怪人と竜神戦隊ドラゴンキーパーによる「日曜決戦」の日。怪人の“戦闘員D”は、打倒大戦隊を決意する。

夢子と手を組み、レッドキーパーの姿で駐屯地へ潜入した戦闘員Dだったが、レッドキーパー本人に遭遇してしまう。

神具を奪った戦闘員Dを捜索するブルー部隊。従三位の碧流亜乱は、Dをかくまう桜間日々輝を発見する。

桜間日々輝の姿となって大戦隊に潜入した戦闘員D。同期隊員や日々輝の姉の世々良、そして戦闘員XXに遭遇する。

正隊員になるための最終試験でペアを組むことになった戦闘員Dと獅音海。怪人役として現れたのは、朱鷹田隼だった。

試験2日目。獅音海は他の優秀な候補生たちと手を組む。目論見が外れた戦闘員Dも、残りの候補生たちと協力し合う。

試験の最中、パイロンの巣に凶悪な怪人幹部ペルトロラが現れた。最初に遭遇したのはブルー部隊の藍染小町でーー

小熊蘭丸に扮し戦闘員Dに加勢していたXXだったが、行く手を阻んだのは神具を手にしたブルーキーパーだった。

ペルトロラを全力で攻撃するブルーキーパー。ペルトロラは一旦退こうとするも、夢子ら従一位が立ちふさがる。

力を合わせ分身ペルトロラを倒した戦闘員Dと候補生、従一位、そしてブルーキーパー。しかし最後に怪人が現れーー

ブルーキーパーにひとり立ち向かった戦闘員D。擬態能力と汎用武器バーストフォルムだけで真っ向勝負を挑む。

怪人幹部ペルトロラとの死闘でブルーキーパーを失い、揺らぐドラゴンキーパー。混乱の中、桜間日々輝として大戦隊への入隊を果たした戦闘員Dは、"大戦隊も怪人幹部もぶっ潰す！"と決意を新たにし、奇妙な神隠し事件を追う警察官と謎の男・千歳に出会う。そんな中、Dに配属指示が下されるが、そこは予想外の部隊であった。

怪人幹部捜索のグリーン部隊に配属されるが、隊員がたった4人しかいないことを信じられない戦闘員D。怪人幹部が絡む神隠し事件の調査に乗り出したDとグリーン部隊は、謎の集団”ウロボロス”に接触。しかしDたちは、廃校だったはずの学園で奇妙な幻惑に囚われてしまう。幾度も繰り返される時の中で脱出の糸口を探るも…？

幻惑を操る怪人幹部マガティアを追う中、グリーン部隊は思いもよらぬ人物と再会する。それは行方不明だった元隊員、若葉京助であった。翡翠が若葉と激突する一方で、戦闘員Dは「ここが理想郷…夢の学園だ」と語る我藤と対峙し、戦闘を開始する。その頃、現実世界では動物園に現れた“怪獣”が騒動を巻き起こしていた。

幼い頃の苦い記憶が翡翠の闘志を燃え上がらせ、かつての仲間である若葉京助を救うため相対することに。しかし若葉には大きな秘密があり、翡翠を窮地へと陥れる。その頃、怪人幹部マガティアの策略によって現実世界に弾き出された戦闘員Dは、幻の学校へ戻る方法を模索し、新たな戦局を切り開く。

翡翠、西木刑事と共に怪人幹部マガティアの捜索を続ける戦闘員Dは、強制リセットの謎を解き明かす鍵を見つける。ついにマガティアの姿をとらえたDと翡翠たちだったが、一行は突如として幻惑世界に引き込まれ、無限階段の迷宮で分断される。果たしてDは窮地を脱して、マガティアを倒すことはできるのか——！？

行方をくらましていた日々輝は「ウロボロス」の真実を追って廃校舎へ向かうが、マガティアは討伐され、そこには何も残されていなかった——。一方、戦闘員Dは次なる標的グリーンキーパーを倒すため、再び錫切夢子と手を組むことに。新たな脅威も発生するなか、グリーンキーパーを追うDを待ち受けるものとは…？

突如として現れた謎の怪人幹部フワリポンは、大戦隊が隠蔽した事実を動画配信サイトで暴露する。ドラゴンキーパーの信用が地に落ちる中、大戦隊は欠けていたブルーキーパーを新たに任命することで信用回復を図ろうと試みる。その頃、怪人にも大戦隊にも属さない新たな勢力が水面下で動きを見せ始めるのだった…。

戦闘員Dと翡翠は怪人保護協会の代表・薄久保薬師と対峙する。怪人と人間の共生を掲げる薬師は、大戦隊と対立。信用が地に落ちた大戦隊に代わり世間の支持を集める怪人保護協会は、勢力を着実に拡大し、市民たちは次々と協会本部へ集い始める。市民たちの行く先に待ち受けるのは、救済か、それとも破滅か——。

戦闘員Dは大戦隊にも怪人保護協会にも与せず、一人戦場をかき乱していく。かつての敵との再会で混乱を極めていくなか、Dはイエローキーパーから"衝撃の真実"を告げられる。神具とは、ドラゴンキーパーとは、怪人とは。激化する戦局が、隠されていた世界の謎を明るみへと引きずり出していく。

藍染小町らブルー部隊と新ブルーキーパーは怪獣、そして謎の怪人幹部と死闘を繰り広げる。一方で、ピンクキーパーはフワリポンと対峙する。そんな中、日々輝と世々良の運命の糸は、思いもよらぬ結末を迎えようとしていた…。苛烈を極める戦局を終わりへと導くため、ついに薄久保薬師も行動を開始する。

突如現れた大怪人デスメシア！集結したドラゴンキーパーらがデスメシアに立ち向かうも、その強大な力の前に苦戦を強いられる。デスメシアの猛威が戦場を支配し、市民の犠牲をも顧みず怪人軍団は進撃を開始。一方、戦闘員Dは思いもよらぬ人物からの襲撃を受け深い傷を負ってしまうが、翡翠との再会で決意を新たにする。

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