Dans l'espoir de mettre un terme à des années de règne d'une main de fer de la part de l'Alliance du Domaine de la Terre Unie à l'encontre des colonies, cinq pilotes et leurs Gundams sont envoyés sur la Terre pour commencer l'Opération Météore. Quatre d'entre eux atterrissent sans incidents, le dernier, Heero Yuy, est intercepté et sa mission semble compromise...

Malgré les menaces proférées à son encontre, Relena refuse de croire que Heero est aussi mauvais qu'il le semble. Néanmoins, sa tentative de contact avec lui est interrompue par l'intervention de Duo Maxwell.

Zechs Merquise et ses hommes d'Oz ont confirmé qu'au total cinq Gundams ont atterri sur la Terre, et sont à l'origine des attaques terroristes sur les installations militaires.

Zechs arrive à la base d'Oz à Victoria pour inspecter les troupes. Une fois arrivé, la base se retrouve attaquée par un des Gundams.

Relena et son père, le ministre Darlian, partent vers les colonies pour essayer d'empêcher la guerre. Mais ceux qui refusent d'entendre parler de paix lui préparent un piège. C'est à ce moment là que va être révélée à Relena sa véritable identité.

Après la mort de son père, Relena retourne sur Terre. Malgré les réserves de sa mère, elle refuse d'annuler sa fête d'anniversaire et décide malgré tout de l'organiser. Mais les festivités sont perturbées par les Forces Spéciales d'Oz qui veulent sa mort. Une aide inattendue va alors faire son apparition.

Les pilotes des Gundam organisent une attaque de la base New Edwards, où se réunissent l'état major des forces d'Oz. Mais ils ont sous-estimé Oz, et s'aperçoivent finalement qu'ils sont tombés dans un piège.

Cherchant à éliminer définitivement les Gundam, Lady Une déclenche le système d'autodestruction de la base New Edwards. Heero semble le seul à être capable d'empêcher la catastrophe de se produire, mais en aura-t-il le temps ?

L'Alliance du Domaine de la Terre Unie s'effondre, faisant entrer toute la planète dans la panique. Cela permet à Oz de prendre aisément le contrôle, mais Zechs est occupé par d'autres choses: il recherche les ruines du Royaume de Sanc.

Lady Une fait part à ses troupes de sa nouvelle stratégie pour éliminer les Gundam. Zechs et Heero sont amenés à se battre à nouveau, mais cette fois-ci le combat promet d'être plus rude car il s'agit de la confrontation entre Wing Gundam et Tallgeese.

Les Gundams ont subit un dure défaite et sont contraints d'abandonner les armes sous peine de voir les colonies qu'ils défendent détruites par les missiles d'Oz, et personne ne sait si Heero Yuy est mort ou vivant... Pendant ce temps, Relena a une piste sur de l'assassin de son père qui la mène à Moscou.

Les Gundams doivent se battre pour atteindre la paix. Wufei rencontre Sally Po sur le champs de bataille et lui révèle que les faibles ne devraient pas se battre. Bien qu'encore mentalement affaibli, Wufei décide de monter à nouveau à bord de Shenlong pour aller se battre.

Oz mobilise toute son attention sur l'espace. Dans l'espoir de pouvoir sauver les colonies, Trowa compte livrer sa dernière bataille, mais Catherine s'interpose entre le jeune pilote et sa volonté de disparaître au combat...

Dans l'espoir de réparer son erreur passée en détruisant la navette dans laquelle se trouvait le leader pacifiste Noventa, Heero décide d'aller à la rencontre de sa petite-fille Silvia Noventa et confie son destin entre ses mains. Pendant ce temps, Zechs reçoit des ordres de la fondation Romefeller.

La nature guerrière de Zechs désire avec ardeur un combat décisif. Noin invite donc Heero en Antarctique où Zechs l'attend avec impatience pour achever leur précédente confrontation, mais un autre parti en présence est sur le point de faire son apparition.

Au Pôle Sud, Zechs attend avec impatience sa nouvelle confrontation avec Heero qui pourra bénéficier de son Wing Gundam renouvellement reconstruit à cet effet par ses soins. Après l'arrivée de Heero sur les lieux, le combat débute mais est finalement interrompu par Relena qui veut les empêcher de se tuer.

Oz a la ferme intention de détruire une fois pour toute les forces militaires de l'Alliance. Pendant ce temps, Quatre et Duo font route pour l'espace afin de mettre en garde les colonies qu'ils défendent contre le danger imminent qui les menacent, mais il s'avère qu'à leur arrivée, tous les pilotes de Gundam sont déclarés ennemis des colonies.

Le combat opposant le Tallgeese et les Gundam prend finalement fin. A présent, Zechs refuse de se battre au profit de la fondation Romefeller.

