Yugi Muto lleva a sus amigos, Joey, Téa y Tristán, a su casa para enseñarles la carta más rara de su abuelo: el "Dragón Blanco de Ojos Azules". Seto Kaiba, que escucha la conversación, intenta comprar la carta, pero el abuelo de Yugi declina su oferta.

Obsesionado con tener la carta de "Dragón Blanco de Ojos Azules", Kaiba reta al abuelo a un Duelo. Cuando su tecnología holográfica demuestra ser demasiado para el abuelo e incluso Kaiba rompe la carta que ganó, ahora es Yugi quien se enfrenta a Kaiba en un duelo para vengar a su abuelo.

Debido a su victoria sobre Seto Kaiba, Yugi obtuvo una gran reputación. Una noche Yugi recibe un paquete de parte del creador del Duelo de Monstruos, Maximillion Pegasus. Inesperadamente, ahora Yugi se ve forzado a jugar un Duelo con él con magia real. Por si fuese poco, Pegasus puede ver todas las cartas y las estrategias de Yugi con El Ojo del Milenio.

Después de lo ocurrido con su abuelo, Yugi recibe una invitación de Pegasus para participar en un torneo en el Reino de los Duelistas, donde los mejores Duelistas se reunirán para competir. Por otro lado Joey, al descubrir el primer premio para el ganador, también decide participar.

Yugi y sus amigos llegan al Reino de los Duelistas para participar en el torneo. Durante la ceremonia de apertura, todos los presentes tienen a Yugi como la persona a vencer, mientras que Pegasus sonríe al ver que este aceptó su invitación.

Buscando su revancha por la destrucción de sus cartas de Exodia, Yugi se enfrenta a Weevil Underwood como su primer adversario. Sin embargo, Weevil, mostrando ser un astuto tramposo, engaña a Yugi atrayéndolo a un Duelo en un campo donde todos sus monstruos de Tipo Insecto reciben un bono de poder de campo, empujando a Yugi a su límite.

Aprovechando la arrogancia y el exceso de confianza de Weevil, Yugi logra aplastar a la mayor parte de sus Insectos. Sin embargo, por desgracia, Weevil ha dejado a su mejor Insecto para el final: su "Capullo Evolutivo", que se vuelve cada vez más fuerte, hasta convertirse en la imparable "Gran Moth".

Aunque varios de los presentes creen que Weevil tiene el Duelo ganado, Yugi no deja de sonreír y prepara una sorpresa con la que borrará la sonrisa de Weevil.

Joey finalmente tendrá su primer Duelo en el torneo, pero su adversario es Mai Valentine, una Duelista profesional que usa a "Dama Arpía" como su monstruo insignia. Sin embargo, aún más peligroso que las "Arpías" de Mai, es su capacidad para predecir cada carta que robará. Joey busca la manera de vencerla, ya que él tiene algo verdaderamente importante por que pelear: su hermana Serenity.

Después de la primera victoria de Joey, el grupo comienza a sentir hambre y en busca de comida se encuentran con Mako Tsunami, uno de los mejores Duelistas del mundo. Tras darles de comer, Mako inmediatamente desafía en un Duelo a Yugi, donde deberá enfrentarlo a él y a sus monstruos marinos.

Cuando Yugi escucha que un Duelista ha sido expulsado del torneo después que su Deck y sus estrellas fueron robadas, él y sus amigos siguen la pista del ladrón, que resulta ser nada menos que Mokuba, el hermano menor de Seto Kaiba, que busca vengar a su hermano.

Yugi y sus amigos discuten con Kemo, quien tiene a Mokuba como prisionero. Para liberar a Mokuba, Yugi ahora debe enfrentarse en un Duelo con un doble de Kaiba, creado a partir de la codicia y el deseo de poder que Yugi había eliminado del alma de Kaiba. Sin embargo, con sus mejores cartas en el fondo del océano, Yugi debe descubrir una nueva estrategia para enfrentar a los "Dragones Blancos de Ojos Azules" del Kaiba falso.

Yugi y sus amigos discuten con Kemo, quien tiene a Mokuba como prisionero. Para liberar a Mokuba, Yugi ahora debe enfrentarse en un Duelo con un doble de Kaiba, creado a partir de la codicia y el deseo de poder que Yugi había eliminado del alma de Kaiba. Sin embargo, con sus mejores cartas en el fondo del océano, Yugi debe descubrir una nueva estrategia para enfrentar a los "Dragones Blancos de Ojos Azules" del Kaiba falso.

Después de ser derrotada por Joey, Mai ya no disfruta los duelos como antes y jura vengarse. Cuando Rex Raptor la desafía a un Duelo, ella acepta pero sólo si derrota a Joey primero. Mai organiza un Duelo entre Joey y Rex, pero si Yugi llegase a ayudarlo de nuevo, Joey será descalificado. ¿Joey tendrá lo que se necesita para ganar su segundo Duelo por su cuenta?

Rex le propone a Joey aumentar la apuesta en el Duelo poniendo sus cartas más raras en juego. Joey Invoca a su "Mago del Tiempo" contra el "Dragón de Ojos Rojos" de Rex. Finalmente, Joey logra derrotar a Rex, ganando sus estrellas y un nuevo monstruo poderoso en su Deck. Más tarde, Yugi y sus amigos se encuentran con Bakura, uno de sus compañeros de la secundaria, y deciden jugar utilizando sus cartas favoritas, pero el espíritu del Anillo Milenario se apodera del cuerpo de Bakura y envía a Yugi y los demás al Reino de las Sombras. Sin embargo, el espíritu del Puzzle de Yugi reta al espíritu maligno a un Duelo para rescatar a sus amigos

Yami Yugi y el espíritu maligno del Anillo Milenario mantienen un Duelo en el Reino de las Sombras, mientras que las almas de Yugi y los demás son usadas en el Duelo como el monstruo favorito de cada uno. Bakura logra interponerse contra el espíritu del Anillo y permite a Yami Yugi derrotarlo y enviar al espíritu al Cementerio

Mai ha perdido todas sus estrellas contra un eliminador de Duelistas al servicio de Pegasus llamado Panik, por lo cual Yugi decide enfrentarlo. Sin embargo, Panik decide que si Yugi pierde perderá algo más que sus estrellas, poniéndolo en peligro

Yugi encuentra la forma de derrotar a Panik y, gracias al poder del Puzzle Milenario, logra eludir sus ataques. Finalmente, Yugi recupera las estrellas de Mai y ambos prometen tener un Duelo honorable más adelante.

Seto Kaiba ha arribado al Reino de los Duelistas con la intención de derrotar a Pegasus y rescatar a su hermano, pero en su camino se encuentra con Yugi y sus amigos. Joey reta a Kaiba a un Duelo y éste acepta, pero no tarda mucho en derrotar a Joey.

Joey se siente mal por su derrota con Seto Kaiba, por lo que anda en busca de su próximo Duelo. Sin embargo, unos tipos lo noquean y lo llevan a una cueva donde Joey deberá tener su Duelo contra Bonz, un chico que usa cartas de Tipo Zombi y que lucha bajo los consejos del campeón inter-continental de Duelo de Monstruos, el Bandido Keith.

Joey tiene problemas en su Duelo contra Bonz, pero Yugi y los demás llegan para brindarle su apoyo, con lo que Joey logra encontrar la forma de derrotar a Bonz. Sin embargo, el Bandido Keith y sus ayudantes bloquean la salida de la cueva con una roca gigante, dejando atrapados a Yugi y sus amigos.

Gracias al Anillo Milenario de Bakura, Yugi y los demás logran salir de la cueva, pero se encuentran con un nuevo obstáculo. Yugi y Joey deben enfrentarse en un Duelo en Equipo contra los Hermanos Paradoja, los cuales son exterminadores de Duelistas al servicio de Pegasus.

El Duelo entre Yugi y Joey contra los Hermanos Paradoja continúa y las cosas lucen poco favorables cuando los hermanos logran Invocar a su monstruo más poderoso, conocido como "Guardián de la Puerta".

Con una gran combinación de sus monstruos más poderosos, Yugi y Joey logran derrotar a los Hermanos Paradoja y consiguen tener diez estrellas cada uno para calificar para las finales del campeonato. Mientras tanto, Seto Kaiba trata de rescatar a su hermano, pero Pegasus captura el alma de Mokuba en una carta y la única forma en que Kaiba puede rescatarlo es derrotando a Pegasus. Para eso, primero deberá derrotar a Yugi. Yugi logra descifrar la última prueba de los Hermanos Paradoja y, con Joey, se dirigen al castillo de Pegasus, pero alguien los espera en la entrada del castillo.

Seto Kaiba le bloquea a Yugi la entrada al castillo y lo reta a luchar en un Duelo en donde el ganador será el único que pueda enfrentar a Pegasus. Yugi no tiene alternativa y comienza una nueva batalla con Kaiba en lo alto del castillo.

Continúa el Duelo entre Yugi y Kaiba. Las cosas lucen poco favorables para Yugi cuando Kaiba evita que pueda usar cartas con más de 1500 ATK, y se complican más cuando Kaiba logra Invocar a "Dragón Blanco Definitivo de Ojos Azules".

Yugi logra encontrar la forma de poder derrotar a Seto Kaiba, pero éste, como último recurso, se para sobre el borde del techo del castillo con el fin de manipular a Yugi para que no haga su último ataque. A pesar de esto, el espíritu del Puzzle ordena al monstruo que ataque. Yugi, a tiempo, le quita el control del Duelo al espíritu y detiene el ataque, dándole la oportunidad a Kaiba de ganar el Duelo.

Yugi ha perdido sus estrellas y la posibilidad de rescatar a su abuelo, pero Mai aparece y le ofrece algunas estrellas extra que ha ganado. Sin embargo, Yugi está muy perturbado tras lo sucedido en el Duelo con Kaiba. Téa decide batirse con Mai, quien le permite ganar las estrellas que le faltan a Yugi para entrar en las finales del torneo.

Seto Kaiba finalmente obtiene su Duelo contra Pegasus para poder rescatar a su hermano Mokuba, pero pronto se da cuenta de que Pegasus no es cualquier Duelista, ya que tiene la habilidad de saber qué cartas tiene Kaiba en su mano.

Kaiba no puede hacer nada contra las habilidades de Pegasus y el poder de su Ojo Milenario, siendo humillado y derrotado en el Duelo. Tras su victoria, Pegasus atrapa el alma de Kaiba en una carta.

Téa, Tristán y Bakura buscan en el castillo de Pegasus una explicación para el hecho de que pueda saber qué cartas tiene su adversario. Sin embargo, son descubiertos por Pegasus, quien, con su poder, los transporta al pasado en el antiguo Egipto, donde batallas entre monstruos tenían lugar. Gracias al poder del Anillo Milenario de Bakura, logran regresar, creyendo que había sido un sueño.

Comienzan las finales del torneo. El primer Duelo es entre Yugi y Mai Valentine. Mai muestra sus habilidades dándole a Yugi el Duelo honorable que le prometió; sin embargo, Yugi está frustrado por lo sucedido en el Duelo con Seto Kaiba y teme que Yami Yugi pueda lastimar a Mai, por lo que lucha contra sí mismo para no permitirle al espíritu del Puzzle interferir en el Duelo.

Mai domina todo el Duelo debido a la inseguridad de Yugi, pero el espíritu del Puzzle le promete no volver a hacer nada con lo que Yugi no esté de acuerdo, por lo que Yugi finalmente lo deja pelear y, gracias a esto, logra derrotar a Mai y pasar a la final.

