怪人と竜神戦隊ドラゴンキーパーによる「日曜決戦」の日。怪人の“戦闘員D”は、打倒大戦隊を決意する。

人間の姿で大戦隊の入隊試験にやってきた戦闘員D。その変装を見破った隊員の錫切夢子は、Dに共闘を提案する。

神具を奪った戦闘員Dを捜索するブルー部隊。従三位の碧流亜乱は、Dをかくまう桜間日々輝を発見する。

桜間日々輝の姿となって大戦隊に潜入した戦闘員D。同期隊員や日々輝の姉の世々良、そして戦闘員XXに遭遇する。

正隊員になるための最終試験でペアを組むことになった戦闘員Dと獅音海。怪人役として現れたのは、朱鷹田隼だった。

試験2日目。獅音海は他の優秀な候補生たちと手を組む。目論見が外れた戦闘員Dも、残りの候補生たちと協力し合う。

試験の最中、パイロンの巣に凶悪な怪人幹部ペルトロラが現れた。最初に遭遇したのはブルー部隊の藍染小町でーー

小熊蘭丸に扮し戦闘員Dに加勢していたXXだったが、行く手を阻んだのは神具を手にしたブルーキーパーだった。

ペルトロラを全力で攻撃するブルーキーパー。ペルトロラは一旦退こうとするも、夢子ら従一位が立ちふさがる。

力を合わせ分身ペルトロラを倒した戦闘員Dと候補生、従一位、そしてブルーキーパー。しかし最後に怪人が現れーー

ブルーキーパーにひとり立ち向かった戦闘員D。擬態能力と汎用武器バーストフォルムだけで真っ向勝負を挑む。

怪人幹部ペルトロラとの死闘でブルーキーパーを失い、揺らぐドラゴンキーパー。混乱の中、桜間日々輝として大戦隊への入隊を果たした戦闘員Dは、"大戦隊も怪人幹部もぶっ潰す！"と決意を新たにし、奇妙な神隠し事件を追う警察官と謎の男・千歳に出会う。そんな中、Dに配属指示が下されるが、そこは予想外の部隊であった。

怪人幹部捜索のグリーン部隊に配属されるが、隊員がたった4人しかいないことを信じられない戦闘員D。怪人幹部が絡む神隠し事件の調査に乗り出したDとグリーン部隊は、謎の集団”ウロボロス”に接触。しかしDたちは、廃校だったはずの学園で奇妙な幻惑に囚われてしまう。幾度も繰り返される時の中で脱出の糸口を探るも…？

幻惑を操る怪人幹部マガティアを追う中、グリーン部隊は思いもよらぬ人物と再会する。それは行方不明だった元隊員、若葉京助であった。翡翠が若葉と激突する一方で、戦闘員Dは「ここが理想郷…夢の学園だ」と語る我藤と対峙し、戦闘を開始する。その頃、現実世界では動物園に現れた“怪獣”が騒動を巻き起こしていた。

幼い頃の苦い記憶が翡翠の闘志を燃え上がらせ、かつての仲間である若葉京助を救うため相対することに。しかし若葉には大きな秘密があり、翡翠を窮地へと陥れる。その頃、怪人幹部マガティアの策略によって現実世界に弾き出された戦闘員Dは、幻の学校へ戻る方法を模索し、新たな戦局を切り開く。

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