En el año 195 Después de Colonia, después de décadas de opresión por parte de la Alianza Unida de la Esfera Terrestre y su organización armada OZ, un grupo de rebeldes en las colonias espaciales envían a cinco Mobile Suits conocidos como "Gundams" para derrocar el régimen militar. Cuatro de los Gundams llegan con éxito a la Tierra, pero el quinto, el Wing Gundam, es interceptado durante su descenso por el teniente de OZ Zechs Merquise y se estrella en el Océano Pacífico. El piloto del Wing Gundam, Heero Yuy, logra legar a la orilla, pero es descubierto por Relena Darlian, la hija del vice ministro de Relaciones Exteriores de la Alianza.

Zechs logra localizar al Wing Gundam que se hundió en el Océano Pacífico, y busca reclamarlo para OZ. Mientras tanto, Heero intenta destruir su Gundam con torpedos robados para evitar que OZ ponga sus manos en el. Sin embargo, los planes de ambos son frustrados por Duo Maxwell, el piloto del Gundam Deathscythe.

es llevado a un hospital de la Alianza, pero Duo lo ayuda a escapar y luego devuelve su Gundam. Entretanto, Trowa Barton, piloto del Gundam Heavyarms y Quatre Raberba Winner, piloto del Gundam Sandrock, se conocen en batalla, pero cuando Trowa se rinde al quedarse sin municiones, Quatre le ofrece su amistad. Al mismo tiempo, a Zechs le es presentado el Tallgeese, el prototipo original de Mobile Suit.

Zechs llega a la base Aliada del Lago Victoria para encontrarse con una vieja amiga, la Teniente Lucrezia Noin, pero la base es súbitamente atacada por Chang Wufei, piloto del Gundam Shenlong. Trowa y Quatre toman caminos separados después de un breve descanso. Heero repara su Gundam usando las partes del Gundam de Duo y lo usa en una misión para destruir un avión de carga de OZ.

Relena acompaña a su padre a las colonias, donde este es esperado en una importante reunión. Sin embargo este es víctima de un atentado planeado Por Lady Une, Coronel de OZ, que detonó una bomba en el edificio. El padre de Relena es gravemente herido por la explosión pero Relena logra sobrevivir al atentado y descubre que la culpable es Lady Une. Antes de Morir, el padre de Relena le revela su verdadera Identidad (Relena Peacecraft). Posteriormente Relena conoce al Doctor J, el Ingeniero que diseñó al Wing Gundam y entrenó a Heero. El Doctor J le revela a Relena el pasado de Heero y el objetivo de su misión.

Relena regresa a su escuela a tiempo para el baile, pero descubre que Heero se va a transferir. Relena le demuestra a Heero que ella ya sabe todo acerca de él, y reta a Heero a que la mate. Lady Une envía Mobile Suits a la escuela para matar a Reelena. Heero (creyendo que los mobile Suits han llegado tras el), utiliza el Wing Gundam para luchar y termina salvando a Relena, para su propia incredulidad.

Los cinco Gundams se reúnen en la Nueva Base Edwards, para matar a los miembros de alta jerarquía de OZ, pero descubren demasiado tarde que han sido engañados; Heero ya ha eliminado a los líderes pacifistas de la Alianza ya que estos ocuparon un transbordador de OZ lo que los volvía un blanco tentador para los Pilotos Gundam, mientras que Lady Une y el líder de OZ, el coronel Treize Khushrenada, manipulan al único sobreviviente, El General Septum, para que declarare la guerra a las colonias. después de esto, Treize y Lady Une lo matan. La Alianza se volcó desde adentro y OZ asume el poder como la nueva entidad gobernante.

Trowa y Wufei persiguen a Treize mientras Heero, Duo y Quatre intentan evitar la destrucción de la Base Edwards. Wufei y Treize libran un duelo a espadas por el honor, pero Wufei pierde y Treize lo deja escapar.

Zechs recibe al Tallgeese y regresa la tierra donde nació: el Reino de Sanc, con la esperanza de liberarla de las manos de la Alianza. La conexión entre Zechs y Relena es finalmente revelada.

