Gohan tiene ahora dieciséis años y hoy es su primer día de clase al instituto. Intenta no llamar la atención, pero sus excelentes notas a las pruebas de acceso, los saltos y la capacidad de resistencia al dolor que muestra en un partido de béisbol, y el hecho de asemejarse a un joven rubio que últimamente pilla delincuentes por la ciudad, no lo ayudan a pasar desapercibido. Videl, compañera de clase e hija del señor Satan, sospecha del nuevo alumno.

Gohan pide a Bulma que le haga un disfraz para continuar luchando contra la delincuencia en la ciudad sin que lo reconozcan. Con su nuevo vestido de superhéroe, Gohan adopta la personalidad del Grande Saiyaman, defensor de la justicia. El gran Saiyaman se estrena ayudando a Videl a pillar una pandilla de delincuentes que han secuestrado un autocar.

Después de que Gohan informe del torneo a los demás, Chi-Chi le permite entrenar, para poder obtener el primer puesto y así ganar el premio, faltando al colegio durante su entrenamiento. Gohan se sorprende al encontrar que Goten no sólo posee una gran fuerza, sino que también es capaz de transformarse en un Super Saijayin, a pesar de que todavía tiene que aprender a volar. Más tarde, Videl va a la casa de Gohan para que cumpla su promesa de enseñarle a volar y comienza a discutir con Chi-Chi. Gohan empieza enseñándole los fundamentos básicos de aprender a controlar su energía. Un día después, Videl aprende a flotar mientras que Goten ha logrado aprender a volar. A raíz de un comentario de Gohan, Videl regresa al día siguiente con el pelo corto, decidida a saber más de Gohan. Mientras tanto, Vegeta también se sorprende al descubrir que Trunks también es capaz de convertirse en un Super Saijayin, cuya fuerza es ligeramente superior a la de Goten, mientras que Goku entrena en espera del torneo.

Después de 10 días de entrenamiento, Videl logra dominar el vuelo, dando finalmente a Gohan y Goten la oportunidad de reanudar su entrenamiento para el torneo. En el día del torneo, Gohan sugiere a Vegeta, Goten, Trunks que no utilicen sus formas de Super Saiyanjin durante el torneo para evitar problemas con la prensa. Al llegar a la isla, donde el torneo se llevará a cabo, Gohan y los demás son recibidos por Goku, a quien la adivinadora Uranai Baba le ha concedido 24 horas para permanecer en la Tierra, lo que le permite conocer a Goten por primera vez, mientras que Piccolo destruye todas las cámaras de la zona para mantener la identidad de Gohan en secreto. Después de que los peleadores que participaran se registran en el torneo, con Goten y Trunks obligados a participar en la división junior, las rondas preliminares comienzan, donde los luchadores deben golpear una máquina para medir su fuerza, consiguiendo el Equipo Dragón sin esfuerzo la clasificación.

Mientras Gohan y Videl esperan tomar sus preliminares, Goku, Vegeta, y los otros van a observar las batallas de la división junior, donde Goten y Trunks avanzan sin esfuerzo a través de cada ronda hasta que se enfrentan entre sí en la ronda final. La batalla se vuelve más y más intensa, con Goten y Trunks sorprendiendo a la audiencia con técnicas avanzadas e incluso convirtiéndose en Super Saiyanjin. La pelea finalmente llega a su fin ante un ataque sorpresa por Trunks causando que Goten pierda al salir de la arena de combate. Satan, que había observado la pelea y había estado recordando a la batalla con Cell, ahora se encuentra angustiado ya que ahora tiene que pelear contra Trunks.

Después de varios intentos por tratar de no participar en la pelea, Satan decide fingir que pierde a propósito así que le pide a Trunks que le golpe suavemente en el cachete, aunque incluso el golpe más débil de Trunks envía a Satan volando fuera de la arena. Durante un intermedio, Trunks y Goten deciden suplantar a uno de los participantes así que lo noquean y roban su ropa para tomar su lugar en la división de adultos. Mientras tanto, después que Goku y los demás terminan de comer, se encuentran con un par de misteriosos participantes, Shin y Kibito, que según Piccolo no son de la Tierra. Los 16 participantes que clasificaron se reúnen para decidir el orden de las peleas, a Gohan le tocará luchar contra Kibito mientras que a Goku contra Vegeta.