El Bandido Keith ha robado la carta de clasificación que Yugi le había regalado a Joey, por lo que éste tiene cinco minutos para encontrar su carta o será descalificado. Mai le entrega su carta a Joey, quien finalmente se bate a Duelo contra Keith.

Durante el Duelo, el Bandido Keith hace trampa, pero ni así logra derrotar a Joey, el cual se lleva la victoria y clasifica a la final. Tras su derrota, Keith trata de atacar a Pegasus pero es lanzado al mar.

El Duelo final es entre Yugi y Joey. Ellos prometen dar lo mejor de sí mismos y buscar la forma de salvar a sus seres queridos, comenzando así un Duelo bastante parejo.

El Duelo entre Yugi y Joey continua y ninguno cede, pero, finalmente, Yugi logra derrotar a Joey y gana el torneo. Yugi ha ganado el dinero del torneo y promete dárselo a Joey para la operación de su hermana, pero ahora se prepara para enfrentar a Pegasus.

El Duelo final entre Yugi y Pegasus da inicio. Yugi busca rescatar el alma de su abuelo y de los hermanos Kaiba, mientras que Pegasus planea obtener el Puzzle Milenario de Yugi y atrapar su alma.

Pegasus parece invencible al poder leer la mente de Yugi y saber qué cartas va a utilizar. Esto perturba a Yugi, quien no encuentra la forma de enfrentarse a las cartas "Animadas" de Pegasus.

Yugi encuentra la forma de evitar que Pegasus entre en su mente, la cual es cambiando de mentes con el espíritu del rompecabezas y sustituirse de nuevo cada vez que juegan alguna carta de tal forma que Pegasus no pueda leer sus mentes, debido a que las dos mentes no saben qué carta jugó la otra pero confían en sí mismas para batallar en el Duelo. Tras notar el cambio y su desventaja, Pegasus decide continuar el Duelo en el Reino de las Sombras.

Yugi no soporta realizar el cambio de mentes en el Reino de las Sombras, por lo que deja el Duelo al espíritu del Puzzle, pero antes deja una última carta en juego. El espíritu del Puzzle se ve acorralado una vez mas por el poder de Pegasus de leer su mente, y duda sobre cuando usar la carta que Yugi le dejó.

Gracias el apoyo de sus amigos, que bloquea el poder de Pegasus, el espíritu del Puzzle decide usar la carta que le dejó Yugi e Invocar al legendario "Mago del Caos Negro" para finalmente derrotar a Pegasus.

Yugi ha derrotado a Pegasus y le entrega el dinero del premio a Joey. Mientras tanto, Pegasus libera las almas del abuelo de Yugi y los hermanos Kaiba. Sin embargo, el espíritu maligno del Anillo Milenario de Bakura se apodera del Ojo Milenario de Pegasus. Por otra parte, un hombre misterioso, llamado Shadi, aparece frente a Yugi y entra en su mente con el fin de averiguar quién robó el Ojo, pero solo se encuentra con trampas puestas por el espíritu del Puzzle.

Una niña llamada Rebecca Hawkins acusa a Solomon Moto de haber robado su carta "Dragón Blanco de Ojos Azules", por lo cual lo reta a un Duelo. En nombre su abuelo, Yugi acepta el desafío de Rebecca y comienzan un Duelo que es muy familiar para el señor Moto.

Mientras el Duelo de Rebeca y Yugi continúa, el señor Moto cuenta cómo, hace varios años en una excavación arqueológica en Egipto, quedó atrapado en un derrumbe con su amigo Arthur Hawkins, y, para pasar el tiempo, mantuvieron un Duelo de Monstruos, que era exactamente el mismo Duelo que mantenían Rebecca y Yugi. Luego, tras ser rescatados, Arthur le dio su "Dragón Blanco de Ojos Azules" a Solomon como un símbolo de su amistad. Yugi decide rendirse en el Duelo y Rebecca reclama su carta, pero su abuelo Arthur aparece y le enseña a Rebeca que Yugi en realidad no había sido el perdedor. Yugi le regala su carta "Lazos de Amistad" a Rebecca como un nuevo símbolo de amistad.

Seto Kaiba prueba uno de sus nuevos juegos virtuales llevando su mente a un mundo virtual, pero los socios de su compañía han modificado el programa y Kaiba es raptado en el mundo virtual. Mokuba acude a Yugi por ayuda, quien, junto a Joey y Mokuba, viaja al mundo virtual.

En el mundo virtual, Yugi y los demás se encuentran con Mai y continúan la búsqueda de Seto Kaiba, llegando a un reino en donde la princesa les dice cómo llegar al castillo en donde se encuentra Kaiba.

Mokuba se infiltra en el castillo volador y rescata a su hermano Seto. Mientras tanto, Yugi, Mai y Joey llegan al castillo, pero el programa es modificado y "Dragón de Cinco Cabezas" aparece ante ellos y sólo pueden enfrentarlo con monstruos de Tipo Dragón. Mai, Mokuba y Joey son derrotados por el Dragón, pero Yugi y Seto Kaiba se combinan para derrotarlo.

Una nueva tienda de juegos es abierta por un chico popular entre las chicas llamado Duke Devlin, a quien Joey reta a un Duelo. Duke acepta el Duelo pero con la condición de usar cartas nuevas porque él no tiene una baraja propia. Joey acepta pero inesperadamente es derrotado y se convierte en el perro de Duke. Yugi reta a Duke para salvar a su amigo; Duke acepta, pero el duelo será uno de Dados de Monstruos

Yugi tiene que enfrentarse a Duke en el Duelo de Dados de Monstruos sin conocer bien las reglas, por lo que va siendo dominado en su totalidad por Duke Devlin. Si Duke gana, Yugi deberá dejar de batirse en Duelos.

Poco a poco, Yugi va aprendiendo a perfeccionar su forma de juego en el Duelo de Dados de Monstruos. Duke menciona que fue él quien creó este juego y no puede creer que alguien haya derrotado a Pegasus, por lo que considera que Yugi es un tramposo

Tras mucho esfuerzo, Yugi consigue Invocar a "Mago Oscuro" y logra derrotar a Duke Devlin en su propio juego, liberando a Joey de estar al servicio de Devlin. Duke se disculpa con Yugi y sus amigos por sus acciones, y comprende que Yugi sí derrotó a Pegasus

Un hombre misterioso roba el rompecabezas de Yugi, por lo que éste debe enfrentarlo sin la ayuda de Yami Yugi. Más tarde, Yugi descubre que aquel misterioso hombre es el Bandido Keith.

Keith está siendo controlado por alguien que desea el poder del faraón, ordenándole destruir el Puzzle Milenario. El espíritu del Anillo Milenario de Bakura aprovecha el momento y oculta parte de su energía en una de las piezas del Puzzle

Una exposición egipcia es llevada a cabo y una mujer misteriosa contacta con Seto Kaiba para hablarle del pasado y lo que está por venir. La mujer, de nombre Ishizu, le entrega a Kaiba una carta llamada "Obelisco el Atormentador", la cual es una de las tres cartas de Dios Egipcio.

Téa trata de ayudar a Yami Yugi a averiguar algo sobre su origen, pero, durante su búsqueda, tienen un altercado con un tipo llamado Johnny Steps, quien solo hace trampas y huye de los Duelos en los que ve que no puede ganar. Sin embargo, Téa y Yami Yugi se encargan de darle una lección.

Ishizu le revela a Yami Yugi que él fue un antiguo faraón que salvó al mundo de su destrucción y que, para saber más sobre su pasado, debe enfrentar a Seto Kaiba. Mientras tanto, Seto Kaiba, quien ha probado el poder de "Obelisco", realiza un torneo de Duelo de Monstruos con nuevas reglas. Una de ellas es que el perdedor deberá dar su carta más rara al ganador, con el fin de encontrar las dos cartas de Dios Egipcio que le faltan.

Joey encuentra la forma de entrar al torneo de Seto Kaiba, pero, cuando se dirige al hospital para estar en la operación de su hermana, se topa con los Cazadores Raros, quienes lo obligan a tener un Duelo bajo las reglas de Ciudad Batallas. El Cazador Raro derrota a Joey tras usar a "Exodia" y se lleva su "Dragón Negro de Ojos Rojos"

El torneo de Ciudad Batallas ha dado inicio. Joey encuentra al Cazador Raro llamado Seeker y trata de recuperar a su "Dragón Negro de Ojos Rojos". Sin embargo, Seeker reta a Yugi, quien decide que recuperará al "Dragón" de Joey. Joey trata de advertirle a Yugi lo que esconde el Cazador Raro, pero Seeker amenaza con destruir la carta si lo hace.

Yugi consigue derrotar a Seeker, evitando que use a "Exodia", y recupera el "Dragón Negro de Ojos Rojos de Joey, pero éste no lo acepta y prefiere que su carta esté en el Deck de Yugi. Seeker es controlado por su amo, el cual se presenta ante Yugi y Joey como Marik, diciendo que planea obtener las cartas de Dios Egipcio y el poder del faraón.

Joey tiene su primer Duelo en Ciudad Batallas contra un sujeto llamado Espa Roba, el cual hace creer que utiliza P.E.S. y puede saber qué cartas tiene su adversario. Joey logra desenmascararlo pero su problema más grande empieza cuando Roba Invoca a su Carta de Monstruo más poderosa, "Jinzo".

Joey parece perder la esperanza de ganar el Duelo contra Roba, pero Téa le dice que su hermana Serenity está viendo el Duelo y lo está apoyando. Al saber esto, Joey encuentra la forma de derrotar a Roba y ganar su Carta de Monstruo más rara, "Jinzo".

Yugi comienza un nuevo duelo contra Arkana, otro de los Cazadores Raros al servicio de Marik, quien también tiene un "Mago Oscuro" en su Deck y planea ganar el de Yugi. Además, la mente del perdedor del Duelo se irá al Reino de las Sombras.

El Duelo entre Yugi y Arkana continúa, logrando los dos Invocar a sus "Mago Oscuro" en el Campo. Arkana le cuenta a Yugi que debe derrotarlo para poder reencontrase con su amor perdido, tal y como se lo prometió Marik.

Arkana les ha faltado el respeto a sus monstruos, y su "Mago Oscuro" hace lo posible para ponerse en su contra. Yugi usa a su "Chica Maga Oscura" y logra derrotar a Arkana. Marik controla la mente de su cazador y le indica a Yugi que tiene otro Cazador Raro preparado para derrotarlo, y éste tiene una carta de Dios Egipcio en su baraja.

Joey es víctima de una trampa de Weevil Underwood, quien logra meter una carta "Parásito" en su Deck para obtener ventaja en su Duelo, y las cosas se ponen más difíciles cuando Weevil logra perfeccionar a su "Gran Moth".

Joey logra derrotar al "Gran Moth" de Weevil, pero éste Invoca a su carta más rara, "Reina Insecto". Sin embargo, Joey recuerda el motivo por el cual pelea y encuentra la forma de derrotar a Weevil y obtener su carta más rara.

Yugi se enfrenta a uno de los sirvientes de Marik conocido como "El Silencioso", que es controlado por el propio Marik mientras se acerca a Ciudad Batallas.

El Silencioso logra Invocar a su carta de Dios Egipcio, "Slifer el Dragón del Cielo", que se hace más poderoso de acuerdo al número de cartas que su poseedor tiene en la mano. Yugi no puede hacer mucho, ya que su adversario también posee una defensa perfecta.

