Při útoku odstřelovače, který střílel do davu na oslavě místního svátku, bylo zraněno několik lidí a jeden muž zemřel. NCIS zahajuje vyšetřování. Zdá se, že se jedná o stejného pachatele, který týden předtím podobným způsobem zabil bankéře. Na místě, odkud se střílelo, vyšetřovatelé nenaleznou nic, co by je posunulo dál. Pitva prokáže, že oba mrtví byli zabiti přesně mířenou ránou do srdce. Počítačový specialista týmu si při pátrání po odstřelovači všimne, že ve městě někdo cíleně vyřazuje z činnosti kamery městského sledovacího zařízení. Vypadá to, že odstřelovač chystá další útok.

V přístavu dojde na jedné lodi k hromadné vraždě. Mezi mrtvými je i námořní poručík Henry Warbeck. Na místě činu je nalezen klobouk Prideova starého přítele, bývalého počítačového analytika FBI, Elvise Bertranda. Pride si nechce připustit, že vrahem by měl být právě jeho kamarád. Elvis mu zavolá na svůj mobil, který byl také nalezen na místě činu, a dá si s ním schůzku. V baru, kde se setkají, se náhle objeví agenti FBI a chtějí ho zatknout. Elvis Prideovi ještě stačí říct, že s vraždami nemá nic společného, a poté zmizí.

Členové Prideova týmu nejsou příliš nadšeni, když se objeví agentka FBI Gregoriová, která jim oznamuje, že na základě dohody šéfů bude pracovat s nimi. Tým tedy k dalšímu případu vyráží už v jejím doprovodu. Obětí je rotmistr Barrett, který byl zavražděn na místním stadionu. Stopy ukazují, že na místě činu byl další člověk. E-maily z počítače mrtvého přivedou vyšetřovatele k manželskému páru, který se přizná, že jejich syn, také námořník, byl v Mexiku unesen a oni jsou vydíráni.

Přímo na ulici je unesen poručík Reid. Vzápětí je nalezen ubodaný. Když Pride prochází věci mrtvého, zjistí, že několik hodin před svou smrtí volal jeho technikovi, Sebastianu Lundovi. Hned nato je Sebastian unesen stejným způsobem, jak ho popsali svědci Reidova únosu. Agenti hledají motiv obou únosů. Zatím se Sebastian stane svědkem vraždy vězeňského dozorce. Zároveň se dozví, že díky svým schopnostem, které prokázal v online hře, má za úkol vymyslet způsob, jak dostat z vězení srbského žoldnéře. Sebastianovi se podaří obelstít svého hlídače a upozornit na plánovaný útěk Pridea a jeho tým.

Tým je přivolán k vyšetření havárie letadla, na jehož palubě zemřeli přepravovaní námořníci. Jednalo se o civilní letadlo, které mělo z Brazílie dopravit jakési ropné zařízení. Pride se od FBI dozvídá, že za havárií letadla může být drogový kartel. Pitva ukáže, že pilot s kopilotem byli zastřeleni výstřely z blízka. Podezření padá na jednoho z přepravovaných námořníků, Amira Saada. Tým brzy zjistí, že na případu pracuje také CIA.

Ve městě je nalezen zastřelený čekatel na člena jednotky SEAL, Corey Marchand. Zprvu se zdá, že za smrtí mladíka může být jeho velitel, který mu nechtěl dovolit odejít z výcviku. Velitel u výslechu připouští poněkud nevšední metody, které používá, tvrdí však, že se smrtí nemá nic společného. To se také brzy potvrdí. Tým zjistí, že Marchand přímo před radnicí slovně napadl starostu. Starosta zprvu tvrdí, že neví, proč ho mladík napadl. Další vyšetřování ukáže, že Marchand byl před vstupem k námořnictvu členem místního baseballového týmu. Vloni na výroční večeři, které se zúčastnil i starosta, se popral s trenérem. Pride s týmem ho jde vyslechnout...

Přímo na motorkářském srazu je zastřelen bývalý námořní ženista, Lloyd Filibert. Ten byl členem motorkářského gangu "Bratrů ve zbrani". První vyšetřování naznačuje, že muž byl zastřelen členy konkurenčního gangu Niners, se kterými měli už v minulosti spory. Pride motorkáře navštíví a dá jim jasně najevo, že vše vyřeší úřady a ne oni. Poté dojde k výbuchu v dílně Niners. Vyšetřování ukáže, že za útokem nestojí motorkáři ani z jednoho gangu. Je jasné, že se kdosi snaží mezi gangy rozpoutat válku. Percyová mezi členy Niners zahlédla svého bývalého informátora Ramona...

