遊戯の祖父、双六が持つ超レアカード“ブルーアイズ・ホワイトドラゴン”を狙い、海馬瀬人がデュエルをしかけてきた。倒れた祖父に代わり、遊戯が立ち向かう！

遊戯の元に届いたビデオ、それはデュエルモンスターズの生みの親、ペガサスのものだった。千年アイテムを持つペガサスが闇のゲームを仕掛ける！

遊戯は祖父を救い出すため、ペガサス主催のデュエル決戦にのぞむ。そして城之内も出場しようとする。彼には出場しなければならない事情があったのだ。

遊戯と全国大会での優勝者インセクター羽蛾とのデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。

遊戯と全国大会での優勝者インセクター羽蛾とのデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。

遊戯と全国大会での優勝者インセクター羽蛾とのデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。

梶木漁太(かじきりょうた)は、あらぶる海のデュエリストだ。その梶木が得意とする海のフィールドで遊戯対梶木のデュエルが始まる！梶木があやつる水の属性のモンスターは、海中にかくれたまま攻撃してくるため、遊戯は大苦戦！　それが何のモンスターかもわからないままにデュエルしなければならないのだ。追いつめられた遊戯に逆転のチャンスはあるのか!?

着実にスターチップを増やしていく遊戯の前に、海馬瀬人の弟、モクバが現れた。参加デュエリストから盗んだデッキを使ってモクバは遊戯に挑戦してくる。

そのころ海馬は遊戯を倒すため日夜研究を重ねていた。その海馬にペガサスの手下が忍び寄る……。

ペガサスから刺客(しかく)物真似師(ものまねし)がさしむけられた。物真似師は、海馬(かいば)の亡霊(ぼうれい)と名乗って遊戯の前に現れる。海馬がそう簡単に殺されるわけがない！そう思いながらも、海馬そっくりの姿と声に動揺(どうよう)をかくせない遊戯。海馬しか持っていないはずのブルーアイズ・ホワイトドラゴンが遊戯におそいいかかる！

ペガサスの陰謀(いんぼう)を知った海馬(かいば)は、コンピュータ・ネットワークを使って遊戯たちのデュエルにわりこもうとしたが、ペガサスにはばまれてしまう。遊戯はブラックマジシャンとマジカル・シルクハットのコンボで、なんとか1体目のブルーアイズ・ホワイトドラゴンを倒した。しかしその直後、2枚目のブルーアイズ・ホワイトドラゴンが！　海馬の無敵のデッキの前に遊戯大ピンチ！

孔雀舞(くじゃくまい)が差し向けたダイナソー竜崎(りゅうざき)と戦うことになった城之内。今回のデュエルはギャラリー(見学者)は口出しなしという約束。舞を打ち破ったときのように遊戯からアドバイスをもらうわけにはいかない。全国大会準優勝の竜崎に一方的に攻められる城之内。絶体絶命のピンチに、引いたカードは本田にもらったバーバリアン1号。本田と城之内の友情が勝敗を決める!?

竜崎(りゅうざき)が次にひいたカードは、デッキの中でも最強の超レアカード｢レッドアイズ・ブラックドラゴン｣。魔法カード｢闇竜族の爪(やみりゅうぞくのつめ)｣を加えた攻撃の前に友情パワーのバーバリアン1号2号はやぶれさる。城之内、大ピンチ！見守る遊戯にはたった１つ秘策(ひさく)があったが、このデュエルではアドバイスしないという約束。はたして城之内は自分でこの秘策に気づくことができるのか!?

本田、城之内、杏子そして遊戯の魂は、獏良了(ばくら　りょう)の身体を乗っ取った闇のデュエリストによってカードの中に封じ込められてしまった。闇遊戯が勝てばみんなの魂を元に戻すことができるが、負ければ千年パズルは奪われ、みんなも死んでしまう。カードとなってゲームフィールドに姿を現す仲間たちが、闇遊戯とともに命がけのデュエルに挑戦だ！

なんとインダストリアル・イリュージョン社の命令でデュエリスト狩りをしているプレイヤーキラーの手で舞のハーピィレディが全めつ、スターチップをすべてうばわれてしまったのだ。プレイヤーキラーたちが受けている最優先指令は｢武藤遊戯をたおすこと｣だという。プレイヤーキラーとのバトルを受けてたった遊戯の運命は……!?

プレイヤーキラー対闇遊戯の対決！闇に包まれた戦いの中で言葉でプレイヤーキラーを圧倒し、魔法カードをたくみにあやつってプレイヤーキラーの攻撃を無効(むこう)にする闇遊戯。そして闇遊戯が場に伏せたカードを表にセットし直した。それは闇をはらいのける「光の護封剣」だった！光の中にさらされるプレイヤーキラーのモンスターたち。しかし、プレイヤーキラーが次にひいたカードは……！

第10話で姿を消していた海馬瀬人(かいばせと)がもどってきた！新しく開発したデュエルディスクシステムを手にデュエリストキングダムにおりたつ海馬。遊戯は物真似師(ものまねし)から取りもどしたデッキを海馬に渡すが、相変わらずの態度に頭に来た城之内が海馬にデュエルで挑戦することに……。海馬のデッキには3枚のブルーアイズ・ホワイトドラゴンが、そして城之内のデッキにはレッドアイズ・ブラックドラゴンがある！最強のドラゴン対決の決着は……!?

いよいよ大会2日目、海馬に負けても気持ちはくじけない城之内だったが、バンディット・キース一味におそわれ、森の奥のかくしフィールドに連れていかれてしまう。そこは墓場フィールド。最強のゴーストデッキを持つゴースト骨塚(こつづか)相手に無理やりデュエルさせられてしまう城之内。果たして彼の運命は……？

骨塚のカード、リビングデッドの呼び声によって、城之内が倒した全てのモンスターがゾンビとしてよみがえってしまった！絶体絶命の城之内。

そのころ遊戯たちは、城之内を探して地下洞窟(どうくつ)をさまよっていた。そこにはミイラやドクロがいっぱい。さらには巨大な岩がおそってきて……！

キースによって地下に閉じ込められてしまった遊戯たち。そこは出口もわからない地下迷宮だった。ようやくたどり着いた部屋に現われる迷宮兄弟!?この2人に勝たなければ地下迷宮からは出られない。2対2のタッグ・デュエルを受けてたつ遊戯と城之内。

モクバを助け出すため、ペガサスの城を目指す海馬。その頃迷宮では、遊戯と城之内が迷宮兄弟とのデュエルを続けていた。遊戯と城之内は、お互いのモンスターを集め、陣形を固め、迷宮を突破しようとする。ところが、迷のカード「迷宮変化」によって、迷宮そのものが姿を変え、城之内のモンスターと遊戯のモンスターはせり上がってきた壁によって分断されてしまった。そして狙われたのは城之内のモンスター……！

迷宮兄弟によって追い詰められたかに見えた遊戯と城之内だったが、遊戯のデュエルテクニックのおかげで勝負は一進一退。そしてついに遊戯たちが切り札を使うときがやってきた！城之内のレッドアイズ・ブラックドラゴンとデーモンを融合させたブラック・デーモンズ・ドラゴンの登場だ！しかし迷宮兄弟は竜族モンスターでは迷宮を越えることはできないと笑う。果たして遊戯たちに手はあるのか!?

ついに迷宮を抜けて地上に出られた遊戯たち。目の前にはペガサス城がそびえている。ペガサス城へ向かった遊戯たちの前に、なんとあの海馬が立ちふさがった。モクバの魂をペガサスに封印されてしまった海馬は、自分と対決してモクバを助けたければ遊戯をデュエルで倒せとペガサスにスターチップを渡されたのだった。遊戯と海馬、宿命の対決が始まろうとしている！

マジックボックスのカードを引いて、海馬のラ・ジーンとマジック・ランプのコンボを破る遊戯。魔法カード・真実の眼によってブルーアイズ・ホワイトドラゴンの3体融合という海馬のねらいも見破った。ところが、海馬が闇道化師サギーのカードに感染させたデス・ウィルスによって形勢は逆転。遊戯のデッキの攻撃力1500以上のモンスター全てが使えなくなってしまった！もう遊戯に勝ち目はないのか!?

海馬瀬人とのデュエルで絶体絶命のピンチに追い込まれた遊戯。それでもあきらめないと宣言した遊戯が、全てをかけて引いたカードは、なんとデュエルモンスターズの中でも一番攻撃力の低いモンスター、クリボー！ところが遊戯はそれをアルティメットドラゴンを倒すためのの切り札だと言って、攻撃表示にする。

いったい遊戯は何を考えているのか!?

デュエルに命をかけた海馬の前に敗れ去った遊戯。戦い続けようとしたもう一人の自分＝闇遊戯を裏切ってしまったことから立ち直れない遊戯。そんな遊戯に城之内は自分のスターチップを渡そうとする。そこへ現われたのは孔雀舞。さすがに舞はチップを16個も集めていた。6個のチップを遊戯にさし出そうとする舞。しかし立ち直れないままの遊戯はそれに答えることさえしない。そんな遊戯を城へ向わせようと、杏子が6個のチップをかけて舞とデュエルすることに……！

ついにペガサスの城にたどり着いた遊戯たち。城の前で待ち構えていた猿渡の妨害を乗り越え、本田たちも一緒に城の中へ入っていく。城内にはすでにバンデッド・キースもいた。そして彼らの目の前で、今しもペガサスと海馬のデュエルが始まろうとしていた！ペガサスによってカードに封印されたモクバの魂を救うため、海馬の必死のたたかいが始まる！

ペガサスに次々と自分の心を読まれてしまう海馬。それが千年アイテム、ミレニアムアイの力なのだ。ペガサスのダークラビットを倒せる手札のない海馬。ペガサスの次のカードは遊戯たちも知らないトゥーンワールドだった。立体絵本のように登場するトゥーンワールドの城。その本の中に入ったカードは、あらゆる攻撃を受け付けないという。そして次にペガサスが繰り出したのは、海馬から奪ったブルーアイズ・ホワイトドラゴンだった！

決戦前夜、遊戯は祖父・双六と海馬兄弟のため打倒ペガサスを心に誓う。本田たちは、ペガサスの秘密を探るため城の中を探索。眠り込んだ城之内は、決勝に参加するためのカードをキースに盗まれてしまう。

ついに決勝トーナメントの朝がやってきた。第1回戦は遊戯と舞の対決。舞を倒さないかぎりペガサスと戦うことはできないのだ。遊戯は舞に負けることはないと考えていた。自分の敵はペガサスだと……。しかし舞はつぶやく。｢目の前の敵から目をそらして勝てるほどデュエルは甘くないわ｣ 果たして、舞の戦術は!?

見えるけど、見えないものとは何か!?　それを舞は城之内に負けたことで知ったと言う。町内会８位にすぎない城之内が王国で勝ち残れたのは、彼が自分の弱さを知っていたからだと言うのだ。本当の勇気は負けて傷つく覚悟がなければ生まれないと……。海馬の命をかけた決意の前で、負けることを恐れた遊戯。彼が目をそむけてきた見えるけど、見えないものとは……!?

トーナメント第2回戦は、バンデッド・キースと城之内のデュエルだ。しかし、トーナメント参加資格となる城之内のカードがいくら探しても見つからない。それもそのはず、なんとキースが盗み取っていたのだ。デュエル開始時間が迫り、城之内があきらめかけたとき、舞が現れた。妹を思って泣く城之内に、舞が差し出したハンカチの中には……！

接戦を繰り広げる城之内とキース。それをみつめるペガサスには、対照的な2人の心も見えていた。希望と信頼に支えられている城之内と、絶望と復讐を抱えるキース。2人の心はまさに光と闇のように正反対だったのだ。

リボルバードラゴンのガンキャノンで二分の一の確率に勝負をかけるキースと、時の魔術師のタイムルーレットにかける城之内。勝利の女神が微笑むのは……!?

いよいよトーナメント決勝戦。城之内と対戦することに戸惑う遊戯。そんな遊戯に城之内は改めて勝負を挑む。「オレたちは互いに背負ったもののために、最後まで闘うって決意したはずだぜ。オレとの勝負、受けてくれるな!?」固い友情に結ばれ、決勝戦までをともに支えあってきた2人が、今本気のデュエルを始めようとしている！

遊戯と城之内による決勝戦は、互角に進んでいた。技の遊戯に対してパワーで対抗する城之内。決着はなかなか着きそうになかった。遊戯は切り札の1つでもあるブラックマジシャンを、魔法カード・マジカルシルクハットに隠す！城之内は、なんとかブラックマジシャンをシルクハットからおびき出そうとするのだが……。

ついにペガサスと対決する日がやってきた。デッキを手にした遊戯は、双六の言葉を思い出していた。｢苦しいときにこそ自分の心と向き合え。必ずや活路を見出せるハズじゃ！｣決戦を前に、遊戯はペガサスに、自分が勝ったら双六そして海馬兄弟の魂を解放することを誓わせる。一方、ペガサスを信用できない本田は、海馬とモクバだけでも救い出して遊戯の負担を軽くしようと……。

遊戯のどんな戦略もペガサスにはお見通しだった。やはり千年眼(ミレニアムアイ)で心を読まれてしまっては、勝ち目はないのか!?その頃、モクバを背負って逃げ惑う本田も追い詰められていた。やはり無理だったか……、本田があきらめかけたそのとき、闇獏良が現れる！ペガサスの配下の男たちに銃をつきつけられた獏良が、その手にかかげたのは、なんと魔力の枷(かせ)のカード！

追い詰められた遊戯の次の手は、ブラックマジシャンとマジカルシルクハットのコンボ。これでペガサスの攻撃をかく乱することができるかも……。しかしペガサスは遊戯の 心を読み、ブラックマジシャンの隠し場所を当ててしまう。遊戯絶体絶命！ところが！ペガサスの攻撃は外れてしまう。遊戯は心を読まれない方法を見つけたのか!?

ペガサスの提案した｢闇のゲーム｣を、もう1人の自分とともに戦うことを決意する遊戯！闇に包まれたデュエルリングにモンスターが現れる。｢闇のゲーム｣では、プレイヤーの精神力がモンスターを実体化させるという。つまり、精神力が尽きればプレイヤーは命を落すこともあり得るのだ！　常人にはとても耐えられないというその戦いに挑む遊戯の運命は……！

遊戯が倒れてしまっては、闇遊戯1人で戦うしかない。しかし、それでは心の中を見すかすペガサスに勝てるはずもない。そのとき闇遊戯の心に語りかけてきたのは、祖父、双六(すごろく)の声だった。｢心の中にいるのは、もう一人の自分だけじゃない。見えないきずなでつながっている者たちがいるはずじゃ｣　杏子、本田、城之内そして遊戯……4人の友情のきずなは闇の力に対抗できるのか!

デュエルに敗れ、自分の部屋に戻っていたペガサスの前に闇獏良が現れる。闇獏良の目的は7つの千年アイテムを手に入れること。すべてがそろえば世界を支配できるほどのパワーを手に入れることができるという。獏良に襲われたペガサスの部屋に残された日記に記された、ある少女の物語とは……!?

デュエリストキングダムでの戦いは終わった。城之内は賞金を手にし、封印のとけたモクバは兄海馬と無事に再会し、入院したペガサスから遊戯には｢友情の絆｣カードが届けられた。帰ってきた遊戯たちを出迎えたのは、意識を取り戻した双六。しかしその双六の前にわずか12歳の全米チャンピオン、レベッカが現れて……！

双六は、レベッカに彼女の祖父アーサー・ホプキンスと出会ったときのことを話し始めた。場所はエジプト。レアカードを求めてエジプトの市場を訪れた双六は、アメリカの考古学者として遺跡発掘に来ていたアーサーと出会う。アーサーは異端の考古学者とされていた。それは遺跡に記された文字の解析から、古代エジプト人がデュエルモンスターズを儀式として行っていたという説を発表したからだった……！

海馬コーポレーションに戻ってきた海馬瀬人はペガサスと手を組んだビッグ５をクビにしようとする。しかし、ビッグ５が開発したというデュエルモンスターズを元にしたアドベンチャーゲームを挑まれ、受けて立ってしまう。ゲーム開始直後、海馬の意識はデータ化されゲームの中に閉じ込められてしまった。ゲームをクリアしない限り、電脳世界をさまよい続けるしかないというのだが!?