Seto Kaiba llega al lugar del Duelo entre Yugi y el Silencioso, ya que desea la carta de Dios Egipcio. Yugi encuentra una falla en la estrategia de Marik y logra hacer que su sirviente se quede sin cartas, por lo que pierde el Duelo. Yugi obtiene a "Slifer" y Kaiba inmediatamente lo desafía, pero Marik planea hacerle daño a los amigos de Yugi, quien corre en su búsqueda.

Yugi y Kaiba derrotan a dos Cazadores Raros llamados Lumis y Umbra de forma fácil. Mientras tanto, Joey comienza su siguiente Duelo enfrentándose a Mako Tsunami, sin darse cuenta de que los hombres de Marik están al acecho. Marik y Bakura hacen una alianza para obtener los siete Objetos Milenarios y las tres cartas de Dios Egipcio.

Joey logra derrotar a Mako Tsunami y obtiene sus cartas más raras y dos cartas localizadoras, completando las 6 que le dan un puesto entre los ocho finalistas. Mientras tanto, Marik y Bakura se alían para conseguir sus objetivos.

Los Cazadores Raros de Marik raptan a Joey, Téa y Mokuba. Lumis y Umbra desafían a Yugi y Seto Kaiba a un nuevo Duelo Doble, si es que quieren rescatar a sus amigos, pero los perdedores caerán al Reino de las Sombras.

Lumis y Umbra demuestran tener grandes habilidades en los Duelos en Equipo y planean ganar las cartas de Dios Egipcio de Kaiba y Yugi. Por otra parte, Kaiba no quiere luchar en equipo y planea ganar el Duelo solo.

Yugi y Kaiba poco a poco van acoplándose para trabajar en equipo, mientras que el equipo de Lumis y Umbra comienza a tener problemas. Aun así, Lumis logra Invocar a un monstruo poderoso que puede darles la victoria. Mientras tanto, Téa ayuda a Mokuba a escapar de los Cazadores Raros. Sin embargo, Marik comienza su siguiente plan, controlando la mente de Joey.

Gracias al Duelo en Equipo, Kaiba logra Invocar a "Obelisco el Atormentador" y obtiene la victoria que les da, a él y a Yugi, un lugar entre los 8 finalistas. Mokuba, quien escapó gracias a Téa, lleva a Yugi al lugar en donde la tienen atrapada junto con Joey.

Mientras viajan al lugar donde se encuentran Téa y Joey, Yugi le cuenta a Kaiba quién es Marik

Marik controla la mente de Joey y lo pone en un Duelo contra Yugi, donde Joey, Téa y Yugi están expuestos al peligro. Tristán y Serenity llegan a Ciudad Batallas, pero los Cazadores Raros están tras ellos.

Yugi decide luchar sin ayuda de Yami Yugi para ayudar a Joey a recuperar el control de su mente, y comienza enseñándole su "Dragón Negro de Ojos Rojos", el que hace que Joey luche por recuperar su mente. Yugi finalmente recurre a entregarle a Joey su Puzzle Milenario. Por otra parte, Tristán y Serenity logran escapar de los cazadores raros gracias a la ayuda de Duke Devlin.

Yugi trata de hacer que Joey recupere su mente recordándole algunos momentos del pasado. Tristán, Serenity, Duke y Mai llegan al lugar del Duelo, en el cual Joey parece estar a punto de ganar y enviar a Yugi al fondo del mar.

Joey logra romper el control de Marik sobre su mente, pero Yugi decide perder el Duelo. Sin embargo, Joey realiza un último movimiento para perder el Duelo también y salvar a Yugi; Serenity se quita la venda de sus ojos y rescata a su hermano Joey.

Siguiendo el plan de Marik, Bakura entra al torneo de Ciudad Batallas y derrota a Bonz, enviándolo, junto con Sid y Zygor, al Reino de las Sombras, y consiguiendo las cartas localizadoras suficientes para ser finalista en el torneo.

Mai se enfrenta a una estrella de Hollywood llamada Jean-Claude Magnum, el cual quiere casarse con Mai, pero, al no poder derrotarla, decide llevársela por la fuerza. Sin embargo, Joey se encarga de rescatarla.

Finalmente, se conoce a los ocho finalistas: Yugi Moto, Joey Wheeler, Mai Valentine, Seto Kaiba, Marik (bajo el nombre de Namu), Odion (bajo el nombre de Marik), Ishizu Ishtar y Bakura. Los finalistas abordan una nave en la que se llevarán a cabo las finales.

El primer Duelo de las finales es entre Yugi y Bakura, quien rápidamente revela ser el espíritu del Anillo Milenario

Bakura domina el Duelo gracias a sus poderosas Mágicas sin la necesidad de usar monstruos, pero Yugi encuentra la forma de revertir la situación y poner el Duelo parejo. Sin embargo, Bakura saca una carta que parece ser la que le dará la victoria.

Bakura está a punto de ganar el Duelo, pero Yugi, como última alternativa, Invoca a su carta de Dios Egipcio "Slifer el Dragón del Cielo". Marik le ordena al espíritu del Anillo abandonar el cuerpo de Bakura para que Yugi no ataque; sin embargo, el espíritu decide no abandonarlo ya que necesita de Bakura para existir. De esta manera, Yugi lanza su ataque y gana el Duelo.

Shadi aparece en la nave donde se llevan a cabo las finales y le cuenta a Yugi cómo Maximilion Pegasus creó las tres cartas de dioses egipcios, pero, al no ser capaz de controlar su enorme poder, tuvo que sellarlas.

El segundo Duelo de las finales es entre Joey y "Marik", quien, en realidad, es Odion, uno de sus Cazadores Raros. Durante el Duelo, Joey descubre que Odion solo maneja Mágicas y Trampas; sin embargo, Odion le demuestra lo contrario cuando usa Trampas que funcionan como monstruos.

Joey se las arregla para derrotar a las trampas-monstruo de Odion, y logra Invocar a sus poderosos monstruos obtenidos durante el torneo, con lo que logra poner parejo el Duelo. Sin embargo, el Duelo de nuevo se pone a favor de Odion cuando Invoca a un terrible y poderoso monstruo, además de tener a su carta de Dios Egipcio, "El Dragón Alado de Ra", sellada en el cofre del "Templo de los Reyes".

Odion recuerda su pasado y cómo juró proteger a Marik antes de ser iniciado como cuidador de tumbas. Odion está a punto de ganar el Duelo, pero, cuando Joey lo cuestiona de ser Marik, el verdadero Marik le ordena a Odion derrotar a Joey usando a "El Dragón Alado de Ra" para que se convenzan de su identidad.

El verdadero "El Dragón Alado de Ra" muestra su furia cuando Odion usa a un falso "Dragón", ocasionando que un rayo caiga sobre Odion y Joey. Gracias al apoyo de sus amigos, Joey se pone en pie antes que Odion y es declarado ganador del Duelo. Tras la derrota de Odion, la parte malvada se apodera por completo de Marik y su identidad queda al descubierto.

El siguiente Duelo es entre Mai Valentine y Marik. En un principio, Mai parece poder hacerle frente a Marik; sin embargo, éste decide llevar el Duelo al Reino de las Sombras, donde, a medida que un monstruo va siendo destruido, su dueño pierde de su mente a una persona en la que piensa.

Mai pierde de su memoria a algunos de sus amigos, pero Yami Yugi interviene para motivarla en el Duelo. El Duelo toma un giro inesperado cuando Mai le quita "El Dragón Alado de Ra" a Marik y logra Invocarlo. Sin embargo, en vez del "Dragón", aparece una enorme esfera.

Marik recita un antiguo texto para controlar a "El Dragón Alado de Ra". Joey trata de proteger a Mai y logra romper la magia de Marik, que impedía que Mai recordara. Marik ordena a su "Dragón" atacar, pero Yugi se pone enfrente, recibiendo el impacto; como ganador del Duelo, Marik envía la mente de Mai al Reino de las Sombras.

Ishizu se presenta como la octava finalista y revela ser la hermana mayor de Marik. Seto Kaiba e Ishizu inician su Duelo. Gracias a su Collar Milenario, Ishizu predice que va a ganar este Duelo.

Seto Kaiba logra Invocar a "Obelisco el Atormentador", pero, gracias al Collar Milenario, Ishizu está preparada para destruirlo. Sin embargo, el Cetro Milenario de Marik tiene una reacción, y le muestra una visión a Seto Kaiba, dándole a conocer que debe ganar usando el "Dragón Blanco de Ojos Azules". Kaiba cambia el futuro que vio Ishizu y sacrifica a "Obelisco" para usar a su "Dragón" y ganar el Duelo.

Ishizu les cuenta a Yugi y los demás cómo la parte oscura creció dentro de Marik cuando era niño, rebelándose a ser cuidador de tumbas y esperar la llegada del faraón. La parte oscura de Marik quiere deshacerse de Odion, pero Bakura, poseído por el espíritu del Anillo, se opone, junto con el espíritu del verdadero Marik.

Un Duelo de Sombras entre la parte malvada de Marik y Bakura con la ayuda del espíritu del verdadero Marik da inicio. A medida que van perdiendo puntos, su cuerpo va desapareciendo.

Gracias a los efectos ocultos de "El Dragón Alado de Ra", la parte malvada de Marik gana el Duelo. Sin embargo, el espíritu del verdadero Marik logra ocultarse en la mente de Téa, mientras que Bakura se oculta en el Puzzle Milenario de Yugi.

La nave de Kaiba es atraída hacia una fortaleza acuática, donde un niño llamado Noah y los ejecutivos que Kaiba despidió quieren vengarse de Seto Kaiba, llevándolos a un mundo virtual donde buscan derrotar a Kaiba, Yugi y los demás para regresar al mundo real con sus cuerpos.

Yugi y sus amigos son separados en el mundo virtual para que los cinco grandes tengan más facilidad al enfrentarlos. Gansley, uno de los Cinco Grandes, adopta la forma del Monstruo de Duelo "Guerrero del Mar Profndo" para enfrentar a Yugi, quien usa a "Kuriboh" como su carta maestra.

Noah se encarga de mostrarle a Seto y Mokuba su pasado y cómo fueron adoptados por Gozaburo Kaiba. Por otra parte, Yugi continúa su Duelo contra Gansley, quien está muy cerca de la victoria y de obtener el cuerpo de Yugi.

Con la ayuda de "Kuriboh", Yugi logra derrotar a Gansley y parte en búsqueda de sus amigos. Gracias a un extraño pingüino, Téa escapa de un grupo de varios "Gigante Hitotsu-Me", los cuales la tenían prisionera.

Téa es guiada por un grupo de pingüinos hacia Crump, uno de los Cinco Grandes, quien ha adoptado la forma del monstruo "Pingüino de Pesadilla". Téa elige a "Chica Maga Oscura" como su carta maestra e inicia un Duelo contra Crump

Seto y Mokuba siguen recordando su pasado junto a Gozaburo Kaiba. Gracias a la ayuda de "Chica Maga Oscura", "Mago Oscuro" se transporta desde el Deck de Yugi al de Tèa quien de esta forma logra derrotar a Crump y reunirse con Yugi.

Joey tiene que enfrentarse contra Johnson, uno de los Cinco Grandes, quien adopta la forma de su carta maestra, "Juez". Por su parte, Joey elige a "Espadachín de la Llama" como su carta maestra. Yugi y Téa llegan al lugar donde Joey mantiene su Duelo contra Johnson, pero las cosas no lucen muy favorables para Joey.

