ห้าปีผ่านไป เบ็นกลับสู่ชีวิตเด็กปกติอีกครั้ง แต่อยู่มาวันหนึ่งปู่แม็กซ์หายตัวไป เบ็นกลับมาสวมออมนิทริกซ์อีกครั้ง ลาบริด เพื่อนของปู่แม็กซ์พาเบ็นและเกวนมาพบกับกลุ่มค้าอาวุธของไฮบรีดและอัศวินอมตะ โดยมีเควินที่ออกมาจากมิตินัล เป็นคู่ค้าด้วย ระหว่างการต่อสู้อัศวินอมตะหนีไป เควินถูกหักหลังจึงพาเบ็นและเกวนมาที่รังของพวกอัศวินอมตะ

พวกเบ็นได้พบกับอลัน ลูกหลานช่างประปาซึ่งเป็นลูกครึ่งมนุษย์กับไพโรไนท์(ฮีทบลาสท์) ซึ่งถูกกล่าวหาว่าก่อความวุ่นวายในเมืองและพวกเบ็นได้พบว่าดีเอ็นเอเลี่ยนได้สร้างเครื่องปรับอากาศขนาดยักษ์ ซึ่งมีสภาพอากาศเหมือนในยาน

เควินพบกับเพื่อนเก่านักค้าอาวุธว่ามีของที่เควินต้องการ เควินจึงขโมยรัสท์บัคเกทไปจากเบ็นและเกวน เมื่อเบ็นและเกวนตามเควินจนเจอ ก็พบว่ารัสท์บัคเกทถูกรื้อออกไปหมดแล้ว เบ็นโกรธและไม่คิดจะเชื่อใจเควินอีก แต่เควินก็ไปหาวอลแคนัส นักค้าอาวุธอีกคนและถูกจับให้ผลิตคริสตัลออกมา เบ็นและเกวนมาช่วยและพบว่าที่เควินต้องการขายรัสท์บัคเกทเพื่อเอาเงินมาซื้อเครื่องโฮโลจากวอลแคนัส ครั้งนี้เป็นข้อความจากปู่แม็กซ์ บอกให้เบ็นค้นหาลูกหลานของช่างประปามารวมตัว

ทั้งสามออกตามหาลูกหลานของช่างประปาและได้พบกับไมค์ มอร์นิงสตาร์ที่พยายามล่อเกวนติดกับดักกับการออกเดทของเขา แต่เควินไม่ได้เชื่อใจเขาจึงตามไปดู เมื่อทั้งสามถูกโจมตีโดยซอมบี้นักเรียนหญิง ทั้งสามก็รู้แล้วว่าพวกเธอต่างถูกไมค์ดูดพลังชีวิตออกไปและถูกเขาควบคุมไว้

ดีเอ็นเอเลี่ยนได้จับตัวเคน พี่ชายของเกวนไป เพื่อเป็นเหยื่อล่อปู่แม็กซ์ไปติดกับ และได้เปลี่ยนให้เคนเป็นดีเอ็นเอเลี่ยน ปู่แม็กได้สละชีวิตด้วยการระเบิดรังผลิตดีเอ็นเอเลี่ยน

เบ็นได้ออกเดทกับเพื่อนสาวชื่อ จูลี่ ยามาโมโตะ โดยได้ชวนไปเที่ยวที่สวนสนุกแห่งหนึ่ง แต่ในระหว่างที่เดทกันอยู่นั้น เอเลี่ยนเผ่าพันธุ์กัลวานิคเมโครมอร์ฟ(อัพเกรด) ได้ไล่ตามเบ็นเพื่อจุดประสงค์บางอย่าง

เบ็น เกวน และเควิน ได้เล่นน้ำกันในที่สถานที่ที่ปู่แม็กซ์ ชอบเข้ามาเล่นกับแฟนสาวของเขา ในสมัยตอนเด็กๆ และ ทั้ง 3 ได้พบหญิงลึกลับที่มีอำนาจเวทมนตร์เหมือน เกวน

