Pride est obligée de suspendre Hannah de ses fonctions après avoir rompu le protocole à la suite d'une opération conjointe avec le FBI pour abattre un suprémaciste blanc. Pendant ce temps, Pride et Rita rendent visite à la mère de Pride qui souffre de la maladie d'Alzheimer.

Le NCIS enquête sur un accident d'avion privé après qu'un pilote de la marine a déclaré avoir vu un objet non identifié avant l'accident. En outre, Pride souffre d'insomnie et de cauchemars après avoir été kidnappé et drogué l'an dernier.

L'équipe du NCIS découvre un sinistre complot commis par un centre de détention privé mandaté par le gouvernement pour héberger des immigrants sans papiers. De plus, Lasalle et Sebastian se rendent en Alabama à la recherche du frère disparu de Lasalle.

Le lieutenant de la marine Max Landry demande l'aide du bureau extérieur de la Nouvelle-Orléans lorsqu'il soupçonne sa petite amie d'être un espion. Lasalle est également confronté à une autre impasse dévastatrice alors qu’il cherche le dernier lieu de résidence de son frère.

Lasalle espère venger le meurtre de son frère en traquant un réseau de trafiquants de drogue en Alabama dont il est responsable. En outre, lorsque Pride assiste dans l'affaire, il croise Eddie Barrett, un individu insaisissable qui en sait plus qu'il ne veut le dire.

Suite à une explosion de gaz naturel dans une salle de cinéma, l'équipe du NCIS a découvert que la compagnie de gaz avait été piratée et que de nouvelles explosions pourraient être déclenchées.

Sebastian appelle l'équipe du NCIS pour aider à un éventuel cas d'enlèvement lorsqu'un fils d'un dignitaire qu'il devait protéger a disparu d'un lieu de concert local.

Après qu'Eddie Barrett ait fourni un témoin d'alibi, Pride et son équipe sont plus déterminés que jamais à trouver une issue à l'affaire et à venger le meurtre de Lasalle.

Pride est coupé de l'équipe et reculé dans un coin après que l'enquête sur Eddie Barrett ait révélé un complot malveillant.

L'équipe est inquiète lorsque Sebastian devient injoignable alors qu'il est sous couverture en tant que nouvelle recrue.

L'équipe doit retrouver une mystérieuse assassine responsable de meurtres à Athènes, Rome et Londres. En outre, le fils de Wade la supplie de lui permettre de faire un tour de police pour un article qu'il écrit sur un programme de sensibilisation des jeunes au NOPD.

L'équipe enquête sur le meurtre d'un capitaine du JAG qui a été découvert à la maison par sa fille, seule héritière de son grand domaine. De plus, Sebastian est intimidé lorsqu'il est nommé à la tête d'une équipe lors de sa première journée de formation à l'Équipe régionale des capacités d'application de la loi (REACT).

Lorsque Pride est incapable de dormir en raison de cauchemars continus à propos de l'homme mystérieux en costume rouge, il subit un traitement spécialisé pour l'aider à comprendre l'identité de l'homme. En outre, un nouvel officier arrogant, l'agent spécial Quentin Carter se joint à l'équipe.

Tammy doit protéger Rachel, une adolescente obsédée par la recherche, après que son père a été abattu dans leur maison, tandis que le reste de l'équipe cherche un motif.

Lorsqu'un homme usurpant l'identité de Lasalle tente de libérer une jeune femme de prison, l'équipe enquête à la fois sur l'imposteur et sur le prisonnier. De plus, la fille de Pride lui rend une visite surprise.

Des tensions raciales montent à New Orleans quand un officier de la police de New Orleans tire sur un officier de Navy noir qu'il pensait être armé au milieu d'une fête de rue.

Lorsqu'un marin de la Marine est retrouvé mort, l'équipe suit les mouvements suspects de personnes dans sa vie avant sa mort. En outre, Hannah accepte la relation de sa fille avec la nouvelle petite amie de son ex, Veronica.

Lorsque Sebastian est blessé alors qu'il tentait en vain d'empêcher un enlèvement, le NCIS se précipite pour retrouver la femme disparue et ses ravisseurs. L'équipe a également un aperçu de la vie personnelle de l'agent Carter.

L'équipe enquête sur la mort d'un microbiologiste naval dont le passe-temps en tant que "chasseur de mythes" a entraîné sa mort aux mains d'une légendaire créature bayou. En outre, l'agent Khoury mène une enquête sur les actions antérieures du directeur adjoint Van Cleef, qui l'a récemment rétrogradée pour des allégations erronées selon lesquelles elle aurait fait preuve d'un mauvais jugement.