Durante el Duelo, Johnson altera el programa virtual para hacer trampa a Joey. Al darse cuenta de esto, Noah interviene y trata de deshacerse de Johnson, pero Joey decide que quiere derrotarlo y, finalmente, lo logra. Al enterarse de que su hermana Serenity puede estar en peligro, Joey corre a buscarla.

Tristán, Duke y Serenity se enfrentan a Nezbitt, uno de los Cinco Grandes, que toma la forma de "Caballero Robótico", y muestra sus habilidades usando monstruos Máquina. Para proteger a Serenity, Tristán Sacrifica a su carta maestra y es derrotado, cayendo hacia un mar de lava.

Yugi, Joey y Téa llegan para brindarle apoyo a Duke y Serenity, quienes, gracias a la última carta que Tristán dejó boca abajo, logran derrotar a Nezbitt. Sin embargo, éste se apodera del cuerpo de Tristán y se marcha. Mientras tanto, un misterioso mono ha sido creado por la base de datos del programa virtual.

Utilizando el cuerpo de Tristán, Nezbitt ataca a Seto Kaiba pero, gracias a la ayuda de Tristán en el cuerpo de un pequeño mono, no logra su cometido. Sin embargo, Nezbitt toma a Mokuba y lo lleva con Noah. Seto lo persigue pero su camino es bloqueado por Leichter, el último de los Cinco Grandes, quien ha adoptado la forma de "Jinzo" para enfrentar a Kaiba.

Leichter cuenta cómo Seto Kaiba, con ayuda de los Cinco Grandes y Mokuba, logró apoderarse de la compañía de Gozaburo Kaiba. Seto logra Invocar a "Dragón Blanco de Ojos Azules" para destruir el "Cañón Satélite" de Leichter y ganar el Duelo, mientras que Noah planea enseñarle a Mokuba lo que es una verdadera familia.

El plan de Noah da comienzo para poner a Mokuba en contra de su hermano Seto, y revela ser el hijo legítimo de Gozaburo Kaiba y hermanastro de Seto y Mokuba. Por otra parte, cuatro de los Cinco Grandes tratan de tomar los cuerpos de Joey, Serenity y Duke a la fuerza, pero Noah se deshace de ellos.

Los Cinco Grandes se reúnen dentro del cuerpo de Tristán para tener un Duelo contra Yugi y Joey, donde los cinco van rotando sus turnos. Por otra parte, Seto Kaiba anda en busca de su hermano Mokuba y se cuestiona si realmente Noah es quien dice ser, ya que tiene el mismo aspecto que hace seis años.

El Duelo de Yugi y Joey contra los cinco grandes en el cuerpo de Tristán continúa. Yugi y Joey parecen recuperarse y tomar el control del Duelo, pero las cosas parecen estar a punto de tomar otra giro, ya que Leichter, quien domina el cuerpo de Tristán en el momento, ha sacado una Carta de Ritual que parece ser la más poderosa de todo su Deck.

Los Cinco Grandes combinan sus cinco cartas maestras creando a "Dragón de Cinco Cabezas", pero Yugi y Joey juntan sus dos cartas maestras para usar a "Caballero del Espejismo" con el cual derrotan a "Dragón de Cinco Cabezas." Sin embargo, una vez éste es destruido, aparece "Dragón Berserker" con el cual parece que los Cinco Grandes ganarán el Duelo. Joey otorga el poder necesario a "Mago Oscuro" de Yugi y lo convierte en "Caballero Oscuro", lo suficientemente poderoso para ganar el Duelo. Noah, molesto con los cinco grandes, se deshace de ellos de una vez por todas y planea hacerse cargo él mismo.

Noah, finalmente, aparece frente a Seto Kaiba y le revela que hace tiempo fue víctima de un accidente, el cual dejó su cuerpo totalmente inservible. Debido a esto, su padre conectó su mente a una computadora. Noa quiere obtener el cuerpo de Seto y apoderarse de su compañía, para lo que debe derrotarlo en un Duelo.

Durante su Duelo con Seto Kaiba, Noa recuerda cómo su padre lo mantuvo vivo mediante un programa virtual, en un mundo donde todo parecía real pero no lo era. Seto toma el control del Duelo y está listo para ganar, pero Mokuba aparece y se pone frente a Kaiba para proteger a Noah.

Con la ayuda de Yugi y Kaiba, Mokuba logra romper el control mental que tenía Noah sobre él. Kaiba usa a su "Dragón Blanco de Ojos Azules" para destruir "El Arca de Shinato" de Noah, pero, tras destruirse, aparece "Shinato, Rey de un Plano Superior", con el que Noah se Fusiona y convierte en piedra a Seto y Mokuba. Yugi decide tomar el lugar de Kaiba en el Duelo, con los pocos LP que le quedan, y enfrentarse a Noah.

Yugi muestra una pequeña recuperación, a tal punto que Noah tiene que separarse de Shinato. Sin embargo, Noah continúa aumentando sus LP ante los pocos LP que le quedan a Yugi. Noah se molesta debido al apoyo de los amigos de Yugi y decide comenzar a convertirlos en piedra en cada uno de sus turnos.

Conforme avanza el Duelo, Noa convierte en piedra a todos los amigos de Yugi, quien sólo tiene 100 LP contra los 10000 de Noah. Sin embargo, al entrar en una de las habitaciones de su mente, Yugi encuentra el apoyo de todos sus amigos, quienes le brindan una carta cada uno para que Yugi realice la última jugada. Gracias a esto, Yugi logra usar a los tres "Dragón Blanco de Ojos Azules" de Seto Kaiba para atacar directamente a los LP de Noah y obtener la victoria.

Tras la derrota de Noah, los amigos de Yugi regresan a la normalidad. Sin embargo, el rostro de Gozaburo Kaiba aparece en el cielo virtual y revela ser quien está detrás de todo. Noa lleva a Yugi y los demás hacia la salida del mundo virtual, pero todo resulta ser una farsa y, tomando el cuerpo de Mokuba, regresa al mundo real.

Noa programa un satélite para destruir el mundo virtual donde están Yugi y los demás, pero, al recordar el vínculo creado con Mokuba, se arrepiente y trata de detener el satélite. Sin embargo, la computadora ha sido destruida por Marik y no puede detenerlo. Por otra parte, Seto Kaiba se enfrenta a Gozaburo Kaiba, quien Invoca a su poderoso monstruo, llamada "Exodia Necross", que parece ser invencible gracias a sus efectos.

Con la ayuda de Noah, los amigos de Yugi logran regresar al mundo real, pero, en el mundo virtual, Gozaburo Kaiba ha sido derrotado por Seto. Debido a esto, trata de tomar su cuerpo por la fuerza. Sin embargo, Seto es ayudado por Yugi y juntos logran regresar al mundo real, mientras que Noah le devuelve su cuerpo a Mokuba y regresa al mundo virtual para evitar que Gozaburo escape de este mundo, que, finalmente, es destruido. Seto decide que este incidente ha sido una pérdida de tiempo y pone su nave en marcha hacia el lugar donde se realizarán las finales del torneo de Ciudad Batallas.

La nave Kaiba llega a la isla donde se encuentra la torre en la que se realizarán las finales. Para decidir los Duelos de la semifinal, Kaiba, Marik, Yugi y Joey tienen un Duelo entre los cuatro, donde los dos primeros en perder sus LP se enfrentarán, al igual que lo harán quienes queden con puntos. Inmediatamente, Kaiba lanza un ataque directo a Joey, pero Yugi uSa una de sus cartas para protegerlo.

Seto Kaiba cuestiona las habilidades de Joey, diciendo que está en las finales sólo gracias a que Yugi lo ha protegido, por lo que Joey le pide a Yugi que no lo ayude. Joey se asegura de mantener sus puntos equilibrados con los de Marik para poder enfrentarlo y recuperar la mente de Mai, mientras que Kaiba también busca la forma de enfrentar a Yugi.

Joey realiza una estrategia para lograr quitarle todos los LP a Marik, y luego se asegura de ser el siguiente perdedor; de esta forma, el primer Duelo de las semifinales será entre Joey y Marik, mientras que el otro Duelo semifinal será entre Yugi y Seto Kaiba.

El primer Duelo de semifinales es entre Joey y Marik. Rápidamente, Marik lo convierte en un Duelo de las Sombras, en el que ambos Duelistas son conectados a sus monstruos para sentir el daño que reciben y perder energía a medida que sus monstruos son atacados; sin embargo, Joey no está dispuesto a retroceder, ya que desea recuperar a Mai.

Marik crea una estrategia para quitarle LP y cartas a Joey conforme avanza el Duelo, pero Joey logra recuperarse y romper la estrategia de Marik. Sin embargo, todo cambia y se vuelve confuso para todos cuando Marik Invoca a un poderoso monstruo llamado "Golem de Lava" del lado de los monstruos de Joey.

Cuando Joey logra revertir la situación del Duelo, Marik logra Invocar a "El Dragón Alado de Ra" en el Campo y usa su efecto para transformarlo en su "Modo Fénix", con el cual, a pesar de tener 0 ATK y DEF, puede desintegrar a cualquier monstruo; mientras tanto, Ishizu se ofrece a cuidar a Mai para que Serenity vaya a apoyar a su hermano.

Joey recibe el ataque de "El Dragón Alado de Ra" y, aunque este monstruo no posee puntos de ATK, el daño físico que Joey recibe es muy grande. A pesar de esto, Joey se mantiene en pie y trata de dar su último ataque para obtener la victoria, pero no logra resistir mucho y pierde el conocimiento, por lo que Marik es declarado ganador. Por otra parte, Yugi y Kaiba se preparan para el siguiente Duelo semifinal.

Finalmente, el Duelo entre Yugi y Seto Kaiba da inicio. Con su tecnología, Kaiba crea un holograma de un antiguo coliseo romano para obtener su anhelado Duelo con Yugi. Desde el principio, Kaiba trata de Invocar a su carta de Dios Egipcio, pero Yugi no se lo permite y, utilizando las propias estrategias de Kaiba, Yugi logra poner su carta de Dios Egipcio en su mano.

Yugi logra Invocar a su trío de caballeros ("Escolta del Rey", "Escolta de la Reina" y "Escolta de la Sota"), que son Sacrificados para ser el primero en Invocar a su carta de Dios Egipcio, "Slifer el Dragón del Cielo". Sin embargo, Kaiba también logra completar su sacrificio de tres monstruos para Invocar a su propio Dios Egipcio, "Obelisco el Atormentador". La batalla de los dioses ha comenzado.

Un impresionante Duelo entre Yugi y Kaiba tiene lugar y es emitido a través del mundo. Ambos utilizan al máximo sus habilidades y estrategias para proteger a sus monstruos Dios Egipcio, pero, finalmente las dos bestias, que tienen el mismo poder, chocan sus poderosos ataques, los cuales hacen estremecer todo a su alrededor.

Tras el choque de los Dioses Egipcios, Yugi y Kaiba tienen una visión compartida de la batalla antigua que se libró entre el faraón y su hechicero hace 5000 años. De regreso al Duelo, los dos Dioses Egipcios se han destruido entre sí, pero Kaiba y Yugi continúan el Duelo, Onvocando a sus monstruos más fieles, "Dragón Blanco de Ojos Azules" y "Mago Oscuro". Sin embargo, Kaiba logra, además, revivir a su Dios Egipcio, "Obelisk el Atormentador", y está cerca de obtener la victoria.

