么？另一方面，在听到鸣人的结论后，长门虽想否定他的答案，但他的脑海中，却浮现了一段过去他与自来也的对话……

由于对鸣人的选择产生认同感，长门决定赌上一切，施展最后的忍术“外道·轮回转生之术”。长门拿自己的性命，唤回了在这场战斗中陨落的忍者们的灵魂。鸣人胸怀着师父与师兄所托付的重要理念，为追求和平而努力。

为了重建木叶，伊鲁卡回到忍者学校的遗址开始整理，并回想起往日时光。当时还是新手老师的伊鲁卡，在第三代火影的请托下，同意担任鸣人的班导师，然而双亲遭到九尾妖狐杀害的过去，却让他无法敞开心胸接纳鸣人的存在……

鸣人一心想赶上成绩优异的佐助，却不断成为班上的笑柄。而身为鸣人班导师的伊鲁卡，也迟迟无法从16年前的创伤中走出来，更无法坦然地面对鸣人，因此想拜托第三代火影解除班导师职务。但第三代火影却坚决不肯接见他……

木叶后山发现有他国忍者入侵，双方因此发生了冲突，但不知情的鸣人，却在此时为了加入同学们的小集团而前往后山。伊鲁卡在得知消息后立刻赶往救援，而他国的忍者则是为了找回机密文件，开始对鸣人与伊鲁卡发动攻击……

与培因交战过后，在火之国的诸侯殿中聚集了各个重要人物，为了村子的重建工作共商大计。另一方面，在木叶的村子里，纲手的意识迟迟未恢复，让鸣人颇为担心。看到鸣人今日的模样，让卡卡西不禁回想起第七小组刚成军时的往事……

在重建木叶忍者村时，鸣人与小樱遇到了昔日熟悉的人物，他们就是波之国的木工——达兹纳与伊那利，他们祖孙俩是过来协助木叶忍者村的重建工作。欢喜相会的鸣人等人，因此回想起在波之国执行完任务后的某一起事件……

和伊那利、达兹纳谈话时，小樱和鸣人回想起在三年前发生的一个事件，当时第七小组完成了“拘捕鸵鸟”的D级任务，在经过一处小镇时，看到一名叫津角的男子，正打算要进行报仇的场面……

木叶遭到毁灭一事也传入了砂忍者村，勘九郎与手鞠很担心木叶是否能迅速从惨状中脱困，但我爱罗却对此感到乐观。此时在我爱罗的脑海里，浮现出昔日与木叶的第七小组，联手执行任务时所发生的往事……

看到鸣人历经百战却丝毫不显疲累的模样，让小樱想起昔日在村子里发生的某起骚动。三年前，小樱因突发的高烧而倒下，其症状与“查克拉病毒”所引起的症状极为酷似，而与小樱有过接触的鸣人，似乎就是病毒的带原者……

为了村子的重建工作，天天与宁次前往研究所筹措必要的忍具，并回想起第一次造访研究所时发生的意外事件。当时鸣人取代小李，与天天和宁次组成三人小组。然而，出现在他们面前的，却是风格独特的忍具研究家硫黄与他的助理硝石……

在某个森林里，有一只名叫秃鹰的鸵鸟，以前曾被鸣人所属的第七小组捕捉过。但是历经了反覆的逃亡与修炼后，秃鹰已经蜕变成一只会说人话的忍者鸵鸟。在充满好奇心的小鸵鸟面前，秃鹰开始述说它与鸣人之间一段纠葛不清的历史……

小李在中忍考试时受了重伤，在他住院治疗的期间，鸣人竟然把阿凯特地为小李调配的青春饮品喝光了。虽然鸣人拜托阿凯再制作饮品，但其中最重要的成分“徐福花”已没有库存，于是鸣人决定要为了小李，把徐福花给摘回来……

为了带回佐助并学习保护自己，鸣人与自来也踏上了修炼之旅。他们前往拥有特殊磁场的村子进行幻术修炼，因为村子外围树海的磁场，会让人陷入与幻术雷同的状态。但才刚抵达村子口，他们便遇上了一位名叫田螺的少年……

韩蛇蜘挟持村里的妇孺当人质，借此控制住整个村子。鸣人与自来也虽然想解救村子，但他们的策略却以失败告终，被俘虏的人质也被当成了供品。见到这番情景，田螺决定要挺身拯救村民，但鸣人他们却因贝螺王的能力陷入了绝境之中……