海馬を救うためにゲーム世界で戦う遊戯、城之内、モクバ。チャンピオンお蝶に挑むブタの仮面のジョーこと城之内だったが、ハーピィ・レディを使うお蝶の戦法、高飛車なものの言い方はどこかで聞いたことが……。仮面を脱いで見せる城之内に驚くお蝶。そう、お蝶は孔雀舞だったのだ……！

遊戯、城之内、舞そしてエアルは、飛行船に乗って暗黒浮遊城へ向かった。彼らを迎え撃つのは無数のモンスターの群れ。ハーピィ・レディ、魔導士ギルティア、ブラックマジシャンなどを繰り出して戦う遊戯たち。しかしこれではきりがない。遊戯は光の護封剣のカードを使って飛行船を守る作戦に出る。

双六じいちゃんの店の目の前に新しいゲーム店がオープンした。人生最大の危機だと落ち込むじいちゃんをしりめに、その店で売り出されるという最新ゲームに興味津々の遊戯。杏子と一緒に偵察と称してその店にでかけていくが……。

新カード店の地下ゲーム場で、城之内を助けるため、御伽との勝負を受けた遊戯。御伽が作ったダンジョンダイスモンスターズは、ダイスに刻まれたクレストを揃えてモンスターを召還する。でも遊戯の選んだダイスは召還クレストが１つずつしかなく、モンスター召還が困難で劣勢になっていく……。

御伽は、遊戯がいかさまでペガサスに勝ったと思い込んでいた。その名誉を守るには、ダンジョンダイスモンスターズに勝つしかない。遊戯はこのゲームのコツを、そして奥深い醍醐味を急速に理解していく。だが、ダイスを展開してダンジョンを伸ばすこのゲームには、もうひとつ大きな落とし穴があった……！

奥の深いＤＤＭで、窮地に立つ遊戯。ダイスを展開するスペースがなくなりモンスターが召喚できない!?　 御伽のゴッドオーガスの攻撃に、守備しかできない遊戯は、次々とモンスターを失ってしまう。 もう手のうちようがない、とあきらめかける彼に、城之内の声が飛ぶ！　闘うんだ！　たくさんのデュエリストたちのために、と……。

朝、学校への支度をする遊戯は、首から鎖で千年パズルを下げていた。闇遊戯に冷やかされ照れる遊戯。そして迎えにきた杏子と一緒に学校へ向かう。　だが通学途中に見かけた占い師に、千年パズルを見せてくれといわれ、油断した遊戯はパズルを奪われてしまう！追う遊戯は、廃工場へと誘い出され、謎の敵とデュエルをするハメになる……!?

何者かに操られたキースに、デュエルで追い詰められていく遊戯。敵の狙いはパズルの中の闇遊戯をひきずりだすこと。遊戯は自分一人の力で戦う決意をする。キースのゼラを前に、遊戯はブラックマジシャンで対抗。　その最中、影で様子をうかがう闇獏良の力で、キースが正気を取り戻す。だが再び意志を乗っ取られそうになったキースは錯乱し、千年パズルを壊してしまう…!!

童実野町で古代エジプト展が開かれることになり、エジプト考古局局長イシズがやってくる。なぜか彼はまだオープン前の展示場に海馬を呼び出すのだ。そこでイシズが見せたのは三千年前の壁画。なんとペガサスも過去にそれを見て、デュエルモンスターズを作ったという！　そこにはデュエルそっくりの石版、そして遊戯に似た王の姿が…。　その頃遊戯は、闇遊戯に直接、君は何者？とたずねていた…。

闇遊戯が元気ないのを気にした遊戯は、日曜日に杏子をデートに誘う。闇遊戯とのデートと知りドキドキする杏子。そして当日、遊戯は闇遊戯に後をまかせて奥に引っ込んでしまうが、杏子は彼を街に連れ出し元気づけてくれる。　そんな中ゲームセンターのダンスバトルと遭遇。杏子は凄腕のジョニーを相手に見事なダンスで勝利！でもジョニーは納得せず、デュエルでの勝負を挑んでくる…！

自分が何者なのか知る決意をした闇遊戯は、杏子とともに古代エジプト展に向かう。そしてその地下展示場で石版を見て確信する。自分は古代に千年パズルに封印された王の魂なのだと。そこに現れたイシズは、記憶を取り戻すためには千年アイテムを全て集めなければならないという。その頃、海馬はイシズから託されたオベリスクの巨神兵の力をためすため、最強デッキをセットされたデュエルロボとのデュエルを始めていた…！

１週間後のデュエルモンスターズ大会を宣言した海馬。この町に強豪デュエリストが集結するのだ。　そこで遊戯たちはさっそく参加資格となるニューディスクを入手しにいく。遊戯は海馬の設定したランクのおかげで無料でディスクを手にできる。でも城之内は失格寸前？　それでもなんとかディスクを手に入れた城之内は、妹の手術に立ち会うために病院へと急ぐ。しかしその前に、レアカードを狙う集団グールズが立ちはだかる…！

バトルシティ開幕の朝。遊戯は一晩中かけてデッキを組んでいた。そこで闇遊戯は遊戯にいう。　この闘いは自分を探す闘いになるはずだと。舞はもちろん羽我、竜崎、梶木たちも姿を見せる中、飛行船から海馬が開会宣言！各自が指定された位置からスタートし、町全域でバトルするルールなのだ。６人を倒し残った８名だけが決勝に残れるという。　そして遊戯が最初に出会った相手は、城之内からレッドアイズを奪ったレアハンターだった…!!

レアカードを狙うグールズと戦う遊戯。彼は相手がエグゾディア召喚を狙ってカードをそろえつつある事を見抜く。だがあとパーツカード１枚でエグゾディアは完成するのだ！絶体絶命の中、遊戯は光の封札剣でパーツカードを３ターン封印することに成功する。　だが遊戯の攻撃も封印され、勝負は時間の問題？遊戯は、手札でパーツをそろえるエグゾディアは場が手薄になる、と相手の弱点を指摘。そして勝負は、自分のデッキを信じられた方が勝つ、という…。

城之内は超能力を使うという絽場に戦いを挑む。遊戯と誓った真のデュエリストを目指すため、自分より強そうな相手を選んだのだ！そんな城之内を、闇遊戯が、そして病院の静香も見つめていた。見舞いに来た本田がパソコンを持ち込み、デュエルの中継を見せていたのだ。　だが、手札を次々に言い当てる絽場に、さすがの城之内も最初から苦戦！しかし天使のサイコロを見抜かれた時、城之内は絽場のトリックに気がつく…！

トリックを使わない絽場。しかしその実力に追い詰められる城之内。絽場のサイコショッカーの前に、城之内の作戦は次々とけ散らされてしまう。負けを認めろ、と迫る絽場。　その頃病院では、静香が本田の嘘を見抜いていた。看護婦から本当の戦況を知り、兄を応援する。そしてその状況を本田が杏子に知らせ、杏子が城之内に告げる。あきらめかけた城之内は、妹が見ていることを知り再び気力を取り戻す。　そして最後の策、ルーレットスパイダーに全てを賭ける…！

バトルシティが続けられる童実野市。その中でモクバの言うことを聞かずトラブルを起こす参加者の前に、海馬が登場。彼はオベリスクの巨神兵を使って違反者を倒していく。　だがそのオベリスクのカードの存在を、グールズ総帥のマリクが察知。海馬が神のカードを手に入れ、この大会を開催したことを理解する。実は海馬にカードを託したイシズは、マリクの姉だったのだ。　そしてマリクが次の手を打つ。遊戯に第二のレアハンターを放ったのだ。相手は、遊戯と同じブラックマジシャン使いの奇術師パンドラだった…。

マリク率いるグールズの刺客パンドラと対し、ゲーム屋のビルの地下でデュエルを戦う遊戯。一度はパンドラのブラックマジシャンを封じるが、トラップで復活されてしまう。そしてブラックマジシャン同士で対決することになる。同じカードでは、トラップや魔法の使い方がカギなのだ。互いにトラップと魔法をくりだし、互角に戦う遊戯とパンドラ。対遊戯デッキに自信のあるパンドラに対し、最後はカードへの信頼が勝負を決める、という遊戯…。その頃、反応が消えた遊戯を探し、海馬も動いていた。そして遊戯とグールズのバトルの場所をつきとめる…！

グールズの刺客パンドラと対する遊戯。互いにブラックマジシャンを失ってしまう二人。だがパンドラはまだ２枚もブラックマジシャンをデッキに持っている。唯一のブラックマジシャンを失った遊戯は圧倒的に不利なのだ。

そしてパンドラは、罠カードで遊戯のモンスターを消し去り、黒魔術のカーテンを使いブラックマジシャンを召喚する！　これで遊戯は絶体絶命!?　しかし黒魔術のカーテンの力で、遊戯のデッキからブラックマジシャンガールが召喚されるのだ！　攻撃力は低いが、ブラックマジシャンの弟子で、墓に眠る師を受け継ぐという…。

童実野市でバトルシティが続く中、街で再会する遊戯、舞、城之内。互いに勝ち残る意気込みを見せる。だがその城之内が、ある少年にデュエルディスクを奪われてしまう!?　危ないところを、偶然出くわした杏子たちの協力で捕まえ、ディスクを取り戻す。でもそれが羽蛾の罠だった！　少年は城之内のデッキにあるカードを混ぜていたのだ。　そうとは知らず、羽蛾に挑戦する城之内。しかもレアカードとパズルカード、２枚を賭けた勝負をする事になってしまう！　そして城之内のサイコショッカーが、羽蛾の放った寄生体にかかり、羽蛾のライフポイントを上げていく…！

城之内のカードは、羽蛾の寄生虫パラサイドに寄生されて攻撃が無力化。しかも強力なグレート・モスを召喚され絶体絶命！　だがこのピンチに、魔法カード悪魔のサイコロと天使のサイコロで力を逆転！　グレート・モスを粉砕する。

しかし羽蛾は、さらなる奥の手、昆虫族最上級のインセクト・クィーンを召喚する。場の昆虫族からパワーを得るクィーンは、昆虫化した城之内のカードからもパワーを得てしまう！　攻撃も無力化したままで、なす術のない城之内にあきらめの思いがよぎる。だが、そんな圧倒的劣勢の城之内に、病院から応援する妹・静香の思いが届く…？

羽蛾に勝利した城ノ内は、デュエリストとしても成長していた。そして遊戯といつか戦うという想いを胸に次の戦いを目指す。その頃、グールズを操るマリクは海上のクルーザーにいた。彼はついに遊戯を本気で倒す決意をかためていた。千年ロッドの力でパントマイマーを操り、遊戯への勝負に挑む！　遊戯はすぐに相手の正体がマリクだと気がつく。マリクは神のカードを持つという強敵だ。だが闇遊戯の記憶を取り戻すためにも、この勝負を制する、と決意を新たに挑むのだ…。

マリクの操るパントマイマーと戦う遊戯。マリクは悪夢の鉄檻カードで互いの攻撃を封じ、神のカード召喚へとターンを進める。マリクは、墓守りの一族として背負わされた屈辱や絶望を語り、王である闇遊戯への復讐を宣言する。そして、ついにマリクの神カード、オシリスの天空竜が召喚される！　そのすさまじいオーラに戦慄する遊戯。手札の数で攻撃力が決まるオシリスに、強欲な壷カードで手札を増やすマリク。しかも彼は、オシリスは無限の力がある、という。

その頃、神のカードを持つグールズを探し、海馬はバトルシティ全域を検索していた…。

究極のコンボ、ゴッド・ファイブを完成させ、神のカードをさらに無敵にしてしまうマリク。遊戯がモンスター召喚した瞬間２０００ポイントのダメージを受けるし、オシリスの天空竜は無限の手札のカードのおかげで、どんどんパワーをあげる。まったく勝ち目の糸口すら見つからずあせる遊戯。だが、それを見ていた海馬は、無敵のマリクを倒す方法を見つけるのだ。そして遊戯も同じ方法に気がつく。遊戯は、次の１ターンで勝負が決まる、というのだ…！

パントマイマーを操るマリクに勝ち、オシリスを手にした遊戯。城之内を心配して彼を探しに行こうとすると、その遊戯の前にレアハンター２人が立ちはだかる！　しかもどちらがデュエルするかでもめるのだ。すると、海馬が現れタッグマッチを提案する！　海馬はレアカード強奪団グールズの壊滅が目的なのだ。そして行われたデュエルで、海馬は遊戯の援護を拒否し、神のカードを召喚してレアハンター２人をあっさり倒してしまう。 その頃城之内は、次の強敵を探し、梶木にターゲットをしぼっていた…。

水族館で梶木と戦う城之内。海カードに対し、ドラゴンに乗るワイバーンを使い、空中から直接攻撃を狙う。だが、その攻撃は水竜巻トルネードウォールで防がれてしまう。しかも梶木が召喚したモンスターは海のフィールドにまぎれてどこにいるかもわからない。

そのモンスター、伝説のフィッシャーマン・シーステルス || は、海に守られながらワイバーンをモリの一突きで倒す！　このフィッシャーマンは、実は海に消えた梶木の父親が、彼に送ったものだった。魂のこもったカードに追いつめられた城之内は…。

ついに決勝進出を決めた城之内。彼は病院にいる妹の静香に電話で報告する。静香の目の包帯ももうじきとれるから決勝を見に来るという話に、大喜び。そんな城之内たちの前に、傷ついた獏良を支えてナムという少年がやってくる。獏良は何者かに襲われたらしく、城之内は獏良を手当てしてくれたナムに感謝する。だがそれは、マリクと獏良の作戦だった…！

その頃、城之内を探す遊戯は、海馬とともに水族館へと向かっていた。遊戯と戦いたい海馬は城之内探しを手伝うのだが…。

タッグを組んで立ちはだかるグールズの刺客、光の仮面と闇の仮面。しかし海馬はあくまで遊戯の力はいらない、とひとりで倒そうとする。遊戯は、光の仮面の出した呪魂の仮面カードでターンごとにライフを削られるピンチにおちいる！　さらに敵は、いけにえ封じのカードで、上級モンスターの召喚をできなくしてしまうのだ！　次々と手を封じられ、海馬に直接攻撃が襲う!?　それを遊戯のクリボーが盾になり何とかしのぐのだが…。 その頃、グールズに捕らわれた杏子は、同じように捕まったモクバと出会う…。

グールズの光の仮面、闇の仮面のタッグを相手にした遊戯と海馬。遊戯のリバースカード・手札抹殺と、海馬の死者蘇生のコンボで、ブルーアイズの召喚に成功する！　しかもブルーアイズの力を上回る仮面魔獣を、墓地に置いた装備カードの力を加えて倒してしまう。しかし光の仮面は、弱体化と凶暴化の仮面カードコンボで再び優位に立つのだ…！ その頃、捕らわれた杏子とモクバは、脱出方法を見つける。モクバだけなら、ダンボールを積めば天窓から逃げ出せるはず、と…。

結束の力に納得した海馬。彼は遊戯に切り札を使わせるため、ブルーアイズをオトリに使うのだ。そして遊戯のマグネット・バルキリオンの合体で、優位に立つ。だが、光の仮面・闇の仮面のダッグは恐れていない？　その敵の策を察知した遊戯は、ブルーアイズの復讐にはやる海馬に言う。冷静に勝機をみきわめろ、と。

そして予想通り、敵は遺言の仮面の力で遊戯のマグネット・バルキリオンを奪ってしまうのだ！　だがそれも遊戯と海馬の作戦だった。ふたりの結束の力が、ついに神のカードを召喚する…!?

