在穿梭机上少女莉莉娜见到了一颗流星在大气层中燃烧，其实这是卫星殖民地所发动的“流星作战”5台由高达尼姆合金所制成的机体伪装成流星降下了地球，但这一作战早已被联邦军所掌握。 OZ特别机动部队SMS的特尉积古斯面对高达的强大战斗力付出了3台里昂的代价将可变形MS“飞翼高达”坠入了海中，驾驶员希罗脱出后被海流冲到了海岸上遇到了为自己烦恼的莉莉娜，在惊讶之际少年袭击了前来救援的医生逃跑了。 然而流星作战还是启动了，世界各地的OZ基地受到了其余4台高达的袭击而纷纷败溃。第二天莉莉娜见到了身为转学生的希罗，但面对莉莉娜的邀请希罗却直接撕毁了邀请函还扬言要杀了她。

在学校的希罗不仅不合群还经常做一些隐秘的行动，另一方面联邦的海军队伍找到了飞翼却在还没有见到敌人的情况下被全部消灭了。 潜入军工厂的希罗窃取了大量鱼雷，然而他的目的是要销毁自己的高达，但是希罗驾驶救护车离开的事情被莉莉娜知道了，不放心的她离开了宴会在港口找到了希罗。 眼看莉莉娜就要被希罗射杀一个扎着辫子的少年突然出现救下了她，他同时也带来了死神和飞翼高达他的名字是迪奥-马克斯-威尔，看到自己高达的希罗不顾迪奥的枪击发射了鱼雷掉到了海中，担心之余迪奥更好奇的是这个世上还有像他一样的高达驾驶员。

联邦军的设施损害因为高达的活跃而越来越大，特列斯决定要全力打败高达，为此积古斯开始逐渐收集各台高达的资料，除飞翼和死神的3台高达分别是“重炮手”、“沙漠”和“神龙”他们分别用不同的战斗方式各自破坏联邦的军工厂。 受伤希罗受到了联邦军关注而被软禁，但他却凭着惊人的意志和体力在迪奥的帮助下逃离了。 积古斯在自己部下的帮助下从军工厂中获得了MS的原型机“托鲁基斯”这是能够与高达媲美的强大机体，然而自己的部下却为了掩护他牺牲了，离开的积古斯在心中更坚定了要打败高达的信念，而这场战斗中卡托鲁和特洛华两人互相认识了。

唯一能够确认形态的“神龙”在赤道附近失去了自己的踪影，积古斯却感到异常担心因为OZ最新机体“托拉斯”的制作工厂就在附近，而自己的好友诺茵也在那里。 当晚维多利亚基地的驾驶员宿舍遭到了袭击，驾驶艾亚利斯的诺茵却因为五飞是一名少年而大意了，驾驶上高达的五飞瞬间破坏了追击的士兵并用光束炮破坏了托拉斯的运输机，给诺茵留下“我是不杀女人跟弱者的。”离开了。 另一方面迪奥和希罗的合作并不愉快，不愿一起合作的希罗甚至窃取了死神高达的零件完成了自己任务；反观特洛华和卡特鲁的合作却很顺利。另一方面在军队中一直主张和平的多米利安事务官遭到了排挤。

联邦军内像多米利安一样对卫星人民有好感的官员都被聚到了一起，在莉莉娜面前诸多官员受到了蕾蒂-安的炸弹袭击，在死去之前多米利安告诉莉莉娜她并不是自己的女儿，她是地球主张和平的桑古王国的遗孤。 被带到反抗军基地的莉莉娜见到了抚养希罗的J博士，J博士告诉莉莉娜他将希罗培养成机师和暗杀者为的是给卫星带来和平，面对莉莉娜的反驳J博士说人类的历史是有战争谱写的，卫星上的人们花费了数百年时间建立了自己的家园在领导者“希罗-尤尔”领导下正渐渐走向和平的新时代，却因为OZ的暗杀而毁于一旦联邦军也以此为借口打压卫星势力，为此他们设计了流星作战，希罗是为了纪念他们的领导者希罗-尤尔而起的代号，在送别莉莉娜的时候J博士希望莉莉娜不要接近希罗因为他只会带来死亡。

学校的莉莉娜得知希罗要转学的消息前去邀请希罗一起跳舞，在舞会上（这两个家伙展开了一场常人根本无法理解对话）希罗听到了OZ运输机的声音，那是因为蕾蒂-安为了杀死莉莉娜所派遣的部队，以为是情报暴露的希罗驾驶飞翼出击破坏了所有敌机，但看着自己要杀死的目标莉莉娜希罗却第一犹豫了甚至用飞翼掩护了她，战斗结束的希罗怀着复杂的心情离开了。 而蕾蒂-安方面却是因为特列斯的命令而放弃杀死莉莉娜，特列斯收到了诺茵的消息，原来莉莉娜是积古斯的亲人。

