緊急事態！江戸の時間が止まった!!

新シリーズ1話目にして、銀さん、神楽、新八以外の全ての時間が止まってしまった！その原因は、どうやら拾った「三千世界時計」を寝起きの銀さんが破壊したことにあるようで…。壊れた時計を直すべく翻弄する万事屋メンバー。果たして江戸の運命はいかに!?

時間停止の原因は…ただの電池切れ!?

世界の時間が止まった原因は「三千世界時計」の電池切れだと気付いた銀さんたち。電池を交換しようと試みるが、特殊な電池でどうやら地球の物ではないようだ。

予備電池を探すため、銀さんたちは時計を拾った現場へ向かう。そこには電池を握ったまま停止した土方がいた。土方は頑なに手を開いてくれない。万事屋メンバーは電池を無事に手に入れられるのか!?そして止まった時間は一体どうなるのか！!

監察官が監察中に禁断の恋!?

攘夷戦争時代に白夜叉として活躍した銀さんが現在も攘夷志士との繋がりがないか探るため、土方の命令で万事屋を張り込みをする事になった監察官・山崎退。しかし、暇を持て余す銀さんたちを見張る事に無意味さを感じ始めた頃、山崎は偶然、たまと出会う。機械に優しく語りかける姿をかいま見て、山崎は一目ぼれする。それ以来、たまだけを監察するようになってしまって…!?

銀さんが教える歴史の授業・エロ本の隠し方!?

苦手な歴史の勉強を月詠に教わる晴太。しかし、月詠の鍛錬（?）のような勉強法により傷だらけに。月詠の勉強に嫌気がさした晴太は銀さんに家庭教師のバイトをお願いするのだが…。

新八は友人のタカチンからあるものを託された。そのあるものとは『HoLaveる』（少年たちの夢）だった。『HoLaveる』を、少年たちの夢をお妙（PTA）から守るべく銀さんが新八に力を貸す!!

鏡の中から万事屋を盗撮!?

ある日の朝、銀さんは万事屋の台所に新品の鏡が設置されている事に気が付く。そこにはお登勢がとりつけたとの置手紙があるが…。実は、さっちゃんが鏡の中から銀さんを覗くためだった!!果たしてさっちゃんはどんな銀さんの○○な姿を目にするのか!?

山崎は真選組屯所内で自身が評価されていないことを耳にし、転職を考える。そんな時、伊賀忍者の服部が忍者の免許を持っている事を目撃し、山崎は忍者免許を取得するため教習所に行くことに。忍者教習所では一体どのような事が行われているのか!?

攘夷時代にいた幻のファイブマン!?

銀さんは攘夷同窓会なるもに呼ばれた。その場にいたのは、攘夷戦争時代に共に戦いを生き延びた桂と坂本が思い出話に花を咲かしていた。OPやEDで散々見ている二人にウンザリして踵返しかけた銀さんだったが、この同窓会を主催者が桂、坂本ではなく幻のファイブマン『黒子野太助』と聞き驚愕する。だが、一行は黒子野とのまともな思い出が思い出せない。黒子野が来る前に思い出すことが出来、無事に同窓会を乗り切れるのか!?

黒子野のことを思い出せないのは銀さん達のせい!?

前回、高杉からの手紙をきっかけに黒子野を思い出しはじめる。時は攘夷戦争時代まで遡る。幕軍との戦いで疲弊した仲間と共に銀さんたちは廃寺でしばしの休息をとっていた。戦場のピリピリとした空気を変えようと黒子野が銀さん達4人に缶蹴りを提案する。そして、自らが鬼となり本堂へと向かうことに。缶蹴りに興じている最中、敵の奇襲に遭ってしまうが、銀さん高杉の本堂を爆破させる機転により形勢逆転はするが…。果たして、黒子野とは一体にものなのか!?

3億円手にしたら町中がモヒカンだらけ!?

土方は行きつけのタバコ屋のお婆さんに宝くじを薦められる。全く興味がなかった土方ではあったが、「世の中が違って見えるから」と無理やり落し物の宝くじを渡される。くだらないとやぶろうとした瞬間、偶然にも手にしている宝くじが3億円当選してることを知る。換金しようと町にくりだしたが、辺り一面世紀末のように荒廃し、人々はモヒカンの姿で土方の宝くじを狙って襲ってきた。土方の身に何がおきたのか!?

新規顧客を求めて万事屋の宣伝ポスター制作!!

