Naruto e Sakura, sfruttando la passione di Kakashi per il libro di Jiraiya "Tattiche paradisiache", riescono a togliere al loro ex-maestro i campanelli vincendo la sfida. Nel frattempo, lo scontro fra Deidara e Gaara continua; il primo tenta di colpire il nemico con degli attacchi di argilla esplosiva, il secondo cerca di catturare l'avversario con le sue tecniche di sabbia.

Naruto, Sakura e Kakashi partono dal Villaggio della Sabbia per raggiungere il covo di Alba: a loro si aggiunge Chiyo che decide di partecipare alla missione in quanto nonna di Sasori. Nel frattempo, il Team Gai incontra Pakkun che indica loro dove si trova il covo di Alba. Il gruppo si affretta per poter essere di supporto al Team Kakashi. L'organizzazione, però, manda incontro ai due team, spiati da Zetsu, Kisame Hoshigaki e Itachi Uchiha.

Sakura e Chiyo iniziano il combattimento contro Hiruko, la diciottesima marionetta di Sasori. Hiruko è una marionetta che non viene comandata dall'esterno, ma dall'interno in modo da proteggere meglio il suo manovratore, in questo caso Sasori. Chiyo conosce bene questa marionetta anche se l'anziana teme che Sasori ne abbia leggermente modificato la forma e le armi. Sakura e Chiyo si lanciano contro Hiruko e, una volta evitati tutti gli attacchi, Sakura distrugge la marionetta. Sasori è, quindi, costretto a uscire allo scoperto. Nel frattempo, Naruto, carico di collera, tenta di attaccare Deidara che, però, lo evita e gli dice che anche lui finirà come Gaara e che non c'è speranza nemmeno per Sakura e Chiyo in quanto il maestro Sasori è molto forte. Kakashi, nel frattempo, studia la situazione.

Sasori, poco prima di morire, rivela a Sakura e a Chiyo il luogo dove si sarebbe dovuto incontrare con una spia infiltrata presso Orochimaru. Nel frattempo, Naruto e Kakashi inseguono Deidara e sono ormai pronti alla lotta. Lo scontro fra il Team Gai e i cloni si fa sempre più faticoso. Neji analizza la situazione e stabilisce che, continuando a lottare, le persone reali si stancano mentre i cloni restano immutati. Rock Lee intuisce che i cloni erano una replica esatta dei loro corpi, ma solo nel momento in cui loro avevano rimosso i sigilli. Il loro corpo e le loro esperienze, però, si sono evoluti durante il combattimento e, quindi, i corpi reali e i cloni, a quel punto, sono diventati differenti. Tutti si impegnano al massimo delle loro forze e ciò permette al team di aggiudicarsi lo scontro.

Naruto, Sakura, Sai e Yamato partono da Konoha per catturare la spia infiltrata da Alba nel covo di Orochimaru. Iniziano i primi litigi fra Naruto, Sakura e il nuovo compagno: Sai insulta sia Naruto sia Sasuke scatenando l'ira dei componenti della squadra. A quel punto, Yamato decide di far riposare tutti alle terme per aiutarli a migliorare il loro lavoro di squadra, ma la faccenda si rivela più complessa del previsto.

Yamato riesce a sopprimere il chakra della Volpe e Sakura cura Naruto. Nel frattempo, Sai convince Orochimaru e Kabuto a fidarsi di lui e se ne vanno via tutti e tre. La copia di Yamato avverte quest'ultimo e, poi, li insegue. Naruto, Sakura e Yamato raggiungono il luogo del precedente scontro con Orochimaru e trovano gli oggetti di Sai per terra. Yamato ipotizza che Sai stia svolgendo una missione segreta e che Danzo abbia intenzione di far cadere il Villaggio della Foglia.

Sasuke si dimostra subito ostile nei confronti dei suoi vecchi compagni di squadra e ingaggia un breve combattimento durante il quale riesce a vedere la Volpe a Nove Code all'interno di Naruto grazie al suo Sharingan. Il demone commenta che gli occhi di Sasuke sono più diabolici di quelli di Madara Uchiha e che mostrano una notevole potenza.