联邦军将在新爱尔德华展开对卫星的和平会议，不过特列斯却将这个消息发布为OZ上层人物的会议，收到消息的各位高达机师纷纷聚集起来向新爱德华基地进发。 在会议上洛宾达元帅发布了结束流血时代进行军裁的演说，这时爱德华基地受到了4台高达的袭击在高达压倒性的战斗力面前纷纷被击破，乘坐OZ穿梭机的官员们受到了飞翼的攻击一心想取得和平的洛宾达元帅牺牲了，与此同时世界上所有的联邦军队受到OZ的黎明作战的袭击全部沦陷，世界被OZ所支配。 在五飞的提示下大家才知道自己所犯错误，地球的混乱正式开始了……

不愿就此被特列斯玩弄的五飞与特洛华抢夺了穿梭机开始追击特列斯，而留下的希罗、迪奥和卡托鲁遭到了联邦军的猛烈炮火袭击，内心愧疚的希罗却只身接受联邦军的攻击，为了消灭高达OZ启动了爱德华基地的自爆装置，在莎莉的恳求下振作起来希罗冲进了仓库停止了自爆装置。 追击特列斯的五飞和爱德华以撞击的方式破坏了敌人的母舰，五飞却走下了驾驶舱接受了特列斯的挑战，但技术上的差异却使五飞败北了，不愿在这种不公平的状态下获胜的特列斯放走了他，五飞只得忍受着耻辱离开。

由于OZ的反叛地球军完全失去了对事态的了解陷入了混乱中，由于过去曾使用武力镇压本来就不稳定统治马上出现了分裂，与此同时积古斯制订了夺回桑古王国的计划驾驶着完成的托鲁基斯出击了，这台拥有里昂3倍出力的机体却异常难以使用，首次出击的积古斯甚至因为重力加速的冲击受了重伤，积古斯这时意识到这台托鲁基斯也是高达的原型机高达完美的继承了托鲁基斯的所有优点，为了夺回桑古王国整备机师奥图不顾积古斯的劝阻发挥了托鲁基斯的全部性能夺回了桑古王国，但自己也因为托鲁基斯强大的冲击力身亡，夺回自己家园的积古斯（米利亚尔特-匹斯克拉福）决心让莉莉娜继承王国。不停寻找的莉莉娜终于找到了希罗，她希望能够在希罗身边变得更坚强。

完成自己夙愿的积古斯开始将目标瞄向杀害自己部下的高达，为此蕾蒂-安开始针对高达的一系列计划，除了五飞以外的高达驾驶员都展开了作战，但是性能已经被摸透的各台机体如同蕾蒂-安的计划一样展开了攻击，很快各级就陷入了敌人的包围中，拥有最大火力的飞翼高达也被拥有同级战斗力的牵制着。这时蕾蒂-安却向高达公布了用飞弹瞄准卫星的消息，无法战斗的高达们在J博士的命令下投降了但是却拒绝交出高达，希罗在大家面前按下了高达的自爆装置，希罗倒在了血泊中……

残破的飞翼被积古斯回收了，执着与希罗战斗的积古斯决定要修复高达与希罗再次决一胜负；为了向蕾蒂报复莉莉娜进行了正面的暗杀行为，但在逃跑的过程中她遇到了意想不到的人物——诺茵。 聚集在一起的卡托鲁和迪奥商讨未来，不满OZ恐怖统治的他们获得了高达向OZ进行报复，但这种行为真的有意义吗？在迷茫中OZ的部队来到了小镇上，为了消灭中东国家的反击势力“马古那小队”（沙漠小队）他们在城镇中央安放了大量炸弹…… 不愿束手就擒的马古那小队决定掩护人们和高达离开，他们觉得高达一定会给带来和平与自由，离开的迪奥和卡托鲁在心中默默决定下次再来的时候一定要战斗。

离飞翼高达被破坏已经有一个月了，OZ对联邦的反抗势力进行毁灭性的歼灭，混乱的各个国家纷纷被军方支配人们生活在水深火热之中。 返回故乡的五飞为自己的弱小而迷茫着在他心中弱者是没有战斗的必要的，这时他遇到了被军队追杀的莎莉，她告诉五飞人类有着必须要做的事情而人类都是弱者所以才要团结起来。当晚游击队基地受到了军队的袭击，然而丑陋的一幕出现了——宾度上校将国家出卖给OZ，国家的部队受到了OZ的攻击死在了同伴的手中…… 但五飞还是不愿战斗，而游击队的队员为了掩护五飞而牺牲，看到这一幕的五飞坐上了神龙高达将敌人消灭了，莎莉告诉五飞战争本来就是没有正义的但可以的话还是希望他能够和自己一起战斗。 特洛华所在的马戏团将在OZ的部队表演，得知这一消息的特洛华心中默默下了某项决定。