かぶき町にゆるキャラ登場!?

万事屋にめっきり依頼が来ない原因は宣伝不足だと思い立った銀さん。宣伝ポスターを作るため、神楽、新八と一緒に、万事屋のキャッチコピーを考えるのだが…。出てくるアイディアはどこかで見たようなものばかりで一体どんなポスターが出来るのか!?

かぶき町の町内会に集められた四天王代理のメンバー達。そこに突如現れた新・かぶき町の四天王がかぶき町のイメージアップのために、かぶき町のゆるキャラを作る事を提案する。かぶき町のゆるキャラとは一体…!?

銀さんが♀に!?九兵衛が♂に!?

ある日、九兵衛が通りを歩いていると占い師に声をかけられる。占い師は九兵衛が抱えている悩みに対して“一度身も心も男になればいい”と提案する。馬鹿げた提案に憤慨する九兵衛であったが、その瞬間かぶき町はなぞの光に包まれた。辺りが騒然とする中、九兵衛は自身の体に違和感を感じ目の前のガラスに映った姿に愕然とする!!一体九兵衛に身に何が起きたのか!?

かぶき町全体で男女逆転!?

謎のイケメン2組登場!!

かぶき町を包んだ謎の光は男女の性別を替えてしまう光だった!!その犯人は宇宙で広域指名手配されている“デコボッコ教”なる宗教集団。かぶき町は彼らの監視によって占拠されてしまう。現状を打開すべく行動する銀子たちであったが、なかなか上手くはいかない。そんな女子メンバー（?）を見かねたのか、謎のイケメン2組が颯爽とあらわれる!!あの眼鏡と煙管はまさか…!?

柳生○兵衛!?どちらで生きていくのか!!

銀魂イケメン男子(?)メンバーの大活躍により事件は解決した…かに見えたが、デコボッコ教のアジトにいた銀子達のみ性別が戻る事はなかった。元に戻る手立てを失った銀子たちは、それぞれが新しい人生を歩む事になる。十兵衛は、自分が望んでいた世界になった喜びと仲間を巻き込んだ罪悪感にさいなまれていた。そんな中、元に戻れる情報をある人物から入手する。果たして十兵衛は、どうするのか!?

弁当箱の大きさは母の愛に比例!?

寺子屋に通い始めた晴太。しかし、なかなか他の子供たちと馴染めていない様子。どうやら母・日輪が作る重箱に入った豪華なお弁当が理由なようだが、当の本人の日輪は全くそのことが理解出来ていない。そこで、日輪は月詠にお弁当を作らせるのだが…。月詠の他にも銀魂ヒロインメンバーが代わる代わるお弁当を作るが、果たして食べられるものはいくつあるかな。

死神からの介錯依頼!?

酔っ払いを狙った辻斬リが相次ぐかぶき町。死体の首の皮一枚だけを残して斬る手口から”死神の仕業だ”という噂がかぶき町に流れていた。人通りが無くなった夜道を一人歩く銀さんは、死神から切腹の介錯を頼まれる。この死神が、公にできない深刻な事情を抱えており、銀さん達は事件に巻き込まれていく。一方、真選組は辻斬リの下手人を追って捜査を進める中、協力者として公義御試御用人の池田夜右衛門に依頼。辻斬リと死神の関係とは!?

銀時の隠された過去が明らかに!?

死神の正体は首切役人の一族、池田朝右衛門という少女だった。彼女は、謀反による先代殺しという大罪を犯していた。そしてまた、銀さんはかつて池田家によって首を斬られるはずの罪人だった。銀さん達は当主の池田夜右衛門から朝右衛門の保護を依頼される。池田家が用意した船は順調に進んでいるように見えたが、沖田と土方の登場により一転する。そして、沖田の口から今回の事件について語られ始める・・・。

死神の運命は!?

自らの意志で夜右衛門に刀を向けた朝右衛門であったが、夜右衛門の圧倒的な力に苦戦する。銀時も戦いに加わるが、一橋家の家臣による夜右衛門の援護によって、傷を負うことになる。銀時・朝右衛門ともに劣勢の状況が続く中、夜右衛門から、銀時によって朝右衛門の実の父が死んだことを語られる。そのことにより朝右衛門の刀に添えた手が止まった。果たして、朝右衛門は夜右衛門と銀時どちらを斬るのか!?

マダオついに仕事見つかる!?