OZ planea transportar los nuevos mobile suits Taurus a su base en Siberia. Sin embargo, Lady Une establece una elaborada trampa allí para atraer y destruir a los Gundams. Duo y Quatre llegan y atacan la ruta de transporte terrestre de la base (que en realidad es un señuelo), mientras Heero y Trowa atacan su ruta aérea. Durante la batalla, Zechs utiliza al Tallgeese y lucha con Heero. Lady Une interrumpe el combate, amenazando a los gundams con destruir las colonias espaciales utilizando los misiles de la Fortaleza Espacial Barge si los gundams no se rinden. El Doctor J responde y se compromete a rendirse, pero se niega a entregar a los Gundams. En respuesta a esto, Heero auto-detona el Wing Gundam, casi matándose a sí mismo en el proceso. Los Gundams restantes se vieron obligados a retirarse.

Duo ve su ruta para escapar de Siberia bloqueada por tropas de OZ, obligándolo a viajar con Quatre y su tropa Manganac a su base en el desierto. Sin embargo, Las tropas de OZ descubren la base de los Manganacs. Estos distraen al enemigo para que los Duo y Quatre puedan escapar. Entretanto, Zechs reúne información sobre el Wing Gundam y planea reconstruirlo, buscando una revancha para su anterior e interrumpido combate. Mientras tanto, Relena intenta vengarse de Lady Une arriesgando su vida en el proceso, pero esta rescatada por Noin.

Heero despierta en un circo ambulante después de haber sido rescatado por Trowa de su experiencia casi mortal en Siberia. Mientras tanto, Wufei deprimido por su derrota ante Treize, conoce a la ex mayor de la Alianza Sally Po, que se ha convertido en líder guerrillera. Sally le ayuda a Wufei a superar su derrota ante Treize, motivándolo a pilotar al Gundam Shenglong una vez más.

Zechs vuelve a la Base del Lago Victoria, y ahí conoce a dos antiguos alumnos de Noin. Zechs decide unirse a ellos para realizar una ofensiva militar, pero este se ve obligado a matarlos cuando estos revelan sus despiadadas actitudes para la guerra. Entretanto, Trowa utiliza al Gundam Heavyarms para atacar una base de OZ planeando autodestruirse después, pero Katherine Bloom, una lanzadora de cuchillos en el circo, obliga a Trowa a recapacitar y a reconocer el valor de su propia vida.

Heero pone su vida en manos de Sylvia Noventa, la nieta del Mariscal Noventa, asesinado por Heero en la Base Edwards. Mientras tanto, Relena desafía abiertamente al Duque Dermail, el líder de la fundación Romefeller, la organización de Nobles Europeos que apoya económica y militarmente a OZ. A medida que esto sucede, Zechs empieza a reconstruir al Wing Gundam hasta que Los oficiales de Rommefeller le ordenan destruirlo. Zechs cumple las órdenes, pero el gundam que Zechs destruye no es más que un copia falsa del Wing Gundam original que ya ha sido casi reconstruido y que se encuentra oculto en el fondo del lago.

Noin encuentra a Heero y a Trowa y los lleva a la Antártida, donde Zechs está completando la reconstrucción del Wing Gundam para su revancha contra Heero. Cuando el Inspector Acht (que había ordenado la destrucción del Gundam) llega para exponer a Zechs como traidor, Noin y Trowa destruyen los escuadrones de búsqueda antes de que estos puedan alcanzar a Zechs.

Heero y Trowa llegan a la base de Zechs en la Antártida, donde Heero se reúne con su Wing Gundam totalmente reconstruido. Sin embargo Heero elige el Gundam Heavyarms de Trowa para el combate contra Zechs. El combate empieza y se desarrolla a primeras horas de la mañana, hasta que la llegada de Relena a la Base detiene el combate, interrumpiéndolos otra vez. Es en este preciso momento en el que Noin le revela a Relena que Zechs es su hermano, Milliardo Peacecraft. Cuando los Aviones de OZ llegan para arrestarlo, Zechs decide rendirse para que Relena y Noin puedan escapar. Trowa utiliza al Wing Gundam para recoger a Heero y aprovechan la situación para escapar.