仮面のレアハンターコンビを倒した遊戯と海馬。杏子に助けられたモクバがヘリでやってきて、三人で童実野埠頭へと向かう。それはマリクの手に落ちたという城之内のいる場所だ。ヘリの中で海馬は、遊戯にマリクの正体を聞く。そこで遊戯が語るマリクとの因縁。マリクが千年アイテムを持つ者だということ、そして彼の目的が遊戯の抹殺であることも…。 だが海馬は、非科学的だ、と話を信じない。そこで遊戯は、実は今の自分は遊戯の中にいるもうひとつの魂なのだ、という話を告げるのだ…。

いよいよ童実野埠頭に到着する海馬のヘリ。そこにはやはり、マリクに洗脳された城之内が待ち構えていた。しかも、遊戯と城之内のデュエルは特別な仕掛けがほどこされていた。お互いに足かせをつけられ、それにつながる巨大なイカリが吊るされ、爆弾がしかけられているのだ。勝負が決まればイカリは海に落下し、勝者だけが足かせのカギを解けるという。

おまけに杏子まで洗脳され、ヘタなことをすれば彼女も殺されるのだ。確実にどちらかが海に引きずり込まれる死のデュエルが始まる…！

闇遊戯と､マリクに洗脳された城之内との生死をかけたデュエルは続く。城之内のデッキは、相手のプレイヤーに直接ダメージを与えられるよう、マリクにより禁止カードを入れたものだった。闇遊戯は城之内の「ファイヤー・ボール」のカードで攻撃をされ、直接ダメージを与えられてしまう。

どうしたら城之内の心を取り戻すことができるのかと苦悩する闇遊戯。その時、遊戯が闇遊戯に話しかけてきた。そして、遊戯が前面に立つことになる…。

城之内がこれまでずっと共に闘ってきた「レッドアイズブラックドラゴン」を召還し、城之内にそれを攻撃させることによって洗脳を解こうとする遊戯。遊戯の狙いどおり、レッドアイズを攻撃した城之内は、自分ではなぜだかわからないながらも、心の痛みを感じるのだった。

城之内を敗者にし自分だけが生き残ることができない遊戯は、千年パズルを自分の代わりに持っていてもらいたいと城之内に渡す。マリクは、千年パズルを海に投げ込み、２度とパズルが組みあがらないようにしろと城之内に命じるが…。

遊戯と、マリクに洗脳された城之内とのデスマッチは終盤を迎えていた。マリクは、ライフポイントが残り少なくなった遊戯にとどめを刺すよう城之内に命じる。しかし、遊戯の努力で次第に洗脳から目覚め始めた城之内は、もうマリクの言いなりにはならなかった。

そして残り時間は１分。マリクは「デス・メテオ」のカードで遊戯を殺そうとする。その瞬間城之内は「死ぬな、遊戯！」と叫び、完全に洗脳から覚めるのだった。城之内が心を取りもどしたことをよろこぶ遊戯は、伏せカード「精霊の鏡」を発動する。これは相手が魔法カードを発動したとき、その魔法を吸収し、操る力を持つカードだったが…。

遊戯はいよいよバトル・シティ決勝トーナメント進出を決めた。またデュエルで遊戯を葬ることのできなかったマリクも決勝トーナメントに向かう。一方、遊戯を仕留めるのに成功したら千年ロッドをもらうという約束をしていた獏良も、マリクから「どうしても千年ロッドが欲しいなら自力で決勝に来い」といわれ、バトルシティに参加するため重傷の身で病院を抜け出す

決勝進出の権利を勝ち取ろうとしていた獏良は、卑怯な手を使ってカードを集めていたかつてのバンデッド・キースの手下、佐竹・骨塚・高井戸と出会うが…。

バトルシティ決勝トーナメントの会場に向かう遊戯、城之内、舞たちの前に、リムジンが止まった。中から出てきたのは、ハリウッド・スターのジョン・クロード・マグナム。彼は、舞を迎えに来たという。

かつて豪華客船の上でデュエルをした舞とマグナム。そして舞の強さに惚れこんだマグナムは舞にプロポーズをし、｢デュエルに勝ったら結婚してあげる｣ という約束を取り付けていたという。マグナムはその約束を果たすため、舞とデュエルをしに来たのだ。マグナムの挑戦を受ける舞だったが…。

バトルシティ決勝トーナメントの行なわれる童実野スタジアムに、予選通過者たちが次々と集まり始める。決勝トーナメントに出場できるのは８名。海馬瀬人、遊戯、城之内、孔雀舞、ナムに変装したマリク、マリクと裏で取引をしている獏良、そしてマリクと名乗るリシドの７名が現れた。前回のデュエルで遊戯を殺すことができなかったマリクは打倒遊戯を誓い、一方の遊戯は、この戦いに勝って失われた王の時の記憶を取り戻そうとしていた。

そして集まった７人の前に、本当の決勝戦の舞台、飛行船「バトルシップ」が現れる。

バトルシティ決勝の会場、童実野市上空を飛ぶバトルシップ。いよいよ始まる決勝トーナメントは、なんとビンゴマシンでの抽選で決めるという。それぞれのデュエリストナンバーから選ばれた第一回戦の対戦は、獏良と遊戯だった！

そして二人は天空デュエル場へ。決勝は高度千メートルを飛ぶバトルシップ上部、外にむき出しのリングで行なわれるのだ。そこで遊戯は、デュエルの前に闇の獏良の正体を指摘する。獏良も、ついに千年リングに宿る闇の住人の人格であることを認める！　そして二人のデュエルが始まった…!!

高度千メートルを飛ぶバトルシップ上部での天空デュエル。闇獏良のフィールド魔法・暗黒聖域の効果で、遊戯のモンスターは怨霊に憑依され遊戯自身のライフポイントが削られていく。さらに獏良はウィジャ盤を召喚。Ｄ・Ｅ・Ａ・Ｔ・Ｈの５文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない！

Ｄ・Ｅ・Ａ・Ｔ・Ｈの５文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない！さらに怨霊がさまよう暗黒聖域では遊戯に打つ手はない。遊戯に残された唯一の手は、神のカード・オシリスの天空竜を引き当てること。しかも卑怯なことに、マリクは獏良の命を盾に遊戯を脅迫する。

バトルシティ決勝トーナメント一回戦で遊戯に敗れ、重傷を負った獏良。静香の ｢人の命はデュエルより大切なはず｣ という言葉に動かされた海馬は、バトルシップの中に待機している医療チームを獏良のもとに派遣した。

獏良のことを医療チームにまかせ、本田は御伽を連れて、なくなった獏良の千年アイテムを探す。本田が御伽を連れていったのは、御伽の静香に対する馴れ馴れしい態度に釘を刺そうとしていたからだった。しかし御伽はそれに反発し、２人は静香をめぐってケンカを開始。ケンカをするうち２人は柵の外から足を踏み外し……。

バトルシティ第２回戦は、抽選により城之内とマリクを名乗るリシドの対戦となる。リシドをマリクだと信じている城之内は、自分を洗脳した憎きマリクを倒すと意気込む。

そしてデュエルが始まった。リシドは徹底的にモンスターを出さず、フィールドにトラップカードでワナをはる戦術で戦おうとする。対する城之内は、リシドにありったけのトラップカードを出させる間に自軍モンスターを召還し、リシドがトラップカードを出し切った時 ｢ハリケーン｣ のカードでフィールドからカードを一掃し、モンスターで総攻撃をかける作戦を考えるが…。

城之内とマリクにふんするリシドの戦いは続く。リシドは城之内の裏をかき、狙いどおりトラップモンスター「アポピスの化身」を召還する。城之内は「スケープゴート」を伏せカードにしてリシドの攻撃を受けきろうとするが、逆にリシドのカウンター攻撃にあい、ライフポイントがわずか２００ポイントになってしまう。

弱気になった城之内は、降参寸前まで追い込まれるが、舞と静香にはげまされ、再び戦う勇気を取り戻すのだった。

一度はリシドを追い詰めた城之内だったが、リシドが召還したモンスター「聖獣セルケト」に自分のモンスターを食べられてしまい、なすすべがない。一方、リシドはデュエルの途中で幼い頃を思い出す。

デュエルが進むにつれ、「聖獣セルケト」は城之内のモンスターを食べ、攻撃力を吸収してますます強力になっていく。城之内は負けを覚悟しながらも、ライフがゼロになるまで諦めずに闘うことを宣言。城之内は、その正々堂々とした闘いぶりに、リシドがマリクでないことを直感する。

城之内とマリクに扮するリシドの戦いは続く。リシドは城之内を聖獣セルケトで攻撃しようとするが、マリクは ｢城之内を神のカード 『ラーの翼神竜』 でしとめ、王の一族としての証を見せろ｣ と命令する。そしてリシドはマリクの言葉に従い、聖獣セルケトと自らのライフポイント半分をいけにえに、聖柩に安置されたコピーカードの 『ラーの翼神竜』 を召還する。リシドの 『ラーの翼神竜』 の攻撃力は5825ポイント、それに対して城之内のライフポイントはわずか200ポイント。これで攻撃すればリシドの勝利は決定的だったが…。

バトルシティ決勝トーナメント第３回戦の抽選が行なわれ、舞とマリクの対戦が決まる。マリクの中には、それまでリシドによって抑えられていた凶暴な闇の人格が目覚めていた。遊戯や城之内らは舞を応援しようとするが、舞は「私はこれまでもひとりで戦ってきた」と応援を断る。しかし、それは舞の本心ではなかった。同級生で仲間同士の遊戯、城之内、本田、杏子らの中に自分が入っていないと思い込んでいた彼女は、そのさびしさから意地をはっていたのだ。

バトルシティ決勝戦３回戦、舞とマリクの「闇のゲーム」は続く。舞はマリクによって遊戯ら仲間の記憶を消され、舞がもっとも恐れる「孤独」の世界へ追い込まれていく。遊戯はそんな舞を救おうと千年パズルの闇の力を使って舞の意識の中に入っていく。そして、この孤独が舞の心にある恐怖感から生まれる幻想であり、精神力でそれを乗り越えるようはげますのだった。

仲間を忘れかけていた舞は、遊戯や城之内の応援の声を聞いて精神力を持ち直し…。

バトルシティ決勝トーナメント第三回戦は続く。舞はマリクから奪った神のカード「ラーの翼神竜」を召還するが、カードに浮かび上がったその力をあやつるための古代神官文字を解読することができず、なすすべがない。さらに舞はマリクの出した「ホールディングアームズ」「ホールディングレッグス」の２枚のカードの力により、背後にせりあがった「ウジャットの石版」に貼りつけられて身動きが取れなくなってしまう。

一方余裕のマリクは、「闇へのいけにえの儀式を始める」と宣言し、舞の解読できなかった呪文を唱えて「ラーの翼神竜」を起動。そして、その攻撃によって舞を焼き殺そうとする。

バトルシティ決勝トーナメント第４回戦がいよいよ始まろうとしていた。４回戦は海馬瀬人と、これまで姿を現さなかった８人目のデュエリストの対戦。相手を待ち受ける海馬の前に現れたのは、マリクの姉・イシズだった。イシズはかつてレアカードハンターの集団・グールズの壊滅のため、自らの持つ幻のレアカード「オベリスクの巨兵神」を海馬にあずけていた。そしてこの大会は、グールズをおびきよせるために２人が共謀して開催したものだったのだ。そのイシズが対戦相手と知り、おどろく海馬だったが…。

バトルシティ決勝トーナメント第４回戦、海馬瀬人とイシズのデュエルは続く。イシズのカードは海馬の攻撃によってことごとく墓地（セメタリー）に捨てられ、イシズの形勢は完全に不利に見えた。しかしイシズはまったくあわてる様子がない。そして海馬がイシズのデッキを完全に破壊したかに見えたその時、イシズはトラップカード「現世と冥界の逆転」を発動、反撃に出る。海馬はワナにかかったのだ。このカードは両者のデッキとセメタリーに眠るカードを入れ替える力を持っていた。そのため海馬のデッキはセメタリーに行き、セメタリーにあったイシズのデッキは生き返った。なんとかデュエルを続ける海馬だったが…。

海馬がイシズとのデュエルを制し、バトルシティの準決勝に進出する４名が出そろう。ラーのカードの分析を行なうモクバのいる管制室へ向かう海馬。そこで海馬は、画面に写った「ラーの翼羽竜」の恐るべき特殊能力が書かれた古代エジプトの文字、ヒエラルティックテキストを自分が理解できることにおどろく。それは古代エジプトでも特別な地位にいたものしか解読できなかった文字だった。海馬は自分に何かが起こっていることを感じる。

一方、遊戯、城之内らはデュエルで倒れた舞を見舞いに行く。そこに現れたイシズに、遊戯は、なぜイシズの弟マリクが遊戯たちの命を狙うのかを聞く。するとイシズは、古代エジプトの時代から墓守り一族として生きてきたイシュタール家の惨劇を話し出すのだった。

邪悪な意思に支配され、もう一つの人格に代わった「闇のマリク」対「闇の獏良」の「闇のデュエル」が始まろうとしていた。それは失われたライフポイントの分だけ、闇が体の一部を消していくゲームだった。獏良の中には、洗脳によってマリクの表の人格が植えつけられており、その「表のマリク」は闇のマリクに対して「お前を葬ることが亡き父へのつぐないだ」と復讐を宣言し、獏良に協力を申し出る。そして表のマリクは獏良に「闇のマリクを倒せば、千年ロッドを渡す」と約束するが、闇の獏良はそれだけでは満足せず、闇の力を手にするための暗号が書かれた、マリクの背中に彫られた碑文の意味も教えることを約束させるのだった。

「闇のマリク」と「闇の獏良」のデュエルが続く。獏良は最強の力を持つ神のカード『ラーの翼神竜』を召還し、マリクを倒そうとする。しかしそれはマリクのワナにはまることを意味していた。マリクはワナカード『歓喜の断末魔』を発動。このカードの効果によって獏良がいけにえにしたモンスターの攻撃力がマリクのライフポイントに加算され、一方獏良の『ラーの翼神竜』の攻撃力は０にされてしまう。ピンチになった獏良は、ラーをあきらめ、自分のライフポイントと引きかえに墓地からモンスターを召還して巻き返そうとするが…。

遊戯たちが乗る飛行船バトルシップは、いよいよバトルシティトーナメント決勝の舞台、アルカトラズ島に向かう。アルカトラズは海馬瀬人とモクバの養父で、海馬コーポレーションの創始者・海馬剛三郎が軍需産業で世界制覇をしようと考え、造った人口島だった。

しかし、到着寸前、バトルシップのコースは目的地をはずれ、制御不能となってしまう。原因は乃亜という謎の少年がコンピューターに不正にアクセスし、バトルシップを誘導していたからだった。バトルシップはコントロール不能のまま、海上に浮かぶ巨大要塞に強制着陸させられる。そこで遊戯たちを待っていたのは、「デッキマスターシステム」という新たなルールをもちいたデュエルだった。遊戯たちはこの新たなデッキマスターシステムを使いこなすことができるのか!?

遊戯たちは、元海馬の部下・ビッグ５たちに特殊ルールのデュエルマスターシステムでのデュエルを挑まれ、バラバラにバーチャル空間に放り込まれる。遊戯が放り込まれたのは霧のかかる沼地。その沼から現れたモンスター、「深海の戦士」はビッグ１がデッキマスターとして選んだモンスターだった。 遊戯はデッキマスターに選んだ時の特性がわからないまま、このデュエルのために組みなおしたデッキの中からデッキマスターとして使うカードを考える。遊戯は使い慣れた「ブラックマジシャン」を選ぼうとするが、その時勝手に「クリボー」のカードからクリボーが出現してしまい、デッキマスターはクリボーに決まる。そして第１試合、遊戯対ビッグ１のデュエルが始まる。もしこのデュエルに負ければ、遊戯の魂はバーチャル世界に永遠に閉じ込められ、肉体をビッグ１に乗っ取られてしまうため、負けることは許されなかった。 しかしビッグ１は遊戯の中に普段の遊戯とは別に、デュエルをしている時のタイプＢという遊戯がいることや、その行動パターンなどを事前に分析していた…。

今回のキーポイントはビッグ１のデッキマスター「深海の戦士」。モンスターを２体生贄に捧げ、敵のモンスターへの攻撃を無効にし、その攻撃ポイントを相手のライフポイントから引くという「リフレクターホール」という技を持っている。

遊戯対ビッグ１のバーチャル世界でのデュエルは続く。「深海の戦士」をデッキマスターにしたビッグ１は、相手の攻撃をはねかえし、相手のライフポイントをけずる特殊能力「リフレクターホール」を使い、遊戯を攻撃する。このバーチャル空間では痛みさえも再現されるため、遊戯はその痛みにたえなければならなかった。遊戯は苦しみながらも反撃するが…。

一方海馬とモクバは、謎の少年・乃亜に、自分たち兄弟のつらい生い立ちを、過去の仮想現実として見せられていた。そして海馬が笑顔を見せなくなった、運命の日のことも…。

それは海馬が10歳の時、海馬コーポレーション社長でチェス世界大会６連覇の海馬剛三郎に会った日のことだった。海馬は剛三郎に「自分が勝ったら、兄弟で養子にしてくれ」と戦いを挑む。それは今なお続く、海馬の計画が動き出した瞬間でもあった。

今回のキーポイントは、1000ポイント以上のダメージを受けたときに手札から特殊召喚することができるモンスター『精霊王ルクランバ』。その特殊能力は、自身を生贄にささげることで攻撃力の合計2000以下のモンスターを場に特殊召喚できるというもの。モンスターがいなくなったと思った遊戯だったが、ルクランバの特殊能力のおかげで、新たに２体のモンスターが召喚されていた！