とある静かな夏の夜。人気のない公園を二人の少女は夏休みの話題で盛り上がっていた。不意に少女の一人が『このまま夏休みが終わらなければいいのに』と呟いた。その瞬間、二人の少女は背後に不穏な気配を背後に感じた。少女たちはおそるおそる振り返ると“永遠の夏休み”の恐怖を語るマダオの姿が…。

そんな恐怖体験が巷で広まってマダオは“怪談おじさん”になった。銀さんたちに怪談話を教えて貰おうとするのだがどんな身の毛もよだつお話がきけるのやら…。

貴方の過ち悔い改めませんか!?

いつもよりお客でごった返すスナックお登勢。お客のお目当ては看板娘のたま。どうやら愚痴話が発展し、たまに悩み相談する場になっているようだ。それを見ていた銀さんは、“ロボッ娘懺悔室”なるものを作りお金儲けを試みる。

開店早々上司に対する懺悔をしに来た男性、旦那に対する懺悔をしに来た女性、と次々にお客が来店。どちらの過ちも銀さんに全く関係ないものに思えたが、見慣れた風貌のペットの出現によって事態が繋がり始める。果たして彼らはどんな過ちを犯したのか!?

攘夷志士の大将“大将（しょう）ちゃん”誕生!?

銀さんは将軍殺しの大罪で逮捕される事になった!!しかし、そんな将軍は万事屋メンバーが起こした騒動に巻き込まれて記憶を失うことに…。そんな将軍を助けたのが桂であった。桂は将軍と気がつかず、行くところもない将軍をとりあえず国崩しでもどうかと誘う。桂は将軍から漂う風格に攘夷志士の大将になると考え大将（しょう）ちゃんと名づけて仲間の攘夷志士に紹介する。騒然とする攘夷志士をよそに桂は将軍にリーダーとはなんたるかを叩きこもうとするが、将軍の方が何枚も上手でその様子を見守っていた攘夷志士達の気持ちにも徐々に変化が生まれる…。

将軍様は本当に攘夷志士となって幕府を叩きつぶすのか!?

真夏の二大イベント!!スイカ割りと終わらない宿題…。

真夏の強い日差しが照りつける中、スイカを頬張る神楽とそよ姫。『もっと美味しい食べ方はないものかしら』と悩む二人に対し銀さんは工夫して食べることを提案する。しかし、スイカを食べるはずがなぜかそよ姫が誘拐されてしまう!!万事屋メンバーは無事そよ姫を救出しスイカを美味しく食べられるのか!?

夏休みも残すところ後わずかとなったある日、夏の終わりに物思いに耽っている万事屋に神妙な表情で訪れる晴太。手にはやり終えていない大量の宿題を抱え、銀さんたちに宿題の手伝いを依頼する。ところでみなさんは夏休みの宿題は終わりましたか？

交通事故に遭い、五体は無傷ながらも魂がミンチになってしまった銀時と土方は、中身だけが入れ替わってしまった。元に戻る方法が分からないまま、銀時は土方として、土方は銀時として暮らすことになる。厳格な規律を重んじる銀時と、自由を好む土方。ふたりのリーダーの変化が、万事屋と真選組をまったく別の組織に生まれ変わらせてしまう。

魂の入れ替わりは、源外の発明した「全自動卵かけ御飯製造機」によるものであることを知った銀時たち。

銀時と土方は元に戻るため、事故によってちぎれた銀時の魂の半身を捜すも、すでに魂は猫の死骸に乗り移り、恐るべき戦闘マシーン・どざえもんへと変貌していた。

リーダーの中身が入れ替わり、統率の取れない万事屋と真選組は、どざえもんにこっぴどくやられてしまう。

お妙からどざえもんを引きはがそうと手を尽くす銀時と土方。

そこに魂と肉体が入れ替わった万事屋と真選組、桂や長谷川たちが駆けつける。

ふたりのリーダーが入れ替わったことによって教えられた「自由」と「規律」。

そのふたつが、バラバラになってしまったみんなの心をひとつに結ぶ。

果たして銀時たちは、どざえもんを倒し、己の肉体を取り戻すことができるのかーー

宇宙で商いを続ける快援隊の坂本と陸奥。今度の商品に坂本が選んだものが『5千万入るバッグ』であったが、商売は散々な結果に。愛想つかした陸奥は坂本を海へと捨てる。

銀時は陸奥に、坂本との経緯を尋ねる。そこで陸奥は、奴隷船での出会いを話し始める。一方、坂本は、何もない大海原を一人漂っていた。そこへ一隻の家族船が現れ坂本を攫ってしまう。

はたして、坂本の運命は!?