Mientras Joey lucha en sus sueños, el Duelo entre Yugi y Kaiba continúa. Kaiba logra Invocar a sus tres "Dragón Blanco de Ojos Azules" y parece tener la batalla ganada, pero, gracias al apoyo de Joey, Yugi encuentra la forma de detenerlo, Invocando al "Dragón Negro de Ojos Rojos" que Joey le dio.

Joey despierta y se entera de lo sucedido al final de su Duelo con Marik, mientras que el Duelo entre Kaiba y Yugi está llegando a su final, cuando ambos Duelistas juegan con solo tres cartas de su elección en su Deck. Kaiba usa su última estrategia Fusionando a sus tres "Dragón Blanco de Ojos Azules", mientras que Yugi Fusiona a "Mago Oscuro" y "Buster Blader" para crear a "Paladín Oscuro" y, finalmente, anulando la Fusión de los tres Dragones de Kaiba, Yugi obtiene la victoria del Duelo.

Tras su derrota, Seto Kaiba le entrega su carta de Dios Egipcio a Yugi y trata de irse del lugar, pero Joey lo detiene y lo reta a un Duelo para decidir quién queda en tercer lugar en el torneo. Kaiba acepta, ya que quiere callar a Joey, y los dos comienzan su Duelo, mientras que el verdadero Marik, que se oculta en el cuerpo de Téa, ha decidido que es hora de intervenir en los planes de su parte malvada

La parte buena de Marik, que sobrevive en la mente de Téa, confronta al Marik malvado, pero no logra hacer mucho y está a punto de ser enviado al Reino de las Sombras, hasta que Ishizu y el faraón intervienen. A pesar de esto, la parte buena de Marik se encuentra muy débil y desaparece por completo. En el Duelo entre Kaiba y Joey, este logra demostrarle sus habilidades a Kaiba, pero todo cambia cuando Kaiba revive a su "Dragón Blanco de Ojos Azules".

Seto Kaiba derrota a Joey y trata de abandonar la torre sin importarle nada más respecto al torneo, pero Ishizu y Mokuba logran interceder para que Kaiba le diga a Yugi la forma en la que puede derrotar a Marik. Finalmente, Kaiba deja de lado su obstinación y se dirige a la cima de la torre, donde le entrega a Yugi una carta con la cual cree que Yugi podrá derrotar a Marik.

Habiendo recibido la carta de Seto Kaiba, Yugi comienza su Duelo contra Marik, quien, rápidamente, lo convierte en un Duelo de las Sombras, en el que, a medida que Yami Yugi va perdiendo LP, Yugi va desapareciendo. Así mismo, cuando Marik pierde puntos, el verdadero Marik irá desapareciendo. Yami Yugi logra Invocar a "Slifer", pero Marik no tarda demasiado en Invocar a "El Dragón Alado de Ra".

"El Dragón Alado de Ra" destruye con facilidad a "Slifer el Dragón del Cielo" y Marik obtiene la oportunidad de terminar con el Duelo, pero, gracias a la carta "Santuario del Demonio" que Kaiba le dio a Yugi, este logra evitarlo y, al mismo tiempo, consigue Invocar a "Obelisco el Atormentador", con el cual lanza un ataque directo a los LP de Marik.

Marik crea un clon indestructible de "Obelisco el Atormentador" y, poco a poco, va quitándole LP a Yugi. Utilizando el cuerpo de Téa, el verdadero Marik le dice a Yugi que no se preocupe por él y destruya a su parte malvada. Sin embargo, el Marik malvado está a punto de resucitar a "El Dragón Alado de Ra". Mientras tanto, Odion finalmente despierta.

Marik Invoca a "El Dragón Alado de Ra" en "Modo Fénix", pero Yugi consigue Sacrificar al clon de "Obelisco" de Marik, para darle una infinidad de poder a su "Obelisco" real. Sin embargo, Marik realiza una última jugada para sobrevivir al ataque de "Obelisco". Yugi Sacrifica a "Obelisco" para poner en el Campo a "Mago Oscuro" y "Chica Maga Oscura" para poder usar la carta "Ragnarok", pero se ve frustrado al tener que acabar con la parte buena de Marik. En ese momento, Odion hace su aparición.

Gracias a la intervención de Odion, Marik logra retomar el control de su cuerpo cambiando de lugar con su parte maligna, mientras que Yugi usa "Ragnarok" logrando que todos sus monstruos destruyan a "El Dragón Alado de Ra". Finalmente, el Marik bueno renuncia al Duelo terminando con su último LP y con el Marik malvado. Yugi es declarado campeón del torneo y obtiene a "El Dragón Alado de Ra", por lo que logra tener en su poder a los tres Dioses Egipcios. Marik también le da a Yugi su Cetro y Anillo Milenarios, por lo que ya cuenta con cuatro de los siete Objetos Milenarios, tras el Collar que le dio Ishizu. Además de esto, las almas de Mai y Bakura son liberadas del Reino de las Sombras. Sin embargo, un nuevo problema aparece, ya que la torre está programada para ser detonada y la nave de Kaiba no funciona.

Queriendo dejar su pasado atrás, Kaiba destruye la isla donde se llevó a cabo la final del torneo, logrando Yugi y sus amigos escapar y regresar a casa. Yugi y sus amigos toman caminos distintos, pero Yugi y Joey todavía tienen una última prueba, en la que Joey buscará recuperar su "Dragón Negro de Ojos Rojos" enfrentándose a su amigo.

Téa y Serenity dan un paseo por Ciudad Domino recordando todos los sucesos ocurridos en el torneo de Ciudad Batallas. Episodio especial que resume la Saga de Ciudad Batallas.

Los monstruos de las Cartas de Fuelo han sido liberados por todo el mundo y la compañía de Kaiba no tiene nada que ver. Tres misteriosos motociclistas roban las cartas de Dioses Egipcios y guían a Yugi a un Duelo con un hombre llamado Gurimo, quien usa una Mágica muy antigua y poderosa llamada "El Sello de Oricalcos", que brinda más poder a los monstruos, pero, además, el ganador del Duelo reclamará el alma del perdedor y todo empeora cuando Gurimo Invoca a "Obelisco el Atormentador".

Yugi logra derrotar a Gurimo, pero este les entrega la carta de "Obelisco el Atormentador" a los motociclistas, quienes escapan con los tres Dioses Egipcios. Con su derrota, el alma de Gurimo es atrapada por "El Sello de Oricalcos". El profesor Arthur Hawkins visita a Yugi para informarle que la liberación de los monstruos tiene que ver con él.

Yugi recibe una invitación de Maximilion Pegasus, quien desea hablarle acerca de quién está detrás del fenómeno de los Monstruos de Duelo vagando alrededor del mundo. Para ello, Yugi decide viajar junto a sus amigos, además de Weevil Underwood y Rex Raptor, quienes se infiltran en el viaje. Por otra parte, Pegasus se comunica con Seto Kaiba y lo reta a un Duelo, el cual Kaiba se ve obligado a aceptar para proteger su compañía.

Seto Kaiba arriba al Reino de los Duelistas donde comienza su Duelo contra Pegasus, quien usa sus viejas estrategias con cartas "Toon". Sin embargo, esto no resulta ser suficiente para derrotar a Kaiba, quien destruye la estrategia de Pegasus. Tras ver su estrategia arruinada, el adversario de Kaiba resulta ser un impostor disfrazado de Pegasus; se trata de Alister, quien usa "El Sello de Oricalcos" para aumentar los riesgos del Duelo, ya que quien sea derrotado también perderá su alma.

Alister revela cómo perdió a su hermano menor y su madre debido a las acciones de Gozaburo Kaiba y ahora busca vengarse con la persona que se encuentra a cargo de la compañía. Alister toma el control total del Duelo, pero la mente de Kaiba es transportada a otro lugar donde libera a uno de los tres Dragones Legendarios, "El Colmillo de Critias", que tiene el efecto de Fusionarse con cualquier Trampa y, gracias a eso, Kaiba logra poner el Duelo a su favor. Sin embargo, Alister activa una Trampa que indica que los puntos de ATK del monstruo de Kaiba se restarán de sus LP, pero, justo antes de que Kaiba pierda, algo inusual ocurre: el Duelo finaliza de forma repentina. Alister y Kaiba terminan empatados con sus almas a salvo.

En su llegada a San Francisco, Yugi y sus amigos son atacados por una pandilla de motociclistas, pero son rescatados por otra motociclista misteriosa, y Joey cree que es Mai. Yugi y los demás llegan al cuartel general de Ilusiones Industriales en busca de Pegasus pero allí son atrapados por Mai, quien ya no es la misma de antes: ella fue la responsable de atrapar el alma de Pegasus con "El Sello de Oricalcos" y ahora planea hacer lo mismo con Joey.

Gracias a "El Sello de Oricalcos", Mai domina por completo el Duelo contra Joey. Mai revela que sentía que no estaba al mismo nivel de duelistas como Yugi y Joey, por lo que aceptó la ayuda de Valon para hacerse más fuerte gracias a "El Sello de Oricalcos". Para salvar el alma de su amiga, Joey trata de renunciar al Duelo, pero Yugi lo detiene y le indica que renunciar no es la forma correcta de salvar a Mai.

Mai continúa dominando el duelo, pero no logra terminar de derrotar a Joey, ya que este siempre encuentra la forma de proteger sus últimos LP. Finalmente, Joey es transportado al dominio de los Dragones Legendarios, en donde libera al tercer dragón, "La Garra de Hermos", con el cual planea recuperarse en el Duelo y salvar a Mai.

Gracias a su nuevo Dragón, "Hermos", Joey toma el control del Duelo, pero, al ver que Mai está a punto de perder, Valon utiliza un fragmento de la piedra Oricalcos para anular "El Sello de Oricalcos" y llevarse a Mai. Kaiba llega en busca de Pegasus pero Yugi lo pone al tanto de lo que le ha sucedido. Yugi recuerda la carta que le envió Pegasus, y la usa para acceder a una habitación especial donde un holograma de Pegasus le habla a cerca de Dartz y sus planes de destruir la humanidad con ayuda de la bestia Leviatán.

El profesor Hawkins es raptado por Rafael, quien, además, destruye su laboratorio para evitar que el profesor continúe con sus investigaciones. Rafael deja un desafío para Yugi, quien, al caer la noche, decide ir solo a donde se encuentra Rafael para enfrentarse en un Duelo.

El Duelo entre Yugi y Rafael da inicio. Desde el principio, Rafael comienza a dominar el Duelo, mientras le cuenta a Yugi cómo, desde pequeño, vivió solitario en una isla desierta pero, gracias a sus monstruos "Guardián", sobrevivió y, cuando regresó a la civilización, se dio cuenta de que el mundo no era como antes, por lo que decidió seguir el camino de Dartz. Rafael revela que no tiene intenciones de usar "El Sello de Oricalcos" y lanza un ataque letal con uno de sus monstruos "Guardián".

Yugi usa a "Timaeus" y lo Fusiona con "Chica Maga Oscura" para poner parejo el Duelo. Sin embargo, Rafael logra sellar el monstruo de Yugi y usa la carta "Intercambio" para entregar "El Sello de Oricalcos" a Yugi. Rafael le dice a Yugi que en el pasado, en realidad, fue un faraón maligno. Frustrado por las palabras de Rafael y el estar perdiendo el Duelo, Yami Yugi activa "El Sello de Oricalcos" perdiendo su conexión con Yugi.