OZ的两名特尉亚历克斯和缪拉在对联邦的战斗中以“处刑”为名，用不留情的战斗方式消灭投降的士兵，而他们正是诺茵的学生，一直对积古斯不满的两人制订了以积古斯为诱饵的作战。积古斯在分析飞翼高达的战斗方式时发现希罗的战斗方式完全超越了常人的极限而使他格外沮丧，决心完全超越希罗的积古斯完成了拖鲁基斯的极限喷射器，在战斗中积古斯亲手杀死了这两名嫉妒自己士兵，在他看来OZ的士兵需要学习的不仅仅是驾驶技术。 另一方面在马戏团表演的特洛华驾驶着重炮手高达出现在大家面前，就在卡塞铃高兴地时候特洛华向OZ的部队发动了攻击——对他而言这是最后一场战斗，战斗结束后他要和重炮手高达一起结束生命，卡塞铃这时流泪打了特洛华一巴掌希望他要为还活着的人着想；第二天卡塞铃一边埋怨希罗给特洛华灌输无用的知识并送别他们，她相信他们以后一定会再次见面。

对自己心中有愧的希罗一边进行旅行，一边向被他杀害的官员亲属道歉。 在OZ背后进行财力支援的罗菲姆财团召开了以“和平”为名的舞会，罗菲姆财团的团员们极力反对特列斯对积古斯的纵容行为要求一定要解决卫星的威胁——高达，继承了桑古王国的莉莉娜看到这一幕只觉得特别打心底感觉到厌恶。 希罗见到了洛宾达元帅的孙女苏菲亚，面对她的责问希罗面无表情地说他只有这种生活方式。 在财团的观察员面前积古斯爆破了飞翼高达，然而那只是用拖鲁基斯的后备零件做成的机体，积古斯非常期待与希罗战斗的那一天到来。

希罗和特洛华拜访死者家属的行为渐渐受到了OZ情报部门的关注，在行动逐渐困难的时候他们遇到了寻找他们的诺茵，为了与希罗一起决斗他们将前往南极。 另一方面一直寻找希罗的莉莉娜从洛宾达夫人那得知了希罗还存活的消息，在信中洛宾达夫人希望希罗不要淤泥于过去的仇恨中却创造属于自己的未来。为 了摆脱追兵诺茵驾驶着艾亚利斯出击了，从诺茵口中套出积古斯在南极的消息后追兵们决定消灭他们，这时特洛华驾驶着重炮手高达出击了，看着自己杀死的敌人特洛华心中产生了负罪感他希望能够代替希罗与积古斯决斗，但是诺茵却希望他们能够为自己着想。

同样不愿占对方便宜希罗拒绝了完成的飞翼高达，他决定以自己的方式完成这场决斗，看着受伤的希罗特洛华在重炮手高达的左手中安装了激光剑，两人这场没有意义的战斗开始了。 特洛华觉得这场战斗根本就没有意义,从他们没能保护卫星开始他们已经失去了战斗的资格，诺茵确认为寻找意义的战斗也是有意义的他们并不是在做无用的斗争；凭借特洛华装置的激光剑继续战斗的希罗和积古斯因为莉莉娜的到来的停止了战斗，但执着的两人却不愿听莉莉娜的话，在莉莉娜恼怒积古斯与希罗的战斗时诺茵告诉了她积古斯就是她哥哥的事实。 调查队终于来到了南极，希罗他们所面对的是上百台艾亚利斯所组成的敌人，为了掩护希罗和莉莉娜积古斯一个人驾驶着拖鲁基斯冲向了敌人……

卫星军的联邦部队也受到了OZ的猛烈攻击，在OZ的最新锐机体托拉斯的强大机动性面前完全没有反击能力，蕾蒂-安也一改以往严厉的姿态以怀柔的方式获得了卫星方年轻一派的信任，看到这种状况的迪奥等人决定要为卫星而战斗。 卡托鲁和迪奥攻击发射基地的情况被转播到了全世界，然而卫星方这时却公布了顺从OZ呼吁打到高达的消息，被故乡背叛的卡托鲁和迪奥马上失去了斗志这时新闻中又传出了希罗、特洛华正在战斗的消息，振奋起来的迪奥和卡托鲁在沙漠高达的自爆掩护下向宇宙进发。

被蕾蒂-安捕获的5名博士的资料已经出来了，他们是原OZ的技师同时也是拖鲁基斯的制造者，得知这个消息的蕾蒂-安打算让他们做出超越高达的新机体。 此时地球的拖鲁基斯却面临着毁灭的命运，完成了自律战斗系统“机动木偶”的罗菲姆财团打算抛弃不愿接受自己安排的积古斯，但特列斯却非常讨厌这个系统——没有伤痛的战争不过是个游戏罢了！ 回到宇宙的卡托鲁因为失去了高达而在宇宙间飘荡，但却在卫星军的帮助下逃脱了。而希罗则在反省人类的战争真的有意义吗？