为了完成“爪印大全”这本书，佐助等人接受了猫婆婆的委托，去采集掌控猫界的大人物·猫又的爪印。猫又住在难以攻克的山寨里，还有忍猫负责保护，为了潜入猫又的身边，鸣人他们所采取的神秘对策竟然是……

时空回到木叶毁灭行动不久之后。为了牵制他国忍者的行动，鸣人参加由上忍叶山所率领的小队，前往国境从事巡逻的工作。小队里有一位别名叫万年下忍的老人，负责照顾众人的起居。正当他们四处巡视之际，大批敌军却蜂拥而来……

完成任务返回村子的第七小组，目睹了暗部正在押解一名混进村子打探报情的女忍者。为了查明这名忍者的任务与委托的村子，情报小组决定直接探索她的脑部，没想到映入眼帘的，竟然是卡卡西年幼时的身影……

中忍考试正如火如荼地进行，然而木叶毁灭行动也在当时启动。村子立刻陷入了混乱的漩涡。赶往观众席的宁次与天天，得知雏田遭到两名云忍掳走的消息，为了夺回白眼，宁次与天天、牙还有赤丸组成小队，共同执行这件A级任务……

2011 年 1 月 1 日在日本优衣库服装店推出的全新动画。DVD 包含日本摇滚乐队 Aqua Timez 的 Mayonaka Orchestra 独家版本。数量有限的 DVD 作为礼物赠送给在网上或商店购买优衣库火影忍者图案 T 恤的人。

鸣人在结束自主修炼的回程途中，发现了一张奇怪的符咒。鸣人未经思考便撕下符咒并随即返家，没想到当晚竟然有个男性幽灵出现在枕边。另一方面，木叶忍者村正为了通过一项新的警备网议案，召开了高层协商会议……

第七小组接到了夺回黄金像的任务。他们决定兵分二路，由卡卡西前往港口，留鸣人三人在林间埋伏，没想到盗贼却在此时出现了。急于表现的鸣人与佐助虽然夺回了黄金像，但两人的手也因为敌人的忍术，怎么也没办法分开……

第七与第十小组，奉命前往长年受盗贼团洗劫的某个村子。为了突破盗贼的根据地，并救出被掳走的人质，“策略家”鹿丸与足智多谋的盗贼首领巴吉，展开了一场激烈的心理战，究竟深入险境的鹿丸等人，是否能顺利完成任务呢？

鸣人的成长让他与佐助的关系更加紧绷。为了不妨碍任务的执行，于是纲手指派他们负责不同的任务。鸣人与小樱执行护卫诸侯亲戚的工作；佐助与卡卡西则是去侦查入侵火之国的忍者动向。但在进行侦查时，他们却意外发现了一个计划……

云忍者村小队来到木叶，转交雷影写的亲笔信给新任火影段藏。另一方面，鸣人与小樱从牙的口中得知，段藏已接替纲手继任火影职务，并同意追杀木叶的逃亡忍者佐助，心急的两人打算前去要求段藏撤回许可。

轻与重打算从鸣人口中问出佐助的相关情报，但鸣人却因为无法出卖伙伴而决定代替佐助挨打，好让轻与重出一口怨气。另一方面，晋升为火影的段藏，从根里面挑选出几位菁英担任护卫，准备出席五影会谈……

五影在村民们的目送下，各自踏上了前往参加会谈的旅程。另一方面，鸣人为了恳求雷影原谅佐助，也和卡卡西与大和一同出发，为了在五影会谈前夕与雷影碰面，他们开始跟踪寒一行人……

鸣人、卡卡西、大和终于和雷影碰面了。鸣人恳求雷影原谅佐助，不要因为抹杀佐助而启动复仇的连锁行动，但雷影却置之不理。另一方面，五影陆续抵达主办会议的铁之国境内，五影会谈将在互相提防的诡异氛围中揭开序幕。

为了与晓对抗，三船呼吁五影组成忍者联合军队，并提议由火影负责联合军队的指挥工作，然而这一切都是段藏的计谋。另一方面，祭为了鸣人的事主动去找小樱谈话，得知鸣人为佐助所做的一切之后，小樱做了一个痛苦的决定。

宇智波斑突然出现在鸣人的面前，并对鸣人一行人述说起发生在鼬身上的真相。另一方面，在铁之国境内，武士们与入侵的鹰的成员展开战斗。正当佐助在搜寻段藏的所在地时，出现在他眼前的，却是满怀愤怒的雷影与云忍者村的忍者们。