坂本が過去に捕まったのはなんと陸奥が副団長を務める千鳥海賊だった。

陸奥は奴隷として囚えた坂本達に興味を示す。そんな中、奴隷たちの処刑が決定し陸奥は一人反旗を翻すことを決める。

一方、現代の坂本が捕まった船も過去同様に千鳥海賊だった。彼らは過去の仕返しに坂本と陸奥の前にあらわれたのであった。助けに向かう銀時と陸奥。

過去と現代が交差し、快援隊創設の歴史が明かされる!!

「オシャレとはオシャレと言葉にした時点でかき消えるものなり」

新しい着物を買い、イメチェンしたいお年頃な新八。だが、その一歩がなかなか踏み出せないでいる。万事屋３人まとめてイメチェンすれば恥ずかしくないだろうと、お妙が気を回すが、どんどんおかしな方向に発展してしまう…。

「世の中には二種類の人間がいる　それは必殺技を叫ぶ人間と叫ばない人間だ」

マカダミアンナッツチョコをエサに弟子を呼び込む日々に疑問を持った新八。

弟子達に必殺技を教授すべく、父の残した奥義をマスターしようとするが、奥義書に書かれていたのは格ゲーのコマンドだった。

泥棒・猿吉小僧に見込まれ、弟子入りすることになった近藤。

盗人の心得を学び、二代目として跡を継ぐことを期待されるようになる。

猿吉小僧から頼まれ、神社に供え物に行くと、そこには土方の姿が。

猿吉小僧と近藤の尻尾を、すでに掴んでいたのだ。

そこに居合わせた老婆から昔話を聞かされる土方と近藤。

その話をきっかけに、近藤は、子供の頃にこの神社の宮司に世話になっていたことを思い出す。

桂は真選組を内部から瓦解せしめるため、採用試験を受けた。

見事試験を通過した桂は、三番隊の特別副官として採用される。

そこは斉藤終のみが所属する「沈黙の部隊」と恐れられる隊。

桂は斉藤と何とかコミュニケーションを取ろうとするが、まったく噛み合わないらしい。

そんな与太話をする銀時たちの所に斉藤が現れる。

桂の正体はバレていたのか？桂、銀時たちの顔に緊張が走るが……

桂の罠によって処刑されそうになる斉藤終。

斉藤の秘めた思いを知った銀時は、極度に無口な斉藤に代わり、マイクを使って申し開きをすることに。

あの手この手の絡め手で、何とか罪を晴らそうとするが、桂は断固粛清を主張。

事態を見かねた土方は、ふたりに「裏切り者」を粛清するよう命じる。

剣に生きる者は剣で語るべき。

桂と斉藤は剣を交えることになってしまうのだが――

銀さんの思わぬ行動が取り返しのつかない展開に!?

ギラギラと日差しが照りつける中、ターゲットの尾行を続ける万事屋一行。あまりの日差しの強さに少しダウン気味。そんな中、暑さに耐えきれなくなった銀さんは、身勝手にも神楽の日傘を奪取してしまう。日傘を失った神楽は日光にさらされてしまい日射病で倒れ、入院してしまう。

病院に連れて行ったものの、改善の手立ては見つからず仕舞い。どうやらただの日射病ではないようで、原因は神楽の設定を銀さん達が軽んじたことにあるようで…。果たして、神楽の容体は？

仮病のつもりがなぜか国をあげてのお見送り!?

神楽は銀さんの愛情を確かめるべく仮病を使っていた。だが仮病とは言い出せないまま、単なる日射病がとんでもない展開に。神楽の容体は様々な偶然が重なり、どういう訳か医師から手の打ちようがない危篤状態だと宣告されてしまう。そこへ、神楽と会えばいつも憎まれ口を叩き合う沖田と、神楽の親友であるそよ姫が見舞いにやってくる。沖田の仕業で、意識を失った神楽。次に目を覚ましたときには、棺桶の中にいて盛大な国葬が始まっていた!!