侥幸活下来的积古斯被拖鲁基斯的设计者之一霍华救下了，他希望积古斯能到现在混乱的宇宙中寻找战争的意义。 OZ在宇宙中发现了漂流中的迪奥和死神高达，匆忙迎战的迪奥却因为能量不足和机体（高达都是设定在地球内战斗的机体）本身失去了战斗能力，在卫星内部活动的希罗通过调查发现无论在哪个方面他们都处于绝对的劣势中，前去营救迪奥的希罗利用机动木偶的智能有限的弊病将目标转为里奥和OZ军成功脱逃了，他的下一个目标是被OZ捉住的博士们。 另一方面五飞袭击了蕾蒂-安所在的巴鲁志卫星殖民地，但性格上的分裂使她放过了受伤的五飞。

为了杀死协助OZ的博士们希罗潜入了月面基地，博士们在OZ的协助下开发了综合能力超越了高达的机体维耶特和梅库里斯。 特洛华伪装自己成为了OZ的士兵，但他不得不在大众面前破坏已被俘获的死神高达，在无意中特洛华留下了痛苦的泪水……对特洛华有兴趣的蕾蒂-安卸下了军装与他交谈却因为特洛华严厉的言辞而陷入了混乱中。 尚未完成的维耶特补充能量能量启动了，但梅库里斯的电磁防护罩却挡下了这强力的攻击，前去逮捕犯人的特洛华发现了希罗，看着眼前的旧识希罗面无表情的投降了。

在姐姐伊利娅的帮助下在宇宙漂流多天的卡托鲁回到了卫星中，回到家中的卡托鲁受到了父亲的严厉指责，他认为战斗不会带来任何事物——即使那是正确的。 然而卫星的威拿家族也受到了OZ的影响，一心为卫星带来繁荣的威拿家因为不愿协助OZ制造武器而受到了排挤，无知的民众反对的声音越来越高，反抗的威拿家主被卫星的激光杀死姐姐也为了保护卡托鲁受伤，绝望的卡托鲁眼中发出憎恨的光芒…… 在特洛华的建议下希罗成为了梅库里斯的驾驶员，他们在战斗中故意破坏了机动木偶以天衣无缝的战斗方式制服了拖鲁基斯，走出驾驶舱的积古斯却说他的名字是米利亚尔特-匹斯克拉福，是地球的亲善大使。

作为亲善大使的米利亚尔特接触了宇宙军，他们同样不愿见到OZ以宇宙作为武器工厂的行为，而米利亚尔特则认为宇宙根本就不需要武器——正如卫星过去的领导者“希罗-尤尔”所说的一样。 罗菲姆财团的迪尔迈尤公爵不顾特列斯的劝阻决定将机动木偶作为武器，人类正向无人兵器时代迈进，感觉OZ内部变化的特列斯深深感觉到一个人无力与蕾蒂-安交谈起来；迷茫的蕾蒂-安在罗菲姆财团的命令下出击了在战斗中巴鲁志向卫星发射了镭射炮，所幸在米利亚尔特和特洛华的帮助下避免了这场悲剧，觉悟的蕾蒂-安决定要按特列斯的方法战斗。 来到月面的神龙高达被斯巴洛夫回收了，然而五飞的目的其实是借助月免得工厂强化神龙高达。

米利亚尔特的游说并不顺利，害怕战争的卫星军决定委从OZ获得不输给地球军的力量。 迪奥决定不再过普通人的生活他打算破坏月球的MD工厂，在征兵处他认识了志愿兵希尔妲却在伪装士兵的时候被希尔妲发现了，在战斗中迪奥救了被友军攻击的希尔妲而令她迷惑了，同样都在为卫星战斗那究竟什么才是对错？ 进入月面基地的迪奥发现了正在改装的死神高达和神龙高达，博士们正为了打败OZ强化高达的力量，被痛殴一顿的迪奥反倒为此感到高兴很快他也能继续战斗了。

OZ所占领的军工厂和资源卫星逐渐受到了一台神秘高达的袭击，这台从未见过的高达完全无视敌人的攻击直接破坏了卫星，而他的驾驶员正是卡托鲁，根据特洛华的消息博士们推测那台机体正是所有高达的原型机——那是连他们都犹豫的强大力量。 眼见蕾蒂-安继续用高达驾驶员的斯巴洛夫越发不满，在希罗和特洛华出击以后他私自关上了基地内的氧气。 见到特洛华和希罗的卡托鲁二话不说向他们发起了进攻，对卫星失望的卡托鲁打算毁灭宇宙的一切。

过去的同伴在没有意义的战斗着，机体上的差距使希罗完全处于下风为了保卫卫星希罗却没有退却，面对卡托鲁的致命一击特洛华用维耶特挡住了……特洛华的死亡令卡托鲁冷静下来卡托鲁流下了悔恨的泪水，不过两人没想到的是特洛华并没有死去而是一个人独自在宇宙中飘荡。 完成了机动木偶的罗菲姆财团打算向世界伸出侵略的獠牙，特列斯却对此提出了异议——在战争中重要的不是胜利而是战斗的姿态与理念，然而现在以机动木偶战斗的方式却令他失望——人类不需要游戏般的战争；质疑迪尔迈尤公爵的特列斯遭到了软禁。 蕾蒂-安向月面基地发起了进攻，被释放的迪奥和五飞驾驶着地狱死神和双头龙瞬间破坏了月面基地和兵工厂，等待他们的是新的战斗。