Lady Une se ha convertido en diplomática de Oz para las colonias y las colonias discuten si se deben aceptar las propuestas de OZ. Duo y Quatre intentan captar la atención de los otros tres pilotos mientras Une captura los cinco ingenieros de los Gundams. Los cinco pilotos despegan hacia el espacio después de Quatre auto-detona el Gundam Sandrock.

Duo es fácilmente derrotado y capturado por OZ debido a que su Gundam no fue construido para luchar en el espacio. Duo fue derrotado por Mobile Dolls, un nuevo tipo de mobile suit controlado por computadora y que no requiere el manejo de un piloto. Heero ve el infructuoso combate de Duo por televisión y sale a buscarlo para matarlo, pero termina rescatándolo. Mientras Lady Une aboga por la paz, Wufei ataca la fortaleza espacial de Barge, pero al igual que Duo, su Gundam no fue construido para luchar en el espacio y se ve obligado a escapar antes de ser atrapado por Nichol, subordinado de Lady Une.

Sally se infiltra en una base de OZ para destruir los restos del Gundam Sandrock de Quatre, pero la Tropa Maganac la convencen para que puedan tomar las piezas de vuelta a su base y reconstruirlo. Mientras tanto, el Gundam Deathscythe de Duo es destruido en televisión por los nuevos reclutas de OZ. Trowa se ha convertido en un recluta de OZ y toma parte en la destrucción del Deathscythe. Heero se infiltra en la Base Lunar con el fin de destruir los nuevos mobile suits Mercurio y Vayeate, sin embargo, este es atrapado por Trowa.

Heero y Trowa enfrentan a Zechs por primera vez desde su batalla en la Antártida y Zechs se entrega voluntariamente. Quatre decide construir al Gundam original en el que los ingenieros de las colonias se basaron para construir a los otros 5, después de encontrar los planos del mismo en la computadora de la familia Winner. Indispuesto a seguir los ideales de OZ el padre pacifista de Quatre evacua su colonia y se sacrifica para destruirla antes de OZ puede tomar ventaja de ella.

Zechs adopta su identidad como Milliardo Peacecraft y se presenta ante Lady Une como embajador del Reino Sanc. Cuando Nichol empieza a actuar por su cuenta, Lady Une advierte que ella misma esta desarrollando una doble personalidad, mientras ejecuta los planes de Treize y encarcela a Nichol a su regreso a Barge. Posteriormente Wufei es capturado por el Jefe de Ingenieros Tsuborov de la Fundación Romefeller .

Duo y la oficial de OZ Hilde Schbeiker tienen una discusión ideológica sobre cual seria la mejor forma de conseguir la Paz. Hilde termina aceptando la forma de pensar de él. Duo logra contactar con los 5 ingenieros de los Gundams y se entrega voluntariamente al enemigo para darle tiempo a los ingenieros a que terminen la construcción de los nuevos modelos Gundam de Duo y Wufei. Mientras tanto, Sally se las arregla para localizar al Wing Gundam, ya que este fue abandonado por Heero en la Tierra.

Quatre, que ahora se encuentra mentalmente inestable, aparece a bordo del recién construido WING ZERO y empieza a destruir varias colonias, una una tras otra. Lady Une envía a Heero y a Trowa a enfrentarlo a bordo del Mercurio y el Vayeate, respectivamente. Mientras tanto, el Ingeniero Tsuborov encuentra que el comportamiento de Lady Une es un tanto indulgente y realiza un golpe de estado contra ella y corta el suministro de aire de las celdas donde se encuentran Duo, Wufei y los ingenieros de los Gundams.

Heero lucha con Quatre en un vano intento por demostrarle que las colonias ya no necesitan a los Gundams, pero cuando esto falla, Trowa obliga a Quatre a que reconozca la bondad que hay en el, pagando el último precio. Mientras tanto, la fundación Romefeller propone reemplazar a todos los mobile suits de OZ por los nuevos Mobile Dolls Virgo. Treize no apoya esta propuesta y por ello, es puesto tras las rejas. Lady Une se entera de la traición de Tsuborov, pero Tsuborov le dispara cuando esta abre las celdas de Duo y Wufei, permitiéndoles escapar con sus nuevos modelos: el Gundam Deathscythe Hell y el Gundam Altron

Heero y Quatre son salvados por miembros de la facción de Treize y se reúnen con los ingenieros. Estos explican que el Wing Zero utiliza un sistema de combate llamado ZERO, el cual aumenta el las habilidades del piloto quitando le el libre albedrío, llevando al piloto al borde de la locura. Estos son capturados por el soldado de OZ Trant Clark. Clarck obliga a Heero a probar el sistema ZERO para reunir información. Quatre detiene a Heero antes de que, en su locura, este destruya la colonia abandonada y ambos escapan hacia la Tierra.