El sorteo de los combates llegan a su fin, Piccolo peleará contra Shin mientras que Nº 18 contra Satan. Después que Krilin gana su primera pelea contra su oponente, Piccolo y Shin son los siguientes en pelear, pero como Piccolo detecta un poder abrumador que proviene de Shin, decide perder la pelea antes de que esta comience, al sentir que el poder de Shin es superior al suyo. Mientras que Videl se prepara para ir en contra de un hombre llamado Spopovitch, Piccolo se entera por Kibito que Shin es en realidad el Supremo Kaiosama, que es aún más poderoso que el Gran Kaiosama. Videl parece tener la ventaja en su pelea, pero Spopovitch se levanta de la arena de combate cada vez, no importa cuántas veces sea tirado al suelo y, finalmente, empieza a contraatacar. Goku sospecha que algo raro sucede con Spopovitch, lo que demuestra ser cierto cuando él continúa luchando incluso después de Videl le rompe el cuello. Videl intenta utilizar su vuelo para recuperar su fuerza, pero Spopovitch la sigue en el aire y usa rayos de energía en su contra. Como Videl se niega a renunciar a pesar de la paliza que está recibiendo, Goku se pregunta de dónde Spopovitch consiguió su poder.

Con Spopovich derrotando a Videl casi al punto de matarla, Gohan pierde los estribos y se prepara para irrumpir en la batalla, pero el compañero de Spopovich, Yamu, convence a Spopovich de poner fin a la lucha empujando a Videl fuera del ring. Con Videl gravemente herida, Goku utiliza la teletransportación para conseguir un poco de semillas del ermitaño del maestro Karin, la cual Gohan le da a Videl para que restaure su salud completamente. Gohan, cuya identidad es revelada a sus compañeros de clase accidentalmente, después que su pañoleta saliera volando durante su arranque de furia, se acerca a enfrentar contra Kibito, quien le pide ver su transformación de Super Saiyajin. Después Piccolo le informa a los otros guerreros de la identidad de Shin como el Supremo Kaio, y ordena a Gohan que se transforme. Justo después de que Gohan se transforma, Spopovich y Yamu aparecen y utilizan un dispositivo para drenar su energía de Super Saiyanjin, dejándolo debilitado. Mientras Kibito se ofrece a atender a Gohan, el Supremo Kaio pide a Goku y los demás a unirse a él en la búsqueda de los culpables.

Mientras Goku y los demás van con el Supremo Kaio, Kibito usa su habilidad para restaurar la energía de Gohan, yendo luego los dos junto con Videl, a alcanzar a los otros guerreros. En el camino, el Supremo Kaio y Kibito explican a los demás que un malvado mago llamado Babidi está tratando de revivir un ser diabólico conocido como Majin Buu, que fue el responsable de la muerte de los cuatro Supremos Kaio hace mucho tiempo. Para lograr su ambición, él manipuló a Spopovich y Yamu para que participaran en el torneo y roben la energía Super Saiyanjin necesaria para romper el sello puesto en Buu. Incapaz de volar más veloz, Videl, llega a entender que Gohan fue el que derrotó a Cell en ese entonces, pone su fe en él y vuelve a los terrenos del torneo, mientras que Gohan y Kibito alcanzan al grupo de Goku. Al llegar al sitio de una nave espacial enterrada, los guerreros Z observan como Spopovich y Yamu entregan la energía de Gohan a Babidi y a su compañero, Dabura, el Rey Demonio.

El Supremo Kaio y Kibito advierten a Goku y los demás acerca del par diabólico, con Dabura siendo el ser más fuerte del inframundo y Babidi que posee la magia lo suficientemente poderosa para poder haber influido en Dabura y convertirlo en su hombre de confianza. Habiendo recibido la energía Gohan obtenido por Spopovich y Yamu y considerándolos ya no útiles, Babidi mata a Spopovich con su magia mientras que su otro súbdito, Pui Pui, mata a Yamu. Después de haber detectado la presencia de los guerreros Z, Babidi y Pui Pui ingresan dentro de la nave mientras que Dabura ataca al grupo, matando inmediatamente a Kibito y escupiendo su saliva en Krilin y Piccolo, convirtiéndolos en piedra. Al enterarse de que sólo pueden regresar a la normalidad matando a Dabura, los guerreros restantes ingresan a la nave, a pesar de las advertencias del Supremo Kaio. Al llegar a la primera planta, se enfrentan a Pui Pui, quien les informa que deben a travesar varias plantas antes de que puedan llegar donde Babidi quien se encuentra en la parte inferior. Los Saiyanjins juegan piedra, papel y tijeras para decidir quién luchará contra Pui Pui, resultando Vegeta el vencedor.