为了获得地球的权利罗菲姆财团向地球发动了“诺巴行动”，以MD比尔哥为中心的机体向地球军和特列斯派的OZ部队发起了进攻，这一行为使得地球和宇宙的战争越发激烈，ZERO、卡托鲁和希罗被OZ俘获了，所幸在特列斯派的帮助下两人逃走了而ZERO则被用于机动木偶的新系统开发。 再次被捕捉的希罗被用于机动木偶新战斗程序的开发，但战斗中的ZERO发出了奇异的光芒，被零式系统迷惑的希罗在基地中发动了无差别攻击，OZ引以为豪的的MD在希罗面前显得极其弱小，与卡托尔战斗的希罗似乎看到了莉莉娜停止了战斗，救出希罗后卡托鲁启动了梅尔库斯的自爆系统他们的目标是莉莉娜所在的地球。 活下来的博士们看着在火海中依然毫发无损的ZERO在庆幸之余似乎在ZERO身上看到了未来的希望。

总集篇

桑古王国的和平政策渐渐地受到大多数渴望和平国家的认可，但没有适当的理由罗菲姆财团对其无可奈何。 莎莉因为带着飞翼高达而受到了罗菲姆财团的猛烈攻击，在被囚禁的时候她遇到了诺茵——她正为了保护莉莉娜而四处奔波，有默契的两人使用派斯素夺回了飞翼高达；在桑古王国的学校迎来了一名特殊的学生“多萝西”她正是迪尔迈尤公爵的孙女，在这个充满和平气氛的地方她显得格外刺眼。 回到地球的希罗和卡托鲁不得不继续战斗，已经无家可归的他们似乎只剩下战斗这一条路……

与卡托鲁产生分歧的希罗参加了特列斯派的军队，卡托鲁则继续旅行在旅途中的卡托尔看透了战斗的残酷和自私，战斗只会令平民受到更多伤害；战斗中的希罗为了掩护逃跑的平民而使作战失败了，作战的失败令希罗面对更难缠的对手在MD比尔哥面前显得异常吃力。 即使机体根本无法匹敌敌人的比尔哥他还是站起来与敌人战斗，而卡托鲁决心要保护桑古王国也驾驶着艾亚利斯来到了战场上，在诺茵的帮助下卡托鲁用飞翼高达的光束炮消灭了MD部队…… 分别别已久的莉莉娜和希罗终于见面了，莉莉娜脸上露出了会心的笑容。

希罗依然与卡托鲁保佑相反的意见，在他看来莉莉娜根本不需要高达这种力量。 一支特列斯派的伤兵被赶到了桑古王国边境，罗菲姆财团的目的是为了将伤兵赶到不设防的市区中心进行大肆破坏，觉察到敌人目地的希罗将诺茵私下囤积的托拉斯分给了特列斯派，以高达击破了敌人。 事后莉莉娜不禁感慨自己的想法的天真，希罗对莉莉娜说罗菲姆财团会消灭一切敌对势力而莉莉娜已经是罗菲姆财团的头号目标了，作为士兵的他不适合这个国家；在希罗的建议下莉莉娜同意了建立军队的做法，但他们都没有发现一旁的多萝西脸上发出了得意的笑容。

迪奥驾驶着还未完成的地狱死神袭击了OZ的运输部队，他的目的是完成这台机体；OZ的特尉托兰特为了彻底解析ZERO的零式系统不断进行着战斗实验却被零式系统发动时的幻象所迷惑，实验失败的他迫切希望得到高达驾驶员的战斗数据将目标瞄向了迪奥。 在希尔妲帮助下的迪奥修复工作顺利进行着，但在托兰特的威胁下迪奥不得不进行战斗实验，但在零式的驾驶舱里迪奥看见了敌人的动作甚至看到了他毁灭卫星的幻想，迪奥明白这台机体不是人类能够掌握的东西…… 强行启动零式系统的托兰特消灭了斯巴洛夫的追兵，想要阻止他的迪奥驾驶着地狱死神高达与他展开了战斗，性能上的差异却也抵不过实力上的差距迪奥用盾牌将ZERO推向了宇宙的尽头，并希望永远也不要有人再使用他……

在宇宙的米利亚尔特尔特为了保护莉莉娜在以“积古斯”之名在战斗着，数量众多的机动木偶却不敌积古斯的强大实力纷纷被击破，但积古斯却不满于现状他感觉到拖鲁基斯已经跟不上他的能力了。 受桃乐丝的邀请莉莉娜来到了罗菲姆财团，她以自己的方式阐述了完全和平主义的理念并反驳了迪尔迈尤公爵的刁难，在返回的路上却遭到了机动木偶的袭击在桃乐丝的帮助下才逃过了一难，她忍不住再次失落起来卡托鲁着安慰她一定要振作起来。 罗菲姆财团向特列斯派的总部卢森堡降下了大量MD试图以此为突破口继而向全世界发起进攻，得知这一消息的希罗和积古斯分别赶向降下地点迎击敌人，然而即使是驾驶着飞翼高达的希罗也不敌这庞大数量的机动木偶，这时从通讯中希罗听到了特列斯的声音……

