木ノ葉に帰還する木ノ葉たち。万華鏡写輪眼のダメージが抜け切らないカカシは病院に収容され、一週間の安静を言いつけられる。しかし大蛇丸の部下との接触の機会は四日後と迫っていた。「別の隊を派遣すべき」というシズネの主張を押し切って、綱手は欠員を補充したカカシ班を任務に差し向けると宣言。それを聞きつけたナルトは早速補充メンバーを探すべく里に繰り出すが、途中謎の少年サイの襲撃を受ける――！

ナルトに近いうちの再会を予言し、鮮やかに姿を消す襲撃者サイ。一方その頃、綱手は里のご意見番、ホムラとコハルの呼び出しを受けていた。「人柱力であるナルトを暁絡みの任務につけるべきではない」と主張するご意見番は、今後ナルトには優秀な忍をつけ、監視と護衛を強化すべきだと提案する。断る綱手だが、ご意見番は綱手の無理を聞く交換条件として、綱手にとって対抗勢力にあたるダンゾウの推薦する人物をカカシ班の追加要員とする事を要求する。

先の襲撃はサイによる力試しだった事を知り憤るナルト。サクラが止めに入るものの、早くも結成したばかりのカカシ班に険悪なムードが漂い始める。一方、木ノ葉病院のカカシの病室には綱手、自来也、ヤマト、シズネが集まっていた。自来也は過去に見たナルトの暴走の様子を報告し、ヤマトに注意を喚起する。同じ頃、サイは『根』の者より謎の封筒を手渡されていた。果たしてダンゾウよりサイが下された極秘任務とは？――それぞれの思惑が交錯する中、カカシ班に出発の時が迫る。

天地橋を目指す新カカシ班。「サイはサスケ不在の間の穴埋め」と考え、あくまで班員として認めようとしないナルトに対し、応じたサイがサスケを侮蔑した事から、新旧班員の対立はついに決定的な局面を迎える。力づくでその場を収める隊長のヤマト。しかし驚くべき事にヤマトは初代火影のみが使用したとされる伝説の「木遁忍術」の使い手だった。動揺するサクラを尻目に、ヤマトはチームプレイに支障をきたしかねない絶望的な人間関係を改善する為、道中温泉旅館に一泊する事を提案する。

出発までの間に、一人抽象画を書くサイを発見するサクラ。絵のタイトルを尋ねるが、サイはタイトルはつけられないと答える。その様子が気にかかるサクラは、サイの持ち物の中に特徴的な絵本を発見する。その後、暁の待ち伏せを警戒しつつ、天地橋への道のりを急ぐナルト達。あくまで「サソリのスパイの拘束」を目標とする今回の任務の難しさを知るヤマトは、万一戦闘に突入した場合に備え、作戦中は二人一組のバディシステムで動く事を提案する。ナルトのバディの相手は果たして――？

天地橋での本番を前に、各自の実際の戦闘スキルや術の系統を把握する為、半日をチームプレイのシミュレーションに当てるカカシ班。サイは模擬戦にてナルトを見捨てる事で任務を成功させる。当然噛み付くナルトだが、逆に戦闘力の低さを指摘され歯噛みする羽目に。衝突は必至と思われたが、ナルトは「サスケを救う為なら、サイとでも組んでやる」と宣言。サスケを思うナルトの強い気持ちを察するサクラだが、サイは突然、「自分には感情がない」と告白する。

遂に訪れるスパイ拘束の日。かねてよりの作戦通り、サソリに変化したヤマトが待ち受ける中、姿を見せる暁のスパイ。だがなんとその正体は薬師カブトだった。驚きを隠せないナルト達だが、更にそこにカブトを尾行してきた大蛇丸が突如参戦し、怒涛の急展開に突入する！

さすがに焦りをにじませる隊長ヤマト。想定外の窮地に陥るカカシ班の運命と任務の行方は――！？

仇敵である大蛇丸の出現を受け、いきなり九尾の力を解放するナルト。その驚異的な力を目の当たりにしたヤマトはナルトの四本目の尾を見、命を落としかけたという自来也の話を思い出していた。ナルト自身の体をも蝕む九尾のチャクラを押さえ込む事こそヤマトに託された使命だったのだ。――そして明らかになるヤマト木遁忍術の秘密。しかし大蛇丸への怒りが引き金となり、ナルトは三本目の尾を発動する…！

三本目の尾を発動し、大蛇丸のみを標的として追うナルトの目に仲間の姿は映らない。激しさを増す戦いに巻き込まれ、意識を失うサクラ。サクラ救出に手を差し伸べるヤマトの隙をつき、サイは遂にダンゾウから託された極秘任務をスタートさせる。一方大蛇丸の挑発を受けたナルトは先走るサスケ奪還への願いと焦燥の中、ついに禁断の四本目の尾を発動してしまうのだった。

四本目の尾の発動により完全に意識を失い、破壊衝動に支配されるナルト。ようやく近付いたサイとヤマトの分身が目にしたのは、大蛇丸と九尾ナルトの人知を超えたおぞましい戦いだった。常人には耐えられない程邪念の強いチャクラを纏うナルトが何故動けるのか、疑問を抱くヤマト。ぶつかり合う三重羅生門と高密度のチャクラが生み出す爆風の中、ナルトの力と姿は更に――妖魔・九尾の妖狐へと近付いていく。