Habiendo activado "El Sello de Oricalcos", la oscuridad se apodera de Yami Yugi y logra tomar por completo el control del Duelo, pero faltándole el respeto a sus monstruos. Al darse cuenta de lo que ha hecho, la frustración de Yugi crece y Rafael usa su carta "Guardián Eatos" para lanzar un ataque definitivo, el cual acaba con los LP de Yugi. "El Sello de Oricalcos" reclama el alma del perdedor, pero Yugi decide sacrificarse para perder su alma en lugar de la de Yami Yugi.

Weevil y Rex se van con Rafael y Alister a la guarida de Dartz, con la intención de que este los haga unos mejores Duelistas; Dartz les pone una prueba que superan y obtienen una carta de "El Sello de Oricalcos" cada uno. Mientras tanto, Seto Kaiba se entera de la derrota de Yugi a manos de Rafael y se pone en marcha.

Yami Yugi, Joey, Téa y Tristán toman un tren para ir en busca de Yugi; sin embargo, son separados por Weevil y Rex quienes planean tomar las almas de Yami Yugi y Joey. Un Duelo entre Rex y Joey da inicio al mismo tiempo que da inicio un Duelo entre Weevil y Yami Yugi. Las cosas se complican más cuando Rex y Weevil usan "El Sello de Oricalcos".

Frustrados por haber perdido la fama y el reconocimiento como grandes Duelistas, Weevil y Rex tratan de derrotar a Yami Yugi y Joey y arrebatar sus almas, con la ayuda de "El Sello de Oricalcos". Por su parte, Joey trata de recuperarse en el Duelo Invocando a su "Dragón Negro de Ojos Rojos", pero para Yami Yugi el Duelo se complica cada vez más.

Fusionando a "Hermos" y "Dragón Negro de Ojos Rojos" para crear "Espada del Dragón Negro de Ojos Rojos" junto a "Gearfried el Maestro de la Espada", Joey logra derrotar a Rex, prometiendo recuperar su alma junto a la de Yugi. Yami Yugi intenta usar a "Timaeus" pero, debido a lo ocurrido en el anterior Duelo con Rafael, el Dragón abandona a Yami Yugi. A pesar de esto, Yami Yugi encuentra la forma de derrotar a Weevil, quien también pierde su alma; sin embargo, el tren en el que viajaban Yami Yugi y Téa cae por un peñasco.

Yami Yugi y Téa despiertan en el hogar de un anciano y su nieta, los cuales tienen conocimiento acerca del faraón. El anciano conduce a Yami Yugi hasta un lugar sagrado en el cual se encuentran las almas perdidas. Finalmente, Yami encuentra el alma de Yugi, pero éste lo desafía a un Duelo, con la intención de lograr que Yami Yugi supere su oscuridad. Tras vencer esta prueba, Yami Yugi promete salvar el alma de su amigo.

Utilizando una piedra de Oricalcos, Dartz invoca a un antiguo soldado, que se bate a Duelo con Yami Yugi, quien tiene visiones de una antigua guerra entre Corazón de Acero, Chris, Timaeus y los Monstruos de Duelo contra Dartz y su ejército del Oricalcos. Corazón de acero, Chris y Sky se sacrifican para entregarle a Yami Yugi la carta de Timaeus con la cual Yami Yugi finalmente derrota al soldado de Dartz.

Mai continua buscando a Joey para terminar sus asuntos pendientes. Valon trata de ayudarla pero Mai se muestra desinteresada en trabajar en equipo. Rebeca y Duke Devlin encuentran a Mai y Valon, quien decide enfrentarlos a los dos tratando de impresionar a Mai. Valon, quien se caracteriza por tener un Deck "Armadura", consigue una victoria fácil pero, a pesar de esto, Mai sigue buscando a Joey por su cuenta. El cielo empieza a sufrir un fenómeno de luces, que indica que Leviatán está por despertar, mientras Kaiba sigue su viaje sin saber que el piloto de su avión es Alister.

Alister se ha infiltrado en el avión de Kaiba y empiezan su Duelo definitivo en el aire. Al activar "El Sello de Oricalcos", el avión sufre errores y Mokuba lucha por solucionar el problema. Con el poder del Oricalcos, Alister le muestra a Kaiba parte de lo que fue su pasado por culpa de Gozaburo. El tiempo para Kaiba se va agotando debido a que su avión esta cerca de chocar contra las montañas.

El Duelo entre Kaiba y Alister continúa. Alister Invoca su carta más poderosa, "Fortaleza Aérea Ziggurat"; sin embargo, Kaiba lo cuestiona sobre ser el verdadero responsable, por haberse permitido perder a su hermano, e, Invocando a "Dragón Blanco de Ojos Azules", destruye la carta de Alister. Finalmente, gracias a "Critias", lo derrota, y Alister pierde su alma en el Oricalcos. Con ayuda de los Dragones Legendarios, el avión aterriza a salvo. Mientras tanto, Dartz finalmente se ha apoderado de Kaiba Corp.

Dartz libera bestias por toda la ciudad para que obtengan almas para LeviatÁn. Kaiba y Yami Yugi entran a Kaiba Corp para obtener información sobre algunas imágenes antiguas, descubriendo que es Dartz quien está detrás de todo. Yami Yugi y Kaiba logran escapar de la compañía a salvo, mientras que Joey, por su cuenta, decide ir hacia Dartz tratando de salvar a Mai y Yugi.

Joey y Tristán se topan con uno de los guardianes del Oricalcos, pero Valon lo destruye y guía a Joey hasta un lugar en donde puedan mantener un Duelo. Valon quiere acabar con Joey, ya que cree que de esta manera Mai dejará a un lado sus sentimientos por él. Rápidamente, Valon toma la delantera en el Duelo con sus cartas "Armadura" y recuerda su pasado como un chico problemático que vivió su infancia en reformatorios, hasta que conoció a Dartz y el poder del Oricalcos.

Valon activa "El Sello de Oricalcos" para aumentar los riesgos de su Duelo contra Joey, recordando cómo Mai cambió su forma de pensar y la obsesión que tiene por derrotar a Joey. Valon continúa tomando ventaja en el Duelo gracias a sus cartas de "Armadura", hasta que, finalmente, Joey logra sacar su Dragón Legendario, "La Garra de Hermos".

Joey consigue destruir la armadura de Valon gracias a "Hermos", pero Valon renueva sus cartas "Armadura" y consigue destruirlo; sin embargo, Joey activa una carta "Armadura" propia, equipándola a sí mismo y comenzando una intensa pelea física, usando las cartas "Armadura" ante los ojos de Mai, quien llega para presenciar el Duelo. Joey y Valon pierden sus armaduras y deciden continuar la batalla hasta el final sin ellas.

Retomando a "Hermos", Joey fusiona a su Dragón con una de las cartas "Armadura" de Valon, quien, a su vez, se equipa con su juego de cartas "Armadura": de esta manera, los dos Duelistas realizan su último ataque, del que Joey sale vencedor y, como consecuencia del Duelo, Valon pierde su alma en el Oricalcos. Mai inmediatamente empieza un Duelo con Joey, y no tarda en activar "El Sello de Oricalcos" para hacer de este un Duelo definitivo.

El duelo entre Mai y Joey continúa. Joey sigue tratando de hacer reaccionar a Mai, quien se niega a escucharlo y sigue empeñada en acabarlo. Antes de caer, Joey le hace recordar a Mai todos los momentos por los que pasaron como amigos. Finalmente, Mai reacciona y trata de ayudar a Joey, pero es tarde y este pierde su alma en el Oricalcos. Decidida a tomar venganza, Mai parte hacia la base de Dartz pero ante ella aparece alguien que le bloquea el paso.

Yami Yugi se dirige a ver a Dartz para vengar a Joey y nota que el alma de Mai también fue sellada; mientras tanto, Téa y Tristán se encuentran con Kaiba y se dirigen al lugar donde apareció el Sello, donde Yami Yugi se encuentra a Rafael y comienzan un Duelo. Pero pronto Rafael usa "El Sello de Oricalcos", justo cuando los demás llegan.

Rafael tiene el Duelo casi ganado cuando Invoca a "Guardián Eatos", pero Yami Yugi logra salvarse Invocando a "El Ojo de Timaeus" y Fusionándolo con "Mago Oscuro" para destruir a "Eatos", pero al hacerlo es Invocada "Guardián Miedoguadaña" y Rafael destruye a sus monstruos para otorgarle poder y vencer a "Timaeus". Yami Yugi usa la carta "Círculo del Inframundo" para convencer a Rafael de su oscuridad interior.

Yami Yugi y Rafael son trasladados al pasado de este y se revelan sus inicios como servidor de Dartz y su relación con "Guardián Miedoguadaña". Después, Yami Yugi logra una estrategia para eliminar la oscuridad que se ha apoderado de Rafael devolviendo a "Guardián Eatos" al Campo; Rafael se da cuenta de lo que hizo y salva a sus monstruos perdiendo el Duelo, pero el sello no se lleva su alma porque sólo lo hace cuando hay oscuridad en aquel que lo activó.

El edificio empieza a destruirse pero aparece un helicóptero de Kaiba Corp. Rafael salva a Yami Yugi y le da un chip, en el que Kaiba descubre un mapa y se dirigen al lugar; Rafael salva a Mai y Valon y se dirige al escondite de Dartz. El Duelo entre Yami Yugi y Kaiba contra Dartz inicia; Kaiba Invoca a "Dragón de Ojos Azules Definitivo" y Yami Yugi lo Fusiona con "Soldado del Brillo Negro", pero cuando parecía que el Duelo terminaba, Dartz los traslada a la antigua Atlántida.

Dartz cuenta a Yami Yugi y Kaiba la historia de la Atlántida y de las piedras de Oricalcos y cómo esa civilización se destruyó. El Duelo continúa y Kaiba logra vencer la estrategia de Dartz, pero cuando se disponían a atacarlo, Dartz utiliza las almas de Yugi, Mai, Joey y Pegasus para protegerse.

El Duelo continúa y Dartz tiene el control gracias a su defensa con las almas de los amigos de Yugi. Finalmente, Rafael llega pero Dartz trata de confundirlo y le cuenta sus planes y las historias de los otros dos motociclistas, Alister y Valon y finalmente la historia de él. Rafael se enfurece y suelta su ira, por lo que "El Sello de Oricalcos" se activa y pierde su alma. Dartz aumenta de nuevo el poder del sello.

Finalmente, Kaiba logra destruir la última defensa de Dartz con "El Colmillo de Critias", pero cuando "Orichalcos Kyutora" se destruye, aparece "Orichalcos Shunoros". Con 20000 puntos de ATK, parece invencible y con un ataque directo vence a Kaiba y sella su alma. Con la energía de Kaiba, la bestia Leviatán está a punto de despertar. Dartz le presenta a Yami Yugi visiones sobre su pasado y sus planes para revivir a la bestia, también cuando Yugi logró armar el Puzzle Milenario logrando el regreso de las sombras y sus rivales: Kaiba y Bakura.

Yugi y Joey se encuentran antes de ser ofrecidos hacia la gran bestia. Pegasus les dice que Yami Yugi puede ganar si usa la carta que él le dio y debe liberar los poderes de los Dragones Legendarios en sus formas verdaderas. Dartz le dice a Yami Yugi que debe renunciar al Duelo y cuando está a punto de rendirse empieza a recordar a sus amigos, así logra sacar la carta que Pegasus le dio, "Leyenda del Corazón", y así logra liberar a "Caballero Legendario Timaeus", "Caballero Legendario Sir Critias" y "Caballero Legendario Sir Hermos", que destruyen "El Sello de Oricalcos" y a "Shunoros", pero Dartz otorga sus LP para Invocar a "Serpiente Divina Geh", que posee poder infinito. Dartz destruye a "Timaeus" y deja en cero LP a Yami Yugi, pero al activar una Trampa logra Invocar a "Chica Maga Oscura" sin perder el Duelo. Dartz activa una Mágica que le permite resucitar a "Timaeus" y atacar a "Chica Maga Oscura", por lo que está a punto de ganar.