陷入困境的希罗在特列斯派士兵的掩护下生还了，临死的士兵拜托希罗保护特列斯，认同希罗的特列斯将自己开发的新高达艾比安交给了希罗，这台拥有恶魔般形态的高达拥有着与零式同级别的战斗力，在其强大的战斗力面前连前来增援的都被一并消灭，战斗中的希罗被次代系统（Epyon System）所迷惑破坏了战场上的一切…… 斯巴洛夫开始着手破坏没有主人的零式，得知这一消息的积古斯驾驶着拖鲁基斯夺取了零式，完全没有受到零式影响的积古斯使出了零式的全部能力消灭了敌人，一旁的的霍华则希望积古斯的命运不要被零式系统所玩弄。

在宇宙中飘荡的特洛华被救援人员回收但却失去了记忆，这时他遇到了到卫星表演的卡塞铃过上了普通人的生活，为了保护特洛华卡塞铃决定隐瞒他失忆的事实。 这时的五飞在完成了双头龙高达后在超老师的帮助下继续训练，超老师告诉五飞要相信自己正义由自己来决定；这时得到消息的OZ袭击了卫星，为了不让五飞有所牵挂超老师按下了卫星的自爆按钮，愤怒的五飞一口气将所有敌人击毁了……寻找同伴的积古斯与五飞战斗起来，但战斗中的积古斯却被零式系统的幻象所玩弄，认定积古斯是敌人的五飞驾驶着双头龙离开了。 诺茵开始集中特列斯和旧联邦的残兵，卡托鲁也为了找回沙漠高达向沙漠进发，希罗却觉得桑古王国根本不值得保护。几乎镇压了全世界的迪尔迈尤公爵开始命令斯巴洛夫建造宇宙战舰“利布拿”（天平座），并准备向桑古王国发起进攻。

罗菲姆财团的种种表现预示着他们即将向桑古王国发动进攻，莉莉娜却沉迷在她完全和平的幻想中试图通过外交的手段解决这一事态；为了打倒自己的障碍迪尔迈尤公爵向桑古王国发兵了，眼见事态严重希罗和诺茵不顾莉莉娜的反对与部队出击了，数量上的差异使桑古王国的部队完全处于劣势，随着时间的推移卡托鲁和诺茵也渐渐感到吃力，城市受到了敌人的袭击。 看着燃烧的国家莉莉娜心中下了决定——解散桑古王国！在公告下大家停止了战斗，莉莉娜被带到了罗菲姆财团。这时希罗却因为看到莉莉娜被杀害的幻象而完全受到零式系统的支配开始破坏他所见到的一切敌人……

战斗持续到了晚上希罗却因为零式系统的作用反而战斗越发激烈，在桑古王国的MD部队完全被艾比安所消灭，寻找敌人的希罗将目标瞄向了前来支援的积古斯，被零式系统所玩弄的两人展开了没有意义的战斗。完全预知了对方行动的零式和艾比安自动停止了战斗，希罗和积古斯也因为疲劳而倒下,无法理解特列斯理念的希罗与积古斯互换了机体，他们所面对的是新一轮的战争。 受到斯巴洛夫压榨的卫星军组成了武装组织“白色獠牙”打算引发一场新的革命，不甘失败的兹巴洛夫启动了月面基地的全部机动木偶基地陷入了混乱中，这时一直寻找敌人的五飞也来到了月面基地破坏了所有的机动战士，斯巴洛夫也死在了混乱中。 投降的莉莉娜受到了迪尔迈优公爵的接待，想利用莉莉娜的公爵将莉莉娜作为财团的代表，思考了一晚的莉莉娜心中新想法答应了这个要求。

寻找同伴的诺茵找到了五飞但不认同桑古王国的理念决定继续战斗下去；一心决定孤独战斗的迪奥找到了回到宇宙的卡托鲁，迷茫的迪奥不知道该为何而战并告诉他有关特洛华的消息，为了挽回自己的过失卡托鲁见到了特洛华但失忆的他却认不出卡托鲁。 这时交战的OZ和白色獠牙将战斗波及了这个卫星，为了保护特洛华卡托鲁驾驶着高达出击了……感觉到自己记忆重要性的特洛华与卡塞铃告别后重返了战场。 成为女王的莉莉娜的向世界发布了桑古王国的理念，世界上的人们纷纷开始支持罗菲姆财团，不过看到这一幕的特列斯却说迪尔迈尤没有意识到莉莉娜身上所包含的力量。

