Наруто и Сакура выполняют задание — отбирают колокольчики у Какаси. Гаара сражается с Дэйдарой.

Команда Какаси и Тиё отправляются в выслеженное собаками логово Акацуки. По дороге Тиё рассказывает о существовании девяти бидзю — легендарных хвостатых существ (к примеру, Девятихвостый бидзю в Наруто, Однохвостый бидзю в Гааре). Паккун (пёс Какаси) предупреждает Команду Гая; они также направляются к логову Акацуки, но на них нападает Кисамэ, член организации. На пути Команды Какаси встаёт Итати Утиха.

Тиё рассказывает, что Сасори, каким его видят окружающие, — это кукла Хируко, а сам Сасори — внутри неё. Сакура уничтожает Хируко.

Члены Команды Гая побеждают своих клонов-противников.

По пути на миссию Наруто повторно высказывает претензии к Саю, которого он невзлюбил «с первого взгляда». Обстановка в команде заметно напряжена. Команда Ямато останавливается на горячих источниках.

Наруто снова принимает человеческий облик. Сай передаёт Оротимару послание Дандзо, после чего Оротимару говорит появившемуся Кабуто, что Сай теперь в их команде. Преследование Оротимару и Сая продолжает древесный клон Ямато. Сакура и Ямато делают предположение, что Сай, под руководством Дандзо, мог использовать миссию команды Ямато чтобы ближе подобраться к Оротимару.

Саскэ пытается убить Наруто, но вмешивается Сай. Саскэ использует Тидори Нагаси, после чего ранит Ямато. Древесный клон исчезает, и Кабуто, которого он сторожил, освобождается. Саскэ, используя сяринган, проникает в душу Наруто и видит там Девятихвостого, силу которого свободно подавляет.

Синоби Конохи пытаются выбраться из лабиринта скал, созданного врагами. Сай спасает Сакуру, убивая огромного паука, но при этом получает травму руки.

Наруто побеждает Фуку. Фуридо рассказывает Соре, что в его тело запечатана часть чакры Девятихвостого Лиса. Асума уничтожает Китанэ, после чего трое других оживших ниндзя также исчезают. Фуридо снимает с Соры некогда наложенную на него печать для ограничения живущей в нём силы.

Наруто начинает тренировки по усовершенствованию Расэнгана. Хидан и Какудзу продают тело Тирику.

Наруто узнаёт от Ямато о слабостях каждой из пяти стихий. Какаси атакует Какудзу с помощью Тидори (Райкири) в сердце, однако Какудзу удаётся выжить, после чего из его тела появляются 4 неведомых существа. Одно из этих существ, в которого, судя по всему, и попал Какаси, умирает.

Гурэн и Юкимару отправляются на задание Оротимару, но мальчик быстро устаёт и теряет сознание, после чего они вынуждены прятаться в домике в лесу. Команда под руководством Какаси укрывается от дождя в пещере.

Цунадэ на помощь Запечатывающей Команде присылает улитку Кацую. Появляются Гурэн и Наруто. Юкимару узнаёт, что Гурэн — убийца его матери, но он прощает её. Наруто царапает лицо Риндзи, который после этого срывает кожную маску, и оказывается, что на этот раз под ним скрывается Кабуто, а сам Риндзи убит.

Дзирайя сообщает Цунадэ об обнаружении месторасположения Пэйна, в Деревне Дождя, и своём желании отправиться туда. Команда Какаси отправляется на поиски следов Саскэ. Отделившийся от своей Команды Наруто обнаруживает в лесу теневого клона Итати Утихи, который недолгое время с ним говорит. В серии кратко рассказывается о родителях Наруто и становится понятно, что отцом главного героя является Четвёртый Хокагэ.

Саскэ осматривает одно из убежищ Акацуки, найденных Дзюго, и встречает там клона Итати, который называет место для их следующей битвы. Команда Саскэ пересекается с одним из клонов Наруто, после чего Наруто узнаёт, где их искать. На пути Команды Саскэ встаёт Кисамэ и говорит, что дальше (для битвы с Итати) пройдёт только Саскэ. Младший Утиха принимает это условие. На пути Команды Какаси встаёт Тоби.

Команда Какаси, после неудачных поисков Саскэ, решает вернуться в Коноху. Тоби раскрывает свою истинную личность перед Кисамэ. Мадара Утиха объявляет, что у Акацуки и «Така» есть общие цели, и Саскэ, принимающий предложение Тоби заполучить силу Восьмихвостого бидзю, соглашается с ним. Акацуки, в свою очередь, обязуются захватить Девятихвостого. «Ястреб» выслеживает дзинтюрики Восьмихвостого, Киллера Би, имеющем привычку говорить стихами, и вступают с ним в бой. Суйгэцу и Дзюго проигрывают.

Команда № 7 ведёт борьбу с бандитами и местными жителями, находящимися под действием их дзюцу. Сиранами обездвиживает Хотару, а также прибывших на место действия Утакату и Наруто, после чего начинает активацию запретного дзюцу, используя поглощаемую девушкой чакру природы.