โดยมีนามว่า เวอโดน่า และ เวอโดน่า ต้องการพาเกวนกลับดาวบ้านเกิดที่ผู้คนต่างมีพลังเวทมนตร์ที่ดาวนั้น แต่เกวนปฏิเสธ จึงมีการปะทะกัน และเป็นการเพิ่มความสัมพันธ์ระหว่าง เกวน และ เควิน ที่เปรียบเทียบ ปู่แม๊กซ์ กับ ย่าเวอโดน่า

แคชกับเจ.ที.ได้ขโมยอุปกรณ์ถุงมือเหล็กจากรถเควิ่น และแคชได้ใส่อุปกรณ์ต่างดาวและได้ถูกอุปกรณ์มือดังกล่าว ครอบงำให้ทำแต่สิ่งชั่วร้าย และได้ปะทะกับเบ็นขึ้น

แต่ก็ไม่อาจจะสามารถเอาชนะเบ็นได้ และได้สอนให้ เจ.ที รู้ถึงมิตรภาพที่แท้จริง ระหว่างเพื่อนแท้ กับ เพื่อนกิน

ทั้ง 3 ได้ไปยังสถานที่ที่มีข่าวลือเกี่ยวกับสัตว์ประหลาดในเมืองร้าง และได้พบกับ ศาสตราจารย์ พาราดอกซ์ ซึ่งเป็นมนุษย์เหนือกาลเวลา โดยอธิบายกัมตภาพวิทยาศาสตร์ ฟิสิกส์เกี่ยวกับเวลาว่าเขาได้ทำการทดลองผิดพลาด จึงทำให้เกิดสิ่งมีชีวิตต่างมิติเกิดขึ้น ที่เจ้าตัวนี้เมื่ออยู่ที่ใดก็ตาม ที่นั่นจะกลายเป็นของเก่า หรือ สลายไปจากโลกนี้

อัศวินอมตะได้ขอความช่วยเหลือจาก เบ็น เกวน และ เควิน เพื่อกำจัดมังกร แต่ก่อนจะจัดการเสร็จสิ้น อัศวินอมตะได้ใช้ลำแสงยิงไปที่ เบ็น และ มังกร เพื่อกำจัดทั้ง 2 คน ทำให้พวกเบ็น ได้หยุดลงจากการปะทะกับมังกร และได้หาข้อมูลเกี่ยวกับมังกร ว่าทำไมอัศวินอมตะ ต้องกำจัดมังกร แท้จริงคือมังกรนั้นแค่มาสำรวจแผนที่โลกไม่ได้ทำร้ายอะไร แต่อัศวินอมตะได้จับตัวมังกรและกักขังไป 1000 ปี ทำให้มังกรนั้นโกรธแค้นอาฆาต

แมนนี่ เอเลี่ยนสายพันธุ์เททรามานด์(โฟร์อาร์มส์) และ เฮเล็น เอเลี่ยนสายพันธุ์คิเนเซเลอราน(เอ็กซาลาเรท) ทั้งสองทำหน้าที่เป็นช่างประปา ได้พบเบ็น, เกวน และเควิน และเข้าใจผิดว่าทั้งสามเป็นเอเลี่ยนและต้องกำจัดทิ้ง

เบ็น ได้ลองใช้เอเลี่ยนตัวใหม่ที่ชื่อ Alien X เพื่อหยุดยั้งภัย แต่เมื่อได้ใช้แล้ว เขาได้กลับควบคุมตนเองไม่ได้ และ อยู่ใต้อำนาจของ X ทั้ง 2 ตัว ที่ต้องคอยฟังอนุมัติ ซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตที่มีพลังมากที่สุด โดยสามารถทำอะไรก็ได้ และ รู้สิ่งที่จะเกิดขึ้น ทุกอย่าง แต่กลับแก้ไขไม่ได้ และ X ทั้ง 2 ตัวได้ขังเบ็นไว้ ไม่ให้คืนร่าง ในขณะที่พ่อขององค์หญิงอเทญ่ากำลังจะระเบิดดาวโลก