Como Vegeta muestra superioridad contra Pui Pui en términos de habilidad de pelea, Babidi cambia el escenario para que coincida con el de la alta gravedad del planeta, Zun, donde Pui Pui su forjó como guerrero. Sin embargo, esto no hace ninguna diferencia para Vegeta, quien destruye a su oponente, abriéndose el camino a la siguiente planta. Entonces Babidi envía a su próximo guerrero, Yakon, y cambia el escenario por el del Planeta Ankoku, pero incluso con la ayuda de la oscuridad, Yakon no es rival para los agudos sentidos de Goku. Cuando Goku se convierte en Super Saiyanjin, Yakon utiliza su capacidad de consumir la luz y absorbe la energía de Goku, represándolo a su estado normal. En lugar de buscar una forma alternativa para luchar, Goku lo alimenta aún más y más con su energía Saiyanjin hasta que explota de sobrecarga, permitiéndole así a Goku y los demás pasar a la siguiente etapa.

Como Babidi esta temeroso del poder de los Saiyanjins, Dabura decide ser el siguiente en pelear, así que va dentro de una cámara de meditación para elevar su poder antes de su batalla. Mientras tanto, de vuelta en el torneo, Goten y Trunks se toman un descanso de su disfraz de Mighty Mask para conseguir algunas bebidas. Con Goku y los demás guerreros desaparecidos aún, Satan sugiere que se celebre una batalla campal entre los concursantes que quedan; # 18, "Mighty Mask", Killa, Jewel, y él mismo. Al comenzar la pelea, Killa y Jewel son eliminados inmediatamente por # 18 y la dupla Goten/Trunks, quienes luego proceden a ignorar a Satan y empiezan a luchar entre ellos.

A medida que la batalla entre # 18 y "Mighty Mask" continua, # 18 lucha por mantenerse al día con los movimientos impredecibles de su oponente, pero se las arregla para darles un golpe crítico a la dupla, lanzadolos al centro de la plataforma. Goten y Trunks deciden cambiar de lugar, con Goten ahora en la parte superior, empujando a # 18 hasta el punto en que ella comienza a utilizar rafagas de energía en contra de ellos. El par decide convertirse en Super Saiyanjin y lanzar una potente ráfaga contra # 18, pero ella se las arregla para esquivar y les revela que ya conoce su verdadera identidad, lo que ocasiona que el par quede descalificado, dejando a # 18 y Satan como los únicos combatientes restantes. Mientras Goten y Trunks se encuentran con Videl quien acaba de regresar, Dabura sale de la cámara de meditación, listo para enfrentar a Gohan.

Al darse cuenta de la absoluta falta de habilidad para luchar de Satan, # 18 hace un trato con Satan para permitirle ganar el torneo y así mantener su dignidad de campeón, a cambio de que le entregue el doble del dinero que recibiría el ganador del torneo. Mientras tanto, Goten y Trunks, después de haber escuchado de Videl sobre la situación actual que amenaza la Tierra, se entusiasman y se dirigen en búsqueda de los villanos. De vuelta en la nave espacial, Dabura aparece detrás de Gohan, decidiendo darle una ventaja al escoger un escenario similar al del ambiente de la Tierra. Mientras se pone en marcha la pelea, tanto Gohan y Dabura dirigen plenamente su poder uno contra otro. A pesar de ser golpeado por algunos de los poderosos ataques de Dabura, Gohan se niega a perder contra él.

A medida que la batalla entre Gohan y Dabura continúa, la impaciencia de Vegeta por resolver su asunto pendiente con Goku llama la atención de Dabura, quien decide abandonar la pelea y le informe a Babidi su descubrimiento. Al enterarse de que Vegeta aún conserva una gran cantidad de maldad en su corazón, Babidi usa su magia para controlar la mente de Vegeta y sea uno de sus súbditos. Para empeorar las cosas, Babidi transporta a todos a la plataforma del Torneo de las Artes Marciales, donde Vegeta, aún centrado en su deseo de derrotar a Goku, se prepara para enfrentarse con él, habiendo aún personas inocentes observando en las graderías.

