En la Villa Oculta de la Hoja, el equipo Konohamaru ha sido ascendido a Genin y participa en misiones de rango D. Entonces, una figura atraviesa las puertas de la villa. ¡Es Naruto que ha regresado de su largo entrenamiento con Jiraiya!

Set in an Alternate Universe from the main continuity, the OVA tells the story of Naruto and his misadventures at the high school he attends as a transfer student. From the first day, he swiftly establishes a fierce rivalry with Sasuke, picks fights with every person he can, and fends off gangsters who would seek to defeat him. The story also outlines the three girls' reactions to Naruto's antics, as well as teasing the famous NaruHina ship somewhat.

Kurenai se entera de la muerte de Asuma, se realiza el funeral del Sarutobi y se revelan las intenciones de Akatsuki.

Se termina de revelar el pasado y las habilidades de Kakuzu. Los ninjas de Konoha siguen luchando con los Akatsuki. Shikamaru aleja a Hidan de Kakuzu y realiza la trampa de los sellos explosivos. Hidan corta a Shikamaru y está dispuesto a realizar el ritual Jashin.

Deidara entra en combate con Sasuke en una lucha feroz. Tras confirmar la habilidad innata de Sasuke, se dedica a realizar ataques de larga distancia desde el aire. La pelea se convierte en una lucha a la defensiva, y Sasuke, arrinconado, intenta escapar y esquivar los ataques. El resultado de la lucha a muerte con el Sharingan de Sasuke le trae terribles recuerdos a Deidara.

Hinata recuerda su niñez y su debilidad para ser ninja; Pain tiene a Naruto Los recuerdos de Hinata hace que vaya y pelee contra Pain, ante esto ella le declara su amor a Naruto y decide empezar su pelea. Hinata desea romper las varas que Pain ha puesto a Naruto, pero solo consigue romper algunos, Hinata utiliza Juho Soshiken, pero la fuerza del Akatsuki es muy superior. Hinata no puede más, con el cuerpo herido va donde Naruto; Pain preguntándose porqué lo hace usa su Shinra Tensei lanzándola al suelo; para después clavarla una de sus barras dejándola aparentemente muerta. Este acto hace que Naruto se enoje liberando el poder del Kyūbi.

Tsunade envía al equipo Kakashi a una aldea cerca del país del fuego donde se encuentra el "Agujero". La misión en averiguar las causas de porque todos sus habitantes han sido asesinados y desaparecido un tesoro. El equipo se encuentra con Kabuto, quien realiza el Edo Tensei para invocar a los miembros de Akatsuki y otros shinobis, pudiendo solamente controlar a Hidan y Deidara. Comienza la batalla.

Kabuto se retira de la batalla, Kabuto y Shin investigan más acerca del "Agujero" y les explican sus orígenes, mientras Naruto y Sakura se encuentran con Dokku y los pequeños los cuales se reúnen con Sisseru. Kabuto trata de perfeccionar el Edo Tensei mientras charla con alguien a través de un pergamino.

El clon del Kyūbi, lo cual ha Naruto ha expulsado, intenta atacar a los que presentes, llegando el resto de los ninjas de Konoha uniéndose a la pelea. Este clon roba el chakra de Naruto lo cual incrementa su fuerza y tamaño considerablemente dañando a la villa Hachō. Dokku salva a Naruto antes de ser pisoteado por la enorme bestia, lo cual Kabuto invoca a una enorme serpiente tragando a los dos. En la aldea a salvo Shiseru recuerda una conversación con Dokku, lo cual eran los pro y contra de adoptar a los huérfanos. Dokku le pregunta a Naruto, la razón por la cual quiere poder y ser más fuerte, lo cual en Genin recuerda a sus amigos, apareciendo en escena Disonasu con ello la muestra de su traición enseñando un pergamino con la palabra Saezuri.

Naruto se enfrenta al clon del Kyūbi ahora transformado, este con una de sus colas golpea a Disonasu matándolo, Naruto no parece tener posibilidades de ganar entonces el clon lo atrapa y de su boca dispara un rayo el cual lo atraviesa, mientras que Kakashi observa lo que pasa, el Kyūbi al ver lo que pasa decide prestarle más poder a Naruto, trasnformandose en el mismo Kyūbi bajo su control, Naruto sigue luchando mientras que Dokku y Shiseru deciden acabar con Saezeru entonces se despiden de los niños, Naruto pierde el control del poder del Kyūbi y se empieza a transformar, Yamato al ver lo que pasa aprisiona a Naruto por un poco tiempo, mientras que el clon sigue destruyendo todo, Shiseru cae por un precipicio pero Dokku la atrapa, en una charla ambos dan a conocer sus sentimientos, mientras que Miina le dice a Naruto que tome el control entonces este toma otra apariencia (igual a la que obtuvo después de vencer al Kyūbi) y salva a Shiseru mientras que Dokku pone el último "sonido", Naruto por fin vence al clon con un Rasengan, en los créditos finales se observa que Saezeru se detiene, Kabuto se marcha y Dokku y Shiseru se reencuentran.

Luego del impacto de sus correspondientes técnicas ambos piensan que han muerto ya que son llevados a través de recuerdos que marcaron sus vidas, sin embargo, únicamente estaban inconscientes; ya ha anochecido cuando vuelven en sí, se percatan que no deben moverse pues de lo contrario morirán desangrados.