完全に意識を失い化け物の姿と成り果てても「サスケを絶対に連れ帰る」という想いを手放さないナルト。その悲しい姿に深く胸を抉られるサクラはヤマトの制止を振り切ってナルトに駆け寄り、傷を負ってしまう。だがその隙をつきヤマトはようやく木遁忍術にて九尾の暴走を止めることに成功するのだった。一方その頃、活動時間の限界を迎え戦線を離脱しようとしていた大蛇丸の前にダンゾウからの伝言を携えたサイが現れ――。

戦闘の混乱に乗じて大蛇丸との接触を無事果たすサイ。大蛇丸は渡された資料の内容からサイを受け入れ、アジトに連れ帰ることを決める。一方、ヤマトによって暴走を止められたナルトだが、その肉体は深刻なダメージを受けていた。己の無力さを噛みしめるサクラの姿にヤマトはサクラのある想いを感じ取る。やがて意識を取り戻したナルトとサクラに、ヤマトはサイの不在を告げ――サイの上司、ダンゾウによる恐るべき陰謀の可能性を語る。

ダンゾウの目的が「大蛇丸と組んでの第二の木ノ葉崩し」と知り戦慄するナルト達。暴走の後遺症が残るナルトの身を案じるサクラだが「大蛇丸相手にチャンスは二度ない」とのヤマトの説得を受け、早速追跡を開始する。しかしサクラの脱落により程なく追跡休止を余儀なくされるカカシ班。実は九尾化したナルトから受けた傷は思いのほかサクラを苦しめていたのだ。一方、分身ヤマトの追尾に気付いた大蛇丸一行は追っ手をまくために、同行のサイを使ったある手段に出るが――。

ヤマトから周辺を破壊しサクラを傷つけた犯人は九尾解放時の自分と知らされ、ショックを受けるナルト。今後九尾の力は木遁で抑えると宣言するヤマトはナルトの持つ本来の力について触れ、九尾に頼らずに自分の力で仲間を取り戻すようナルトを諭す。一方、サイの絵本を見ていたサクラはそこに描かれた奇妙な物語に疑問を抱いていた。内容はサイとサイの「兄さん」についてのものと思われるのだが…。

大蛇丸のアジトにてサスケとの戦慄の対面を果たすサイ。そして以前サイが大蛇丸に渡したリストは火影直轄部隊・暗部の構成員リストである事が知れる。貴重な情報と引き換えに大蛇丸の下についたサイだが、信用が完全なものとなるまでしばらくの間、部屋をあてがわれ軟禁されることに。しかし一人きりになったサイはなぜか周囲を警戒しつつ、謎の冊子を口寄せする…。一方その頃、ヤマトから渡された発信機を飲んだナルト達は、サスケ奪還への決意を新たに、アジトへの潜入を開始していた。

ヤマトの先導によってサイの居所を突き止めるカカシ班。早速ダンソウによる「木ノ葉崩し計画」について問い詰めるが、不思議な事にサイはあっさりと計画の全貌を暴露する。全く悪びれない態度に苛立つナルト達だが、根の者であるサイは「自分は存在しない者」と言い放つ。しかし一連の行動からサイの意識下にある強い思いを感じ取るサクラは、サイに絵本を返却し、その行動に隠された矛盾を指摘するのだった。

いち早く異変に気づいたカブトによる襲撃を受けるカカシ班。不意打ちの形でサイを奪還されてしまうが、サクラに矛盾を指摘されたサイの心にはある変化が生まれていた。戦闘態勢に入ったナルト達を驚かせるサイの驚愕の行動とは――！？そして捕縛したカブトからの情報により、サスケの探索はついに大詰めを迎える。探索の為二手に分かれるカカシ班。走り出すナルトとサクラの胸に、サスケとの懐かしい思い出と別れの記憶が蘇る――。

九尾化のダメージの残る体で懸命にサスケを探し続けるナルト。その不器用で必死な姿はサイの心に兄の記憶を呼び起こさせるものだった。かつての気持ちを思い出し、遂に未完成の見開きを完成させたサイは初めて心の底からの笑顔を見せる。しかし突如として襲い掛かる大蛇丸の襲撃が束の間の平穏を打ち壊す。「サスケ君は必ず助け出す」と約束し、その場をナルトに任せて消えるサイ。しかし駆けつけたヤマトはサイが残した荷物の中に恐るべき真実を発見する。

サイに課せられた本当の任務が「サスケ暗殺」だったと知り、愕然とするカカシ班。サイが見せた笑顔を本物と信じたいナルトだが、芝居の可能性も否定できない。一方その頃、サイはサスケのもとに辿り着いていた。暗殺か救出か…根の者であるサイが選んだ結末とは――！？アジトの一部を崩壊させながら、交戦に突入するサイとサスケ。そしてチャクラの気配を手繰りサイのもとに駆けつけたナルト達は、遂に悲願だったサスケとの再会を果たすのだった。

必死に呼びかけるナルトの思いもむなしく、サスケの復讐への覚悟が翻る事はなかった。これ以上の説得は無意味と判断するヤマトは実力行使でサスケ拘束を試みようとするが、大蛇丸の介入により事態は急激なる終結を迎える。またもサスケを取り戻せなかったという後悔と己の無力さに打ちひしがれるナルトだが、うずくまるナルトの背に優しくも厳しい言葉がかけられる…。大蛇丸の転生までの期限は約半年。ようやく真の結束に辿り着いた新生カカシ班は、胸に刻んだ誓いを新たにする。