由于莉莉娜的出现世界国家正在初现雏形，这时在边境的一个小酒吧里失去战意的米利亚尔特正为自己失去了战斗的理由而迷茫着，这时白色獠牙的首领凯茨找到了米利亚尔特希望能够借助他的力量。 在旅途中卡托鲁等人看透了白色獠牙和OZ之间战斗所产生的悲剧，这时经过OZ部队向他们发起了进攻。特洛华更是冲在最前方，战士的感觉让他迅速击倒了大部份敌人却因为没有了子弹而面临着被击坠的危机，这时卡托鲁引爆了穿梭机挡下了敌人的攻击，逃过一难的卡托鲁和特洛华被路过的迪奥拯救了，他是为了与大家一起战斗赶来的。 为了和平而成为傀儡的莉莉娜没有发现在财团中支持她而声音正在逐渐高涨，在她的个人魅力下财团似乎正准备将迪尔迈优赶出财团；而这时希罗正着手要杀死莉莉娜。

莉莉娜的和平政策下财团中出现了呼吁放下武器的声音，在多萝西的建议下迪尔迈尤向宇宙进发前去掌握宇宙的兵力，没有了迪尔迈优公爵的阻碍在会议上莉莉娜的建议获得了财团的肯定，看到这一幕的希罗也放弃了暗杀离开了。 在宇宙战斗的五飞将目标瞄向了正在建造宇宙战舰的利布拿，战斗中不敌高达的白色獠牙发射了利布拿的光束兵器将双头龙击退了，但同时也破坏了诸多的机动木偶，看到这种行为的五飞更坚定了要破坏白色獠牙的想法。 五飞月白色獠牙战斗的录像被作为地球军的部队而被公布，向巴鲁志进攻的白色獠牙部队更是在战场上破坏了迪尔迈尤公爵所在的穿梭机，凯斯在高喊打到高达和OZ得同时介绍了他们新的领导者——米利亚尔特-匹斯克拉福，他宣布要消灭卫星的敌人——地球。

白色獠牙向巴鲁志发动了激烈的战斗，在这个以机动木偶为战场的战斗显得异常激烈，为了向积古斯问明事情的真相诺因与高达机师们向巴鲁志进发了，高达的加入使得战场变得更加混乱，这时巴鲁志发动了卫星炮强大的能量甚至破坏了射线上卫星的一部分。 米利亚尔特拒绝了诺因并与她刀刃相向，而为了避免巴鲁志继续发射镭射的卡托鲁和迪奥向OZ部队发动了进攻，眼看巴鲁志已经填满了能量艾比安及时出现用光束剑直接破坏了巴鲁志，OZ的宇宙基地沦陷了…… 然而此刻的地球，夺回OZ的特列斯罢免了莉莉娜决心用自己的方式完结一切，为了劝说自己的兄长莉莉娜乘上了穿梭机；希罗则在莎莉的帮助下带着修复的重炮手高达向宇宙进发。

统一了世界国家的特列斯也影响到了白色獠牙，原特列斯派的士兵们纷纷开始离开，人类的部队为了对抗白色獠牙纷纷聚集起来，一路战斗的五飞救下逃离利布拿的特列斯派却因为长时间的战斗使双头龙失去了战斗力，从五飞身上领悟到自身错误的特列斯派士兵用自爆掩护了五飞。 飘流的五飞被经过的希罗和莎莉救下了，面对白色獠牙的追兵希罗让他驾驶零式出击，而在战斗中五飞看到了自己的未来看到了自己内心的真正想法决定与希罗一起战斗打到特列斯和积古斯。 米利亚尔特向世界发布了与地球战斗的消息，为了和平他要消灭滋生战争的温床——地球，然而他的真正目的只有他的好朋友特列斯和多萝西才能知晓。

五名高达驾驶员终于聚到了一起，在高兴之余迪奥却被希罗所带来的零式所惊讶，这时新闻中传来了卫星C421被OZ夺去的消息，失去宇宙基地的OZ打算以此要挟白色獠牙交出利布拿；但米利亚尔特却决心牺牲民众燃起卫星对OZ的怒火。 看到新闻中的凯萨琳特洛华不顾霍华的劝阻驾驶着零式冲向了战场，但被零式系统支配的特洛华将目标瞄准了卫星……在卡托尔的劝阻下振作起来的特洛华恢复了记忆，而卫星中的OZ士兵则被拥有隐形能力的死神高达击溃。 即使是莉莉娜的却说也没有动摇米利亚尔特的决心，利布拿的主炮发射了但目标却是地球！在着毁灭的光芒中地上的一切都被毁灭了，米利亚尔特说这不仅是对人类的警告也是发现特列斯的挑战书，他们接下来要面对的将是这个宇宙中最强的敌人——高达。