謎の少年・乃亜によってバーチャル世界へと送り込まれた遊戯たち。そこで待っていたのは、かつて海馬コーポレーションをめぐる闘いで倒したはずの海馬コーポレーション元重役・ビッグ５だった。肉体を失い、電脳世界をさまようビッグ５は、遊戯たちをバラバラにデュエルフィールドに落とし、強制的にデュエルをさせる。そのデュエルは、もし負けたらビッグ５に肉体をゆずり、永遠に電脳世界で生きなくてはならないという危険な闘いだった。

一人荒野の世界に放り込まれた杏子は、ガケの上で気を失って倒れているところをペンギンに起こされ、ペンギンの神殿があるペンギンの世界にみちびかれる。そこへ現れたビッグ２は杏子のミュージカル役者への夢を否定し、挑発する。そして杏子にデュエルを申し込み、勝って杏子の肉体をうばうと宣言するのだった。

氷結の海をフィールドにしたデュエルを強いられる杏子。この世界から脱するには、デュエルに勝つしかない。杏子はデッキとなるカードを選び、デッキマスターを「ブラックマジシャンガール」に指定。一方、ビッグ２のデッキマスターは、今回のキーポイントとなる「ペンギンナイトメア」。そのデッキマスター能力は、自軍の水属性モンスターをパワーアップさせること。ビッグ２はこの能力を使いシーザリオンの攻撃力をアップさせ、氷上の戦いを有利に運ぶのだった。

ビッグ２とのデュエルで追いつめられた杏子は、最後の望みをかけてデッキから１枚のカードを引く。そのカードが今回のキーポイント「マハーヴァイロ」。これはかくれた能力をもつすぐれた魔術師で、遊戯が自分に一番似ていると言っていたカードだ。ビッグ２の場にある「トビペンギン」は攻撃力2200。マハーヴァイロの攻撃力は1550で、魔法カード「魔術の呪文書」を装備させたとしても、攻撃力は2050にしかならない。そのかくれた能力を使って、杏子は勝利することができるのか？

一方、海馬瀬人とモクバは、乃亜のたくらみによって幼い頃のバーチャル映像を見せられる。それは海馬が10歳で、モクバが５歳の頃、２人が海馬剛三郎の養子になった時の映像だった。瀬人は海馬コーポレーションの社長の後継ぎとなるべく、スパルタ教育を受けさせられていた。幼い時のつらい記憶を見せられた海馬瀬人は、乃亜に「どうして今更こんなものを見せるのか？」と怒りをぶつけるが…。

バーチャル世界をさまよう城之内は、偶然にもバトルシップを発見。その中では、意識不明になったままの舞が眠っていた。マリクへの憎しみを新たにする城之内の目の前で、舞が目を開ける。舞が意識を取り戻したとよろこぶ城之内だったが、舞の口から出たのは男の声。そして舞は男の姿に変化する。その男は、海馬コーポレーションの顧問弁護士・大岡ことビッグ３だった。

城之内とビッグ３は、城之内の肉体を賭けてデュエルを始める。ビッグ３が用意したデュエルのフィールドは、大法廷。ビッグ３はデッキマスターに選んだ「ジャッジマン」となる。

一方、城之内が選んだデッキマスターは、今回のキーポイント「炎の剣士」。今までのデュエルで何度も一緒に戦ってきた、信頼できるモンスターだ。デッキマスター能力は、炎の剣士の攻撃力を100ポイント単位で戦士族モンスターの攻撃力に与えることができるというもの。ジャッジマンが攻撃力1800の「ヒステリック天使」を召喚したのに対し、城之内は同じ攻撃力の「鉄の騎士ギアフリード」を召喚。デッキマスター能力で攻撃力を500アップし、相手を撃破する。このまま城之内は一気にビッグ３を倒せるのか？

城之内VSビッグ３のデュエルは続く。ビッグ３の反撃をくらい、ピンチに追いこまれた城之内は、魔法カード「悪魔のサイコロ」と「天使のサイコロ」を使って逆転を狙うが、失敗してしまう。

次に城之内が出したのが、今回のキーポイントであるトラップカード「ギャンブル」。これは、相手の手札が６枚以上、自分の手札が２枚以下の時に発動でき、コインの裏表を当てれば自分の手札が５枚になるまでドローできるが、もしはずれれば次の自分のターンはスキップされてしまうカード。手札０枚、モンスター０という絶体絶命に追いこまれた城之内は、果たしてこのギャンブル成功するのか？

遊戯たちはビッグ５のうち３人を倒し、残す相手は２人になった。謎の少年・乃亜が次なるターゲットとしたのは、本田・御伽・静香の３人組。３人はバーチャル世界をさまよううち、野原に浮いているとびらを開けてしまう。そこは工場のようなところだった。そして、そこにはかつて海馬コーポレーションの軍事工場をまかされていたビッグ４の大田総一郎が待っていた。

ビッグ４は本田・御伽・静香に３対１のデュエルをいどんでくるが、本田と御伽はデュエル未経験者の静香をかばい、２人で闘うと宣言する。しかしビッグ４は３人とのデュエルに勝って、３人分の肉体をうばうことをねらっていたため、それをゆるさない。そこで静香は、みずからデュエルすることを申し出、３対１のデュエルをすることが決まる。

今回のキーポイントはビッグ４のデッキマスター「機械軍曹」。ビッグ４は、デッキマスター能力「支援砲撃」で、手札から捨てた機械族モンスターカード１枚につき500ポイントのダメージを本田たち一人一人に与える。さらに、デュエルのルールがわからない静香は、ビッグ４の標的になり攻撃を受けてしまうのだった…。

ビッグ４対本田、御伽、静香の１対３のデュエルは、静香をかばった本田が攻撃を受けてゲームオーバーとなり、姿を消す。そのショックでデュエルができなくなった静香を見て、御伽は反撃をちかう。

そんな御伽が使用した２枚のカード、「ダイス・ダンジョン」と「ディメンジョン・ダイス」が今回のキーポイント。これで御伽は、得意のダンジョンダイスのフィールドを作る。おたがいのフィールドに出ているモンスターを一体選び、ダンジョンエリアに配置、それぞれダイスを振り、出た目に応じた効果を受けた後、バトルが開始された。ダンジョンダイスモンスターズの考案者・御伽は自分の得意のデュエルに持ち込み、勝利をおさめられるのか？

海馬とモクバにいきなり木刀でおそいかかる本田。その正体は、本田の肉体をのっとったビッグ４だった。その時、猿ロボットが海馬を守る。実はその猿ロボットこそが、姿を変えられた本田だったのだ。

猿ロボットに攻撃をはばまれたビッグ４は、モクバをさらってバイクで逃走。海馬もバイクでそれを追いかける。しかし、海馬の行く手に待っていたのは、ビッグ５だった。ビッグ５は、「モクバのもとに向かいたければ、オレを倒していけ」と海馬にデュエルを申し込む。そして、海馬と元側近・ビッグ５のデュエルが始まった。

しかし、海馬の伏せたカードが効果を発揮する前に破壊されていく。それは今回のキーポイントとなるビッグ５のデッキマスター「サイコショッカー」によるものだった。この「サイコショッカー」はトラップカードを破壊する能力があり、海馬は思わぬ苦戦を強いられるのだった。

ピンチに立たされた海馬は、形勢逆転をねらい、魔法カード「大嵐」を出してビッグ５のコンボをすべて封じようとするが、逆にビッグ５のカウンター攻撃にあい、さらに不利に追いこまれる。そして絶体絶命の海馬にとどめをさすかのように、ビッグ５は今回のキーポイントである「サテライトキャノン」を発射する。これは、海馬の養父・海馬剛三郎が作った兵器。地上３万６千キロの上空に浮かぶ衛星から発射された「サテライトキャノン」のビームは、厚い雲を突き破ってデュエル場に迫り、海馬の近くで爆発する。あたりにすさまじい衝撃が走り、コンクリートは真っ赤に溶ける。

レベル７以下のモンスターの攻撃を受けつけない上、ビッグ５のターンが終わるごとに1000ポイントづつ攻撃エネルギーをためていく強力な兵器「サテライトキャノン」のあまりの威力に、海馬はがく然とするが…。

海馬瀬人を倒そうとする謎の少年・乃亜は、瀬人の弟モクバをさらい、瀬人の冷酷さをモクバに吹きこんで瀬人を裏切るようにすすめる。しかし何を言ってもモクバが兄・瀬人への忠誠をちかうため、ついに乃亜はモクバに催眠術をかけ、自分の忠実な弟として洗脳してしまうのだった。

一方ビッグ５とのデュエルを制した瀬人は、どこからか流れてきた乃亜とモクバの声を聞く。その時突然瀬人の目の前にトンネルが現れた。これが乃亜のさそいだと直感した瀬人は、モクバを救うためトンネルの中へ走っていく。

瀬人の前に現れる乃亜とモクバ。瀬人はモクバの手をひいて連れて帰ろうとするが、洗脳されたモクバはそれをこばむ。「そうまでしてオレに勝ちたいのか」と怒る瀬人に対し、乃亜は「思い上がるな。お前はしょせんオレの当て馬だ」と笑う。自分が乃亜の当て馬とはどういう意味かと疑問に思う瀬人に対し、乃亜はついにその正体を明かす!

遊戯たちの前に本田の姿をしたビッグ5が再び現れる。ビッグ5の5人は生身の肉体を手に入れることをあきらめきれず、ゆいいつうばった本田の体に入り、再びデュエルを申し込みに来たのだった。もし勝てば本田の肉体を返してもらうことを条件に、遊戯と条之内はビッグ5とのデュエルを始める。

デッキマスターに遊戯は「ブラックマジシャン」、条之内は［炎の剣士」を選ぶ。そしてビッグ1は最初のドローでいきなりフィールド魔法「伝説の都アトランティス」を発動する。

今回のキーポイントは、この「伝説の都アトランティス」。フィールドにはアトランティスの大神殿と大波が現れた。手札とフィールド上の水属性モンスターはレベルが１つ少なくなり、フィールド上の水属性モンスターは攻撃力と守備力が200ポイントアップするというこのフィールドの特性を生かし、ビッグ5はデュエルを有利にすすめるのだった。

遊戯＆城之内ＶＳビッグ５のデュエルは続く。ビッグ５は遊戯よりも弱い城之内を集中攻撃。今回のキーポイント「機械王」を召喚させ、自分自身もふくめて表になっている機械族モンスター一体につき攻撃力を100ポイントアップさせる。そして、城之内のライフポイントはついに300ポイントにまで減ってしまう。

城之内は遊戯に後を頼むが、遊戯は初心者でもワナだと見抜けるような伏せカードを出す。遊戯らしからぬ幼稚な戦略に、デュエルを見守る仲間たちは疑問を抱く。しかし遊戯が二重のワナをかけていることに誰も気づいていなかった。そして遊戯の本当の狙いも…。遊戯の秘策とは?!

遊戯＆城之内ＶＳビッグ５のデュエルは続く。

今回のキーポイントは「霧の祭壇」が発動される３ターン目、ビッグ５は、５ターン以内に場か手札から地、水、炎、風、闇の５つの属性のモンスターをいけにえにささげる「邪龍復活の儀式」を開始する。そして、「このモンスターが召喚されたら俺たちの勝ちは決まった」と言い、５人のデッキマスターにより「ファイブ・ゴッドドラゴン」を召喚する。ファイブ・ゴッドドラゴンは攻撃力5000という強大な力を持つモンスター。遊戯と城之内はピンチに立たされるのだった。

追いつめられた城之内はデッキマスター「炎の剣士」を召喚、後を遊戯にたくす。遊戯もデッキマスター「ブラック・マジシャン」を召喚。自分たちもデッキマスターを融合し、「黒炎の騎士　ブラック・フレア・ナイト」を召喚する。このモンスターは攻撃力2200。これで攻撃することは自殺行為に見えたが…。

乃亜に弟モクバをさらわれた瀬人は、海馬コーポレーションの開発した海馬ランドの中にみちびかれ、乃亜のもとに向かう。

瀬人が到着したのは、太古の地球を再現したバーチャル世界。そこに待っていた乃亜は、海馬コーポレーションの技術があれば世界を支配できると言い、「海馬コーポレーションの総帥としてどちらがふさわしいのかを決めよう」と瀬人にデュエルを申し込む。しかし乃亜の葬儀の記録フィルムを見た瀬人は、「死んだ奴と闘っても無意味だ」と言い放つ。すると乃亜は、自分の生い立ちの秘密をついに明かした。そして瀬人と乃亜のデュエルが始まった！

ヴァンパイアロードの吸血能力で優位に立つ瀬人だったが、乃亜は今回のキーポイントである魔法カード「地割れ」でヴァンパイアロードを消し去った。一度は復活したヴァンパイアロードだが、乃亜のくり出したトラップカード「地殻変動」により再び消滅。さらに乃亜は、魔法カード「大洪水」を発動させ…。

瀬人VS乃亜のデュエルは続く。乃亜は今回のキーポイントであるデッキマスター「奇跡の方舟」の特殊能力を発動し、墓地にあるカードと墓地に送られるべきカードを方舟に収容して、瀬人の攻撃力を封じる。

瀬人も負けじと攻撃をするが、乃亜は「奇跡の方舟」のもうひとつの特殊能力である絶対防御を発動。攻撃されたのと同じ数だけの守備モンスターを出現させることができるため、瀬人の攻撃は届かず、瀬人は圧倒的なピンチに立たされる。そして乃亜は「すべてにおいて僕は君よりすぐれている」と勝利宣言をする。しかし瀬人はその上を行く秘策を用意していた。そして乃亜にとどめをさそうとするが、その時洗脳された瀬人の弟・モクバが乃亜をかばおうと姿を現し…。

瀬人VS乃亜のデュエルは続く。瀬人はあと一歩で勝てるところまで乃亜を追いつめるが、乃亜によって洗脳された弟・モクバが乃亜をかばおうと立ちはだかったため、攻撃を続けることができない。反撃のチャンスを得た乃亜は、さらにデッキマスター「奇跡の方舟」の第三の能力「生命の回復」でライフポイントを回復した上、すべてのモンスターを破壊する魔法カード「ブラックホール」を発動して圧倒的な優位に立つ。そして乃亜は、じわじわとなぶり殺すように瀬人へ攻撃し続けるのだった。

一方、絶体絶命のピンチに追い込まれた瀬人は、なんとか洗脳されたモクバの記憶を呼び覚まし兄弟のきずなを思い出させようと、２人をつなぐカード「ブルーアイズホワイトドラゴン」をくり出した。このカードで海馬はモクバの記憶の封印を解くことがきるのか？

遊戯は、乃亜によって立像に変えられてしまった瀬人のライフポイントを受けつぎ、乃亜にデュエルを申し込む。しかし乃亜のライフポイント7400に対し、遊戯が引きついだ瀬人のライフポイントは400。遊戯は最初から圧倒的に不利な状況の中、デュエルを始める。

果敢に戦いをいどむ遊戯だが、乃亜のデッキマスター「天界王シナト」の特殊効果により、モンスターを守備表示にしていたにもかかわらず、ライフポイントをへらされてしまう。絶体絶命の遊戯に、乃亜は「なぜ君はこんなムチャなデュエルを買って出るのか？」と問う。それに対して遊戯は「僕と瀬人は宿敵だが、僕たちの間にはデュエリストとしてのきずながある」と答える。そして「勝つために手段を選ばないお前を倒す」と宣言するのだった。

攻撃の手をゆるめない乃亜は、インダストリアルイリュージョン社の創始者・ペガサスが東洋の神秘をモチーフにして作った幻のシリーズ「スピリットモンスター」のカードを切り札として出す。「スピリットモンスター」の特殊効果により、乃亜はカードを出すたびにライフポイントを回復していくことができ、ますます優位に。しかし、大ピンチの遊戯は、瀬人の残したカード「サイバーポット」を引き当てる。今回のキーポイントである「サイバーポット」は、フィールド上のすべてのモンスターを破壊するカード。遊戯はこのカードによって土壇場の反撃に出る。

遊戯はライフポイント100になりながらも、ポイント10000の乃亜に立ち向かい、すこしづつライフポイントを回復していく。しかし乃亜はデッキマスター能力を発動してライフポイントを10000以上にまで増加させ、さらに遊戯の仲間たちをターンが来るごとに石に変えていくと宣言。御伽につづき、本田、静香と次々と石に変えられていく。

ピンチの遊戯は、今回のキーポイントであるトラップカード「黒魔族復活の棺」をくり出した。このカードにより、乃亜がモンスターを召喚した瞬間に遊戯は墓地にいる黒魔族「ブラックマジシャン」を一体復活させ、反撃を開始する。