Episodio de recapitulación desde el punto de vista de Relena y Heero

Episodio de recapitulación desde el punto de vista de Treize y Lady Une. Al final del episodio, la nueva creación de Treize es parcialmente revelada: el Gundam Epyon .

Sally es capturada por OZ, pero es capaz de esconder al Wing Gundam hasta la llegada de Noin y la ayuda a recuperarlo. Relena, que ahora es la líder del Reino de Sanc, sostiene una discusión ideológica con Dorothy Catalonia, estudiante transferida y nieta del Duke Dermail. de ideología belicista. Heero y Quatre, que ahora están devuelta en la Tierra, escapan de un avión de carga de OZ.

Heero lucha como mercenario para la Facción Treize. Quatre decide que después de la batalla irá al Reino de Sanc. Noin llega con el Cañón de Rayo del Wing Gundam para ayudar a equilibrar la batalla. Más tarde Noin llega con los dos pilotos al Reino de Sanc, donde Reelena los espera.

Heero intenta recuperar su Gundam y marcharse, pero Quatre lo convence para que se quede en el Reino de Sanc y defienda a Relena. Más tarde, OZ ataca una facción de Treize acuartelada en el Reino de Sanc como excusa para invadir a la nación pacifista. Afortunadamente, Heero logra repeler el ataque con su Gundam salvando a Relena en el proceso. Aunque Relena es proclive al pacifismo, esta le permite a Heero y a Noin crear una pequeña fuerza de defensa de mobile suits para proteger el país.

Duo está ocupado buscando piezas para completar su nuevo Gundam Deathcythe Hell, pero es capturado por el Soldado Trant Clark y lo obligado a probar el sistema del WING ZERO para OZ, llevándolo al borde de la locura. Duo es rescatado por Hilde mientras Trant trata de pelear con el WING ZERO. No obstante el sistema ZERO lleva a Trant al borde de la locura, lo que resulta en su muerte.

Relena se reúne con Duke Dermail y Zechs continúa luchando contra Romefeller en el espacio. Mientras tanto, cuando la mansión de Treize en Luxemburgo es atacada por un ejército de Virgos, Heero llega a bordo del Wing Gundam para ayudar a la facción de Treize, sin embargo este es abrumado por las oleadas cada vez más numerosas de Mobile Dolls.

El Wing Gundam queda totalmente deshabilitado durante la batalla de Luxemburgo y Heero lo abandona (por última vez) para ir a la mansión de Treize. Una vez allí, Treize le presenta a Heero al Gundam Epyon. El Epyon esta Equipado con el Sistema ZERO, al igual que el Wing Zero. Mientras tanto, soldados de OZ tratan de destruir al Wing Zero, pero sus planes son frustrados por Zechs, que sacrifica a su Tallgeese para conseguir al Gundam.

Wufei regresa a su colonia natal con su nuevo Altron Gundam, pero es forzado a atestiguar su destrucción cuando sus habitantes deciden que esa es la mejor manera de hacerle frente a OZ. Zechs le ofrece convertirse en su aliado y le permite usar al Wing Zero, pero después de sufrir bajo el sistema Zero, Wufei advierte que Zechs carece del sentido de justicia necesario para alcanzar la paz de forma apropiada. Quatre va a la guarida de la tropa Maganac en el desierto para recoger a su Gundam Sandrock totalmente reconstruido. Mientras tanto, el Duque Dermail le ordena al Ingeniero Tsubarov que comience la construcción de la Nave de Combate Libra con el objetivo de utilizarla como un símbolo para unificar a sus soldados.