こっそりと保健室で漫画を描き続ける鯱であったが、眠気に襲われてしまう。寝てる間に保健室の先生に漫画を読まれる。それをきっかけに鯱は先生に恋をするのであった。銀さんに恐る恐る相談してみると、意外にも協力してくれることに！しかし、その協力方法が一風変わっているようで…。

そして急遽、鯱の漫画がジャンプデビューすることに。喜ぶ鯱であったが、与えられたスケジュールが翌日の朝までだと知る。戸惑う鯱に対し銀さんは、不適な笑みを浮かべながら強力な助っ人集団『悪路木組』の存在を伝える。

果たして 悪路木組とは一体!?

鉄子に鍛冶屋の店番を頼まれた万事屋メンバー。

そこに、銀河の平和を取り戻そうとする勇者が伝説の神剣を、銀河を支配しようとする魔王が伝説の魔剣を、鍛え直して欲しいと持ち込んできて…。

買い物の帰り道、とある自販機・タバ子と出会ったたま。

タバ子と心を通わせたたまは雨宿りをしながら、タバコ屋の主人が帰ってくるのを待ち続けるのだが…。

何者かが将軍・茂茂の茶に毒を忍ばせ、殺害しようとする暗殺未遂事件が発生した。

将軍の命を案じた者たちは、京の帝に庇護をあおぐことを決める。

護衛を任された松平は、影武者を使い、敵を撹乱しつつ、将軍を安全に送り届ける計画を立てる。

ずらりと勢揃いした御庭番の影武者たち。

しかしなぜかその中には、銀時たち万事屋の姿もあって…。

海路を進む一行は、宇宙海賊・春雨の待ち伏せを受けてしまう。

鬼兵隊と夜兎を中心とした部隊を相手に、一行は壊滅寸前だ。

その危機的な状況を打ち破ったのは、土方の指示を受け、ひとり真選組を離れていた沖田だった。

その前に立ち塞がる春雨・第７師団長の神威。

交わる得物、血煙があがる。

はたして沖田はその死線を越えられるか!?

忍の里へと下った銀時たちは、全蔵が密かに将軍・茂茂の身柄を伊賀衆に託していたことを知った。

しかしその伊賀の地に、春雨の船団が姿を現す。

高杉たちは伊賀衆を将軍暗殺の謀反人に仕立て上げようと画策していたのだ。

その春雨の船に、再び姿をあらわした全蔵。

すべては友である茂茂を護るためだ。

春雨船団相手にたったひとり、決死の戦いを挑む。

全蔵の思いを知った御庭番衆は、自分たちの頭目を救うため、春雨の艦隊に飛び込む。

一方、銀時、新八、神楽は阿伏兎率いる敵部隊から茂々を護るため、必死の抵抗を試みる。

近藤・土方も合流し逃走を図るが、敵の追撃は止むことがない。

百地たち伊賀衆の手助けもあり、里の抜け道へと続く吊り橋まで辿り着いた。

そこで近藤・土方は万事屋に、最初で最後の依頼を切り出すのだった。

抜け道のある摩利支天像の前には、高杉、神威たちが待ち受けていた。神楽は神威を止めるため、盛大な兄妹喧嘩をはじめる。

いっぽう銀時と高杉は、因縁の刃を交える。その刀に、ふたりの思いが重なる。それは、攘夷戦争のときに交わした約束、そして何者でもなかった、本当の武士になりたいと願っていた幼い頃の思い。

その死闘の果てに、ふたりが見るものとは…。

力つき、倒れる銀時と高杉。高杉は松陽の教えに従い、自分の武士道を胸に掲げ、侍になることを決意した少年時代を思い出す。気づくと目の前には松陽が立っている。あの頃のように自分を叱りに来てくれたのかと、懐かしい思いにとらわれるのだった。

だが松陽に見えたのは、ふたたび立ち上がった銀時だった。銀時は高杉を殴りつける。

先生はもうここにはいない、俺たちを止められるのは俺たちだけだと、銀時の悲痛な叫びがこだまする。

死地を抜けた新八たちを待っていたのは、天導衆であった。彼らが連れていたのは、正気を失った喜々。天導衆はかつて茂茂が提出した解官詔書を利用し、喜々を新たな将軍に仕立て上げていた。

天導衆は将軍の命令として、茂茂の身柄を明け渡すよう要求。将軍の命令は絶対であり、拒めば逆賊として追われることになる。

その絶体絶命の窮地に、ひとりの男が立ち上がる。

決意した茂茂は自らが将軍であることを言い、同時に自身が目指す将軍の姿を天導衆らに伝えた。一方、戦いを終えた近藤・土方は真選組隊士らに救護され、激戦を繰り広げた銀時・高杉はぼろぼろになりながらもそれぞれの仲間の元に帰るのであった。