Tým je přivolán k případu vraždy příslušnice námořnictva Cobbové. Při ohledání místa činu najdou vyšetřovatelé ve sklepě domu ukrytého malého chlapce. Ukáže se, že se jedná o synovce zavražděné, o něhož se starala v době, kdy byla jeho matka, také příslušnice námořnictva, na moři. Podle velitele Cobbové je jedním z podezřelých rotmistr Gordon. Při výslechu tvrdí, že s její smrtí nemá nic společného. Také synovec v něm útočníka nepoznává. Brzy technik týmu zjistí, že Cobbová objevila na staveništi hudební akademie, kam synovec chodí, kontaminovanou půdu. Chlapec začne kašlat krev a Pride se v nemocnici dozvídá, že který trpí astmatem, má v těle látku PCB, která jeho stav zhoršuje. Tým se zaměří na stavební firmu, která provádí opravy v hudební akademii.

Tým vyšetřuje vraždu přímo na závodní automobilové dráze. Mrtvým je desátník námořní pěchoty. Nejprve se zdá, že jeho smrt byla důsledkem nezvládnutí rychlé jízdy. Brzy však vyjde najevo, že kdosi pomocí softwaru vyřadil palubní počítač auta. Otec oběti, mechanik závodního týmu, ve kterém desátník amatérsky působil, zprvu vykřikuje, že došlo k sabotáži, následně však s policisty odmítá spolupracovat. Zrovna tak snoubenka oběti se tváří, jako by vyšetřovatelům neměla co říci. Tým brzy najde v garáži oběti značný obnos peněz. Vyjde najevo, že peníze byly součástí lupu z nedaleko banky. Ve městech, kde se jely automobilové závody, byly spáchány tři další loupeže. Pride při výslechu uhodí na otce oběti a ten začne vypovídat.

Na palubě luxusní jachty najde pobřežní stráž podřezaného muže. Kapitán jachty napadne členku stráže a pobřežní stráží je zastřelen. Na palubu jachty je přivolán Pride a jeho tým. Jachta totiž patří firmě Javiera Garcii, člena drogového kartelu. Pride na palubě lodi najde svoji známou, Elizu Westovou. Dozví se od ní, že je snoubenkou Garcii a že na palubě uspořádala rozlučku se svobodou. Tým vypátrá, že na palubě jachty byly pašovány drogy, se kterými část posádky uprchla. Proto se Pride spojí s FBI?

Pride by rád dostal Garciu za mříže, protože nechal zabít jeho známou, Elizu. Když se obrátí na Islera z FBI se žádostí o pomoc, dozví se od něj, že jejich vyšetřování skončilo ve chvíli, kdy se podařilo rozbít drogový kartel v New Orleans. Pride se s tím nehodlá smířit a oznámí týmu, že bude na případu neoficiálně pracovat. Zjistí, že Garcia musí zaplatit svému jihoamerickému šéfovi značnou sumu peněz, ke kterým se teď kvůli zásahu FBI nemá šanci dostat. Garcia vymyslí plán, jak pomocí zmanipulovaných koňských dostihů může vyhrát značnou sumu peněz. Pride se svým týmem se rozhodne jeho plán překazit...

Rybařící pár vytáhne z moře mrtvolu poručíka Jay Neilsena. Další vyšetřování odhalí, že Jay vlastnil rychlou sportovní loď, kterou mu kdosi v době jeho služby v zahraničí často kradl a jezdil s ní k nedaleké ropné plošině v moři. Další vyšetřování odhalí, že na ropné plošině pracuje nevlastní bratr mrtvého, který je svářečem. Pride se na plošinu vypraví, aby zatkl vraha. Tady zjišťuje, že několik najatých mužů se snaží vyhodit zařízení do vzduchu.

Neznámý útočník napadne federální instituci, kde jsou uchovávány citlivé a kompromitující materiály ze sledování osob. Při loupeži dat je zabito několik pracovníků i jedna námořní poručice. Vzápětí jsou uloupené materiály zveřejněny. Týmu se podaří najít zdrojové místo, odkud se informace dostávaly na internet. Je zadržen Prideův známý, počítačový expert, Elvis Bertrand. Místo toho, aby ho podezříval, zapojí Elvise do vyšetřování. Stopa je zavede k anarchistovi, Ethanu Beckovi. Brzy naleznou jeho mrtvé tělo, pitva potvrdí, že byl zavražděn. Potvrzuje se, že právě Beck stojí za odtajněním kradených dat. Inkoustová tetovací barva, která byla nalezena na těle námořní poručice, je přivede na stopu útočníka, který ukradl kompromitující materiály a zabil Becka.