Yami activa el efecto de "Hermos" y usa el poder de su "Guardián Celta" para proteger a "Chica Maga Oscura". Después, realiza un ataque infinito con "Critias" y "Hermos" antes de Fusionarlos con "Timaeus" para crear a "Timaeus, el Caballero del Destino" y atacar a "Serpiente Divina Geh" derrotando a Dartz. Los Caballeros Legendarios liberan las almas de Yugi, Joey y Kaiba. De pronto, una ciudad emerge de las profundidades del mar. Kaiba decide ir a pelear de nuevo contra Dartz. Esta vez, Joey y Yugi lo acompañan. En el camino, Yugi encuentra las cartas de los Dioses Egipcios. Dartz aparece y les dice que entregó su alma a Leviatán para liberar su poder. La pelea empieza y los tres Invocan a sus monstruos más poderosos para atacar a la gran bestia, pero no logran hacerle ningún daño. Leviatán ataca y destruye a todos los monstruos excepto a los Caballeros Legendarios, dejándolos expuestos.

Leviatán destruye la última barrera defensiva de Yugi, Joey y Kaiba y los ataca directamente. Dartz les deja escuchar las voces de Mai, Rafael, Alister y las demás almas atrapadas por la bestia. Yami Yugi logra comunicarse con las almas para pedirles ayuda. Las almas y los monstruos le dan su luz y con esto Yami Yugi logra liberar el poder del faraón para Invocar a los Dioses Egipcios. Leviatán se fortalece con la oscuridad pero la luz de los Dioses Egipcios logra liberar las almas que fueron absorbidas. Antes de irse, Dartz aparece y Yami lo enfrenta, pero la bestia lo atrapa.

Dartz quiere destruir a Yami Yugi con su oscuridad interior, pero Yugi le dice que puede resistir por la luz de la amistad que está con él, así Yami Yugi logra sellar a Leviatán y Este desaparece. Finalmente, Dartz se libera del poder maligno del Oricalcos y vuelve a ser un bondadoso gobernante. Yami Yugi y Yugi se van del lugar y este desaparece en el mar. Todos recuperan sus almas. Yugi, quien fue arrastrado por el mar se encuentra en una isla con los "Caballeros Legendarios" y "Chica Maga Oscura", quienes le agradecen su ayuda. Más tarde, sus amigos llegan para rescatarlo en un helicóptero de Kaiba Corp.

Justo después de su victoria, cuando quería descansar, Yugi y sus amigos son visitados por Mokuba, quien se ofrece a llevarlos a casa, con la condición de que Yugi, Joey y Rebeca participen en el nuevo torneo Kaiba.

Yugi se enfrenta a la computadora central de la Cúpula Kaiba y gana el Duelo. Finalmente, Seto Kaiba aparece para explicar la situación. En la reunión que organiza Kaiba aparece Zigfried Lloyd y el acontecimiento empieza.

Los primeros en pelear son Joey y el Duelista Enmascarado, y Leon contra el doctor Richard Goat, pero Yugi y sus amigos notan que el Duelista Enmascarado es, en realidad, el abuelo de Yugi.

El abuelo domina por completo a Joey e Invoca un "Dragón Ancestral" que sólo él tiene. Joey cree que está acabado pero recuerda que es es un juego y hay que divertirse, por lo que, con confianza, saca una serie de cartas que le dan la victoria.

El Duelo aleatorio entre Rebecca y Vivian comienza con una clara ventaja de Rebecca sobre Vivian, a pesar de que casi pierde dos veces. En otro Duelo, Rex y Weavil pelean contra un tipo vestido de rosa, y pierden en el primer turno, a pesar de usar sus cartas más fuertes.

La siguiente ronda de Duelos empieza y Joey tiene que enfrentar a Zigfried Lloyd. Mientras el Duelo se desarrolla, Zigfried introduce un virus en el sistema de Kaiba. Seto sospecha inicialmente de Rebecca pero tras recordar sucesos del pasado se acuerda de que Zigfried ya hizo lo mismo con el sistema de Gozaburo Kaiba. El Duelo continúa favorable para Joey hasta que Zigfried logra activar su Mágica "Cabalgata de las Valkirias" y está a punto de ganar.

Joey activa una Mágica para no perder y sobrevive al ataque de Zigfried. Por otro lado, Kaiba logra eliminar el virus del sistema y arreglar los errores técnicos. Zigfried activa Mágicas para desterrar todos los monstruos de Joey y finalmente Invoca a una "Valkiria" para darle el poder de esos monstruos y ganar el duelo.

El abuelo de Yugi desaparece del hospital y todos van a buscarlo alrededor de Kaiba Land. Mientras tanto, las semifinales empiezan. En el primer Duelo pelean Zigfried Lloyd y Balfry Ginger y en el segundo Duelo pelean Leon Wilson y Rebecca Hawkins. El Duelo de Leon y Rebecca empieza y Leon usa personajes de cuentos de hadas en el Campo y empieza ganando. Mientras tanto, Yugi llega a un lugar donde supone que está su abuelo.

Yugi descubre que su abuelo fue curado por Vivian y ella lo desafía a un Duelo. En un comienzo, Yugi no acepta pero cuando Vivian lastima al abuelo no le queda otra alternativa. El Duelo de Leon y Rebecca se mantiene con la misma intensidad hasta que Rebecca logra Invocar a su "Dragón Cabeza de Diamante" que le puede dar el triunfo. Mientras tanto, Yugi revierte el Duelo contra Vivian al Fusionar a "Mago Oscuro" y a "Buster Blader" para Invocar a "Paladín Oscuro" para atacarla y ganar. Leon por otra parte logra derrotar a Rebecca tras un largo Duelo.

El Duelo final entre Leon y Zigfried empieza pero Kaiba llega inesperadamente y lo evita con la intención de descalificar a Zigfried por utilizar un nombre falso ya que en realidad se llama ‘‘von Schroeder’’ y no ‘‘Lloyd’’. Un Duelo entre Kaiba y Zigfried empieza y si Zigfried gana se queda en el torneo pero si pierde se va. Zigfried actica su carta "Cabalgata de las Valkirias" desde un comienzo pero Kaiba logra deshacerse de ella. Aun así, no puede vencerlo del todo.

Zigfried utiliza la misma estrategia que usó con Joey, Invocando a sus tres diosas mágicas, pero Kaiba logra Invocar a su "Dragón Blanco de Ojos Azules", lo que lo pone en ventaja. Pero Zigfried encuentra la manera de destruirlo, activa una Mágica y ambos deben predecir cuántas Mágicas usarán por turno o perderán el Duelo, pero Kaiba logra hacerlo y tras eso Invoca a varios de sus dragones y lo derrota.

El Duelo por el campeonato entre Yugi y Leon está a punto de empezar. Cuando Leon estaba llegando, Zigfried aparece entregándole una carta. Enseguida, el ánimo de Leon cambia drásticamente y todos descubren que él en realidad es Leon von Schroeder, el hermano menor de Zigfried.

El Duelo se desarrolla bastante parejo. Yugi Invoca a "Chica Maga Oscura" y Leon se emociona mucho al poder verla. Leon logra sacar la carta que Zigfried le dio, ‘‘Castillo Dorado de Stromberg’’, pero Kaiba dice que esa carta está prohibida. Leon empieza a dudar sobre las órdenes de Zigfried y empieza tratando de destruir a esa carta pero no lo logra porque es demasiado poderosa y Zigfried le ordena seguir con el Duelo; el secreto de la carta es un poderoso virus que ha infectado a las computadoras de Kaiba Corp. y además elimina todos los datos del Duelo de Monstruos. Leon se siente decepcionado y se niega a obedecer a Zigfried, por lo que está a punto de renunciar pero Yugi interviene y le pide que continúe.

Mientras el Duelo continúa, el virus sigue expandiéndose. Yugi trata de destruir el "Castillo Dorado de Stromberg" pero es invencible y cada vez se queda sin cartas. Leon se siente muy mal por haber activado esa carta pero Zigfried le ordena continuar. Yugi logra destruir esa carta y Kaiba eliminar el virus. Finalmente, Yugi logra Invocar a "Mago Oscuro" para vencer a Leon y quedarse con el título de campeón mundial.

El espíritu del Anillo Milenario persigue a Bakura y le obliga a conseguir el poder del faraón. El abuelo le cuenta a Yugi cómo consiguió el Puzlle Milenario. Rex y Weevil van a la casa de Yugi y roban su maleta con las cartas de Dioses Egipcios, el Cetro, el Collar y el Anillo Milenarios, pero Bakura aparece y se lleva el Anillo. En ese momento llega Yugi, pero Bakura los envía al Reino de las Sombras.

Tras encontrar a Yugi, Bakura aparece en Kaiba Corp. para desafiar a Seto Kaiba en un Juego de Sombras y lo logra tras atrapar el alma de Mokuba en el Reino de las Sombras; Bakura domina el juego mientras Kaiba tiene visiones de su pasado. De pronto, Bakura decide terminar el Duelo y marcharse pero le exige a Kaiba que vaya a Egipto y le entrega el Ojo Milenario. Yugi es alcanzado por Joey, Téa y Tristán en el aeropuerto y juntos viajan a Egipto.

Yugi y sus amigos llegan a Egipto y se encuentran con Marik, Ishizu y Odion, quienes les dicen que serán sus guías, inmediatamente parten a su destino. Cuando llegan Marik le dice que debe ir solo. El faraón levanta las cartas de los dioses ante la piedra para liberar su mente, pero cuando lo hace el espíritu maligno de Bakura también se libera. Yami llega al Antiguo Egipto y es proclamado faraón. Al mismo tiempo, Bakura recupera su memoria. Yugi buscaba la forma de ayudar a Yami cuando Shadi aparece y le dice que debe encontrar la puerta del Puzzle Milenario para ayudarlo. Yami iba a ser atacado por un intruso, pero la corte del faraón lo detecta con el poder de los Objetos Milenarios. Así mismo, Bakura se acerca cada vez más.

Bakura entra en el palacio del faraón y cuando iba a ser juzgado por los Objetos Milenarios muestra su oscuridad. Yugi y sus amigos logran entrar en el Puzzle Milenario para buscar a Yami Yugi. Bakura inicia una pelea de monstruos y se enfrenta con Seto y los otros guardianes, pero parece invencible hasta que Yami Yugi lo enfrenta y llama a "Obelisco el Atormentador" para atacar, pero Bakura contraataca con el poder del "Dragón Blanco de Ojos Azules".

Bakura está a punto de ser vencido y decide irse. Yami Yugi les pregunta a todos sobre la pirámide en el cielo, pero nadie puede verla. El Ojo Milenario le hace tener otra a visión a Kaiba y decide ir a Egipto. Mahad le promete al faraón que usará su magia para sellar la tumba de su predecesor, pero se dirige a liberar todo su poder que estaba ocultado. Bakura lo encuentra y Mahad propone un Duelo.