Team Kakashi begins facing off against the enemy shinobi. Yamato eludes his opponent, Fudo, by faking his death. Sora, unwilling to look for Naruto, goes off on his own. Back in Konoha, Danzo reveals that he is aware that he is being watched by Tsunade's ANBU. Naruto fights Fūka, whose kiss is fatal and shows her ability to use earth, fire, water and lightning jutsus. Sai manages to escape from his attacker, Fuen, and later saves Sakura from an enormous spider, becoming injured in the process. Sora then hits upon the enemy leader, Furido, and it is revealed that he was the group's target.

Naruto deduces that Fuuka's secret consists of switching bodies to use each corresponding element and that her hair preserves her youth and body. Naruto damages her hair and it takes a life of its own dispensing the body, but Naruto finally kills it with a Rasengan. Meanwhile, Asuma manages to break free of the electric barrier, catch up with Kitane and defeat him in a short fight. Realizing that Kitane is no more, and that his three other companions were killed, Furido causes the 3 other ninja guardians to disappear. But Furido has a back up plan, Sora.

Kakashi spiega a Naruto che il Rasengan è una tecnica incompleta, infatti, il suo maestro (il Quarto Hokage) aveva creato la tecnica con lo scopo di fonderla con il chakra elementale e confessa al ragazzo che lo reputa l'unico in grado di sorpassare l'Hokage. Naruto, incoraggiato da tali parole, inizia la terza e ultima fase dell'addestramento. Intanto, Hidan e Kakuzu arrivano al punto di scambio dove riscuotono il denaro della taglia di Chiriku.

Naruto continua a fare progressi e Yamato decide di spiegargli i rapporti tra i cinque chakra fondamentali: il vento di Naruto è debole contro il fuoco di Sasuke, ma è forte contro il fulmine di quest'ultimo. Kakuzu resiste all'attacco di Choji, ma viene colpito alle spalle da Kakashi che lo trafigge con il Mille Falchi. Tuttavia, resta vivo e mostra una delle sue abilità: egli possiede quattro maschere sulla schiena che fuoriescono, acquisiscono un corpo autonomo e sono in grado di attaccare. Una delle maschere muore appena esce, ma Kakuzu attacca i ninja della Foglia con vento, fulmine e fuoco.

Kabuto assigns Guren to look after Yukimaru. Guren isn't all too happy about the assignment, and things only become worse when Yukimaru falls ill on a rainy night. Elsewhere, Kiba discovers the mystery of where the dog whistle is coming from, and Tsunade sends assistance to Kakashi and Team 8.

Shizune, Ino, Lee and Tenten arrive and Kakashi, Shizune and Yamato discuss about a strategy to seal the Sanbi and rescue Yukimaru. Meanwhile, Kabuto and Rinji notice Guren's care for Yukimaru and become concerned.

Katsuyu arrives to help the sealing team with the sealing barrier. Naruto and Guren arrive to save Yukimaru from Rinji, but after Guren and Yukimaru have a brief discussion, Rinji reveals the truth about Guren to Yukimaru in hope that he'll make the Sanbi go wild. What will Yukimaru's reaction be when he discovers Guren killed his mother?

Jugo si rifiuta di ascoltare Sasuke e lo attacca. Interviene anche Suigetsu, ma Sasuke riesce ad immobilizzare entrambi e minaccia di ucciderli. Sasuke scopre che Jugo era amico di Kimimaro e questi era anche l'unica persona in grado di fermare la sua mania omicida. Sasuke informa Jugo che Kimimaro si è sacrificato per lui e, così, il ninja decide di seguirlo convinto che sia la reincarnazione di Kimimaro. Sasuke rivela ai tre che il gruppo si chiamerà "Serpente" ("Hebi") e che il loro obiettivo è scovare Itachi Uchiha. Nel frattempo, anche a Konoha viene formata una squadra per cercare i membri dell'Organizzazione Alba (Akatsuki).

Ai tempi del Secondo Hokage, i giovani Jiraiya, Orochimaru e Tsunade vengono assegnati alla supervisione di Hiruzen Sarutobi. Rimasto affascinato dalla Tecnica del Richiamo di Sarutobi, Jiraiya decide di provarla, col solo risultato di teletrasportare sé stesso al monte Myoboku. In quel luogo, Jiraiya riceve lezioni da Fukasaku ed incontra il Grande Rospo Eremita che ha una visione del suo futuro. Una volta concluso l'addestramento, il ninja intraprende un pellegrinaggio allo scopo di adempiere al suo destino. Prima di fare ritorno a Konoha, Jiraiya si batte con un ninja mascherato e riesce a procurargli una cicatrice sulla fronte.