Пэйн и Конан продолжают разрушать деревню в поисках дзинтюрики. Дандзо убивает жабу, которую собиралась послать Цунадэ на гору Мёбоку за Наруто, пытаясь таким образом «защитить его». На пути одного из тел Пэйна встаёт Какаси.

Четвёртый Хокагэ, благодаря части чакры, оставленной в мальчике при запечатывании Лиса, рассказывает Наруто, что именно он его отец, а также сообщает, что 16 лет назад Девятихвостым, напавшим на Коноху, управлял член Акацуки в маске. После этого образ Минато восстанавливает печать и исчезает. Наруто принимает свою обычную форму и уничтожает Мир Богов.

Перенесённая Мадарой Карин излечивает Саскэ. Тоби рассказывает о своём плане «Глаз Луны»: он планирует воссоздать Десятихвостого монстра, собрав воедино всех бидзю, чтобы, стать его дзинтюрики и увеличив свою силу, создать гэндзюцу на весь мир для его контроля. Он предлагает Кагэ выдать ему двух оставшихся дзинтюрики (при этом Райкагэ узнаёт, что его брат на самом деле на свободе), но лидеры деревень отказываются. Тоби объявляет о начале Четвёртой мировой войны синоби. Кагэ решают создать военный альянс стран.

Серия посвящённая троице Ино-Сика-Тё. В ней вечный гэнин Косукэ рассказывает Сикамару, Тёдзи и Ино о том, как их отцы спасли ему жизнь.

Наруто полностью подчиняет себе Девятихвостого. Он пробует использовать его чакру в Режиме Лиса и замечает, что, помимо Ямато и Киллера Би, в комнате присутствует ещё один синоби. Кисамэ, до этого прятавшийся в Самэхаде, выходит наружу и старается сбежать, открыв дверь Зала Очищения. Тем временем Майт Гай начинает тренировку перед водопадом. Он просит показаться свою внутреннюю сущность, а из водопада выскакивает Кисамэ. Гай успевает атаковать его и задержать, но Кисамэ удаётся уйти и здесь. Киллер Би помогает Гаю догнать Кисамэ и начинается схватка, в которой победу одерживает Гай.

Продолжение воспоминаний. Наруто, Саскэ и Сакура принимают участие в экзамене на звания тюнина и в первой же битве им приходится сражаться с Оротимару.

Тоби приказывает Кабуто рассказать ему всю правду об Эдо Тэнсэй, и тот рассказывает. Наруто с помощью Киллера Би начинает тренировку своих новых способностей.

Сикамару, Ино и Тёдзи побеждают Асуму.

Серия повествует о том, что творится в Конохе во время войны. Когда все воюют (в основном молодые мужчины), в деревне остаются женщины и гэнины. Был создан совет объединённых мам (жёны ниндзя). Конохамару очень хочет помочь деревне, защитить её и поэтому очень зол, что его не взяли на войну.

На Какаси напали два Мечника Тумана, уничтожившие до этого множество синоби и ранившие Ран. Отряды были рассредоточены, поэтому Какаси вступил в бой с двумя противниками один. На помощь ему приходит Гай.

В последний момент Итати спасает Наруто и Би с помощью Сусаноо. Нагато использует одну из своих самых мощных техник — Тибаку Тэнсэй. Наруто, Итати и Би использовали свои сильнейшие дальние техники: Наруто — Расэнсюрикэн, Итати — Ясака но Магатама, Би — Бомбу Хвостатого, и дзюцу Нагато перестало действовать.

Отряд медиков догоняет группу Хаятэ. С трудом им удаётся запечатать двоих, но Гэкко сбегает. Ёкадзэ и Ио ранены, и Сакура не может их оставить. Югао рассказывает Сакуре, что случилось с ней после смерти Хаятэ и что она больше не может держать меч. Харуно отправляется за Гэкко сама. Во время боя Югао в последний момент спасает Сакуру, сумев снова взять в руки меч.

Продолжается битва братьев Утих против Кабуто, который демонстрирует умение управлять способностями Четвёрки Звука, а также истинной формой Оротимару. В результате нескольких атак, Итати удаётся поймать Кабуто в Идзанами, и тот оказывается заперт в вечной временной петле, в которой события, произошедшие в момент активации техники, повторяются снова и снова.

Пока Наруто, сражаясь на поле боя, раздаёт чакру Альянсу синоби, Какаси и Обито перемещаются в другое измерение. Десятихвостый готовится к атаке.

It’s been two years since the end of the Fourth Great Ninja War. Shikamaru now has an important role within the Hidden Leaf government, and as a representative of the Leaf in the Alliance. One day, a situation develops with shinobi disappearing in droves, and Shikamaru takes on a dangerous mission.

Ino, Choji, and Temari rush to Shikamaru’s aid! Choji takes on Ro, Temari goes after Soku, and Ino goes after Sai! Meanwhile, Shikamaru pursues Gengo. Can Shikamaru defeat Gengo’s evil ambitions? The final battle begins!