Le Gundam Deathscythe combat seul les Armures Mobiles d'Oz dans l'espace, mais Duo se retrouve rapidement submergé par le nombre important d'ennemis qu'il a à combattre et finit par être vaincu et capturé. Une fois en détention, Heero part à sa recherche dans le but de le réduire au silence...

Oz est en train de développer de nouvelles Armures Mobiles conçues par les ingénieurs des Gundam. Heero accepte de s'infiltrer à l'intérieur de la base pour saboter leur projet afin d'empêcher leur finalisation, mais une fois sur place il fait une rencontre inattendue.

Une armure mobile s'approche des colonies à grande vitesse. Lady Une ordonne alors aux pilotes d'essais Heero et Trowa de l'intercepter. Dans le même temps, Quatre, exténué par la pression de ses dernières missions, rentre chez lui pour une visite. Mais ce qu'il y trouvera ne sera que chaos et tragédie.

Les colonies ont commencé à s'équiper en armement en prévision d'une riposte contre Oz. Cependant, fait très surprenant, Lady Une joue le rôle plaidoyer en faveur de la Paix. Elle agit ainsi suivant la volonté de Treize sans aucun consentement de la part de la fondation Romefeller.

Avec l'aide de Lady Une, Duo réussi à s'échapper et s'en va détruire l'usine de fabrication d'armures mobiles basée sur la lune. Mais une fois arrivé sur place, il fait la rencontre d'une fille du nom de Hilde qui est devenue soldat. La marche à suivre devient alors plus compliquée.

Une armure mobile dotée d'une incroyable puissance se déchaîne complètement. Elle attaque les colonies les unes après les autres avec une puissance de feu des plus dévastatrices. Trowa et Heero partent à sa rencontre pour la neutraliser mais vont finalement être surpris par ce qu'ils y trouveront.

Trowa et Heero doivent combattre leur ami devenu fou, mais se rendent compte qu'ils vont perdre la bataille car n'étant pas de taille. Treize, pendant ce temps, désapprouve totalement la politique de la fondation Romefeller consistant à l'utilisation massive de Mobile Dolls, armures mobiles automatisées sans pilotes. Sa divergence lui vaudra sa mise aux arrêts par Oz.

Treize est en état d'arrestation mais certains de ses soldats lui demeurent loyaux mais se heurtent à la nouvelle arme de la Fondation Romefeller : les robots mobiles de type Virgo. L'opération Nara est lancée contre la Terre.

Heero et Relena racontent séparément les évènements passés.

Treize et Lady Une racontent les évènements qui se sont passés depuis la prise de pouvoir de Oz.

Heero et Quatre arrive sur Terre. Ils sont tous les deux recherchés par la fondation Romfeller. Quant à Relena, elle trouve un arrangement avec la fondation afin d’éviter la guerre. Noin va aider Sally à s’échapper afin de savoir où se trouve le Gundam 01 pour le récupérer.

Heero décide de combattre au côté des fidèles de Treize contre la fondation Romfeller. Quatre ne se joint pas à lui et assiste à la destruction d’un village pendant l’attaque menée par les forces de Treize. Ce même village qui a adopté la même position que le royaume de Sanc en prônant le pacifisme.

Heero et Quatre sont arrivés au Royaume de Sanc. Ils apprennent que Relena recherche Trowa. Les deux pilotes de Gundam décident alors de rester quelques temps. La fondation Romfeller vient alors troublé la paix une fois de plus en demandant l’autorisation d’intervenir sur le territoire du royaume de Sanc afin d’éliminer une faction de fidèle à Treize.

Duo attaque des convois de Oz avec son Gundam. Trent, le soldat de Oz, désire contrôler parfaitement le Wing zero mais il finit par être victime d’hallucinations. Pour mieux les comprendre, il part capturer Duo. Il étudiera alors les réactions du pilote de Gundam sur le Wing zero.

Alors que Relena est convié auprès de la fondation Romfeller, Heero décide de protéger la base de Luxembourg prise pour cible par Oz. De l’espace, Zechs Merquise éliminera un bon nombre de robots mobiles en direction de la base de Luxembourg. Toutefois, des robots mobiles parviennent à lui échapper et il appartient à Heero de les détruire…

Les unités de la fondation Romfeller ne sont pas parvenues à prendre la base de Luxembourg et Heero apprend où se trouve Treize. Heero part alors le retrouver. Treize lui présentera un nouveau Gundam. De son côté Zechs attaque les unités souhaitant détruire le Wing zero…

Catherine retrouve Trowa mais il ne semble pas dans un état normal. De son côté Wu Fei est de retour dans sa colonie mais il devra la quitter bien vite. Zechs, en apprenant où se trouve le Gundam 05 part à sa rencontre afin d’en faire un allié.