Vegeta empieza su ataque contra Goku, matando a varias personas inocentes en la multitud sin ningún remordimiento. Al darse cuenta que Vegeta había caído bajo el hechizo de Babidi a propósito puramente por su rencor, Goku no tiene otra opción más que luchar contra él, a pesar del intento del Supremo Kaio por detenerlo, así que Babidi les envía a algún lugar donde puedan luchar solos. Cuando el Supremo Kaio y Gohan deciden seguir avanzando en la nave y dejar a los dos Saiyanjins en su lucha, Babidi le ordena a Vegeta que los mate, pero el orgullo de Vegeta desafía incluso las órdenes de su amo.

Mientras que la pelea entre Goku y Vegeta se pone en marcha, siendo enviada la energía a Majin Buu cada vez que Goku reciba daño, Gohan y el Supremo Kaio llegan hasta el huevo de Majin Buu, donde son encarados por Babidi y Dabura. Antes que la pelea entre ellos pueda comenzar, el huevo de Majin Buu alcanza su máximo poder como resultado de la batalla entre Goku y Vegeta.

La pelea de Goku y Vegeta continúa, Vegeta le revela que eligió estar bajo el control de Babidi con el fin de obtener la fuerza necesaria para enfrentarse contra Goku, sintiendo que tenía que deshacerse de su lado amable. Mientras tanto, como el sello que contiene a Majin Buu empieza a romperse, Gohan intenta detenerlo lanzando a máxima potencia múltiples disparos de Kamehameha al huevo. El huevo se parte aparentemente solo humo de color rosa sale de su interior, lo que lleva al Supremo Kaio a presumir que Majin Buu ha sido destruido. Sin embargo, Gohan detecta una energía poderosa en el humo, el cual comienza a tomar forma hasta convertirse en Majin Buu, quien aparenta tener un comportamiento infantil.

Todo el mundo parece estar desconcertado por el comportamiento infantil de Buu, y por saber si su renacimiento en realidad fue un fracaso. Sin embargo, Buu pronto muestra su fuerza aterradora cuando sin esfuerzo golpea a Dabura, el incremento de su nivel de energía incluso llama la atención de los otros Saiyanjins. Aunque Goku intenta convencer a Vegeta para posponer la lucha para detener en vez a Buu, Vegeta golpea a Goku cuando este baja la guardia, tomando una semilla del ermitaño y se dirige a luchar contra Buu. Gohan y el Supremo Kaio intentan huir de Buu, pero el fácilmente los atrapa, demostrando ser resistente a los ataques del Supremo Kaio.

Buu derrota al Supremo Kaio y Gohan, usando el Supremo Kaio lo último de su energía para asegurarse de que Gohan sobreviva al ataque de Buu. Antes que Buu puede terminar con el Supremo Kaio, es atacado por Dabura, quien cree que Buu no fue hecho para obedecer a nadie y que algún día se rebelará ante Babidi. Mientras tanto, Goten y Trunks llegan cerca del lugar de la pelea, y sin querer Trunks rompe al petrificado Piccolo. Sin ser lastimado, por los ataques de Dabura, Buu usa su habilidad especial para convertir a Dabura en una galleta y se lo come, deshaciendo la petrificación en Krilin y Piccolo, el último de los cuales sobrevivió tras ser roto gracias a sus habilidades regenerativas. Antes de que el Supremo Kaio tenga el mismo final que Dabura, Vegeta llega al campo de batalla.

Vegeta, dispuesto a poner su vida en peligro, comienza su ataque contra Buu, logrando atravesarlo con un rayo de energía. Sin embargo, Buu logra regenerarse a sí mismo y desata su ira para crear una gigantesca explosión, causando un gran daño a Vegeta.

Como Vegeta está siendo masacrado por Buu, Trunks y Goten ya no pueden mantenerse al margen y se apresuran a ayudarlo, mientras Piccolo ataca a Babidi y lo corta en pedazos. Al sentir que no puede derrotar a Buu con medios convencionales, Vegeta se despide de Trunks antes de dejar inconscientes a ambos niños, ordenando a Piccolo que se los lleve lejos. Vegeta usa su último recurso, al sobrecargar su poder al máximo, sacrificándose en una masiva explosión con el fin de desintegrar a Buu.

