Deux ans après que le mystérieux Burst a tué sa famille, Aiko espère enfin pouvoir remarcher, et reprendre sa vie. Mais l'arrivée d'un nouvel élève va tout bouleverser.

Kanzaki emmène Aiko voir Kurose, un ancien collègue de son père. Il révèle à l'adolescente l'inconcevable vérité : son cerveau a été transplanté dans un corps artificiel.

L'ACCA kidnappe Aiko et Yuya, mais les Divers réussissent à les libérer. Malgré le retour en activité de la Matière, le groupe décide de se rendre au point initial.

Le groupe pénètre dans la Zone avec pour premier but d'actionner la Guillotine au K1. Le gouvernement ordonne une évacuation. La Matière en évolution ne cesse de germer.

À l'intérieur de la Zone bouclée, le groupe se repose et réapprovisionne le camp. Kurose joue les chauffeurs pour Nanbara, qui lui donne un conseil d'amie.

Emportée par sa fougue, Kaede retarde la progression du groupe. Une course contre la montre s'ensuit pour entrer dans la Zone 3. Nanbara joue, et Kurose perd une manche.

Les Forces Spéciales de l'ACCA interceptent le groupe pour essayer de récupérer Aiko. Kurose réalise que Yuzuha, la fille d'Isazu, est intimement liée à la Matière.

Quand l'équipe atteint le centre de recherche en biotechnologie du point initial, Isazu réussit à se connecter avec elle, et dévoile toute la vérité sur Kanzaki, et Aiko.

Au sein même de la Matière Maligne, Aiko rencontre enfin son autre moi. Pendant ce temps, la Matière de forme humaine engloutit Yura, qui y trouve une enfant désespérée.

Afin de pouvoir interroger Yura, Isazu établit un contact avec la Matière. Les Forces D'Auto-Défense partent incinérer la Zone malgré les vives objections de Nanbara.

Avant l’opération, la décision altruiste d'Aiko remet en question toutes les certitudes de Yura. Kurose intervient pour couper la connexion entre Yuzuha et ses doublons.