しかし、仲間が石に変えられていくことは、遊戯を精神的に追いつめていく。そんな遊戯に対し、乃亜は「自分に協力すれば、瀬人とモクバ以外の仲間を元にもどしてやる」と誘惑。その言葉に、一瞬心がゆらぐ遊戯。しかしその時、石へと変化する寸前の城之内が「最後まで戦い、勝て」という言葉をのこした。城之内の言葉に目をさました遊戯は、力でねじふせようとする乃亜に対し、闘志を新たにする。そして心の中の仲間の声に耳をかたむけ、逆転を信じてデュエルを続けるのだった。

遊戯は、海馬の残した３体の「ブルーアイズ」のカードにより乃亜を破った。その瞬間、乃亜によって石像にされていた城之内、杏子ら仲間たちも、次々と元にもどる。しかしよろこびもつかの間、そんな城之内らに、乃亜は「君たち自身がバーチャルで、本当の君たちの肉体は、バーチャルシュミレーターの中で眠っている」という事実を知らせる。そこへとつじょ、死んだはずの海馬コーポレーションの創始者・海馬剛三郎が現れる。剛三郎は死ぬ直前、記憶をコンピューターに移し替えていたため、バーチャルな存在としてよみがえることができたのだ。 剛三郎は、その魂だけの存在で世界中のコンピューターネットワークをハッキングし、世界を意のままにあやつろうとしていた。さらに剛三郎は、「今遊戯たちのいるバーチャル世界のプログラムを改ざんし、現実世界とバーチャル世界をつなぐ出入り口を消した」と言う。遊戯たちはこのまま永遠にバーチャル世界から抜け出せないのか？

乃亜はモクバの肉体を奪い一人現実世界へ脱出し、要塞へ向けたミサイルのスイッチを押す。後にモクバの優しい言葉を思い出して引き返すが、発射機器をマリクに破壊され、止めることができない。一方、海馬と剛三郎はデュエルで決闘。

ミサイルは刻一刻と要塞に向かっている。乃亜は、杏子たちから順にバーチャル世界から現実世界へ脱出させる。海馬は剛三郎とのデュエルに勝ち、遊戯と共に間一髪で脱出する。乃亜は自らバーチャル世界へ帰り、剛三郎と共に消える。

遊戯たちを乗せたバトルシップは、バトルシティトーナメント決勝戦の舞台、アルカトラズへ到着する。準決勝に残っているのは、遊戯、海馬、城之内、マリクの４名。その組合せは、デュエルで決められるという。ルールは同時に４人が戦い、先に負けた２人がトーナメント準決勝第１戦を戦うというバトルロイヤル方式。自分の戦いたい相手を意図的に選ぶことができるため、心理的なかけひきを必要とされるゲームだ。４人はそれぞれの思いを胸に攻撃対象をしぼり、デュエルを開始する。

今回のキーポイントは、バトルロイヤルで一番最初に海馬が召喚した「ブラッド・ヴォルス」。このカードにより、バトルロイヤルの火ぶたが切って落とされた。

バトルシティ準決勝の対戦相手を決める、遊戯、城之内、海馬瀬人、マリクのバトルロイヤルは続く。誰をつぶし、誰と準決勝で対戦したいか、それぞれのおもわくがうずまく中、遊戯は親友・城之内と準決勝で対戦することを願う。まずは一番弱い城之内をつぶそうとする海馬の攻撃から、城之内をかばおうとしていたのだ。

一方、マリクは準決勝で遊戯と戦うため、ほかの２人を消そうとする。そしてマリクは、今回のキーポイント「ニュードリュア」で自分より攻撃力の高い海馬のモンスターを攻撃、自分の受けたダメージを「痛恨の呪術」のカードで城之内にうつし変える。城之内はライフポイントを一気にへらされ、ピンチに立たされることに。

　そんなマリクにダメージをあたえたのは遊戯だった。遊戯はマリクの罠（トラップ）をカウンタートラップで返し、マリクのライフポイントをけずることに成功するが…。

準決勝の対戦相手を決めるバトルロイヤルは、遊戯と海馬が優位に立ち、城之内とマリクはおいこまれていた。マリクを倒し、早く舞をすくいたい城之内は、攻撃対象をマリクにしぼる。しかし、そこで早く城之内を片づけたい海馬が城之内を攻撃。城之内のモンスターは消されてしまう。

そして遊戯のターン。海馬のフィールドには攻撃表示のブレイドナイト・リバースカード２枚。マリクのフィールドには攻撃表示のダークジェロイド。城之内のフィールドにはリバースカード１枚。城之内と準決勝を戦おうと思っている遊戯は、圧倒的に不利な城之内をねらわず、今回のキーポイント「暗黒魔族ギルファー・デーモン」で海馬かマリクを先にたおすことを考えていた。マリクに攻撃を宣言しようとしたその瞬間、城之内が遊戯に声をかけた!!

バトルシティ準決勝第１戦は城之内VSマリクに決まり、いよいよデュエルタワー頂上での戦いがはじまる。このゲームはモンスターにあたえられたダメージをデュエリストがそのまま体感するというルールで、負ければ意識を消されてしまう闇のゲームだった。城之内はこの恐怖のゲームを、マリクに意識をうばわれた舞をすくうため果敢に戦おうとしていた。

　互角に戦いをスタートさせたように見えた城之内だったが、モンスターにまきついたマリクの「プラズマウィール」からの電撃を受け、そのショックで苦しむ。しかし、舞の受けた苦しみに思い出し、闘志を新たにするのだった。

だが城之内は、マリクが魔法カード「埋葬されし生け贄」で召喚した今回のキーポイント「地獄詩人ヘルポエマー」によってターンごとに手札からカードをうばわれることに。そして、スケープゴートを攻撃しなかったことを警戒した城之内は、手札のサイコショッカーを使用せず、様子を見るために「ロケット戦士」を召喚。このカードの特殊能力は…？

城之内vsマリクの準決勝は、モンスターに与えられたダメージをデュエリストがそのまま体感するというルールで、負ければ意識を消されてしまう闇のゲーム。勝って孔雀舞を救いたい城之内だが、マリクが召喚したへルポエマーによってターンごとに手札からカードが奪われてしまう。

マリクと城之内の準決勝第一戦が続く。マリクが城之内の場に召還した攻撃力3000のモンスター「ラヴァ・ゴーレム」により、城之内は鉄のオリに閉じこめられ、ターンごとにライフ1000ポイントをけずられることに。何か裏があると警戒する城之内だったが、果敢に攻撃をしかける。しかしマリクのワナにかかり、「ラヴァ・ゴーレム」の灼熱と「プラズマイール」の電撃を体感させられ、苦しめられるのだった。 　残った城之内の手札は、今回のキーポイントである「天使のサイコロ」たった１枚。これは攻撃力500以下のモンスターの攻撃力を出た目の数だけ倍にさせることができるというもの。そして運命をかけて城之内がデッキから引いたカードは、８つ星の上級モンスター、「稲妻の戦士（ギルフォード・ザ・ライトニング）」だった。しかし、このモンスターを召還するためにはいけにえが必要。そこで城之内が考えついた逆転をねらった作戦tとは…。

城之内とマリクのデュエルも大づめをむかえていた。マリクは神のカード「ラーの翼神竜」の第三の能力を使い、城之内と彼のモンスター「ギルフォード・ザ・ライトニング」を炎で攻撃する。炎に焼かれた城之内は、意識を失いかけながらも強い精神力でデュエルを続けようとするが、神の攻撃を受けた城之内だったが、ギアフリードを召喚。死者蘇生の効力の消えたラーがマリクのフィールドからいなくなっている状態なので、このギアフリード攻撃でマリクを倒すことができるが・・・。

準決勝第２戦、遊戯VS海馬のデュエルが始まる。宿命のライバル同士の対戦にふさわしい舞台として、海馬はソリッド・ビジョンによる「天空コロシアム」を用意。フィールドには、多くの観客でうめつくされた古代ローマのコロシアム風の光景が現われる。　遊戯と海馬、２人のデュエルのスタート直後はまったくの互角。しかし、海馬は今回のキーポイントであるマジックカード「マジックサンクチュアリ」を発動する。これにより、おたがいにデッキから魔法カードを１枚手札にくわえることができ、さらに永続魔法の効果として、相手のターンでも魔法カードを使用可能となった。そして、遊戯にもカードを選ばせるリスクをおかしてまで海馬が手に入れたカードとは…？

準決勝第２戦、遊戯VS海馬のデュエルが続く。神のカードを持つ者同士の闘いは、どちらが先に神のカードを召喚するかを読みあい、けん制し合う緊迫した展開となっていた。

　海馬は、攻撃力2800という強力なモンスター「XYZドラゴンキャノン」を召喚する。遊戯には、これに対抗できるほどのモンスターはなく、しかも海馬の「オベリスク」の封印も次のターンで解けてしまうため、遊戯に勝機はないかに見えた。しかし遊戯はリバースカード「魂の綱」を使って、今回のキーポイントである「キングスナイト」を召喚。さらに、このキングとクイーンが場にそろったことにより、デッキからジャックのカードを特殊召喚することに成功する。そしてこの３体をいけにえにして…。

準決勝第２戦、遊戯VS海馬のデュエルは、遊戯につづき、ついに海馬も神のカードを召喚。今回のキーポイントである遊戯の「オシリスの天空竜」と海馬の「オベリスクの巨神兵」という、神対神の一騎打ちとなった。「オシリスの天空竜」の特殊能力、召雷弾は、相手がフィールドへモンスターを召喚するごとに、モンスターに2000ポイントのダメージを与え、「オベリスクの巨神兵」の特殊能力、ゴッドハンドクラッシャーは、いけにえを２体ささげることによって、相手プレイヤーとモンスターに4000ポイントのダメージを与える。２人はさまざまなカードを使って、いかに自分の「神」の攻撃力を上げ、相手の「神」の攻撃力を下げるかに専念。たがいに攻撃するタイミングをはかりながら、デュエルはにらみ合いがつづく。

遊戯はマジックカード「手札抹殺」と、トラップカード「堕天使の施し」によって手札を６枚に増強し、「オシリス」の攻撃力を一気に6000にアップ。優位に立ったかに見えた。しかし、海馬はゴッドハンドクラッシャーを発動、遊戯のライフポイントを一気にへらすという手に出る。勝負はこれで決まってしまうかに見えたが・・・。

遊戯vs海馬のデュエルは、神のモンスター対神のモンスターの一騎打ちとなり、互いの攻撃力4000同士でついにぶつかり合う！その瞬間、遊戯と海馬は強烈な光に包まれ、古代エジプト世界へと飛ぶ。２人は巨大王宮の中で、「白き竜」を操る若き神官・セトと、「黒き魔術師」を操る名もなき王がデュエルをしている姿を見る。その姿は遊戯がかつて見た、古代エジプトの石版に彫り込まれていたデュエリストたちの姿だった。

遊戯vs海馬のデュエルは、神のモンスター対神のモンスターの一騎打ちは相打ちとなった。この後、海馬は、３体の「ブルーアイズホワイトドラゴン」の召喚に成功。遊戯との攻撃力の差はさらに広がり、遊戯は絶体絶命のピンチに立たされる。その時、マリクとの闘いで意識不明に陥っている城之内の言葉が…。

遊戯vs海馬のデュエルはいよいよ大詰めを迎える。怒りや憎しみに満ちた過去を踏み越えていくことがパワーの源であるという海馬。一方、遊戯は「過去の積み重ねが今であり未来へと続く」、そして「怒りや憎しみでは勝利は得られない」とブルーアイズ・アルティメット・ドラゴンに挑む!!

遊戯VS海馬のライバル同士のデュエルは、遊戯の勝利で幕を閉じ、負けた海馬はがく然とする。そんな海馬に遊戯は、「お前は“憎しみ”という自分の心に巣食うモンスターに負けたが、自分は城之内との友情の力で勝ったのだ」と語る。しかし海馬は、「友の力など必要ない」と言って、その場を去ろうとする。

その海馬を城之内が呼び止め、三位決定戦のデュエルを申しこむ。海馬は、デュエリストとして格下に見ている城之内からの申し込みを相手にしていなかったが、挑発的な言葉に怒り、「真のデュエリストに友情など必要ないことを思い知らせてやる」と言い放って、ついにデュエルを受けて立つのだった。

城之内VS海馬のデュエルが始まった。城之内は、海馬のくり出してきた今回のキーポイントである「死のデッキ破壊ウィルス」により、序盤からピンチに立たされるが…。

城之内VS海馬のデュエルがつづく。城之内はデュエリストとして格上の海馬を相手に成長を見せ、強運にもささえられ、互角に闘っていた。しかし、海馬の出した「ブレイドナイト」のカードに攻撃され、すぐに逆転されてしまう。城之内も反撃しようとするものの、やはり海馬の圧倒的な強さの前には歯が立たない。

そして、ついに海馬は今回のキーポイントである強力なモンスター「ブルーアイズホワイトドラゴン」を召喚。力の差を見せつけるかのように、早くもとどめをさそうとするが…。

城之内VS海馬のデュエルは佳境に入っていた。海馬は「死者蘇生」のカードで一度消滅した超強力モンスター「ブルーアイズホワイトドラゴン」を復活させ、ますます優位に立つ。しかし城之内も今回のキーポイント「時の魔術師」をくり出し、ねばり強く反撃。海馬の「ブルーアイズホワイトドラゴン」を時のかなたへ消し去ろうとするが…。そしてついに２人の勝負に決着が着く。

一方、遊戯はマリクの姉・イシズに呼び出され、「弟の闇の人格をたおせるのはあなたしかいない。弟をすくってほしい」とたのまれる。遊戯は決勝戦でマリクに勝って、マリクを闇の人格から解きはなとうと決意するのだった。

バトルシティはついに決勝戦、遊戯VSマリクの対戦をむかえようとしていた。遊戯のライバル・海馬は、遊戯が勝つ可能性はほとんどないと考え、マリクの「ラー」のカードに対抗できる唯一のカード、「デビルズサンクチュアリ」を遊戯にわたす。遊戯は海馬らしからぬ行動におどろきながらも海馬を信じ、もらったカードをデッキに入れる。

そして遊戯VSマリクのデュエルが始まった。マリクは「闇のゲーム」という名のおそろしいルールを用意していた。それはマリクの表人格と、王の宿主であるもうひとりの遊戯を生贄としてはりつけにし、プレイヤーが失ったライフポイントの分だけ、生贄の肉体が消されていくというものだった。

遊戯は、マリクの闇人格をたおし、闇の世界に意識を閉じこめられている仲間の舞や、もうひとりの自分をすくうための方法があるはずだと信じ、闘いにのぞむ。

最初のターンでマリクがくり出してきたのが、今回のキーポイントである「速攻の吸血蛆（ウジ）」。これは、１ターン目から攻撃が可能なため、遊戯のいけにえは早くもダメージを受けることに…。

遊戯VSマリクの決勝戦が続く。遊戯は「オシリスの天空竜」を召喚し、優位に立ったかに思われたが、マリクは今回のキーポイントである不死の能力を持つ「ラーのゴッドフェニックス」を召喚。そして、２体の神のモンスターがにらみ合う。 　遊戯はオシリスでラーを攻撃するが、このターンで不死の能力をそなえたラーには通じず、逆にマリクのゴッドフェニックスにオシリスを撃破されてしまう。さらにマリクは「ゾンビの宝石」のトラップカードにより、一度は遊戯のものになった「死者蘇生」のカードを再び手に入れ、次のターンでまたしてもラーを召喚することが可能になる。遊戯は次のターンでラーに攻撃されれば敗北という、まさに絶体絶命の状態にまで追いつめらてしまう。

遊戯とマリクの決勝戦が続く。遊戯はついに神のカード「オベリスクの巨神兵」でマリクをダイレクト攻撃し、マリクのライフポイントを大幅に減らすことに成功。しかし、いけにえとされている善良なマリクの表人格は、マリクのライフポイントが減っただけ闇の世界に消えていくことを意味する。その一方で、マリクに勝たなければ遊戯の表人格は闇へ消されてしまう…。遊戯はそのジレンマに苦しみ、本当に倒すべきマリクの闇人格を消すにはどうすればいいのか悩むのだった。

その頃、マリクの表人格はマリクの家系・墓守一族に仕えるリシドのもとをおとずれていた。意識をうしない眠っているリシドに、表人格のマリクは「僕はもうすぐ闇の世界へ行く…これまでありがとう」と最後のあいさつをする。

一方、遊戯と戦う闇マリクは、神の攻撃に対するカウンタートラップを発動する。それは攻撃モンスターの映し身となり、その攻撃値の3/4の守備力を持つ今回のキーポイント、壁モンスターの「メタル・リフレクト・スライム」を生み出すものだった。さらに、メタル・リフレクト・スライムは変形を開始し…。

