Dos años después del misterioso Burst que mató a su familia, Aiko casi ha aprendido a caminar de nuevo. Pero la llegada de un estudiante transferido cambia su vida.

Kanzaki lleva a Aiko a la ciudad, donde el antiguo colega de su padre, Kurose, le cuenta lo increíble: su cerebro fue trasplantado a un cuerpo artificial.

La CAAC detiene a Aiko y Yuya, pero los Divers logran escaparlos. Aunque el Asunto vuelve a estar activo, el grupo planea dirigirse al Punto Primario.

El grupo despeja la Puerta justo cuando el gobierno ordena una evacuación. Su primer objetivo es la persiana guillotina en K1, pero la Materia está activa.

Dentro de la Zona, el grupo descansa y se reabastece en el campamento. Kurose la lleva a Nanbara, pero ella e Isazu parecen tener sus propios planes.

Las Fuerzas Especiales de la CAAC interceptan al grupo para intentar recuperar a Aiko. Kurose se da cuenta de que la hija de Isazu, Yuzuha, está conectada con la Materia.

Los Divers se enfrentan a Aiko y Kanzaki, pero aceptan continuar con la misión. Isazu se convierte en director del laboratorio y aprende sobre la Unidad Uno.

El equipo llega a las instalaciones de investigación biotecnológica en Primary Point, pero Isazu logra conectar un video para confrontar a Kanzaki sobre sus intenciones.

Aiko tiene la oportunidad de hablar con su otro yo dentro de la Materia Maligna. Mientras tanto, la forma humana Materia envuelve a Yura, revelando a Yuzuha.

Isazu establece un vínculo con la Materia para poder interrogar a Yura. La JSDF se prepara para incinerar toda el Área a pesar de las objeciones de Nanbara.

En el lugar de la cirugía, Yura admite que sus intenciones cambiaron con la decisión de Aiko. Kurose intenta cortar el vínculo entre Yuzuha y sus duplicados.