Pakkun entdeckt das Versteck der Akatsuki Organisation, in dem Gaara vermutlich festgehalten wird. Es befindet sich im Land der Flüsse und die Konoha Ninjas machen sich auf den Weg dorthin. Die Suna-Nins haben Befehl, das Dorf zu sichern, doch sie wollen bei einer Versammlung dagegen votieren und so schnell wie möglich nachkommen.

Während Naruto und Kakashi aus der Höhle gerannt sind, um Deidara zu verfolgen, der mit Gaara auf der Flucht ist, müssen sich drinnen Sakura und Chiyo dem Kampf gegen Sasori stellen. Chiyo eröffnet Sakura, dass sie ihn kennt und erzählt ihr seinen Werdegang vom genialen Marionettenbauer bis heute, wo Sasori „Menschenmarionetten" sammelt.

Sakura und Chiyo ist es endlich gelungen, Sasori zu besiegen. Nun müsste sich eigentlich auch die Falle auflösen, in der Guy und sein Team stecken, indem sie gegen ihre gleich starken Doppelgänger kämpfen müssen, doch es tut sich nichts. Das Jutsu bleibt bestehen und das Team wird immer schwächer, weil der Kampf kräftezehrend ist, während die Doppelgänger nichts an Energie einbüßen …

Naruto muss in den sauren Apfel beißen, dass Sai nun tatsächlich das neue Mitglied im „Team Kakashi" ist, das von Yamato angeführt wird, da Kakashi noch im Krankenhaus liegt. Naruto kann Sai nicht leiden, denn erstens scheint er ihm überlegen zu sein und zweitens, setzt er oft so ein gekünsteltes Lächeln auf. Das merkt auch Sakura und haut Sai dafür prompt erstmal eine rein.

Naruto ist aus dem Kampf mit Orochimaru schwer verletzt hervorgegangen und Sakure heilt ihn nun. Währenddessen ist es Sai gelungen, mit Orochimaru zu sprechen und ihm von seinem Vorgesetzten Danzo etwas auszurichten. Kurz darauf verlässt er mit Orochimaru und Kabuto den Ort des Geschehens – von Yamatos Holzdoppelgänger beobachtet, so dass dieser im Wesentlichen über Vorgänge informiert ist.

Nach langer Zeit stehen Naruto und Sakura nun endlich wieder Sasuke gegenüber, doch der scheint sich sehr verändert zu haben. Auf jeden Fall hat er kein Problem damit, sie alle gleichzeitig außer Gefecht zu setzen. Naruto will Antworten von ihm und hat diverse Erinnerungen an die gemeinsame Zeit mit Sasuke.

Das Team Kakashi ist ja inzwischen getrennt auf der Suche nach den Grabräubern, das heißt, noch sind Sakura und Sora Sakura zusammen, aber das ändert sich schnell, denn Sora macht sich plötzlich aus dem Staub. Für die „Einzelgänger" Sakura, Naruto und Sai gilt es nun, die verschiedensten Hindernisse zu überwinden, und das ist sehr schwierig, weil es sich um Fallen handelt …

Shikamaru und Choji haben es wieder mit Hidan und Kakuzu zu tun. Eigentlich stehen sie in diesem Kampf gut da, aber dann stellt sich heraus, dass Kakuzu mit einem Jutsu seine Körperteile hart wie Stahl machen kann. Ein Direktangriff scheint also keine Lösung zu sein. Doch dann kommt Kakashi ihnen zu Hilfe – was jedoch auch nicht viel nützt bei den Fähigkeiten, die die Akatsuki-Leute haben.

Pakura, eine Shinobi, die das das Shakuton beherrscht, ein Hitze entwickelndes Jutsu, wird zur Heldin von Suna-Gakure, weil sie eine Verschwörung von Seiten Iwa-Gakures verhindert hat. Als nun mit Kiri-Gakure bestehende Unstimmigkeiten nicht beseitigt werden können, wird sie von den Dorfältesten dort hingeschickt, und plötzlich hinterhältig ermordet.