遊戯VSマリクの決勝戦が続く。遊戯は強力な守備力と再生能力を持つモンスター「ゴッドスライム」の前に、なすすべがない。さらにマリクは「死者蘇生」のカードを手に入れ、次のターンで「ゴッドフェニックス」を召喚し、遊戯のモンスター「オベリスクの巨神兵」をたおそうとしていた。

しかし遊戯は「オベリスク」を無傷で守ることに成功する。遊戯は、攻撃された瞬間にマジックカード「死者蘇生」を発動し、「オシリスの天空竜」を召喚して、それを「オベリスク」の盾にするという大胆な戦略に出たのだ。

ところが、マリクは今回のキーポイントであるマジックカード「闇からの奇襲」を発動。もう一度マリクのバトルフェイズが始まってしまう。マリクの宣言どおり、このターンがラストターンになってしまうのか？

遊戯VSマリクの決勝戦は大づめをむかえていた。遊戯は、攻撃すればマリクのライフポイントをわずか１ポイントにできるチャンスをむかえるが、いけにえにされているマリクの表人格が１ポイントではたえ切れずに死んでしまうことを思い、攻撃をためらう。そこにマリクの家系・墓守一族につかえる、リシドがあらわれた。

リシドはマリクに「たとえ人は闇をさまようとも生きていかなくてはならない」と人間の宿命をつげる。すると、マリクの様子が変わり、いけにえにされていたマリクの表人格の一部が実体化した。そして表人格のマリクは、遊戯に「僕を攻撃しろ！」とさけんだ。遊戯はマリクにのこされた１ポイントの命の力をしんじて、モンスターと化したマリクの邪悪なる心を、今回のキーポイントである「ラグナロク」を発動して攻撃する。「ラグナロク」は、自分のデッキ、手札、墓地からすべてのモンスターを取りのぞくことで相手の場のモンスターを全滅させてしまうというもの。ついに遊戯は勝利をおさめることができるのか？　そして表人格のマリクの運命は？

バトル・シティ大会は遊戯の優勝で幕を閉じ、海馬は「決勝戦の舞台となったデュエルタワーを１時間後に爆破させる」と突然宣言する。遊戯たちはバトルシップで脱出をはかるが、海馬の姿が見えないため探しに行くことに。

その頃海馬は、デュエルタワーの地下制御室で、憎き養父・海馬剛三郎とのやりとりを回想し、今後の自分の進むべき道について思いをはせていた。そして海馬は、おさないころに、弟のモクバに「親のいない子供が無料で遊ぶことのできる遊園地を作る」と言ったことを思い出し、「世界海馬ランド計画」のためにアメリカへと旅立つのだった・・・。

杏子と静香は、バトルシティ大会の舞台となった童実野町を歩きながら、これまでの闘いを思い出していた。遊戯がもうひとりの遊戯のうしなわれた記憶をさがすきっかけとなった、古代エジプト展にあった遊戯の姿が描かれた石版を見た日のこと、城之内がバトルシティではじめてデュエルをした日のこと、杏子がマリクに洗脳されたこと、バトルシップに乗り、決勝の舞台へ行ったこと…数々の苦難を、遊戯たちは仲間との友情によって乗りこえてきたのだった。

そして、遊戯が大会に優勝し、３枚の神のカードを手に入れたことで、もうひとりの遊戯の記憶の秘密がまもなく解かれようとしていた。その記憶の封印が解かれた時、もうひとりの遊戯は杏子の前から姿を消すことになる…。杏子はもうひとりの遊戯とのわかれを覚悟するのだった。

バトル・シティの勝者となった遊戯は、もうひとりの遊戯の失われた記憶の封印された石版がある童美野美術館へと向かう。その石版の前で、勝者として手にした３枚の神のカードをかかげれば、封印された記憶の秘密が解けるはずなのだ。杏子、城之内、本田ら仲間たちは、もうひとりの遊戯との別れに立ち会うため、美術館へ向かった遊戯の後を追いかけていく。

美術館で３枚の神のカードを石版にかざす遊戯。すると、カードに同調するように、石版の上の千年パズルの刻印も光をはなちはじめる。封印が解かれるかと思ったその瞬間、石版がとつぜん凍結しはじめた。そして同時に、世界中でデュエルモンスターズが実体化し、パニック状態となる事態が起こる。

謎の男たちに呼び出されて建設中のビルにやって来た遊戯は、そこで待っていたグリモという人物とデュエルを行うことに。グリモがくり出した今回のキーポイント「オレイカルコスの結界」により、遊戯とグリモは謎のフィールドにつつまれ…。

遊戯は神のカードを盗んだ謎の一味のひとり、グリモにいどまれたデュエルをつづけていた。今やキング・オブ・デュエリストとなった遊戯だが、グリモが張った「オレイカルコスの結界」の中では千年アイテムの力も通じず、くるしい戦いとなっていた。グリモは選ばれた者しかあつかえないはずの神のカードで「ダーク・オベリスク」を召喚、モンスターを次々やぶり、遊戯の場にモンスターはなくなってしまう。 「負ければ貴殿の魂はわれらが神のいけにえとなる」と言いはなつグリモ。遊戯は、謎の一味が闇の力を持っていることに気づくのだった。

今回のキーポイントである魔法カード「ブレイブアタック」を発動させる遊戯。これは、みずからの存在とひきかえに、モンスターの攻撃力を蓄積させ、その合計値で敵一体のモンスターと戦うことができるというもの。その結果、遊戯はグリモの「ダーク・オベリスク」を倒すことに成功。たがいに手札は６枚、ライフポイントも互角という状況に持ちこんだ。

ところが、ピンチをのがれたと思われた矢先、遊戯は「オレイカルコスの結界」に秘められた力を知り、がく然とする…。

遊戯はグリモとのデュエルに勝利するが、３枚の神のカードをとりかえすことはできず、謎の三銃士にうばわれてしまう。三銃士は「神のカードをかえしてほしければ、われわれをたおせ」と言いのこし、姿を消す。

遊戯のもとに、レベッカとその祖父・ホプキンス教授があらわれた。古代エジプトの研究者であるホプキンス教授は、最近の海底調査で見つかった１万年以上前の遺跡に、文明がモンスターによってほろぼされている壁画があるという話をはじめる。そして3000年前の古代エジプトでもモンスターによる人類滅亡の危機があり、それをすくったのが、「名もなき王」、遊戯なのだと告げる。遊戯は今この世界中でモンスターが出現し、混乱が起きている状態が、１万年前、3000年前の事実と関係があることをさとるのだった。さらに遊戯は、どこかから「たすけて…」という声を聞く。それはデュエルモンスターズ界にいる、ブラックマジシャンガールの声だった。

世界を滅亡から救う力を持つ「ティマイオスの眼」のカードを、デュエルモンスターズ界から託された遊戯。その彼のもとに、アメリカにいるペガサスからのビデオレターが届く。ペガサスは、自分が作ったゲーム・デュエルモンスターズからモンスターが実態化して、世界中でパニックを引き起こしている今の状態について、遊戯に話したいことがあるという。それで同封したカードを持ってアメリカへ来いと…。そこで遊戯たちはアメリカへ向かうことを決意する。

その頃、闇の力を使う謎の少年・ダーツは、一度は遊戯に邪魔された、邪悪な神の復活という野望を燃やしていた。そして手下である三銃士、ラフェール、アメルダ、ヴァロンたちに、邪悪な神を復活させるためのいけにえとして、遊戯たち多くの強きデュエリストの魂が必要だという。そして、三銃士も遊戯たちを追ってアメリカへと向かうのだった。

アメリカへ行き、デュエルを封印していた海馬瀬人は「私とデュエルをしなければ海馬コーポレーションの株を大暴落させる」とペガサスに言われ、しかたなく指定されたデュエリストキングダムへ向かう。海馬にとってペガサスは、遊戯以外でただひとり負けたことのある相手だった。海馬はペガサスに「今世界中にモンスターが実態化してパニックをおこしているのはおまえのインダストリアル・イリュージョン社のしわざだろう」とつめよるが、ペガサスに「それはユーに責任がある」と言いかえされる。意味がわからない海馬にペガサスは、「そのこたえを知りたいなら、デュエルで私に勝つことです」と言う。そして、海馬VSペガサスのデュエルがはじまった。

名前に「トゥーン」の文字が入っているカードをデッキから１枚手札にくわえられるマジックカード「トゥーンのもくじ」を発動させたペガサスは、今回のキーポイントである「トゥーンワールド」を入手。そしてペガサスは、コストを1000しはらって「トゥーンワールド」を発動させる。通常の攻撃が通用しないトゥーンモンスターが、海馬におそいかかり…。

海馬瀬人はペガサスとデュエルをしているはずだったが、その正体はペガサスにばけた闇の三銃士のひとり・アメルダだった。アメルダは海馬のまわりに「オレイカルコスの結界」をはる。海馬はデュエルに勝利するまでそこから出られず、負ければそのたましいを結界によってふうじられてしまうのだった。そしてアメルダは、炎属性モンスター１体につき攻撃力を500アップさせるモンスター「バルログ」で海馬をピンチにおいこむ。

アメルダは海馬コーポレーションにうらみを持ち、復しゅうしようとしていた。じつは、アメルダの弟は、海馬瀬人の養父・海馬剛三郎が経営していた海馬コーポレーションが売っていた兵器でおこなわれた戦争により命を落としたのだった。

絶体絶命の海馬は、カードからの波動を感じ、その意識はいつのまにか不思議な空間にとばされた。そして海馬は、今回のキーポイントであるカード「クリティウスの牙」を手に入れる。その特殊能力は、トラップカードとの融合モンスターを召喚するというものだったが…。

ドーマの手先におそわれた遊戯たちは、バイクに乗り、「ハーピーレディ」のカードをあやつる女に助けられる。その女は、そのまま走り去っていくが、城之内は彼女が孔雀舞であることを確信、再会を喜ぶ。

ペガサスの会社に閉じこめられてしまう遊戯たち。そのころ舞は、ペガサスの前にあらわれていた。舞は、今回のキーポイントである「オレイカルコスの結界」を出現させ、ペガサスとデュエルをおこなう。

閉じこめられている遊戯たちの前にすがたを見せた舞は、「ペガサスはあたしがしまつした」と言う。友情をしんじていた城之内は、その言葉を聞きショックをうけるのだった。

城之内VS舞のデュエル。舞はドーマたちにあやつられているのではなく、みずからの意思でオレイカルコスの力を得ていた。結界の中でむかいあう２人。舞との友情を信じ、舞をすくいたい城之内は、デュエルに集中できない。

しかし、「ハーピーレディ」による舞のようしゃない攻撃が、城之内をおそう。舞がリバースカードをオープンさせると、今回のキーポイントである「悪夢の三面鏡」が出現。「オレイカルコスの結界」の効果も手伝い、ハーピィレディが６体フィールドにあらわれ、城之内をおいこむのだった。

城之内と舞のデュエルはつづく。ＬＰは舞が4000に対し城之内200と、差が開いた。舞は勝利にこだわっていたが、城之内は勝敗よりも舞をすくいたい気持ちでいっぱいだった。そして、城之内はサレンダーしそうになるが、デュエルで舞をすくう可能性を信じる。

このピンチに、城之内は今回のキーポイントである「仲裁の代償」を使用。これは、相手プレーヤーが墓地からえらんだ２枚のカードとこのカードをまぜてシャッフルしたあと、みごと城之内がこのカードを引き当てたらこのターンのバトルを強制終了させられるというもの。３分の１の確率にかける城之内だったが…。

城之内VS舞のデュエルはつづく。いまだ、圧倒的におされている城之内は、手に入れた今回のキーポイント「ヘルモスの爪」の使い方がわからない。時の魔術師と融合させるが、そこに出現させた「タイムマジックハンマー」は、見るからにたよりないかんじ。さらに、ギガサイバーに装着させて攻撃しようとするが、意味不明の数字があらわれるだけで、あっさり消えてしまった。がくぜんとする遊戯たち。

絶体絶命の城之内に、はたして奇跡はおこるのか？

遊戯たちは、ドーマのことをしらべるため、ホプキンス教授のもとへむかう。そのころホプキンスは、海底遺跡の調査をしているときにドーマの手がかりをつかみかけていた。だが、とつぜん何者かに誘拐されてしまうのだった。

ホプキンスが誘拐された現場にのこされた手紙には、遊戯ひとりでドーマの三銃士・ラフェールの挑戦をうけに来るよう指示があったが…。

遊戯とラフェールのデュエルが始まった。デュエルを開始してすぐに、ラフェールは永続魔法でみずからの手札をゼロにする。遊戯はすかさず攻撃するが、今回のキーポイントである重力のオノにみちびかれるモンスター「ガーディアン・グラール」によるラフェールのカウンター攻撃を受けてしまい、ＬＰを３０００に下げられてしまう。 ラフェールは、海難事故のゆいいつの生存者であり、運命にもてあそばれた者どうしとして、遊戯に共感をいだいていたというが…。

遊戯とラフェールの対決はつづく。LPはラフェールが4000に対し、遊戯は3000。遊戯は、せまり来るガーディアン・グラール（攻撃力3000）をクリボー五兄弟の特殊能力でかわす。さらに遊戯は、「ティマイオスの眼」と「ブラックマジシャンガール」を合体させ、今回のキーポイントである「竜騎士ブラックマジシャンガール」を出現させる。その特殊効果は、手札を１枚墓地にすてることで自分のダメージを０にし、相手モンスターを破壊するというもの。遊戯の反撃は成功するのか…？

遊戯とラフェールの決闘はつづく。おいつめられた遊戯は、ついに「オレイカルコスの結界」を発動。「名もなき竜」は、その力に反発して封印されてしまう。

勝利への執念から、しだいに闇の力のとりこになった遊戯は、今回のキーポイントである「カタパルトタートル」を召喚。これは、モンスターをいけにえにすることで相手に攻撃力の半分のダメージをダイレクトにあたえることができるというもの。次々にモンスターをいけにえにする遊戯は、「ブラックマジシャンガール」までも犠牲にしてしまう。そして、ついにはＬＰでラフェールを上回る遊戯だったが…。

遊戯はデュエルに負けて、「もうひとりの」人格をうばわれてしまい、落ちこんでいた。一方、デュエルに強くなりたいと強く思っていた羽蛾と竜崎は、ラフェールののったヘリを追い、仲間にしてくれとねがい出る。

リスクを超えてドーマの力を手に入れた羽蛾と竜崎は、遊戯・城之内にねらいをさだめる。そのころ遊戯たちは、失ったもうひとりをさがすため、列車にのろうとしていた。

もう一人の人格を失って失意の遊戯を、杏子たちが励まそうとしている間に、特急の乗客はいなくなっていた。異変に気付いて、車内を捜査していると、今度は連結が外され、遊戯と城之内は引き離されてしまう。そして、遊戯の前には羽蛾が、城之内の前には竜崎が現れてデュエルを挑む。

遊戯VS羽蛾、城之内VS竜崎の決闘②。疾走する無人列車の屋根の上で遊戯と羽蛾が決闘する。羽蛾はパワーアップした昆虫デッキの中から、敵モンスターに寄生してふ化するパラサイトキャタピラーを遊戯のモンスターに寄生させる。そのころ、荒野では城之内と竜崎が決闘している。城之内は、何故みんな力を欲しがるのかと思い悩んで竜崎と闘う意味を見出せなかったが、次第にとにかく俺が目を覚まさせてやると考えてヤル気が出る。

遊戯ＶＳ羽蛾、城之内ＶＳ竜崎のデュエル。竜崎は一度たおしたレッドアイズを「冥界の鎖」でふたたび場に連れもどし、再攻撃をねらう。そこで城之内は、すかさずネイキッド・ギアフリードを召喚し、ヘルモスの爪を発動させて、強力な剣聖を誕生させた。これで竜崎のタイランドドラゴンをあっという間にたおした城之内は、さらにダイレクトアタックで一発逆転勝利をおさめる。

おなじころ、遊戯も今回のキーポイント「ティマイオスの眼」をセットしていたが、にくしみに支配された今の遊戯のもとでは発動しない。羽蛾がからかうと、遊戯の怒りはついにデュエルにあらわれて…。

遊戯は森で先住民風の老人アイアンハートに出会い、おのれの心をうつすという「石の荒野」に案内される。遊戯が精神集中すると、目の前にいろいろな人々のイメージがあらわれては消えていく。そして最後には表遊戯があらわれた。表遊戯は、闇遊戯がうしないかけているものを見つけさせるために、苦悩のデュエルをいどむ。それは、表遊戯VS闇遊戯の決闘ということだった。