Duo encuentra a Trowa con vida y trabajando en un circo, pero este tiene amnesia y Catherine lo aleja de él. Relena se ve obligada a disolver el Reino de Sanc para poder salvar las vidas de las personas en el país y acuerda entregarse a OZ. El Duque Dermail cree que Relena puede ser el símbolo que él necesita para unificar a OZ, el símbolo que le hace falta a Romefeller. Noin y Quatre salen con destino al espacio mientras Heero pierde el control del Gundam Epyon y continua destruyendo los Mobile Dolls.

Zechs (a bordo del Wing Zero) llega tarde al Reino de Sanc y es devastado. Zechs termina luchando con Heero (a bordo del Epyon) pero la pelea termina en un empate. Heero y Zechs intercambian sus Gundams antes de seguir cada quien su camino. Relena (en contra de su vluntad) acepta la oferta del duque Dermail para convertirse en la Nueva representante de Romefeller. Mientras tanto, La base lunar y la incompleta Nave Libra son secuestradas por el ejército de Colmillo Blanco en su lucha por liberar el espacio de Romefeller. El ingeniero Tsuborov es asesinado durante el ataque de Wufei a la base lunar.

Informado por Duo, Quatre se acerca a Trowa y le pide perdón. Mientras Quatre y Noin luchan con la nueva facción Colmillo Balnco, Trowa (a pesar de que tiene amnesia), decide pelar con ellos para ver si recupera la memoria. La Reina Relena elimina todas las fronteras internacionales y crea la Nación Mundial con la esperanza de traer la paz.

Zechs acepta la oferta de Quinze para convertirse en líder de Colmillo Blanco. Mientras, Dermail continua usando a Relena como titere, Dorothy y el Marques Weiridge conspiran contra Romefeller para hacer de Relena una reina en el poder. Mientras tanto, el continuo avance de Colmillo Blanco obliga a Duo a abandonar la colonia de Hilde para protección de ella. Oz confunde a Trowa, Quatre, y Noin como soldados de Colmillo Blanco en las ruinas de una colonia cercana. Después la batalla, Duo decide unirse al grupo.

Howard, (un aliado de los Gundams y Zechs) acuerda formar un equipo con los Gundams y ofrece su nave espacial (el Peacemillion), como base. Relena anuncia que la Fundación Romefeller debe desarmarse y pide que la coexistencia pacífica entre la Tierra y las colonias. Heero intenta matarla para acabar con la falsa paz, pero la perdona cuando ven que la respuesta de Romefeller es positiva. Dermail muere tratando de recuperar poder en el espacio, mientras que el nuevo líder de Colmillo Blanco, Milliardo Peacecraft, declara la guerra a la Tierra.

Treize despacha a Relena de su cargo, pues el entiende que Relena ya ha sentado las bases para alcanzar la paz, y como tal, el facilitara ahora los medios militares necesarios para llevarla a buen termino. Dorothy y Relena viajan al espacio por separado. Heero y Sally también salen con destino al espacio, llevándose consigo al Wing Zero y al Heavyarms de Trowa, que fue recuperado por Sally. Colmillo Blanco ataca la fortalzea espacial de Barge pero Duo, Trowa, Quatre y Noin intervienen en el ataque con la esperanza de saber por que Zechs le ha declarado la guerra a la tierra. Zechs deja en claro cuales son sus intenciones después de destruir la Fortaleza espacial de Barge el solo con el Gundam Epyon de un solo tajo.

Treize visita a Lady Une, que se encuentra en estado de coma y revela que él debe llevar a cabo la paz, porque la carga sería demasiado grande para Relena. Wufei intenta luchar contra Colmillo Blanco por su cuenta, pero su Gundam queda sin energía. Wufei rechaza la ayuda que le ofrecen Heero y Sally, Heero le presta el Wing Zero, y durante la subsiguiente batalla, el Sistema ZERO convence Wufei de unir fuerzas con los otros pilotos Gundams para derrotar a ambos Zechs y Treize. Relena continua hacia la nave Libra, nueva base de operaciones de Zechs, que ya ha sido completada.