Pain, dopo avere sconfitto Jiraiya, fa uscire allo scoperto Zetsu che ha seguito tutto il combattimento fra i due. Quest'ultimo è indeciso su quale dei prossimi scontri seguire, quello fra Pain e la forza portante della Volpe a Nove Code o quello fra i fratelli Uchiha. Intanto, Sasuke rintraccia Itachi. Mentre attraversano la foresta, il giovane Uchiha distrugge una copia di Naruto rivelando, finalmente, la sua posizione. I ninja di Konoha si dirigono, allora, all'inseguimento, ma vengono bloccati da Tobi. Intanto, davanti alla Squadra Serpe si para Kisame che lascia passare solo Sasuke dicendo che non permetterà interferenze nello scontro fra i due fratelli. Suigetsu, desideroso di impossessarsi della Pelle di Squalo, ingaggia una lotta con Kisame mentre il team di Konoha fronteggia Tobi. Sasuke, intanto, arriva al covo degli Uchiha, pronto a scontrarsi col fratello maggiore.

Il Team 7 ed il Team 8 continuano a cercare Sasuke, ma non riescono a trovarne alcuna traccia. Sasuke ricorda quando aveva visto Itachi piangere la notte del massacro pensando si trattasse della sua immaginazione ed afferma che non è più possibile ricostruire il Clan Uchiha nel modo in cui immaginava. Tobi gli assegna il compito di catturare la Bestia ad Otto Code mentre Pain si occuperà della cattura di Naruto. Tobi è lieto che adesso Itachi non può più interferire con i suoi piani e che Sasuke è ora dalla sua parte. Sasuke ed il resto della Squadra Falco inseguono la forza portante dell'Ottocode, Killer Bee, nel Paese del Fulmine impegnandosi duramente nella battaglia.

While the rest of Team Kakashi holds back the possessed villagers and the ninja bandits, Naruto and Utakata go to save Hotaru. When they find her, they discover that Shiranami has activated the jutsu and Hotaru is also under Shiranami's control. Can Naruto and Utakata stop Shiranami and save Hotaru before the forbidden jutsu is fully charged?

Mentre Konan e Pain tentano di scoprire dove si trova Naruto, Danzo informa Homura e Koharu dell'invasione. Questi ultimi cercano di convincere Tsunade a non fare affidamento su Naruto, ma l'Hokage si arrabbia intimando loro di credere nella forza portante e dicendo che in loro non cìè la volontà del fuoco di Sarutobi. Intanto, mentre Shizune informa Tsunade delle sue scoperte, uno dei corpi di Pain, Deva, attacca Iruka che viene aiutato da Kakashi.

Minato rivela a Naruto di essere suo padre e di avere sigillato metà del chakra del Novecode all'interno del ragazzo sedici anni prima, quando la Volpe attaccò il villaggio sotto l'influenza dello sharingan di Tobi. Dopo avere riattivato il sigillo di Naruto ottagonale, l'Hokage si congeda dal figlio riponendo la sua fiducia in lui, sicuro che il figlio troverà una soluzione e porterà la pace. Ripreso il controllo del proprio corpo, Naruto affronta il Mondo dei Deva e riesce a scoprire, trafiggendosi con uno dei ricettori di chackra di Pain tramite la modalità eremitica, la posizione di Nagato poco distante dal campo di battaglia. Distraendolo con la Tecnica Superiore della Moltiplicazione del Corpo, il ninja della Foglia riesce a colpire l'ultimo corpo di Pain, durante la fase di latenza (della durata di circa cinque secondi) dello Shinra Tensei, con il Rasengan.

Iruka, vedendo Naruto che viene festeggiato dagli abitanti del villaggio, riporta alla mente il momento in cui divenne l'istruttore della sua classe di reclute. Durante il suo primo anno all'accademia, Naruto fallisce ogni prova che il maestro gli propone e si dimostra molto geloso di Sakura ed invidioso delle lodi degli altri studenti nei confronti di Sasuke. Finite le lezioni, Naruto apprende che l'intero Clan Uchiha è stato sterminato e che Sasuke è l'unico sopravvissuto.

An ostrich tells a story of when Naruto, Rock Lee, and Shino, all led by Kotetsu, entered the Leaf Village's animal district in an effort to find and subdue him. However, he and the other animals proved that they weren't willing to go down without a fight.