遊戯と闇遊戯のデュエル。おたがいの伏せカードは、なんと同じカードだった。それは、今回のキーポイント「幻獣王ガゼル」。手札が同じのデュエルのゆくえは…？

石の荒野にいる遊戯の前に、ぶきみな兵士「オレイカルコス・ソルジャー」があらわれて攻撃をしかけてきた。ダーツが、古（いにしえ）の兵士の霊をよびもどしてあやつっていたのだ。

遊戯ＶＳオレイカルコス・ソルジャーのデュエルがはじまった。みずからのＬＰをぎせいにしつつ、攻撃力を500ずつふやし、何度も再生する「オレイカルコス・ギガース」に、遊戯はくるしめられ…。

舞を自分のものにしたい思っているヴァロンは、自分と舞には「つねに勝つことに飢（う）えている」という共通点があると舞につげる。それは遊戯や城之内にはないもので、そのために彼らとは分かり合えない。そして舞がのぞむなら、ダーツにでも遊戯にでも、誰にでも勝ってみせると宣言する。そこへ通りかかる御伽たち。ヴァロンＶＳ御伽＆レベッカの決闘が始まった。

先攻のヴァロンは、今回のキーポイント「サイキック・アーマーヘッド」を攻撃表示で召喚。このモンスターは攻撃力がゼロだったが、いったいどんな能力があるのか…？

海馬をのせた専用ジェット機がオーロラをとおりすぎようとした時、スピーカーからナゾの声が聞こえてきた。いつの間にかジェットをうばいとり、海馬の前にあらわれたのはアメルダだった。弟のうらみを晴らすために海馬に再戦をもとめてくるアメルダ。海馬はこれに受けて立つ。

海馬ＶＳアメルダの再決闘がはじまった。オレイカルコスの結界発動により、客室部分のカベがふきとばされ、ジェット機のゆくえがコントロールできなくなっている中での決死のデュエルだ。アメルダに戦場のまぼろしを見せられとまどう海馬。そしてアメルダは、１体のトークンにつき500ポイント攻撃力をアップする今回のキーポイント「ＫＣ１クレイトン」でおそいかかってきた。

制御（せいぎょ）できないジェット機内での海馬ＶＳアメルダのデュエルはつづく。海馬コーポレーションに弟を殺されたと思っているアメルダは、軍隊デッキと戦場の幻影（げんえい）で、海馬にせめこむ。そして、場の３体のモンスターをいけにえにささげて、今回のキーポイント「魔空要塞ジグラート」を召喚。トークンを発生させて海馬の攻撃をかわすのだった。

死んだ弟を思うアメルダ。そして、モクバをまもりつづけたい海馬。２人は、弟に対するおたがいの愛情をみとめ合うようになるが…。

海馬コーポレーションはドーマに乗っ取られる。ダーツの呪文により、世界各地でオレイカルコスの結界とオレイカルコスソルジャーが出現する。世界はドーマに掌握されつつある。遊戯と海馬はオレイカルコス・ソルジャーの攻撃をデッキからモンスターを召喚しながらかわす。ついに遺跡のデータを解析して、１万年前の楽園・アトランティスと巨大企業パラディウス社の存在を知る。そして２人の前にダーツが現れる。

ヴァロンに挑発された城之内は、ワナかも知れないとわかっていても、バイクでその後を追う。そして、「舞のためにおまえをたおす」というヴァロンと城之内のデュエルが始まった。

ヴァロンのデッキは、よけいな小細工や出しおしみはいっさいしない、つねに全力で攻撃あるのみのアーマーデッキ。それはプレイヤー自身の体にギアヘッドをつけて攻撃し、守備モンスターもふせカードもなしにターンエンドするというだいたんな戦術だ。そしてヴァロンは、今回のキーポイントであるマジックカード「アーマード・グラビテーション」をくり出してきた。その効果は、レベル４以下のアーマーモンスターを特殊召喚できるというもの。城之内は見たこともない戦術に圧倒され、直撃を受けてしまうことに…。

城之内とヴァロンのデュエルは、ヴァロンのアーマーモンスターの猛攻撃がつづいていた。２５００VS２１００でいったんはリードした城之内だったが、強気のヴァロンは、「オレの戦いは魂と肉体のすべてをかけた全力勝負のデュエルだ。おまえの持つ最大の力でかっかて来い」と言う。城之内はサイコショッカークラスの強力モンスターを召喚するが、ヴァロンはオレイカルコスの結界を発動させる。そしてヴァロンは、今回のキーポイント「フルアーマー・グラビテーション」を発動。このカードは、デッキから10枚のカードを引き、その中にあるすべてのアーマーモンスターを特殊召喚するというものだったが…。

城之内とヴァロンのデュエル。城之内は「ヘルモスの爪」と、モンスター「ロケット戦士」を融合させ、今回のキーポイントである「ロケットヘルモスキャノン」を出現させる。そして、「ランドスターの銃士」と装備合体させ、ロケット弾攻撃を開始。だが、全力でかかってくる城之内を前に「それをたおしてこそ最高の勝利だ」と、ヴァロンはよろこんでいた。

ロケット弾は、アクティブガードにはばまれてとどかなかったが、アーマーをふき飛ばすことには成功。しかしヴァロンは、相手モンスターをコピーして反撃し、城之内のＬＰを残りわずかにおいこんだ。それでも、あきらめない城之内。そのタフなすがたを見たヴァロンは、うれしそうだったが…。

ＬＰは城之内が100なのに対し、ヴァロンは900で、両者ともダメージを受けてボロボロの状態。だが、たがいをみとめ合い、熱くハイになる。そして最後に城之内がくり出したのが、今回のキーポイントである「ビッグバンドラゴンブロウ」。その特殊効果は、モンスターを１体いけにえにすることで相手モンスターをすべて破壊し、その攻撃力の合計分のダメージを相手プレーヤーにあたえるというものだった。 　

デュエルはわずかの差で城之内が勝ち、ヴァロンは最後に「舞を頼む」と言い残して魂をオレイカルコスにうばわれる。ぬけがらのヴァロンにかけよる舞に対して、城之内は「このデュエルでお前に伝えたいことがある」といってデュエルをいどむのだった。

城之内と舞とのデュエル。オレイカルコスの力を得た舞のハーピィコンボは、あいかわらず手ごわい。ドーマの闇にそまった舞を立ちなおらせたい城之内は、「オレは今でもおまえを仲間だと思ってる」と、ぶきような言葉で必死に思いを伝えながらデュエルをするのだった。

　城之内のまっすぐな思いは、しだいに舞の心にとどいていく。しかし舞は、今回のキーポイントであるマジックカード「鳳凰の陣」を発動。これは、このフィールドにいるハーピィレディの数だけ相手モンスターを破壊し、さらに破壊されたモンスターの攻撃力の分だけ相手プレイヤーのライフポイントをけずるというもの。大ダメージを受ける城之内。舞は城之内をたおすチャンスをむかえるが、攻撃をためらい…。

城之内がたましいをうばわれたことを知った遊戯は、パラディウス本社にのりこむ。そこでは舞もたおされていた。その時、遊戯の前にラフェールがあらわれて、城之内の「ヘルモスの爪」を投げつける。そして、運命によって自分が勝つというラフェールと、仲間をすくうためにも運命にさからってみせるという遊戯による、因縁（いんねん）のデュエルがふたたびはじまる。前回とおなじく、けっしてモンスターを墓地へ送らない戦いかたをつらぬくラフェールに、モンスターとの絆（きずな）をとりもどした遊戯がいどむ。

　魔法カード「ブレイブアタック」をくり出す遊戯に、ラフェールは今回のキーポイント「ガーディアン・フォース」で対抗。これは、魔法カードの発動を無効（むこう）とし、そのカードをはかいすることができるもので…。

遊戯とラフェールのデュエルはつづく。オレイカルコスの結界を発動させたラフェールは、さらにガーディアン系モンスターをうまく使いこなして攻撃し、遊戯のＬＰを500にまで下げる。

　ラフェールの命の恩人ともいえるガーディアン・エアトスさえも、結界の力により闇にそまってみにくく変形してしまった。そして遊戯の墓地にいるモンスターを吸収して、さらに攻撃力を上げるラフェール。しかし、遊戯はみずからの信念のもと、心の闇にたよるラフェールの弱さを見ぬいて反撃に出る。ティマイオスの眼とブラックマジシャンを合体させた遊戯は、今回のキーポイントである「アミュレットドラゴン」を出現させた。その特殊効果は、召喚時に墓地の魔法カードをすべてとりのぞき、１枚につき攻撃力が300ポイントアップするというものだったが…。

遊戯とラフェールのデュエルはつづく。心を闇（やみ）にそめて、モンスターをダーク化させるラフェールに対して、遊戯は墓地モンスターを召喚できる黄泉天輪を発動させた。するととつぜん、目の前のけしきはラフェールの少年時代の記憶に変わった。それは、かなしみをこえるために、ダーツによって闇にみちびかれる瞬間だった。その運命を今でも強く信じるラフェールをすくいたいと思う遊戯。だがラフェールは、心の闇が作り出したモンスター、デスサイスで攻撃してくるのだった。今回のキーポイント「魂狩りのデスエンド」をくり出すラフェール。これは、自分の場のモンスター１体の表示形式を変え、さら相手守備モンスターをすべてこわしてしまうというカードで…。

遊戯が勝利をおさめ、やぶれたラフェールも心の闇から解放された。ラフェールから受けとったカードをもとに、遊戯たちはダーツをおって、南の海の孤島（ことう）の暗黒神殿にたどりつく。魂の石室には、これまでに魂をうばわれた仲間や敵たちの石版がかかげられていた。そしてついにダーツがあらわれる。

　開始される遊戯＆海馬VSダーツのデュエル。遊戯・海馬は、ワンターンでエース級のモンスターを召喚し、融合させて、今回のキーポイントである攻撃力が5000もある「マスター・オブ・ドラゴンナイト」を出現させるが…。

　遊戯＆海馬の攻撃とダーツのオレイカルコス・キュトラーが干渉（かんしょう）し、３人は異世界へうつる。そこでダーツは、自分の起源（きげん）を語りはじめた。

　ダーツはうしなわれた古代アトランティス王国の王であり、民衆（みんしゅう）はオレイカルコスのエネルギーによって進化した文明をきずいたこと、いっぽうその発展（はってん）により民衆は自然のおかげで生きていけるということをわすれて傲慢（ごうまん）になり、モンスター化する異変が起きたこと、新たな世界を作るためダーツはオレイカルコスの力でデュエルモンスターズ界を封印したこと…。

　そしてデュエルがふたたびはじまった。ダーツは、今回のキーポイントである、ライフをかいふくさせる効果（こうか）をもつ「オレイカルコス・デウテロス」をしゅつげんさせ…。

　ダーツの場に出現した４体のミラーナイトの中には、もうひとりの遊戯、城之内、舞、ペガサスの魂が入っていた。遊戯は攻撃をためらうが、海馬は今回のキーポイントである攻撃力1900以下のモンスターとの戦闘では破壊されない「異次元竜トワイライトゾーンドラゴン」を召喚し、まよわず攻撃する。

　友情のきずなでたがいをかばい合うミラーナイトたち。だがそれは、ダーツの布陣を強力にまもっていることを意味していた。ダメージを受けなかったダーツは、「オレイカルコス・デウテロス」の効果でＬＰを上昇させるのだった。

　ミラーナイトを前にちゅうちょしつづける遊戯。そこへ、ラフェールがあらわれ…。

　ダーツはオレイカルコス・トリトスで第三の結界を出現させ、ライフ回復にくわえて、モンスターへの魔法・トラップを無効にした。遊戯は自分のモンスターを犠牲にして海馬をたすけるが、すかさずミラーナイトたちに攻撃される。海馬は、名もなき竜のカードから、今回のキーポイント「ミラーフォース・ドラゴン」を誕生させ、受けたダメージをすべてのモンスターへはね返す特殊能力で４体のミラーナイトを破壊する。だがダーツは、これまでに吸収したダメージを攻撃力に変える「オレイカルコス・シュノロス」をよび、攻撃力を20000にまで上げてしまうのだった。そして海馬は…。

LPがゼロになった海馬だけでなく、杏子たちまで魂をうばわれてしまい、残ったのは遊戯だけ。「おまえのそんざいが世界をほろぼす原因」「おまえのせいで仲間は消えた」「それが運命」……ダーツの言葉が遊戯を精神的においつめる。だが、サレンダーしかけた遊戯をすくったのは、仲間のきずなだった。遊戯はペガサスから受けとった「名もなきカード」で、名もなき三竜の封印を解き、真の姿である今回のキーポイントの三騎士「ティマイオス」「クリティウス」「ヘルモス」（それぞれ攻撃力2800）を召還する。ダーツとのLPの差は１万以上あるが、遊戯は逆転できるのか？

ダーツは破壊されたオレイカルコスの結界から、蛇神ゲー（攻撃力∞）を出現させる。墓地のモンスターの力を吸収できる特殊能力を使って、伝説の三騎士で攻めに出る遊戯。そして、クリティウスとヘルモスの間で無限ループを作り、ゲーの攻撃をかわす。さらに遊戯は、三騎士とのきずなを象徴するかのように、ティマイオスにクリティウスとヘルモスの力を集め、今回のキーポイント「合神竜ティマイオス」を登場させ…。

遊戯・海馬・城之内の３人は、うかびあがってきた巨大都市アトランティスの上で、全長数キロにおよぶ巨大竜リヴァイアサンを相手に、デッキからモンスターを召還して戦う。デュエルモンスターズ界からもおうえんがくわわるが、リヴァイアサンにキズひとつつけることさえできない。ダーツは、人間の心の闇から形作られたこの竜をたおすことは不可能だとほこる。そのとき遊戯は、とらわれている舞やラフェールたちに、仲間との絆を思い出させた。そして遊戯も仲間の絆につつまれて覚醒し、ついに三幻神獣、オベリスク、オシリス、ラーを召還するのだった。

三幻神獣の力で巨大竜リヴァイアサンをたおし、とらわれた仲間たちをすくい出す遊戯。しかしダーツは、この地球上すべての心の闇をあつめて最後の大きな攻撃力とし、遊戯を飲みこもうとする。

　遊戯は、さまざまなデュエリストとの出会いを通して知ることができた心の光をしんじて、自分の心の器のすべてでこの闇をうけとめようと、自ら闇に飲みこまれていく。それは大きな炎となって、世界各地で起こった異常現象をもすいこんでいくが…。

遊戯はバランスの悪いドラゴン系のデッキで、最上級レベルのコンピューターを相手に苦戦する。敵はサイコショッカーなどの上級モンスターや、複雑なコンボや、特殊効果を使い、遊戯のLPを200に下げる。しかし遊戯は、少年がドラゴンのカードとデッキにこめた熱い思いを信じつづけた。そして、遊戯と少年がいっしょにカードを引いたとき、ついにカギをにぎるカードを手にするのだった。遊戯は、今回のキーポイント「凡骨の意地」の、ドローしたカードが通常モンスターだった場合そのカードを相手に見せることでもう１枚ドローすることができるという特殊効果で逆転にかける。

アメリカ海馬ランドのスタジアムで、ＫＣグランプリの開会式が行われる。グランプリの出場者は16名で、遊戯はディフェンディング・チャンピオンとして、その勝者と対戦するしくみだ。開会式の後、すぐに第一回戦がはじまる。城之内は、謎のマスク男と対戦することになったが、会場をまちがえたため、あわてて指定の場所「ジャングルアトラクション」の終点に走る。そこで待っていたマスクをしている男「マスク・ザ・ロック」は、どう見ても城之内の師匠でもある双六爺さんだが、城之内だけは気づいていない。

　そして、城之内とマスク・ザ・ロックのデュエルがはじまった。マスク・ザ・ロックは、今回のキーポイント「伝説のギャンブラー」をくり出してくる。これは、相手がダイスを使用したとき発動可能で、相手の出た目以上の数字が出たらその効果を無効にするというもので…。

　マスク・ザ・ロックに戦略を見すかされていて、劣勢となる城之内。マスク・ザ・ロックはフィールド魔法「古の都」を発動し、「古の扉」「古の巨人」「古の書物」をそろえて、今回のキーポイントである黄金の竜「エンシェントドラゴン」を召還する。それは、マスク・ザ・ロック＝双六が、長年の月日のすえにようやく手に入れた幻のカードだった。

