À peine de retour de vacances, Pride doit enquêter sur un sniper qui terrorise la Nouvelle-Orléans. Durant leur enquête, l'équipe doit composer avec le départ de Brody et l'arrivée de Tammy Gregorio, une agente du FBI chargée d'enquêter sur l'équipe.

Pride fait face à de nouvelles manoeuvres du FBI lorsqu'il vient en aide à l'ancien analyste de la Navy Elvis Bertrand, le suspect principal dans une affaire de meurtres...

Le meurtre d'un Marine conduit Pride et ses agents sur une affaire de kidnapping à Mexico, qui dépasse leur juridiction… Rattachée au NCIS pour investiguer sur le cartel pour lequel travaillait la taupe, l'agent du FBI Tammy Gregorio participe à l'enquête.

Après l'enlèvement et le meurtre d'un Marine et ami de Sebastian Lund, ce dernier est kidnappé à son tour. Repéré grâce à ses talents pour un jeu d'évasion et sa fonction au sein du NCIS, Sebastian doit aider ses ravisseurs à libérer un prisonnier serbe…

Après le crash d'un avion dans le bayou, causant la mort de trois quartier-maitres, le NCIS soupçonne le cartel sur lequel enquête Tammy Gregorio. Justement, LaSalle et Percy cherchent à recruter un nouvel agent pour la remplacer une fois sa mission terminée.

Un élève Navy Seal souhaitant quitter le programme spécial d'entraînement auquel il participait est tué par balle. La victime avait désespérément cherché à parler au Maire Hamilton. Le fils adoptif de Loretta souhaite intégrer la Navy et LaSalle apprend une nouvelle bouleversante d'une ancienne petite amie...

Un Marine est abattu lors d'un rallye de motards. L'homme était membre d'un club de vétérans, chassé de la ville 10 ans plus tôt par le célèbre club des Niners. Percy recontacte un ancien informateur du temps où elle était un agent infiltré de l'ATF...

Pride s'occupe temporairement d'un enfant dont la tante, une quartier-maître qui l'hébergeait, a été tuée chez elle. Trompettiste dans un groupe de jazz, la victime avait inscrit son neveu, jeune musicien prodige, à l'académie de musique. À l'approche de sa fin de mission à la Nouvelle-Orléans, Gregorio se voit proposer un poste au NCIS par Pride…

Un caporal de la Navy et pilote chevronné trouve la mort lors d'une course automobile, probablement à cause du sabotage de son bolide. Tandis que le NCIS fait un lien avec une série de braquages survenus pendant ces courses, LaSalle s'échappe de l'enquête pour régler une histoire personnelle…

Le NCIS est appelé sur un yacht privé où le capitaine a été abattu par une garde-côte après avoir tué un membre du personnel. Partie en croisière avec des amies pour célébrer son futur mariage, l'occupante est une connaissance de Pride, et le futur marié n'est autres que Javier Garcia, dirigeant du cartel traqué par Gregorio et le FBI…

Le cartel a été mis hors d'état de nuire mais Pride et Gregorio, virée du FBI, veulent la tête de Javier Garcia. L'équipe compte piéger le criminel en infiltrant des courses hippiques truquées auxquelles il s'adonne…

Un capitaine de la Navy est retrouvé mort en mer. Son bateau, volé, ayant été localisé à plusieurs reprises près d'une plateforme pétrolière, le NCIS enquête sur un possible sabotage industriel…

Plusieurs personnes, dont une femme officier de la Navy, ont été tuées dans un centre d'analyse fédéral, où des vidéos de surveillance sur des personnalités locales ont été piratées et diffusées par un collectif de hackers. Pour cette enquête, le NCIS peut compter sur Sebastian Lund, dont c'est la première affaire en tant qu'agent, et Elvis Bertrand, l'ami de Pride et co-fondateur du collectif…

Sur la piste du manuel de stratégie anti-terroriste dérobé à la Sécurité Intérieure, les agents Torres et McGee se rendent à la Nouvelle-Orléans où la vente doit avoir lieu. Après le meurtre de deux acheteurs potentiels, Gregorio se fait passer pour l'un d'eux et rencontre Eva Azarova, un agent dormant russe à qui Pride a déjà eu affaire...

Lorsqu'elle découvre le corps d'une femme de la Navy pendu et mutilé, Loretta reconnaît immédiatement le mode opératoire de Jack Gordon, un schizophrène conducteur de tramway qu'elle avait fait condamner 20 ans plus tôt grâce à son témoignage d'experte. Libéré de prison, l'homme pourrait s'en prendre à la légiste pour se venger…

Rita Devereaux, une amie de Pride devenue procureure, vient l'alerter de la disparition d'un avocat du JAG. L'homme consacrait son temps libre comme bénévole au Fort MacArthur, une académie militaire privée prenant en charge des jeunes désœuvrés…

L'équipe de Pride recherche un Marine surentraîné qui a mis à terre six hommes et tué un civil dans un bar avant de prendre la fuite. Une fois interpellé, l'homme avoue être à la recherche de son épouse, disparue dans un quartier où des femmes récemment immigrées se sont également volatilisées.

En rentrant chez elle, Gregorio tombe sur son ex-mari, Ethan McKinley, accusé 10 ans plus tôt d'avoir volé les millions de dollars du fond d'urgence post-Katrina. McKinley lui assure avoir témoigné contre le patriarche Aufiero, qui a orchestré le vol, avant de bénéficier de la protection des témoins depuis.

Le NCIS se rend sur un chantier où un Marine s'est donné la mort après s'être plaint d'un mal de tête insupportable. Les agents découvrent qu'il s'agit d'un virus contagieux, injecté dans un gâteau, qui infecte progressivement les autres Marines sur le chantier, ainsi que Loretta Wade...

L'unité de police au sein de laquelle LaSalle a débuté est mise en cause lorsqu'une saisie de drogue se retrouve entre les mains d'un dealer. Le suspect principal étant le chef de la brigade et ancien mentor de LaSalle, Richard Marino...

Le NCIS est mobilisé sur un braquage d'armes d'un important constructeur, déjà attaqué à deux reprises. Fait étonnant, les braqueurs ont utilisé des balles en caoutchouc, mais l'une des participantes, une Marine blessée par les policiers, est retrouvée assassinée chez elle plus tard... Par ailleurs, Pride obtient un mandat pour mettre sur écoute le maire Hamilton...

La guerre est déclarée entre le NCIS et le maire, qui a fait emprisonner Sonja pour une faute commise lors d'une précédente enquête. Le meurtre d'un aumônier du quartier de Clearwater va convaincre Pride de réunir les preuves nécessaires pour faire tomber Hamilton...

Pisté par Pride, l'homme de main d'Hamilton ouvre le feu dans une rue bondée et tue un homme. Le maire parvient à rejeter la faute sur le NCIS, qui risque la suspension. Pride et ses agents découvrent alors la vraie teneur du projet porté par le maire : la construction d'un vaste chantier naval à Clearwater...

Pride a simulé sa mort après l'explosion de son bar, et fait cavalier seul en kidnappant le maire. Gregorio appelle à l'aide le directeur adjoint du FBI tandis que LaSalle parvient à convaincre un juge de faire sortir Percy de prison. Tous vont tenter d'éviter le pire aux habitants de Clearwater...