即使正面对话莉莉娜依然无法改变米利亚尔特内心的想法，拒绝了多萝西建议的莉莉娜受到了软禁而烦恼，就在五飞等人商量如何破坏利布拿的时候白色獠牙的机动木偶不对已经来到了这片空域中，希罗则展开了自己的秘密行动。 面对敌人的机动木偶高达机师们展开了分散队形各自击破了自己的敌人，但也因为长时间的战斗而疲惫不堪，得到零式提示的希罗委托霍华将零式系统装到了沙漠高达身上；而此时开发了新系统的白色獠牙将机动木偶的指挥系统交给了多萝西。 再次出击的高达小队除了希罗以外都对上了机动木偶部队，分散战斗的高达陷入了苦战中不得已的卡托尔启动了零式系统在他的指挥下机动木偶部队纷纷被高达击破，看到这种情况的多萝西果断下达了发射主炮的命令，但在莎莉的指挥下万年和平号以毫厘之差躲过了攻击……

离开战场的众人开始修理受损的高达和万年和平号，振作起来的卡托尔拆除了零式系统。世界国家为了消灭白色獠牙将地球上所有的兵力聚集到了资源卫星上，在这紧张的气氛中休尔妲秘密潜入了利布拿中。 多萝西告诉莉莉娜米利亚尔特一反常态的行为却正是他和特列斯所期待的，脱出的休尔妲受到了维耶特和梅库里斯的袭击，而他们的OS正是以希罗和特洛华为原型制造的。受到求救信号的迪奥驾驶着死神高达以高超的战斗方式解决了敌人“下次也将我的资料加进去吧。” 白色獠牙的进攻再一次被瓦解，只有多萝西路偶除了满意的笑容；而在昏迷之前休尔妲将路不难的资料和莉莉娜的消息告诉了大家。

地球国家集中了数千以宇宙用里奥为主的庞大兵力准备与白色獠牙一绝生死，主帅特列斯更是亲自来到了宇宙决心站在战场的最前线。 潜入利布拿的希罗与莉莉娜见到了米利亚尔特的立体影像，米利亚尔特告诉希罗人类史愚蠢的生物，没有受到切身的伤害他们是不会明白战争的痛苦的二曾今的宇宙领导者“希罗·维”和桑古王国最好的例子；希罗似乎听懂了米利亚尔特话中意思转身与莉莉娜一起离开。 来到利布拿面前的特列斯发出了要与米利亚尔特决斗的要求，但米利亚尔特以自己身为领导者的缘故拒绝的，并在痛苦的脸色中按下利布拿的主炮发射按钮……千钧一发中驾驶着飞翼的蕾蒂·安救下了他，面对着特列斯的疑问蕾蒂·安觉得没有战斗的战争是没有意义的，在特列斯的命令下地球军向利布拿发动了进攻。

战斗在高达的加入后显得更为混乱，为了解决这麻烦的敌人米利亚尔特驾驶着艾比安和3台比尔哥出击了，在他精确的控制技术下比尔哥成功拖住了高达小队但在他冲向万年和平号却因为心软放过了莱茵。 没有了阻碍的万年和平号撞向了利布拿破坏了主炮，但战斗还在继续着米利亚尔特却有了更疯狂的想法——将利布拿坠入地球。高达小队再次展开了分歧，五飞冲向了战场中的拖鲁基斯II，他要完成上次没有结束的决斗。 潜入的利布拿的迪奥发现了被困的博士们，他们告诉迪奥比尔哥的弱点和米利亚尔特的想法——他想发动唤醒人类埋藏在内心的痛苦战争，让人们产生对战争的恐惧和厌恶。

卡托尔和多萝西的战斗在机动木偶的控制室中进行着，她不断述说着战争的愚蠢和世人的愚昧她因为战争失去了家人，卡托尔所作的一切更是没有意义——甚至遭到了所信赖之人的背叛，她打心底的厌恶着这个世界。 在决斗中特列斯告诉五飞没有痛苦的战争没有任何意义，为了找到战争的意义他发动了战争，不认同这一理念的五飞在含恨下击破了冲上前的拖鲁基斯II，特列斯带着微笑逝去了……五飞却没有感到任何胜利的喜悦，失去了主帅的地球军在蕾蒂·安的命令下投降了。 在这接近卫生的战斗中希罗驾驶者零式冲向了一直等待他的米利亚尔特……

失去战意的多萝西任由特洛华破坏了控制室，所有机动木偶都失去了行动能力；另一方面五博士也点燃了万年和平号的引擎开始改变利布拿的移动轨迹。最后的战斗开始了希罗和米利亚尔特在静寂的太空中互相战斗着，这幕影像在莱茵的帮助下传向全世界，看到这悲剧的一幕卫星和世界国家都发出了和平宣言，艾比安和零式的战斗也在这时到达了尾声。利布拿的一部分依然向地球坠落，各位高达机师分别在残骸中破坏着一切，没有了武装的希罗决定用自爆毁灭利布拿的引擎，这时醒悟了的米利亚尔特用光束剑破坏了动力炉消失在火光中。五飞将零式的激光炮交给了希罗，希罗冲向地球在大气层中破坏了残骸，剩余的碎片在摩擦中化为片片流星，在这片流星中A.C.195年和平降临了……