時が経ち江戸に戻った銀時たちに、そよ姫からの一通の手紙が届く。そこには、復権を目指す茂茂の姿が綴られていた…。

前将軍の茂茂の死の悲しみが癒え切らぬうちに、新たに将軍となった喜々が茂茂派だったもの達への粛清を開始する。そのことにより真選組は解散となり、局長である近藤勲と警察のトップである松平片栗虎には斬首が宣告される。

近藤は銀時を密かに呼び出し思いを託した。いっぽう土方は、近藤の思いを汲み、隊士たちへあることを伝える。

真選組の解散、近藤の死罪が決まり、土方は心を塞いでいた。

小銭形は部下である土方の憂さを晴らすため、銀時を伴ってお妙のいる店へと繰り出す。

だがそこに将軍・喜々が現れ、場は滅茶苦茶にされてしまう。

お妙は民を傷つける暴虐無人な将軍の振る舞いを責めるが、もちろんそれを喜々が許すはずもなかった。

収監された独房で、近藤は桂と会う。

桂は真選組と攘夷志士とで手を組み、この国を変えるつもりであるという、自らの計画を話す。だが今の国を守るため、斬首される覚悟であった近藤は煮え切らない。

同じ頃、近藤の思いを知る土方は、決断を下せないでいた。局長不在の場合、全権は副長に託される。それは真選組が魂に誓った鉄の掟、局中法度に定められたことであった。

土方率いる真選組と攘夷志士たちは、近藤たちが捕らえられている絶海の孤島、黒縄島へと向かった。

土方たちは囚人に化けて島への上陸を目指すが、その動きはすでに読まれており、逆に奈落の奇襲を受けてしまう。

一瞬の虚を突かれ、背後を取られる土方。しかしその危機を救ったのは、小銭形。

さらには銀時たち万事屋一行であった。

土方たちは、断崖絶壁が行軍を阻む、島の裏手に上陸した。

そこから奇襲をかけて虚を突けば、敵地は簡単に落とせるというわけだ。

だが烏をつかってその動きを察知した朧は、島の裏手に守りを配していた。

ついに真選組・攘夷志士・万事屋vs見廻組・奈落、決戦の火蓋が切っておとされる。

一方、佐々木異三郎は脱獄した近藤たちを追っていた。

その胸中には、ある思いが去来していて…。

ならず者の寄せ集めでしかなかった浪士組が正式な警察組織・真選組になった頃――

真選組は一橋公の護衛という大任を仰せつかり、やる気に満ちていた。

だが、その任務は幕府のめぐらした陰謀であり、真選組は知らぬまま、その片棒を担がされようとしていた。

事情に通じていた佐々木は、生まれてくる娘のため、胸を張れる正しい侍であろうと一計を案じる。

しかしその行いが、思わぬ不幸を呼び込んでしまう。

神楽を庇った信女の身体を、凶刃が貫く。

それを放ったのは、謎の男であった。

男は信女、神楽、沖田を、次々と打ち破る。

男の名は虚（うつろ）――天照院奈落の先代首領にして、天導衆までのぼりつめた男であった。

いっぽう倒幕を目指し天を覆そうとした佐々木は、自分の計画が失敗に終わったことを認め、最後の力を振り絞り、信女の元へと向かっていた。

森の中でふたたび相まみえることになった近藤と佐々木。

近藤は傷ついた真選組と見廻組の隊士たちを助けながら、退却を続けていた。

佐々木はその近藤の目に、かつて信じた、あるべき侍の姿を見るのだった。

いっぽう銀時、土方たちは近藤の救出に向かっていた。

しかし時すでに遅く、土方たちが見たものは、奈落に追われ深い傷を負った佐々木、そして額を割られ息絶えた近藤の、無惨な姿であった。

戦いは終わった。

信女たち見廻組と、近藤たち真選組は、自らの強い信念に命を捧げた佐々木異三郎の生き様に敬意を評し、その死を悼む。

銀時たちは江戸に戻ったが、街の様子はすっかり変わってしまっていた。

警察組織は崩壊し、多くの侍たちが出奔し、倒幕の気運が高まりつつあった。

そしてその変化に呼応するように、真選組は新たな一歩を踏み出そうとする…。