Mientras que Bulma y los demás provenientes del torneo de artes marciales, siguen las instrucciones de Videl en la búsqueda de Goten y Trunks, se ven afectados por la onda de choque del ataque de Vegeta y casi chocan, pero son salvados por # 18. Piccolo deja a Goten y Trunks con Krilin, diciéndole que informe a los demás de que Vegeta y posiblemente Gohan han muerto, antes de que investigue el sitio donde Vegeta hizo su ataque suicida, encontrando varios fragmentos carbonizados de Buu, junto con Babidi, quien sobrevivió por poco a la explosión. Sin embargo, Piccolo se sorprende al presenciar que los fragmentos de Buu vuelven a la vida y empiezan a agruparse volviendo Buu a su forma normal. Mientras Buu usa su poder para sanar a Babidi, quien se compromete a hacer que el planeta sufra, Piccolo decide llevar a Goten y Trunks hasta el templo de Kami. Por otra parte, Goku recupera la conciencia y trata de comprender la situación actual, mientras que el Supremo Kaio debilitado busca a Gohan, cuyo paradero aún se desconoce.

Usando las dragon balls, Bulma convoca a Shenron, usando uno de sus deseos para traer de vuelta a todos los que habían muerto ese día. Utilizar los tres deseos significaría que tendrían que esperar otro año antes de que puedan volver utilizar las dragon balls de nuevo, Goku interumpe al grupo de Bulma y convence a Shenron posponer los otros dos deseos, acortando este tiempo a cuatro meses. Kibito, que fue revivido por el deseo, se las arregla para encontrar al Supremo Kaio y sana sus heridas, y juntos se las arreglan para encontrar a Gohan y deciden llevarlo al mundo de la Kaios. Mientras tanto, Goku transporta a Bulma y los demás al palacio de Kami, donde les informa de la sombría situación sobre Gohan y Vegeta, antes de que Babidi anuncie su mensaje al mundo.

Babidi anuncia que mandará a Buu a destruir el planeta a menos que Piccolo, Goten, Trunks y sean llevados ante ellos dentro de los cinco días. Piccolo está a punto de partir pero Goku le convence de quedarse, diciendo que pueden traer de vuelta a todos los que mueren con las dragon balls. Mientras tanto, Gohan, el Supremo Kaio, y Kibito llegan al mundo de la Kaios, donde el Supremo Kaio revela que quiere que Gohan domine la legendaria espada Z para poder derrotar a Buu. De vuelta en el palacio, Goten y Trunks se despiertan y reciben un curso acelerado de la técnica Fusion por parte de Goku.

Haciendo uso de su fuerza de Super Saiyan, Gohan logra sacar la Espada Z del lugar donde estaba depositada, encontrando que es extremadamente pesada. Mientras tanto, Babidi hace otra trasmisión de Buu arrasando a otra ciudad, lo que provoca que Trunks y Goten se pongan en contacto con él, informándole de que pronto van a volverse lo suficientemente fuerte para derrotarlos. El dúo pronto comienzan su entrenamiento de la Fusión, aprendiendo cómo nivelar su energía Super Saiyanjin entre sí. Mientras tanto, Babidi se entera donde viven Trunks y anuncia su plan de atacar la Corporación Cápsula.

Al darse cuenta de que no van a ser capaces de encontrar las Dragon Balls, si el radar del dragón se destruye, Goku pide a Trunks que vaya a la ciudad del Oeste por el radar del dragón que esta en la Corporación Cápsula mientras él se dirige a detener a Buu y Babidi. Para que Trunks gane algo de tiempo, Goku acumula una gran cantidad de energía, utilizando también parte de su tiempo que le queda en la Tierra, para transformarse en su forma más poderosa, el Super Saiyajin 3, su inmenso poder es sentido incluso en el mundo de los Kaios.