　このデュエルを楽しんでいるマスク・ザ・ロック。一方、圧倒された城之内は余裕がなく勝負のみにこだわりはじめていた。だが、遊戯の声で、楽しむことの大事さに気づき…。

　各ブロック第２試合がはじまった。全米チャンプの少女レベッカは、アジアの覇者で美女デュエリストであるヴィヴィアンと対戦することになった。遊戯に色目を使うヴィヴィアンに、レベッカは腹を立てる。

　ヴィヴィアンは「カンフーニャンニャン」などのアジアンデッキで攻撃するが、レベッカは永続トラップ「グラヴィティ・バインド」で、レベル４以上のモンスター召還を封じる。さらにレベッカは、自分のＬＰを回復させつつ、敵にダメージをあたえるコンボで優位に立つ。だがヴィヴィアンは、今回のキーポイントである「ドラゴンレディ」を特殊召喚。このモンスターは、１ターンに一度、バトルをしないかわりに相手にフィールドのトラップカードを１枚破壊できるというものだったが…。

　ＫＣグランプリのベスト８が出そろった。城之内の次の対戦相手は、羽蛾・竜崎コンビをあっという間にたおしたジークだ。自信家・ジークの見下すようなたいどに、対戦前から熱くなる城之内。そして、火山のアトラクションで、城之内ＶＳジークのデュエルが開始される。

　モンスターを召喚できない城之内は、しかたなくターンエンドするが、ジークもモンスター召喚をしてこない。しかし、それを見た遊戯には、ジークが本当にモンスターカードを持っていないとは思えなかった。その後、城之内は今回のキーポイント「ランドスターの銃士」を攻撃表示で召喚し、装備魔法「ランドスターショット」を発動させて攻撃力を600アップして攻撃するが…。

　城之内とジークのデュエルはつづく。ジークは魔法カード「ワルキューレンリット」を発動し、４体のワルキューレたちを召喚する。ワルキューレに倒されたモンスターはゲームから除外されるだけでなく、その攻撃力で反撃されるのだ。絶体絶命かと思われた城之内だったが、マジックカード「ハイパーフレッシュ」のおかげでなんとかふみとどまった。だが、ジークはさらに過去・現在・未来を司る今回のキーポイントの女神三姉妹、「ウルド」「ヴェルダンディ」「スクルド」を召喚し、そのコンボで城之内のデッキのモンスターカードを次々にゲームから除外していく。手札にすらモンスターカードを呼べない城之内は、大ピンチに。

　いっぽう、海馬はハッキングの犯人としてジークをうたがいはじめていたが…。

　グランプリ準決勝。ミニチュアランドを舞台に、レベッカＶＳレオンのデュエルが始まった。

　レベッカは、墓地に送られることで効果を発揮するコンボ作戦を考えていたが、レオンの「森のオオカミ」「イバラの呪い」はそれを阻止し、レベッカのライフポイントをうばう。さらにレオンは、今回のキーポイントである永続魔法「おかしの家」をくり出した。これは、相手モンスターの攻撃力が上がっていくが、攻撃力が2500以上になったモンスターはすべて破壊してしまうという危険なもの。レベッカは、レオンには外見からは想像がつかない奥深さがあると感じ始めていた…。

　一方プラネタリウムでは、ジークＶＳバリーの決闘が始まっていたが…。

　レベッカとレオンの対決はつづいていた。レベッカはレオンのシンデレラコンボによるダイレクトアタックをなんとか阻止するが、「グローバーマン」の攻撃を受けてLPが100になってしまう。無垢な少年風のレオンが想像以上に強いことを実感するレベッカ。

　いっぽう、行方不明の双六を探していた遊戯たちは、中華料理店で双六を見つけるが、ヴィヴィアンにデュエルを強要される。

　遊戯ＶＳヴィヴィアンのデュエルが始まった。ヴィヴィアンは今回のキーポイント「皇帝龍淑女（ドラゴンレディー）」をくり出す。ドラゴンレディーは「風雷剣」を装備して２回の攻撃をし、速攻魔法「残雪剣」で遊戯の魔法カードを破壊する。そして、墓地のドラゴン族モンスターの力により、ドラゴンレディーの攻撃力は2600に上がり、遊戯に王手をかける。

　KCグランプリの決勝戦はレオンVSジークで行われる予定だったが、ジークが海馬コーポレーションに対していやがらせをしたことを理由に、海馬はジークを失格とする。そして海馬VSジークの因縁の決闘が始まった。

　ジークは「ワルキューレンリット」で３体のワルキューレ、ツヴァイト・アルテスト・ドリッドを召喚する。さらに今回のキーポイント「時の女神の悪戯」で２度バトルフェイズをむかえ、海馬のLPを一気に下げてしまう。しかし海馬は、2000のライフコストを使い…。

　海馬とジークのデュエルの因縁の決闘。海馬は、「ニーベルングの指輪」により場のモンスターの動きを封じら、デッキのモンスターも墓地送りにされてしまった。そしてジークは、今回のキーポイントである装備魔法「霊剣ノートゥング」を発動。この剣が装備された時、相手の場のドラゴン族はすべてゲームからとりのぞかれてしまうのだ。それにより、「ブルーアイズ」も一瞬で墓地に送りになってしまった。

ＫＣグランプリの優勝者レオンと、ディフェンディングチャンピオンの遊戯とのラストデュエルがはじまった。遊戯にあこがれ、対戦を夢見ていたむじゃきなレオンだったが、デュエルがはじまるときびしい表情になり、これまでの戦いでは見せなかった「森のオオカミ」「赤ずきん」といった新たなカードを使う。とまどいながらも、「赤ずきん」に攻撃し、簡単に破壊する遊戯。だが、「赤ずきん」の特殊能力により、今回のキーポイント「森の狩人」があらわれた。これは、召喚されるとフィールドにいる獣族か獣戦士族のモンスターを一体ゲームから排除できるというものなのだ。

さらに会場にはふたたびジークがあらわれ、おどろきの事実が明かされることに…。

　レオンは遊戯を尊敬しつつも、実兄のジークのため、シュレイダー家復興のために戦っていた。童話系モンスターを連鎖的につぎつぎと召還するレオンのコンボに押される遊戯。そしてレオンは、ジークから手わたされたレアカード、今回のキーポイントである「シュトロームベルクの金の城」を発動させた。その効果により、レオンは「シンデレラ」「カボチャの馬車」などをつぎつぎと召還する。じつは、ジークはひそかにこのカードに不正な細工をして、ほぼ無敵なカードに改造していた。ジークの目的は…？

　「シュトロームベルクの金の城」に不正な細工をしたジークは、ウィルスで海馬コーポレーションのシステムを破壊することをねらっていた。無敵の「金の城」に苦戦する遊戯。しかも維持コストは遊戯が支払うため、ターンごとにデッキが半減してしまう。遊戯は今回のキーポイントである「ロイヤル・ストレート・スラッシャー」の特殊効果でレベル１から５までの５枚のカードを捨てて、城を破壊しようとするが…。はたして遊戯に勝ち目はあるのか？　そして海馬コーポレーションを救うことはできるのか？

　遊戯は双六から、数十年前にエジプトの王家の谷の王墓で千年パズルを手に入れたときの話を聞く。

　王墓に入った若き日の双六は、いくつもの危険なトラップをくぐりぬけて奥に進んだが、案内人の裏切りによってピンチにおちいった。そこへ、ファラオの幻影があらわれ、双六をすくう。そして双六が目をさますと、手もとには千年パズルがあったのだ…。

　ときは現在にもどり、遊戯はもうひとりの遊戯の記憶さがしのため、エジプトに行く決意をする。出発前夜に、おたがいのきずなをたしかめ合うふたりの遊戯。だが、３枚の神のカードと千年アイテムがぬすまれてしまい…。

　遊戯は、待ちかまえていた闇人格のバクラから、冥界のとびらを開けばもうひとりの遊戯の魂を返すことができると知る。いっぽう、海馬のもとにもバクラがあらわれて、闇のゲームをしかけていた。

　海馬とバクラのデュエル。バクラは今回のキーポイント「ドップラーディアバウンド」を召喚。その特殊能力は、モンスターにとりついてディアバウンドの攻撃力のぶんだけそモンスターの攻撃力を下げるというもの。海馬がブルーアイズを召還すると、ディアバウンドはそれにとりついた。バクラのねらいは、ゲームに勝つことではなかったが…。

もうひとりの遊戯は、エジプトのピラミッドで石版に３枚の神のカードをかざして、記憶の世界へと旅立つ。そして、意識をとりもどすと、遊戯は古代エジプトの王（ファラオ）になっていた。まわりには海馬や双六ににている６人の神官のすがたが。神官たちは千年アイテムを使って、罪人の心にすむ邪悪な魔物を見とおし、ひき出して、石版に封じこめるのだった。

いっぽう、バクラも古代エジプトで盗賊王として意識をとりもどしていたが…。

　遊戯ファラオの前にあらわれた盗賊バクラは、千年アイテムをうばおうとする。バクラのディアバウンドを石版に封印しようとする神官たちだったが、ディアバウンドは強大すぎるため、失敗してしまう。そこで神官たちは、古代デュエルディスクとカードを使って、ウェジュの神殿よりカーを召還するが、バクラも前王のカーを召還させて反撃するのだった。

　いっぽう、残された遊戯たちは、もうひとりの遊戯が見つけることができなかった真実の扉をさがすために、千年パズルの中の心の迷宮に入っていたが…。

　ファラオＶＳバクラの戦いは、ブルーアイズホワイトドラゴンの攻撃技をコピーしたディアバウンドの反撃により、引き分けとなった。

　バクラは、かつて海馬と戦ったときにワザをコピーしていた。一度は引き返したバクラが、また王墓をおそう可能性は高い。魔術師で警護隊長の神官マハードは、ファラオに対する忠誠心が特に強く、ひとりでバクラをたおそうとする。マハードの魔術の弟子である少女マナは、心配するが…。

　神殿内でついに対決することとなるバクラとマハード。バクラは進化したディアバウンドを、マハードは魔力「ヘカ」を開放して「幻想の魔術師」を召喚。ディアバウンドの毒牙連撃波をかわした幻想の魔術師は、光のエネルギー弾で相手を圧倒する。さらにマハードは、伏兵のカー「シャドーグール」をくり出した。シャドーグールの特殊能力「壁ぬけ」にふり回され、ピンチにおちいるディアバウンドだったが、すぐに形勢を逆転させ、シャドーグールを撃破。たおしたカーの力をぬすみ出すことが特殊能力であるディアバウンドは、「壁ぬけ」を使って幻想の魔術師をも追いこみ…。

　心の迷宮にいる遊戯たちは、ファラオの記憶の世界である古代エジプトにたどりついた。この世界では遊戯たちは存在していないため、他人からは見えず、物にさわることもできない。そして遊戯たちは、同じくこの世界には存在していないボバサに出会う。

　いっぽう神官セトは、千年錠で民衆の心を見きわめて、強力なカーを秘めている人間を連行する「カー狩り」をおこなっていた。白い肌の女・キサラは、特に強力なカーを持っていたが…。

　その昔、古代エジプトでは、神官アクナディンがクル・エルナ村の人間をいけにえにして、闇の錬金術により７つの千年アイテムを誕生させた。その時にアクナディンは、息子セトとの関係も断ち切る。

　そして15年後、村の生き残りである盗賊バクラがアクナディンをおそった。逃げるバクラとディアバウンドを、白馬に乗ったファラオとオシリスの天空竜が追う。しかし、ディアバウンドが村を無差別に攻撃してきたため、オシリスは攻撃を受け止めることで精いっぱいとなり…。

　ファラオＶＳバクラの戦いはつづく。デュオスをしたがえたセトをはじめとする神官たちが、ファラオに加勢する。しかしアクナディンの呪いの力で、オシリスは消滅してしまった。

　またしてもピンチになるファラオ。しかし、遊戯たちの友情の力が奇跡を起こした。覚醒したファラオは、ラーの翼神竜を召還する。そして、ゴッドフェニックスでバクラにとどめをさすが…。

　アクナディンは、地下闘技場でキサラからカーを抽出しようとする。囚人たちのカーがキサラをおそうが、キサラは抵抗しない。それを見たセトは、キサラに興味を持ち、中止させようとする。だがそれによりセトは囚人の怒りを買い、おそわれてしまうことに。ピンチのセトとキサラだったが、その時キサラの体から光が放たれ、青眼の白龍が出現する。

　一方、谷底に落ちたファラオは、父である前王の夢を見ていたが…。

　ファラオと再会し、束の間の休息をとる遊戯たち。そして神官シャダがかけつけ、ファラオとマナとともにバクラを追ってクル・エルナ村へ向かう。そこは、かつてアクナディンが千年アイテムを生み出すために生けにえにした、のろわれた村だ。シャダたちは、おそいかかってくる骸骨兵士と戦うことに。

　地下神殿でバクラと対面するファラオ。だが、千年錘を失ったファラオは、神を召還できない。ディアバウンドにおそわれるファラオ。それを救ったのは…!?

　ファラオはブラックマジシャン、ブラックマジシャンガールとともに、バクラのディアバウンドと戦う。光の護封剣や岩石の巨兵なども使うファラオ。さらに神官団も加勢して、ディアバウンドを攻める。しかし、クル・エルナの地下神殿は、先王を憎む死霊たちがうずまいているためバクラに有利な状態。セトは千年秤でカーを融合させて、デュオスを強化させるが…。

　一方遊戯たちは、ファラオの名前を知ることが重要だと知り…。

　地下神殿の戦いでバクラは負け、砂となって消えてしまった。しかし同時に、時が止まり、ファラオたちは身動きできなくなる。

　やがて目をさますもうひとりの遊戯。その目の前には、ジオラマのゲーム盤と、対面してすわるバクラのすがたが。そのゲーム盤は、ファラオとして生きていた３千年前のエジプトが再現された、究極の闇のRPGだった。

　７つの千年アイテムが冥界の石版におさめられ、ゲームは新たなステージへと入る。バクラの手駒のアクナディンは、闇の大神官になるが…。

　闇の大神官の攻撃からファラオたちを守ったのは、ハサンだった。ハサンは、歴代ファラオの化身だ。

　自分にも王家の血が流れていることを知るセト。そしてセトは、白き龍の力を得てファラオになるよう闇の大神官に誘惑され、とまどう。一方遊戯たちは、空腹のボバサのために食料をさがした。ボバサはそのお返しに、ファラオの本当の名がかくされている王家の谷に、遊戯たちを連れて行くのだった。

　盗賊王バクラとディアバウンドが復活して、ファラオたちの前に姿をあらわした。そして、アクナディンとセトは異空間に消えていく。ディアバウンドに攻撃されたファラオたちは、バラバラになってしまう。

　神官カリムとアイシスは、せまりくるカーを相手に、苦しい戦いを強いられていた。カリムの魂のバーは極度に減ってしまい、そしてアイシスの精霊スピリアは戦闘には向いていない。ファラオを思うカリムは、最後の力を神官シャダにたくすが…。

　アクナディンは、キサラを殺して白き龍の力を得て王になるようセトに告げる。それを拒否するセトだったが、そんな彼を守ったキサラは、命を落としてしまう。その後、ファラオがかけつけるが、その時セトはアクナディンに心をあやつられていた。

　ファラオと正気をなくしたセトの決闘がはじまった。白き龍が黒き魔術師をたおし、セトがとどめを刺そうとしたその時、キサラの声が聞こえてきて…。

　いっぽう、現世のゲームマスターの闇遊戯は、自分の名前がゾーク封印のカギであることに気づいていた。

　王墓で決闘を開始する遊戯とバクラ。遊戯は、はじめて闇遊戯のために戦うことになる。

　新しいデッキから、マシュマロン、サイレントソードマンなどを召喚する遊戯。だがバクラは、デスカリバー・ナイト、死霊ゾーマなどをくり出し、優位に立つ。そこで遊戯は、魔法カード「時の飛躍」でダメージをかわし、サイレントソードマンのレベルを上げて反撃するのだった。

　いっぽうクルエルナでは、大邪神ゾークが復活し、神官団におそいかかっていた。

　ついにはじまった遊戯とバクラの決闘。LPは2400対1600で遊戯が優勢だ。遊戯は、ブロッケンやレンガードなど、数値があまり高くないモンスターで戦うが、特殊効果で大きなダメージをかわしている。するとバクラは、今回のキーポイントである「呪いの双子人形」をくり出してきた。それにより自分の墓地を消滅させたバクラは、死んだモンスターたちを浮遊霊のように不気味にさまよわせ…。

　いっぽう、神官団VSゾークの戦いでは、シモンがついにエクゾディアを召喚し、激闘がくり広げられていたが…。