鸣人等人从斑的口中得知了关于鼬的真相后，不由得一脸茫然。另一方面，在铁之国境内，雷影对上了想把段藏解决掉的佐助，一场激烈的死斗就此引爆。正当双方酣战之际，风影·我爱罗突然挡在他们两人之间……

佐助施展“须佐能乎”，防御了由我爱罗、手鞠、勘九郎和懒联手发动的总攻击，现场因此遭到破坏，段藏一行人也趁乱离开了会场。虽然佐助想立刻展开追击，但水影却在此时挡住了他的去路。面对水影与土影，佐助再次陷入了新的战局……

宇智波斑向在场的领导人说明“月眼计划”的详情，打算让九只尾兽的源头“十尾”复活，并让自己成为十尾的祭品之力，并用幻术控制全世界，然而各忍者村的领导人却不接受斑的提议，于是斑提出了第四次忍界大战的宣战布告。

在听到宣战布告之后，五影们便推举雷影为领导者，同时组成了忍者联军。并决定立刻向诸侯报告。就在这时候，小樱一行人来到了鸣人他们在铁之国投宿的旅馆前面。小樱表明有重要的事情要对鸣人说，但内容却让鸣人大吃一惊……

杀人蜂与鬼鲛陷入了一场攸关生死的决斗。战斗中杀人蜂的查克拉持续遭到食量奇大无比的鲛肌吞噬，鲛肌的刀身也因此变得更加巨大。另一方面，青一路追踪乘隙逃走的段藏，却不小心身陷风所设下的可怕陷阱。

祭利用分身前来告诉鸣人一行人，小樱无法启齿的真相。因为喜欢佐助，所以小樱决定自己亲手杀死佐助，面对祭这一番话，着实让鸣人哑口无言。此时，我爱罗等人前来告诉他们五影会谈中所发生的事件经过。

接收来自风影一行人的情报后，卡卡西等人也决定了接下来该如何采取行动，然而一连串的变故，让鸣人因过度呼吸而倒下。就在此时，佐助与敌人段藏展开了对峙。佐助想要确认当年命令鼬杀光宇智波一族之事，到底是不是真的。

佐助对段藏施展的攻击无法奏效，反而被段藏所施展的神秘忍术玩弄于股掌之间。原来段藏施展的忍术，是宇智波一族中被视为禁术的瞳术——伊邪那岐。那是一种能够控制虚幻与现实区隔的极致幻术。

佐助与段藏的战斗看似是段藏获胜，但其实佐助早已对其施加了幻术，让段藏不知伊邪那岐的有效时间已过，并因此身受重伤。紧接着，段藏为了达到目的，想尽办法维持自己的生命，于是挟持香燐当人质，没想到却……

小樱确认了佐助的所在位置后，打算亲自去和他做个了结。幸好祭及时出面阻止，众人才得知了小樱的决定。就在双方出现争执之际，没想到小樱竟趁隙迷昏了众人，在她独自前往佐助身边的同时，昔日的回忆也开始一一浮现

鸣人由于过度呼吸症发作，而被迫在旅馆里休息。在鸣人陷入沉思的脑海里，不断浮现从少年时期开始的种种回忆。然而，早已经历过获得的喜悦，与失去的痛苦的鸣人，终于找到自己要的答案……

小樱来到佐助的身边，宣称要与他一起脱离木叶忍者村。于是佐助便要求小樱结束香燐的性命，以证明自己的决心。为了取得佐助的信任，小樱便手握苦无往香燐的身边走去，没想到这竟是佐助打算借机杀了小樱的计谋……

眼看着小樱就要死在佐助手中，幸好鸣人即时赶到化解了危机。身为佐助昔日恩师的卡卡西，打算与佐助单打独斗，但却遭到鸣人趁隙阻止。鸣人与佐助毫不留情的施展招式，强力的螺旋丸与千鸟擦出激烈的火花。

“一流的忍者只要交手一次，就能看透彼此心里在想什么”。鸣人与佐助透过战斗了解了彼此的心思。抱着赴死决心的鸣人，要佐助把所有的憎恨往自己的身上发泄。面对已显出不耐烦的佐助所提出的问题，鸣人的答覆竟是……

杀人蜂背着紧黏着他的鲛肌回到云忍者村，但它的行动背后，竟隐藏着晓的企图。另一方面，刚醒来的祭发现舌头上的咒印已消失，这是因为段藏已死，所以术也跟着解开了。当然木叶的暗部也察觉到此事，因而引起了骚动。