Mahad y Bakura empiezan con la pelea y a medida que Esta avanza Mahad pierde sus poderes por haberlos transferido a sus monstruos. Yugi encuentra a Bakura dentro del Puzzle Milenario, pero se transforma en un monstruo oscuro y los ataca. Shadi les dice que Bakura es el verdadero enemigo del faraón. Mahad sigue peleando y utiliza su poder para unirse con el "Mago de las Ilusiones" y derrotar a Bakura. Su alma queda sellada en una piedra; Yugi puede sentir cuando esto sucede y junto con sus amigos logran escuchar la voz del faraón.

Isis explica que cuando Mahad se unió con su monstruo se creó otro con mayor poder y es conocido como el "Mago Oscuro". Yugi, Joey Tea y Tristán consiguieron entrar al reino del faraón y se sorprenden al ver a Kaiba. deciden seguirlo y llegan al palacio. Bakura consigue entrar al palacio sin ser descubierto gracias al poder del Anillo Milenario y ataca a Aknadin.

Bakura escapa del palacio. mientras el faraón lo persigue, llama a "Slifer el Dragón del Cielo". Yugi y sus amigos los ven y van tras su ayuda. Bakura averigua los secretos de Aknadin y descubre que él fue quien a través del Libro de Conjuros Milenario construyó los Objetos Milenarios. Aknadin oculta el secreto de que Seto es su hijo. Aknadin también oculta al faraón el secreto de los Objetos Milenarios y ataca la aldea de Kul Elna. Con la esencia de las almas de los habitantes construye los Objetos, que son designados a cada guardián. El faraón y Bakura peleaban, pero Bakura estaba a punto de vencer. Entonces, Seto aparece y salva al faraón.

Aknadin debilita a "Slifer" y Bakura lo derrota, por lo que le que el faraón se debilita mucho. Repentinamente, Yugi aparece y el faraòn se recupera; entonces Invoca a "El Dragón Alado de Ra" y lo transforma para derrotar al "Diabound" de Bakura; el tiempo empieza a retroceder y Bakura destruye de nuevo a "Slifer", luego le quita el Puzzle Milenario. Aknadin organiza batallas entre los prisioneros y se lleva a Kisara y la obliga a pelear.

Kisara libera a "Dragón Blanco de Ojos Azules" derrotando a todos y Aknadin planea quitárselo, pero Seto no acepta. Bakura ofrece los Objetos que posee a la piedra sagrada, buscando reunir los siete para liberar a Zorc y este le pide que encuentre la octava llave. Yugi y sus amigos continúan con la búsqueda y se encuentran a Mana. El faraón es advertido por un hombre llamado Hassan que Zorc pronto despertará. Yugi finalmente lo encuentra.

Kaiba llega a Egipto y se encuentra con Marik, Ishizu y Odion; ellos le dicen que le ayudarán a encontrar a Bakura si él los ayuda a salvar al faraón. El faraón se dirige a Kul Elna para enfrentar a Bakura, donde es atacado por los espíritus de la aldea. Repentinamente aparece Mahad y desafía a Bakura. La pelea empieza y Bakura Invoca a "Diabound", pero Mahad demuestra su poder. Bakura está a punto de ser derrotado pero absorbe el poder de los espíritus y su "Diabound" se vuelve mucho más fuerte y ataca a Mahad. Justo en ese momento Mana Invoca a "Chica Maga Oscura" y lo salva.

"Mago Oscuro" y "Chica Maga Oscura" atacan al "Diabound" de Bakura pero no logran hacerle ningún daño. Bakura está a punto de vencer al faraón pero los guardianes intervienen y lo salvan. Los guardianes atacan a Bakura, pero está protegido por los espíritus de la aldea. Shada encuentra la lápida de "Diabound" y cuando iba a destruirla Aknadin lo golpea por detrás y lo evita. Karim utiliza la Balanza Milenaria para Fusionar sus monstruos con los de Seto pero Bakura logra quitarle el Objeto. Bakura quire apoderarse del espíritu del faraón pero su padre Aknamkanon aparece y encierra a los espíritus debilitando a "Diabound". Es entonces cuando Mahad ataca y lo derrota.

Yugi y sus amigos se dirigen a buscar el nombre del faraón en el palacio. Tristán es manipulado por Bakura. Aknadin les quita los Objetos a todos para poder revivir a Zorc. Yami Yugi despierta en medio de un Juego de las Sombras con Bakura en el cual el campo es el Antiguo Egipto. Bakura usa sus relojes de arena para controlar el tiempo. Aknadin se transforma en el Mago de las Tinieblas. Bakura utiliza de nuevo los relojes de arena para revivir a Zorc. Aknadin les dice que Seto debe ser el nuevo rey y cuando iba a atacar al faraón pero Hassan lo protege y desvía la oscuridad. Bakura dice que si el indicador de vida en el Disco de Duelo se termina, todos pierden sus almas en el Reino de las Sombras.

Kaiba entra al lugar de la piedra y ve lo que sucede con el Ojo Milenario. Aknadin le dice a Seto que él debe gobernar con el poder del "Dragón Blanco de Ojos Azules". Kisara siente el poder maligno y corre a salvar a Seto. Bobasa lleva a Yugi y a sus amigos al Valle de los Reyes y Tristán busca el nombre del faraón para destruirlo. Bakura vuelve a manipular el juego y utiliza a Kaiba, con lo que puede regresar al juego.

Aknadin se lleva a Seto y Bakura los Objetos Milenarios. Kisara se encuentra a Kaiba y le dice que debe prevenir a Seto de la oscuridad que ataca al mundo. Bakura separa a los guardianes haciendo tiempo hasta que aparezca Zorc. Karim le entrega su energía a Shada y pierde su alma. Yugi y sus amigos entran a la tumba del faraón y descubren una habitación secreta.

Seto despierta y Aknadin le dice que debe tomar el poder de Kisara. Seto se dispone a huir con Kisara pero Aknadin lo evita. Entonces, ella libera al "Dragón Blanco de Ojos Azules", pero Aknadin lo atrapa en una lápida. Seguidamente controla a Seto y cuando el faraón llega lo reta a un Duelo y empieza Invocando al "Dragón Blanco de Ojos Azules". El faraón Invoca al "Mago Oscuro", pero no logra derrotarlo. Kisara utiliza el poder del "Dragón" para derrotar a Aknadin y liberar a Seto. Kaiba aparece y el faraón le dice que se vaya, pero no acepta. Yugi logra entrar hasta el lugar donde está el nombre del faraón, pero repentinamente Bakura aparece. En el juego, el tiempo se termina y Zorc está a punto de resucitar. Bakura reta a Yugi a un último Duelo.

Bakura logra revivir a Zorc y está a punto de ganar el Juego de Sombras. Hassan se dispone a defender a los guardianes pero es derrotado por Zorc. El Duelo entre Yugi y Bakura empieza. Así mismo, el juego que controla el destino del mundo empieza a cambiar. Bakura libera el ataque de Zorc destruyendo el mundo.

Zorc parece invencible, así que Isis y Mana van a buscar los Objetos Milenarios al desierto, los cuales encuentran poco después. Bakura y Yugi mantienen un Duelo. Isis decide pelear contra Zorc, Shimon toma el poder de la Llave Milenaria e Invoca a "Exodia el Prohibido", pero por más fuerte que es, Zorc lo derrota; finalmente, Mana le entrega el Puzzle Milenio al faraón y decide pelear.

Yugi y Bakura continúan con su Duelo y Bakura obtiene la ventaja cuando logra destruir todas las cartas de Yugi. El faraón logra Invocar a los tres Dioses Egipcios para pelear contra Zorc, pero no lo logran y son vencidos. Yugi encuentra la manera de vencer a Bakura en el Duelo.

Tras la derrota de los Dioses Egipcios, el faraón se queda sin energía, así que Seto decide pelear con Zorc. Invoca al "Dragón Blanco de Ojos Azules" pero no logra hacerle nada y las sombras empiezan a consumirlo poco a poco; Kaiba llega y reta a Zorc. Para ello Invoca al "Dragón de Ojos Azules Definitivo". Yugi utiliza su última que es "Gandora, el Dragón de la Destrucción" y vence la estrategia de Bakura y con "Espadachín Silencioso" termina con sus LP. El faraón ayuda a Kaiba y utiliza el poder de la Balanza Milenaria para Fusionar al "Dragón de Ojos Azules Definitivo" y al "Soldado del Brillo Negro" para crear al "Caballero Amo del Dragón", pero ni así vencen a Zorc; Shadi decide utilizar el poder de Hassan para protegerlo. Yugi va a ayudarlo.

Yugi y sus amigos llegan a ayudar al faraón, Yugi Invoca a Mahad como el "Mago Oscuro" y Mana a la "Chica Maga Oscura" pero son vencidos; Yugi, Téa, Joey y Tristán se concentran para lograr recordar el nombre del faraón y cuando Zorc se disponía a atacarlos Kaiba aparece y los salva. El faraón revela que su nombre es Atem y logra invocar la luz de "Slifer", "Obelisk" y "Ra"; cuando combina su poder logra vencer a Zorc. Atem decide que Seto debe ser el nuevo rey y le entrega el Puzlle Milenario antes de marcharse en compañía de Yugi, Joey, Téa, Tristán y Kaiba.

Yugi y todos vuelven al presente. Bakura aparece pero se dan cuenta de que ya no está poseído por el espíritu malvado del Anillo Milenario; Yugi recoge los Objetos Milenarios y al salir se encuentra a Marik, Ishizu y Odion, quienes le dicen que lo llevarán hasta la lápida sagrada donde deben reposar los Objetos para poder entrar al mundo de los espíritus. Marik dice que el faraón debe perder en un Duelo. Joey quiere vencerlo y Kaiba lo quiere retar en un Duelo final pero Yugi dice que él peleará. Pasa la noche Yugi y Atem preparan sus cartas para el Duelo.

El Duelo entre Atem y Yugi empieza. Yugi muestra grandiosas habilidades pero Atem se muestra muy superior en todas sus estrategias a pesar de que Yugi usa cartas que Atem jamás ha visto. El Duelo está a punto de terminar cuando Atem Invoca a los tres Dioses Egipcios.

Yugi busca una estrategia para vencer a los Dioses Egipcios y empieza a recordar momentos en los cuales enfrentó dificultades con Atem. Tras eso, empieza a pensar como él y planea una estrategia con la cual asegura que puede destruir a los Dioses Egipcios y vencer a Atem.

El Duelo continúa y ambos uszan sus cartas más conocidas. Yugi Invoca a "Maldición de Dragón" y a "Cráneo Convocado", mientras Atem Invoca a "Gaia el Caballero Feroz"; Yugi obtiene la ventaja pero esto cambia cuando Atem Invoca al monstruo favorito de ambos, "Mago Oscuro".

El Duelo se mantiene intenso y Yugi logra resistir a los ataques de "Mago Oscuro", que esta vez parece invencible pero logra encontrar una estrategia para vencerlo; luego activa una Mágica llamada "Cofre de Oro Sellado" y oculta una Mágica, si Atem activa la misma Mágica, el efecto se anulará. Atem domina el Duelo y consigue Invocar a "Chica Maga Oscura". El duelo parece terminar pero Yugi logra vencerlos con su "Mago Silencioso". Atem activa "Monstruo Renacido" y revive a "Slifer el Dragón del Cielo", pero Yugi dice que esa carta es la que el ocultó y gana el Duelo. Atem tiene que irse y tras ello el lugar se destruye y los Objetos Milenarios quedan sellados. Es así como la historia de Atem termina y de la Yugi comienza.