I quattro Kage sono sorpresi dall'apparizione improvvisa di Madara Uchiha. Dopo aver mandato Sasuke in salvo usando la Tecnica di Trasporto, Madara svela al Kage il suo "Progetto Tsuki no Me".

Kakashi salva Sakura da morte certa per mano di Sasuke e prende in mano la lotta. Dopo aver guarito Karin, Sakura decide di nuovo di affrontare Sasuke, ma la sua determinazione la delude. Proprio mentre si avvicina alla morte per la seconda volta, Naruto interviene e la salva. Dopo tanto tempo, il Team 7 originale si riunisce.

Tsunade talks to a council and informs about the Fourth Shinobi World War and warns others not to underestimate Akatsuki. Whereas in Land of Lightning a council is held about war, as Kisame spies on them. B paying no attention was bought in writing raps in his rhyme book. Later, Shizune informs Tsunade about Naruto's disappearance for which she ordered some shinobi to search for him. Naruto returns to Ramen Ichiraku. Two Konoha shinobi ask for his autograph, but he doesn't know how to respond. Three days later the Kage meet again to discuss how they should start pooling their resources. As the first matter of business, Naruto and Killer B are to be given constant protection. Tsunade objects since they would both be invaluable in the war with Akatsuki, but is forced to agree. Tsunade meets with A alone and asks him for a favour to let B teach Naruto how to control Nine-Tails. A says that the place where he is sending B and Naruto isn't just a hideout but a training ground. Tsunade returns to the village and informs Naruto that he's going on an S-rank misson to an island located in the Land of Lightning.

Making a stop at a nearby port to stock up on supplies, Naruto buys a rare mushroom from a vegetable merchant. But soon after they set sail for their next destination, Naruto and the other crewmembers find their ship infested with poisonous mushrooms.

As Team Asuma considers the impending war, they encounter Kosuke Maruboshi who reminds them of the time that they rescued him while they were still genin. With this, Kosuke retells the tale of the time their fathers saved him during the Invasion of Konoha with their Formation Ino–Shika–Chō. Somewhat rattled by this story, Kosuke reminds them that great shinobi weren't made in a day. As the team contemplates everything, they decide to perfect their own formation, insisting that they'd be fine because they were not alone.

Essendo ora in grado di utilizzare il chakra della Volpe, Naruto riesce a scoprire Kisame nascosto dentro Samehada. Il ninja di Alba riesce a fuggire con un rotolo contenente le informazioni ricavate, ma Gai si lancia all'inseguimento e attiva la settima porta del chakra. I due si scontrano sulla costa utilizzando le loro tecniche più potenti: Gai ricorre alla Tigre di mezzogiorno e Kisame allo Tecnica del mega proiettile marino. Inizialmente, il colpo di Kisame sembra avere il sopravvento, ma Gai riesce a colpire il suo avversario.

Part Two of the Four Week Long Special Project for the Broadcast's Tenth Anniversary - During the Chunin Exam, Sasuke witnesses Naruto’s growth as a shinobi.

Under the guidance of Killer Bee, Naruto enters the final stage of training to master the Tailed Beast Bomb, a Jinchuriki’s most powerful technique.

Choji is unable to attack Asuma and loses his will to fight. Ino and Shikamaru try to snap Choji out of his paralysis.

Konohamaru participates in a meeting organized by Ebisu in Konoha of the remaining villagers, mostly including the children and wives. Ebisu attempts to rally everyones' spirits together in the event that rogue ninja should attack the village while their shinobi families are away at war, but the mothers scoff and claim that they will protect the village as they always have while their husbands fought. Suddenly Konohamaru is approached by several children, each claiming to have seen terrifying rogue ninja roaming the east and west forests outside Konoha. He tries to recruit his classmates into hunting them down, but they refuse to beleive him. Konohamaru investigates the area alone with Moegi and Udon, only to find a traveling circus troupe in the forest instead of rogue ninja. Heading back, Konohamaru is again alerted that people are attacking the village on the west side, and this time, the rumors are true. A group of rogue Sumo Wrestlers attack the children, but they are saved by the mothers of Konoha, who fight back against the intruders. Konohamaru delivers the final blow with his Rasengan and saves the village.

Kakashi races to the scene where the Seven Ninja Swordsmen Kushimaru Kuriarare and Jinpachi Munashi were last sighted. Enraged by the carnage they’ve left behind, Kakashi teams up with Might Guy.