Los Cinco pilotos de los Gundams se reúnen a bordo de la nave Peacemillion. Trowa toma prestado al Wing Zero para liberar a los habitantes de la colonia C421 (Catherine es una de ellos) de un grupo de OZ (que está tratando de chantajear a Colmillo Blanco para que entreguen la Nave Libra). Casi los destruye (debido al sistema ZERO) hasta que Quatre lo detiene, recuperándose de su amnesia. Relena trata de razonar con Zechs a medida que su nave se acerca a la nave Libra, pero Zechs ordena el disparo de cañón de Libra hacia la Tierra como un desafío directo a Treize.

Relena, ahora a bordo de la nave Libra, intenta razonar con Zechs, pero es encarcelada. Después de que Heero instala el sistema ZERO en el Gundam Sandrock de Quatre, Zechs adapta el sistema para que Dorothy pueda controlar a los Mobile Dolls. Dorothy lleva la ventaja hasta que Quatre utiliza el sistema ZERO cambiando el curso del los acontecimientos a favor de los gundams.

Hilde se infiltra en la Nave Libra, roba los planos y va donde Relena. Esta casi es asesinada escapando hacia Peacemillion, pero Duo llega a tiempo para pelear contra los reconstruidos Mercurio y Vayeate, que ahora son mobile dolls programados con los datos de combate de Heero y Trowa. Gracias a Hilde, Duo le revela a Heero que Relena esta en la Nave Libra.

Heero se infiltra en la Nave Libra para rescatar a Relena, y ambos confrontan a Zechs para que este le pongan fin a la guerra. Mientras tanto, Treize comanda las fuerzas de la Nación Mundial a bordo del nuevo Tallgeese II. Treize reta a Zechs a un duelo para decidir de una vez por todas el destino del mundo, sin embargo, Zechs rechaza la propuesta y ataca a Treize disparándole con el Cañón de la Nave Libra. Treize logra salvarse del ataque de Zechs gracias a la oportuna llegada de Lady Une a bordo del Wing Gundam (ya que Heero lo había dejado atrás en Luxemburgo). Treize. ordena el ataque a la nave Libra.

Los pilotos Gundam a bordo de la nave Peacemillion rehúsan unirse a Treize, pero saben que deben detener la Nave Libra y ponen rumbo con dirección a ella. Sally y Howard deciden que la única forma de detener a la Nave Libra es evacuar la Nave Peacemillion y estrellarla con la Nave Libra para bloquear su Cañón Principal. Noin decide que prefiere permanecer al lado Zechs que luchar contra él.

Wufei lucha con los mobile dolls y consigue su revancha con Treize, cuestionando si Treize comprende las consecuencias de sus acciones. Sin embargo, mientras Trieze admite haberlo comprendido todo, este deja de defenderse deliberadamente, permitiendo Wufei lo ataque, lo que resulta en su muerte. Duo encuentra a los ingenieros de los Gundams mientras Dorothy lucha con Quatre en un duelo de esgrima, intentando probarle que la guerra es la única forma de entender la paz. Heero y Relena regresan a la nave Peacemillion. Una vez en la nave, Heero le pide a Relena que confié en él antes de salir a Buscar a Zechs en el WING ZERO.

Heero y Zechs comienzan su combate final. Duo sale junto con los ingenieros de los Gundams y los lleva hacia la Nave Peacemillion. El objetivo de los ingenieros es reactivar la Nave Peacemillion para que esta se autodestruya junto con la Nave Libra antes de que estas se estrellen en el planeta Tierra. Los ingenieros logran su objetivo, pero estos mueren en el proceso junto con Quinze. Lady Une anuncia a las colonias la rendición de la Nación Mundial y los líderes de las colonias aceptan su propuesta de que la guerra debe terminar. Heero y Zechs siguen luchando hasta darse cuenta de que su combate no tiene sentido y que la Nave Libra destruirá la Tierra. Zechs (aparentemente)se sacrifica para destruir la Nave Libra y Heero utiliza el Cañón de Rayo del WING ZERO para destruir el fragmento de la Nave Libra que ya ha entrado en la atmósfera. Después de la guerra, la tierra y sus colonias se unen para formar la Nación Unida de la Esfera Terrestre, y Relena, que ya ha retornado a su identidad Darlian, se convierte en la nueva viceministra de relaciones exteriores, con la esperanza de mantener la paz.