Il semble que la fondation Romfeller est décidée d’attaquer le Royaume de Sanc. Quatre parvient à retrouver son Gundam ainsi que ses alliés. Pendant ce temps, Duo retrouve Trowa dans un cirque. Peu de temps après l’attaque du royaume de Sanc débute. Comment Relena parviendra t-elle à éviter la destruction de son royaume ?

Heero continue de se battre contre les robots mobiles de la fondation Romefeller. Peu de temps après la fin de son combat, Zechs arrive dans le Wing zero et un combat entre l’Epyum et le Wing zero commence alors. De son côté, Relena rencontre le duc Dermail qui lui demande d’être la porte-parole de la fondation Romfeller. Une nouvelle rébellion se met en place lorsque les révolutionnaires capture l’ingénieur de Oz. Ces révolutionnaires se feront appelés le lotus blanc.

Noin recherche tous les pilotes de Gundam afin d’instaurer la paix sur Terre et dans l’espace. Elle rencontre Wu Fai pendant un combat entre les troupes du lotus blanc et celles de Oz. Celui-ci refuse de se joindre à elle. Duo retrouve Quatre. Ce dernier lui propose également de se battre pour préserver la paix mais Duo ne veut pas se battre. Cependant il apprend à Quatre le lieu où se trouve Trowa qui est toujours amnésique.

Relena est désormais à la tête de la fondation Romfeller mais malgrès cela le duc Dermail continue de prendre des initiatives, ce qui déplait à certains membres de la fondation. De son côté, le lotus blanc cherche à rallier des Gundam à leur cause. Tout comme Noin qui compte désormais à ses côtés Quatre et Trowa.

Heero est bien déterminé à éliminer Relena qu’il croit être le pantin de la fondation Romfeller. La vérité est autre. Relena parvient à rallier les membres de la fondation à ses côtés en demandant aux forces militaires de Oz de déposer les armes pour montrer le bon exemple. Cependant la société du lotus blanc qui dispose désormais de Zechs Merquise de son côté, souhaite déclarer la guerre à la Terre.

La dernière forteresse spatiale de Oz est attaquée par le Lotus blanc. Noin décide de s’approcher du combat afin de raisonner Zechs. Elle sera accompagnée de Quatre, Duo et Trowa. Treize reprend le commandement de la fondation Romfeller et démet Relena de sa fonction de présidente. Quant à Heero, il rencontre Sally Poe avant son départ dans l’espace. Celle-ci lui remet le Gundam de Trowa.

Wu Fei continue son combat en solitaire mais son Gundam commence à être sérieusement endommagé. Sally Poe et Heero le retrouve. Ils tentent de le convaincre de se joindre à eux avant qu’il ne subisse une attaque. Heero décide alors de lui confier le Wing Zero. Au même moment, la construction du Libra est terminée…

Des soldats de Oz prennent en otage la colonie où se trouve Catherine. Ils souhaitent ainsi récupérer le Libra mais le lotus blanc ne veut pas montrer de signe de faiblesse et pense utiliser leur canon. Trowa, en apprenant que Catherine est en danger de mort part à bord du Wing Zero pour libérer la colonie menacée.

Le libra a attaqué la Terre à l’aide de son canon. Ainsi, la guerre a vraiment commencé et Relena ne peut rien y faire. Miliardo décide d’attaquer les gundam. Après une rude bataille contre des robots équipés de programmes stratégiques, les pilotes de gundam décident à leur tour d’attaquer le Libra. Heero fait installé le système Zero sur le gundam de Quatre.

Treize a décidé de partir à l’attaque du Libra et se place en première ligne. Au même moment Heero est parti sur le Libra pour ramener Relena et tenter de convaincre une dernière fois Miliardo Peacecraft. Treize défi ce dernier en duel mais il refuse et charge le canon du Libra en direction du chef des armées terrestre…

Heero et Relena attendent à bord du Libra que les troupes du lotus blanc et celles de Treize s’entretues. De son côté, Zeck part affronter les gundams qui se dirigeaient vers le Libra. Le combat est interrompu par l’attaque ultime du peacemillion…

Quatre se retrouve face à Dorothy, Wu Fey s’apprête à affronter Treize, Heero part à la rencontre de Zeck, Duo tente de ramener les ingénieurs des gundams sur le peacemillion et Trowa recherche Quatre. La Terre reste en grand danger car le plan de Zeck est de détruire la planète à l’aide du Libra…

Le combat final entre Zeck et Heero commence. De leur côté, les ingénieurs des Gundams parviennent à éloigner le Libra de la Terre mais un débris du vaisseau continue sa course vers la planète. Les colonies ont déclaré qu’elles reniaient le lotus blanc et qu’elles souhaitaient la paix. Les Gundams tentent désespérément de détruire le débris avant qu’il n’atteigne son but…