Prideův tým je překvapen, když se v New Orleans objeví agenti McGee a Torres z Gibbsova washingtonského týmu NCIS. Oba Gibbsovi muži sledují stopu ukradených přísně tajných dokumentů. Prideovi lidé brzy zjistí, že lupič dokumentů chce využít místní oslavu svátku Mardi Gras, aby uprostřed karnevalového veselí a slavících lidí v kostýmech dokumenty prodal...

Tým je přivolán k vyšetřování námořní poručice, které kdosi vypíchnul oči a mrtvou ji přivázal na veřejné místo. Loretta však po příjezdu zažije šok, mrtvou zná, před lety s ní společně svědčila v procesu proti vrahovi jiné ženy. Tehdejší vrah Jack Gordon byl právě z vězení propuštěn, a jak vyšetřovatelé zjistí, dnešní oběti několikrát před její smrtí volal...

Na Pridea se obrátí jeho stará známá, Rita Devereauxová, která je v současnosti státní zástupkyní a také členkou JAGu. Požádá ho o pomoc při hledání jejího kolegy, Noaha Sandlera, který se ztratil a už více než dva dny není k nalezení. Už první stopy ukazují, že něco není v pořádku. Noahovi kdosi vymazal jeho soukromý počítač, naštěstí služební zůstal nedotčený. Velmi brzy je nalezeno Noahovo opuštěné auto v bažinách za městem. Vyšetřovatelé nejsou vůbec překvapeni, když zanedlouho v přilehlé bažině najdou Noahovu mrtvolu…

Tým vyšetřuje rvačku v baru v chudinské čtvrti New Orleans. Člen námořní pěchoty, seržant John Brossette, zranil několik mužů a jednoho z nich zabil. Teď je nezvěstný a pro vyšetřovatele je celý incident záhadou. Seržant je vzorným instruktorem, se kterým nebyly nikdy v minulosti žádné potíže. Podrobnější vyšetřování odhalí, že Brossette muže zabil v sebeobraně, když se ho pokusil zabít. Vyšetřovatelům se podaří zjistit, že seržant sleduje jednoho muže na blízkou veterinární kliniku. A právě tady oba muže zadrží. Brossette jim prozradí, že mu gang unesl ženu a on ji teď hledá.

Když vyšetřují smrtící nehodu na námořní základně, NCIS odhalí, že jednotka Seabees byla otrávena nakažlivým super virem, který ohrozí základnu a celé město hrozící katastrofickou epidemií. Také je během pitvy Wadeová nakažena virem a má pouze pár hodin života, pokud nedostane včas protilátku.

Poté co tým NCIS odhalí spojitost mezi mezinárodním drogovým kartelem a neworleanskou policií, LaSalle musí prošetřit svého bývalého partnera. Také se Pride obává o Ritino bezpečí, protože hledá spojitost mezi starostou a ilegálními aktivitami v Clearwateru.

Když Pride vyslechne na nahrávce starostu Hamiltona, tým NCIS musí vyšetřit vlakovou loupež, při které byly zcizeny stovky námořních zbraní.

Vražda vojenského kaplana přivede vyšetřovací tým NCIS ke zjištění, že starosta Hamilton se neštítí ničeho, a to ani vraždy. Výpověď místního mafiána, se kterým byl mrtvý ve sporu, dokáže, že kněz přišel na to, že chudinskou čtvrt Clearwater hodlá ovládnout někdo mocnější, než jsou tamní gangy...

Týmu se podaří zjistit, že Stone se svými lidmi chce zaútočit na některého ze sedmi politiků a vojáků, které starosta Hamilton pozval do města. Sledování Stonea skončí smrtí jednoho z turistů. Pride dostane příkaz, aby nechal Hamiltona na pokoji. Jenže Pride se nevzdává a chce jednou provždy Hamiltona vyřídit...

Naoko se rozjíždí vyšetřování Prideovy vraždy, i když tým ví, že žije. Musí ho ale najít dříve než místní policisté. Starosta Hamilton zmizel a tým tuší, že byl unesen. Pride konečně získá informaci, že Stoneovi lidé mají za úkol zatopit čtvrť i s jejími obyvateli...