Gokú pelea de manera muy igualada contra Majin Buu, mientras que Kaiosama espera que Gokú frene su gasto de energía ya que eso le impedirá estar mucho tiempo en la Tierra. Majin Buu demuestra una gran habilidad a la hora de observar las técnicas de sus rivales e imitarlas, llegando a hacer un Kame-Hame-Ha habiéndoselo visto hacer a Gokú tan solo una vez. Por otra parte, Trunks tarda en encontrar el radar del dragón, que resultaba estar en el avión de Bulma. Una vez lo tiene, sale de Corporación Cápsula y Gokú puede dejar de atacar a Buu. Pide a Buu y a Babidi dos días de tregua, y le promete a Buu que tras esos días podrá enfrentarse a Trunks y a Goten, los cuales serán dignos rivales para él. Babidi no parece convencido, pero Buu parece satisfecho. Gokú se marcha, y Babidi da órdenes a Buu y le insulta, hasta que Buu acaba enfadándose y mata a su libertador.

Sin Babidi para darle órdenes, Buu continúa libremente destruyendo las ciudades mientras espera por sus oponentes. Contando con menos de treinta minutos en la Tierra debido a la energía utilizada al convertirse en Super Saiyajin 3, Gokú utiliza el tiempo restante en enseñar a Goten y Trunks la clave para la técnica de la fusión: los pasos algo vergonzosos de la técnica.

Buu arrasa otro pueblo, convirtiendo a sus ciudadanos en arcilla con el fin de construirse una casa. Mientras tanto, Goten y Trunks, algo aburridos por su entrenamiento, le piden a Gokú que les muestre su transformación en Super Saiyajin 3. Sin embargo, al hacer esto, Gokú usa todo el tiempo que le quedaba en la Tierra. Después de despedirse de todos, Gokú regresa al otro mundo, dejando el entrenamiento de la fusión a cargo de Piccolo. Al reunirse con Enma, Gokú se siente aliviado al escuchar que Gohan no está muerto y decide seguir su rastro de energía.

Gokú llega al Reino de los Kaios donde Gohan está entrenando con la Espada Z, decidiendo ayudarlo con su entrenamiento. Mientras tanto, Buu, que ya ha matado a dos tercios de la población de la Tierra, se encuentra con un niño ciego y cura su visión, sorprendiéndose Buu cuando este le da las gracias en lugar de tenerle miedo. Con Gohan volviéndose más hábil con la Espada Z, Gokú pone a prueba el filo de la espada al arrojar un cubo de metal en él, resultando rota la espada en vez. Sin embargo, de la espada rota emerge el Supremo Kaio de hace quince generaciones, el anciano Kaio Shin.

Después de un poco de persuasión de Gokú, el Anciano Kaio revela que tiene la capacidad de extraer el verdadero poder de alguien más allá de sus límites, aunque esto resulta ser un proceso largo que puede durar más de un día terminarlo. Mientras tanto, Goten y Trunks ponen a prueba la fusión, pero un error en las poses de la fusión da origen a un falso Gotenks de apariencia regordeta. Después de otro intento fallido, el dúo finalmente realiza una fusión exitosa y se transforman en el verdadero Gotenks, quien, convencido de que puede derrotar a Buu con su poder actual, va en su búsqueda a pesar de las advertencias de Piccolo.

Gotenks llega donde se encuentra Buu para combatirlo, pero, a pesar de mostrar una gran fuerza, es vencido por el poder de Buu, apenas logrando escapar de él después de que lanzara un ataque contra las fuerzas armadas. Mientras tanto, Mr. Satan se enfrenta a regañadientes contra Buu, quien se divierte con sus trampas disfrazadas de regalos y decide hacerlo su sirviente.

Después de completar la ceremonia, el anciano Kaioshin instruye a Gohan que debe permanecer sentado durante las próximas 20 horas par que pueda completar el aumento de energía. Mientras tanto, Goten y Trunks aprenden cómo realizar la fusión, mientras están transformados en Super Saiyajin, convirtiéndose en Super Gotenks. Gotenks se dirige a enfrentar a Buu de nuevo, pero debido a que el tiempo de la fusión se termina regresa al templo. Por otra parte, Buu se hace amigo de un pequeño perro después de curar su pierna lesionada, mientras que Mr. Satan casi logra convencer a Buu de dejar de matar a los seres humanos. Sin embargo, un cazador en busca de acabar con Buu dispara al perro, dejando a Buu sorprendido y enfurecido.